双硬盘挂载和PBS作业系统问题

sai77

最近组了台服务器，2T固态+4T机械硬盘，跑高斯，系统是CentOS 7.9。
Linux小白，摸索了两天，可以正常运行了，4T硬盘挂载到了/home/user/gauss下，专门用来放scratch目录。
后来又装了torque，想用PBS系统来提交作业，也可以正常提交了。

但是这时候就出问题了：
如果想访问4T硬盘，就需要root权限，但是root账号无法提交PBS作业；
如果用PBS提交，就不能用root账号登录，无法访问4T硬盘。

请问大佬这个问题该如何解决？谢谢！

pwzhou

把存储临时文件目录的权限开放给普通用户即可，一般临时文件的目录是777+t，也就是说先执行chmod 777 /home/user/gauss，再执行chmod +t /home/user/gauss。这种权限是所有用户都可以进行读写，但是每个用户建立的文件只有该用户可以删除，别的用户可以读写，但是无法删除。系统默认的/tmp就是这个权限。

另外一个建议，临时文件读写的快慢会影响计算速度，一般应该放在读写速度最快的那个硬盘，所以Gaussian的临时文件目录在你的系统下应该放在固态硬盘上。

sai77

pwzhou 发表于 2021-9-15 09:18
把存储临时文件目录的权限开放给普通用户即可，一般临时文件的目录是777+t，也就是说先执行chmod 777 /home ...

谢谢！问题解决了~

我是怕固态硬盘频繁读写会影响寿命，所以就把临时文件放到机械硬盘上。
如果都放到固态硬盘，那4T盘感觉完全用不上了都。

biogon

sai77 发表于 2021-9-15 09:53
谢谢！问题解决了~

我是怕固态硬盘频繁读写会影响寿命，所以就把临时文件放到机械硬盘上。

临时文件放hdd跑dft还好，跑后HF就会慢不少，把ssd当消耗品用就行了