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[GROMACS] 分子跑出盒子求助

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用VMD看xtc和gro文件,分子跑出去了。用trjconv处理只得到了一帧的结构,不是整个模拟过程的结构,在VMD中无法拖动进度条,我想观察分子的聚集情况,而我的体系分子都在盒子边上,很多分子都跑到另一边了,很难观察,请问有什么好的办法吗

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发表于 Post on 2021-9-14 02:53:19 | 只看该作者 Only view this author
“用trjconv处理只得到了一帧的结构”莫名其妙
说清楚你干嘛要处理、怎么处理的

VMD没法拖动,说明你就只载入了一帧的结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 18:07:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 02:53
“用trjconv处理只得到了一帧的结构”莫名其妙
说清楚你干嘛要处理、怎么处理的

不好意思已经解决了,我想观察蛋白质的聚集情况,之前输出trjconv的时候只选择了蛋白质,后来选择整个体系就可以拖动了,非常感谢您的回复

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发表于 Post on 2021-9-14 19:06:19 | 只看该作者 Only view this author
是不是周期性边界条件没有弄对呢

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