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本人最近在学习Gromacs通过table列表的形式做MD模拟,根据GMX手册table列表需要r、f(r)、-f'(r)、g(r)、-g'(r)、h(r)、-h'(r)等7列数据,分别对应于静电作用、色散作用和排斥作用,本人测试的三种作用势函数分别为f(r)=1/r,-g(r)和h(r)合为LJ 12-6势(具体可见table.xvg文件),测试的体系是1000个TIP3P水的立方盒子。当npt.mdp文件中的vdwtype=user、coulombtype=PME时(相当于只用了table.xvg中的后四列LJ 12-6势),得到的结果与直接使用OPLS-AA是一致的。然而当把npt.mdp文件中的coulombtype也设置为user时,做MD模拟会得到错误结果,一个是体系温度较高难以控制在298K,另一个是体系的密度一直下降逐渐由液态变为气态。恳请论坛中了解这方面知识的老师告知一下我的出错原因,本人使用GMX4.6.5做MD的四个文件已上传至附件。
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npt.mdp
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table.xvg
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W1000.gro
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W1000.top
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