计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3048|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Linux] 升级glibc报错求助

[复制链接 Copy URL]

129

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1293

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本人近期想使用orca 5,想安装在学校的HPC cluster上。安装openmpi411和orca5都已经完成,但是运行时发现报错:
/home/wz28l/bin/Orca/orca: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/wz28l/bin/Orca/orca)
/home/wz28l/bin/Orca/orca: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.17' not found (required by /home/wz28l/bin/Orca/orca)
/home/wz28l/bin/Orca/orca: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.15' not found (required by /home/wz28l/bin/Orca/orca)
/home/wz28l/bin/Orca/orca: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.15' not found (required by /home/wz28l/bin/Orca/liborca_tools_5_0_1.so.5)
/home/wz28l/bin/Orca/orca: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/wz28l/bin/Orca/liborca_tools_5_0_1.so.5)


我想这应当是需要升级GLIBC了,所以着手升级。
开始configure的时候,又遇到报错:
checking for gmake... gmake
checking version of gmake... 3.81, bad

These critical programs are missing or too old: make

但其实我已经安装了make的最新版4.3
请问各位先进和老师,这个时候我应当怎么做呢?
这个超算cluster,我也没有root权限。
谢谢各位的帮助!


2407

帖子

1

威望

5950

eV
积分
8377

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-10-2 12:32:05 | 只看该作者 Only view this author
建议换一个平台……

或者,学习更多的PATH LD_LIBRAY_PATH 等设定。

如果管理员有指定某些全局设定优先的话,
你只能换个平台。
或者说服管理员,屏蔽相关设定。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

129

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1293

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-2 12:46:53 | 只看该作者 Only view this author
老师好!
我这个make,就是通过module load调用的。按理说就差这么一个gmake了,应该可以搞定呀。
之前bison,as之类的,都是我重新安装的。

2407

帖子

1

威望

5950

eV
积分
8377

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-10-2 14:18:04 | 只看该作者 Only view this author
以普通用户源码编译安装gcc9套件---> https://b23.tv/xs9ovN
视频中的技术方案, 适用于绕开root授权, 给自己安装软件的场景.

如果要自己动手,请务必仔细领会这里提到的技能。

同时,请务必留意,
如果管理员有全局性的设定XX优先生效……
那么你要费很大功夫的。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

129

帖子

0

威望

1164

eV
积分
1293

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-3 01:21:42 | 只看该作者 Only view this author
我发现我们cluster的系统是RedHat6.10版的,Linux kernel还是2.6.32.
这个版本根本不能升级到glibc 2.23以上的版本。
所以我之前做的,都是无用功。
升级glibc这种工作,在和多为专业人士沟通后,无root情况下就不要做了。
我已经和cluster admin沟通了,他们正在准备升级一些nodes到RedHat8,到时候就应该好办多了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:26 , Processed in 0.340129 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list