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[综合交流] 一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章(JCIM,2021)

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发表于 Post on 2021-9-28 15:08:56 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
Clipboard01.png

很重要的一张图居然放在SI里了

x.png

此测试再次体现OPC是对水的一般性质模拟方面最佳的水模型
总的趋势是越晚提出的水模型整体越好。而早期水模型里,唯独SPC/E可以一战,一枝独秀,很不容易
COMPASS、CVFF描述水够烂的。M$用户模拟水可小心了,说不定以后就被有的审稿人拿这篇怼。
五点水模型的框架实在是不行,某方面改好了,其它方面又烂了,还很贵。

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发表于 Post on 2021-9-28 21:54:04 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 牧生 于 2021-9-28 22:00 编辑

一般情况下,文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟,已经成了冰模拟的御用模型了。
那么,如果用OPC模型来跑冰相关的模拟,应该也不会有质疑吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 22:07:16 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2021-9-28 21:54
一般情况下,文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟,已经成了冰模拟的御用模型了。
那么,如果用OPC模型 ...

会质疑
OPC不是算特殊条件的,不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型
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发表于 Post on 2021-9-29 18:06:28 | 显示全部楼层 Show all
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型,但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学,虽然电荷可以设置不变,但键长键角会略微改变,这样水模型就不能严格说水还是SPC/E模型,这样还会受到质疑吗?那怎么保持SPC/E模型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-29 18:46:51 | 显示全部楼层 Show all
西起的sun 发表于 2021-9-29 18:06
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型,但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学,虽然电荷可以设 ...

我不用M$不清楚
由于水的刚性很强,柔性的SPC/E和原本的刚性模型应该不会在模拟结果上有什么显著差别
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发表于 Post on 2021-9-30 08:45:10 | 显示全部楼层 Show all
他竟然没比AMOEBA

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发表于 Post on 2022-3-31 11:02:56 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 不想读啦 于 2022-3-31 13:44 编辑
sobereva 发表于 2021-9-28 22:07
会质疑
OPC不是算特殊条件的,不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型

老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个模型被删了,那我使用spc216.gro这样可行性高吗

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发表于 Post on 2022-3-31 14:09:05 | 显示全部楼层 Show all
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02
老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

三点水模型用的gro文件一般都是spc216.gro,不同水模型的力场参数不一样,但是水分子的坐标一般是一样的。gromacs自带的水的gro只有3个,分别对应3点水4点水和5点水。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 00:57:17 | 显示全部楼层 Show all
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02
老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

spc216.gro适合所有三点水模型
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发表于 Post on 2022-4-1 14:25:22 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-4-1 00:57
spc216.gro适合所有三点水模型

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-5-25 12:30:31 | 显示全部楼层 Show all
https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/  gmx格式的opc力场文件可以在这里下载

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发表于 Post on 2022-10-17 16:06:36 | 显示全部楼层 Show all
然而后续的很多模型集成做的太差了,本身就用起来不方便,复杂模型的计算代价又是一个问题,要我看来计算代价一致不如用深度学习势的水模型更可靠

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发表于 Post on 2022-11-28 20:43:06 | 显示全部楼层 Show all
无机二维材料跑水的接触角看过的绝大多数是SPC/E和TIP4P/2005的,近几年通过模拟研究石墨烯润湿性的文章我看过的也是这样

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发表于 Post on 2022-12-10 19:19:01 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 牧生 于 2022-12-10 19:29 编辑

J. Chem. Phys. 157, 014504 (2022); https://doi.org/10.1063/5.0093659

果然有人考虑用opc去跑水合物了。

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