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楼主 Author: 努力向上的boy
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[GROMACS] gromacsr软件模拟后,周期性设置的影响?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-20 01:35:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-15 07:29
可能只是相对于整体结构而言的很微小分散,导致回转半径数值上体现不出来明显差异
可以从X/Y/Z方向最大 ...

谢谢老师。
老师,我想请教一下个问题,在模拟的时候,盒子的物质,不是从一边跑出盒子就会从另外一边跑进来吗,从原始轨迹提取的结构中,几条链相邻,一点残基在盒子外面,但是为什么利用-pbc nojump处理轨迹后,会有几条链在盒子内且相邻,另外几条链分别在盒子相邻的不同的镜像盒子中,这是为什么呢

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发表于 Post on 2021-10-20 02:30:18 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-20 01:35
谢谢老师。
老师,我想请教一下个问题,在模拟的时候,盒子的物质,不是从一边跑出盒子就会从另外一边跑 ...

gro文件默认是按照-pbc mol方式记录的轨迹,只有当分子质心越过盒子时才会被整体挪到另一头
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-21 16:54:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-20 02:30
gro文件默认是按照-pbc mol方式记录的轨迹,只有当分子质心越过盒子时才会被整体挪到另一头

请问老师,这个该怎么判断呢?判断是否合理是否与镜像接触了?

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发表于 Post on 2021-10-22 02:58:22 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-10-21 16:54
请问老师,这个该怎么判断呢?判断是否合理是否与镜像接触了?

VMD里把相邻镜像显示出来,一看便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-28 19:15:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-22 02:58
VMD里把相邻镜像显示出来,一看便知

老师您的意思是说,用-pbc nojump调整的轨迹,再用gmx trjconv提取之后的gro不是按照-pbc nojump合适-pbc mol调整的?

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