计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5553|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:两相体系NVT过程参数设置

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-4 23:20 编辑

各位前辈,现模拟一个癸酸和水的两相体系,已经按照文献中的参数完成了第一步构建好了两相体系,得到了GRO文件,文献里对下一步有这样的表述:The interface is optimized by relaxing the decanoic acid layer in NVT ensemble with the water molecules fixed, and then relaxing water layer with decanoic acid layer fixed,不太明白这是什么意思,是需要在MDP文件里增加什么约束么?


DKABOX_solv.zip (347.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125151

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-9-5 01:02:18 | 只看该作者 Only view this author
把水层freeze住,从而只跑癸酸部分。然后再把癸酸部分freeze住,从而只跑水的部分

freeze和约束是两码事
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-5 13:38:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-5 13:44 编辑
sobereva 发表于 2021-9-5 01:02
把水层freeze住,从而只跑癸酸部分。然后再把癸酸部分freeze住,从而只跑水的部分

freeze和约束是两码事 ...

谢谢社长指教!还是有两个问题请社长指教下。1.文献中这个表述是完全freeze住么?还是说restrain就可以。
2.体系的拓扑(.top)文件如下。如果是进行freeze水的癸酸NVT,那么MDP文件里是不添加【freezegrps = SOL   freezedim = X Y Z】

[ molecules ]
; Compound        #mols
DKA               480
SOL              2604

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125151

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-9-5 13:39:58 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2021-9-5 13:38
谢谢社长指教!文献中这个表述是完全freeze住么?还是说restrain就可以。

用freeze和restraint对当前情况实际效果没什么区别
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-5 13:46:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-5 13:39
用freeze和restraint对当前情况实际效果没什么区别

好的,明白了,谢谢社长!
体系的拓扑(.top)文件如下。[ molecules ]
; Compound        #mols
DKA               480
SOL              2604
如果是进行freeze水的癸酸NVT,那么MDP文件里是不添加【freezegrps = SOL   freezedim = X Y Z】就可以了?
如果是进行freeze癸酸的水NVT,那么MDP文件里是不添加【freezegrps = DKA   freezedim = X Y Z】就可以了?


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125151

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-9-5 14:57:47 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2021-9-5 13:46
好的,明白了,谢谢社长!
体系的拓扑(.top)文件如下。[ molecules ]
; Compound        #mols

freezedim 应当是Y Y Y,代表X/Y/Z这三个方向冻结都是yes

freezegrps = DKA时如果grompp认不出来DKA组的定义,需要提供索引文件定义DKA组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-7 11:32:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjtu_zk 于 2021-9-7 11:34 编辑
sobereva 发表于 2021-9-5 14:57
freezedim 应当是Y Y Y,代表X/Y/Z这三个方向冻结都是yes

freezegrps = DKA时如果grompp认不出来DKA组 ...

社长,freeze住以后,grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了,未能生成.tpr文件。

Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 31197.00
Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 350 K
double free or corruption (out)
已放弃 (核心已转储)

这是什么原因啊?NVT的MDP文件我也附上,是写的有问题么? nvt.mdp (2.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125151

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-9-8 03:34:26 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2021-9-7 11:32
社长,freeze住以后,grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了,未能生成.tpr文件。

Number of degr ...

绝对不要用constraints             = all-bonds,网上坑爹教程以讹传讹。我在本论坛里已经指出过N遍了

光从mdp上没法判断。改成位置限制
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-8 10:17:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-8 03:34
绝对不要用constraints             = all-bonds,网上坑爹教程以讹传讹。我在本论坛里已经指出过N遍了
...

社长,键约束改成h-bonds限制后,以及none均报同样的错误。
我把整个grompp文件都上传上来了,如果可以的话,麻烦帮我看看,谢谢!

9.zip (354.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

313

帖子

2

威望

3900

eV
积分
4253

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-9-8 12:27:31 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2021-9-7 11:32
社长,freeze住以后,grompp时出现了下面这样的信息以后就停止了,未能生成.tpr文件。

Number of degr ...

如果你是用的某个gromacs2020的版本,那么很不幸可能是bug,因为freeze我以前也碰到过grompp直接退出的情况,换2019或者其他非2020系列的就行了。

34

帖子

0

威望

197

eV
积分
231

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-8 13:07:50 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2021-9-8 12:27
如果你是用的某个gromacs2020的版本,那么很不幸可能是bug,因为freeze我以前也碰到过grompp直接退出的情 ...

好的,谢谢,我试试!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 07:31 , Processed in 0.218128 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list