gromacs中的velacc没有类似于msd中的-trestart选项吗

tomato

gromacs的velacc模块可以计算速度自相关(vacf)，而msd模块可以计算均方位移(msd)。而msd和velacc均涉及到t时刻的性质与0时刻的性质的运算，感觉二者的算法应该比较类似。但是msd模块中有-trestart选项可以指定时间起点之间的间隔，而velacc中没有类似于-trestart选项来指定时间起点（有一个-dt选项，其说明为Only use frame when t MOD dt = first time (ps)，感觉不太像是实现和-trestart相同的功能）。那么velacc是如何来确定时间起点的间隔呢？

附图来源于sob老师在论坛某个话题下发的msd计算原理介绍

sobereva

应当是没有设这个的选项。直接读源代码看看

tomato

sobereva 发表于 2021-10-11 04:22
应当是没有设这个的选项。直接读源代码看看

谢谢sob老师，我按照上面写的msd计算的原理计算了一下velocity autocorrelation function。其中时间起点之间的距离选取了模拟的时间步长(试图充分利用模拟结果的数据)，然后和velacc的计算结果作了对比，如下图所示，每个算例都是前半部分和velacc计算结果几乎完全重合，但是靠后的一部分就出现了分离。

我尝试去读velacc的源代码，但是看不明白它里面计算velocity autocorrelation function的具体算法是什么，是不是也是和msd类似的算法呢？我看不出来。附件里面就是velacc的源代码，不知道能否麻烦sob老师帮我看一下？

Daniel_Arndt

gromacs的dos相应代码可能有一些问题，这篇文献 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00156 提及了。你可以看Supporting Information里面的代码。至于velacc有没有类似的问题，我就不清楚了，我也不是做这些的。