求助含有n个相同单元的gromacs的gro文件的建立

Jerryluo

大家好，我想建立类似如图的top文件，考虑到有n个相同的单元(图中红框部分)。用acpype.py脚本生成1个单元的top文件，
则主top文件中[molecules] 为n mol该单元。但是用gview保存出来的整体n个单元的 mol2 文件用VMD转成gro文件时，该整体文件里每个单元的原子
顺序对不上，比如第一个单元原子依次是是OPOC...，第二个单元的就便成了OPCC...,请问整种情况应该怎样处理。

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs的gro文件的建立”改了，以后务必注意