[已解决]Gromacs单机GPU双卡占用率低下求助

snljty · 发表于 Post on 2021-9-30 11:58:00

lyj714 发表于 2021-9-30 11:33
gmx convert-tpr可以设置时间，extend和until选项
还有你说的那个显示的cpu占用率，你要搞清楚那个值是 ...

2021和2020给我整怕了...好像bug太多，编译还麻烦一点...

lyj714 · 发表于 Post on 2021-9-30 12:00:51

本帖最后由 lyj714 于 2021-9-30 12:03 编辑

snljty 发表于 2021-9-30 11:58
2021和2020给我整怕了...好像bug太多，编译还麻烦一点...

2020系列我称它为bug系列，这个不必考虑，2021.3报道的bug比较少，可以测试。编译好像没啥复杂的，你这个gcc版本也不低，直接编译就好了。编译选项gpu只不过换成了-DGMX_GPU=CUDA罢了。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-9-30 12:02:14

snljty 发表于 2021-9-30 11:57
我是双路，共24核48线程。-ntomp 12应该是各占12核吧。

哦，那估计你两个任务跑到一个cpu上去了。

snljty · 发表于 Post on 2021-9-30 13:10:51

本帖最后由 snljty 于 2021-9-30 14:48 编辑

lyj714 发表于 2021-9-30 12:02
哦，那估计你两个任务跑到一个cpu上去了。

更新：已解决，谢谢您的帮助。

是这样的，发现确实两个任务都被从12核降低到6核然后塞到同一块CPU了。刚新发现把-pin on改成-pin off后问题消失，CPU任务变成两个占用1200%的任务，总占用率50%（开了HT）。GPU双卡各自占用率都能达到58。但是现在没有了内核绑定，线程在虚拟核之间不停切换，不知道会不会造成明显性能影响。请问下一步我应该考虑换更新版本gmx么？2021是之前卢老师说感觉bug比2020还多，2020是我自己有心理阴影...
更新：忘了还有-pinoffset这个选项，我试一下

snljty · 发表于 Post on 2021-9-30 13:12:01

本帖最后由 snljty 于 2021-9-30 14:48 编辑

喵星大佬发表于 2021-9-30 11:19
htop看下每个进程用的cpu编号是不是同一颗上的

更新：已解决，谢谢您的帮助。

发现确实是两个任务都被从12核降低到6核然后塞到同一个CPU上了。把两个任务的-pin on都改成-pin off后CPU和GPU占用率都正常了。不知道下一步我应该怎么考虑？
更新：忘了还有-pinoffset这个选项，我试一下

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