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[建模与可视化] 求助算太赫兹光谱的团簇模型的构建

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大家好,
我是做太赫兹光谱方向的,因为最近要做一些计算,我知道VASP可以算太赫兹光谱,但是想用Gaussian算一下,因为Gaussian不适合做周期性体系,所以我看文章上有用单分子模型(当然这种模型没法考虑分子间作用),有用团簇模型的,请问大家一下,如果用团簇模型的话建模怎么去建(目前晶体结构是已经有了),是不是需要考虑色散校正,当然,大家如果有不用团簇模型的方法也可以推荐一下,自己是这方面的小白。希望大家可以解答的详细些。谢谢大家。



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发表于 Post on 2021-9-13 17:07:44 | 只看该作者 Only view this author
直接删删减减,表面悬挂键看要不要加H处理,去掉周期边界就是团簇吧,没那么复杂

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-13 17:20:43 | 只看该作者 Only view this author
Aridea 发表于 2021-9-13 17:07
直接删删减减,表面悬挂键看要不要加H处理,去掉周期边界就是团簇吧,没那么复杂

感谢您的解答,您的意思是把晶体结构扩胞之后然后删除多余的原子,然后留下自己需要的几个分子构成团簇吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-13 20:20:23 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,我这样建立团簇模型来跑太赫兹光谱可行吗?先把晶体扩胞,然后把多于原子剪掉,剩下了4个分子来作为团簇(分子是L-抗坏血酸),基组用的6-311G+(d,p),加了D3校正

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发表于 Post on 2021-9-13 20:38:05 | 只看该作者 Only view this author
模型到计算参数合理性这个我不清楚,等社长或者其他大佬吧

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发表于 Post on 2021-9-14 02:53:43 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“团簇模型的构建”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-14 02:55:07 | 只看该作者 Only view this author
wangy0822 发表于 2021-9-13 20:20
请问一下,我这样建立团簇模型来跑太赫兹光谱可行吗?先把晶体扩胞,然后把多于原子剪掉,剩下了4个分子来 ...

可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住,要不然团簇优化完了可能直接就变形了
基组名没写对。弥散函数不是必需的
说清楚用什么泛函,别就光说个D3
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 08:50:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 02:53
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的,下次注意,不好意思

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 08:55:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 02:55
可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住,要不然团簇优化完了可 ...

Sob老师,我是用的B3LYP-D3;按照您的意思是把弥散函数去掉,用6-311G(d,p)基组对吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 09:10:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 02:55
可以。但周围分子最好用ONIOM或QM/MM结合分子力场和拟合静电势电荷表现并且冻结住,要不然团簇优化完了可 ...

Sob老师,您的意思是保留一个分子在优化时在动,剩余分子都固定住吗?

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发表于 Post on 2021-9-14 09:37:29 | 只看该作者 Only view this author
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 09:54:28 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2021-9-14 09:37
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579(http://bbs.keinsci.com/thread-2 ...

好的,谢谢

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发表于 Post on 2021-9-14 10:29:42 | 只看该作者 Only view this author
cp2k不能算太赫兹吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 10:48:14 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2021-9-14 10:29
cp2k不能算太赫兹吗

我只知道VASP和MS中的CASTEP可以算,别的不知道。但是我目前就是想用Gaussian算

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发表于 Post on 2021-9-15 01:27:28 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2021-9-14 10:29
cp2k不能算太赫兹吗

CP2K可以算
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