cpptraj如何输出运动中苯环法线方向的电子密度？

二次元phy宅鸮

大家好，最近在用amber跑含有一个苯环的水盒子模型，想统计垂直于苯环平面方向的电子密度情况
但是cpptraj里的density默认是按盒子的xyz方向进行统计的，虽然我能用vector获得苯环平面法线的方向，但是不知道怎么让density按照法线方向去计算电子密度
也可能是我手册读漏了啥细节，欢迎指教，感谢！

sobereva

如果就一帧的话，Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）的主功能3就能直接绘制

1 把settings.ini里的iuserfunc设为-2，使得用户自定义函数对应promolecular电子密度

2 用Multiwfn载入xyz文件，用下文的功能让苯环平行于XY平面
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

3 返回主菜单，进入主功能3，被绘制的函数选择100 User-defined function（此时对应promolecular电子密度），然后恰当定义线段的两个端点坐标来定义绘制方向（苯环中心z加一定值、z减一定值处作为两个端点）。


如果必须用cpptraj而且是多帧，模拟初始结构让苯环平行于XY平面，然后跑MD，跑完之后相对于第一帧做align消除苯环的平动转动，之后再冲着Z方向绘制。

二次元phy宅鸮

sobereva 发表于 2021-10-11 04:35
如果就一帧的话，Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）的主功能3就能直接绘制

1 把settings.ini里 ...

谢谢sob老师，我修改了mdcrd文件的第一帧，之后在cpptraj里用rms :BEZ first (把苯环设为BEZ残基)确实实现了目的。