求助：力场文件ffbonded.itp中键角、二面角表示问题

x^x · 发表于 Post on 2021-9-5 20:52:27

本帖最后由 x^x 于 2021-9-5 21:00 编辑

在ATB网站下载了一个有机物的拓扑文件，依照gromacs自带的力场文件gromacs 53a6修改键长、键角及二面角等参数时，在atomtypes.atp中可以找到合适的原子名称，但是有的键角、二面角（主要是键角）在ffbonded.itp文件中找不到完全对应的连接方式，请问有什么比较好的解决办法嘛？

期待并感谢各位老师指导

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 16:29:15

你为什么要自己修改？直接include ATB网站上给的修改版GROMOS力场包里的forcefield.itp就能直接跑了

x^x · 发表于 Post on 2021-9-7 16:10:34

sobereva 发表于 2021-9-6 16:29
你为什么要自己修改？直接include ATB网站上给的修改版GROMOS力场包里的forcefield.itp就能直接跑了

谢谢老师的解答。之前模拟过几个有机分子，在GROMOS 53a6中可以找到对应参数。目的是想分析对比几种分子，如果跑此分子直接include修改版的话，由于使用的力场不完全一样，请问跑出结果的结果能进行对比吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-8 03:32:30

x^x 发表于 2021-9-7 16:10
谢谢老师的解答。之前模拟过几个有机分子，在GROMOS 53a6中可以找到对应参数。目的是想分析对比几种分子 ...

你先确认一下之前那些分子用到的原子类型在修改版力场包里范德华参数是否仍一样，如果是，就可以比

x^x · 发表于 Post on 2021-9-8 08:23:32

sobereva 发表于 2021-9-8 03:32
你先确认一下之前那些分子用到的原子类型在修改版力场包里范德华参数是否仍一样，如果是，就可以比

好的，谢谢老师

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