Gaussian的BOMD求助

yuyangzap · 发表于 Post on 2021-10-12 19:31:36

大家好，我是最近刚刚学习动力学，在对一个过渡态进行BOMD计算的时候，高斯通过BOMD中的phase关键词可以设置两个原子的振动模式，但是我发现，计算过程中，过渡态采样的方向默认的都是forward，如何让BOMD能往过渡态的reserve方向跑呢？谢谢大家帮助！

yflchx · 发表于 Post on 2021-10-12 22:50:22

本帖最后由 yflchx 于 2021-10-12 22:57 编辑

用Phase来定义，比如Phase=(1,2)，代表原子1和2间距增加为Forward。

如果想Reverse，可以把原子换掉。其实站在TS看，无论Forward还是Reverse没有什么本质上的区别。

或者配合NSample=1指定虚频振动模式上的能量为负值。

yuyangzap · 发表于 Post on 2021-10-13 09:17:12

yflchx 发表于 2021-10-12 22:50
用Phase来定义，比如Phase=(1,2)，代表原子1和2间距增加为Forward。

如果想Reverse，可以把原子换掉。其 ...

感谢回复，“把原子换掉”变成reverse是什么意思，是Phase=(1,2)是forward，Phase=(2,1)就是reverse么？

yflchx · 发表于 Post on 2021-10-13 15:10:28

yuyangzap 发表于 2021-10-13 09:17
感谢回复，“把原子换掉”变成reverse是什么意思，是Phase=(1,2)是forward，Phase=(2,1)就是reverse么？

如果Forward是原子1和2间距增加，则Phase=(1,2)

类似，看看Reverse是哪两个原子间距增加，换成这两个原子。这样的话Forward就是Reverse了。

你选的原子需要和Transition Vector关联。你试试看行不行？我长时间不用了GAUSSIAN了，以防我误导你。

yflchx · 发表于 Post on 2021-10-13 19:10:53

yuyangzap 发表于 2021-10-13 09:17
感谢回复，“把原子换掉”变成reverse是什么意思，是Phase=(1,2)是forward，Phase=(2,1)就是reverse么？

更直接点：比如1 + 23 -> 12 + 3，过渡态是1...2...3，

如果Phase=(2,3)，即Forward对应12 + 3，就是Forward；

如果Phase=(1,2)，Forward对应1+23，就是所谓的Reverse了。

建议你试试，多计算几条轨线看看，有时候会有些特殊情况，甚至是Barrier Recrossing。

yuyangzap · 发表于 Post on 2021-10-15 16:31:49

yflchx 发表于 2021-10-13 19:10
更直接点：比如1 + 23 -> 12 + 3，过渡态是1...2...3，

如果Phase=(2,3)，即Forward对应12 + 3，就是F ...

好的，我明白了，谢谢！

yflchx · 发表于 Post on 2022-1-26 12:43:38

本帖最后由 yflchx 于 2022-1-26 19:50 编辑

yuyangzap 发表于 2021-10-15 16:31
好的，我明白了，谢谢！

还漏了一种办法：可以先模拟完Forward的trajs，获取初始取样的结构和速度分量；然后将速度分量的正负号颠倒，通过读取颠倒后的速度分量的方式模拟Reverse的trajs；这样的话两种情况下初始条件对应的trajs可以接起来。

yuyangzap · 发表于 Post on 2022-2-3 13:07:55

yflchx 发表于 2022-1-26 12:43
还漏了一种办法：可以先模拟完Forward的trajs，获取初始取样的结构和速度分量；然后将速度分量的正负号颠 ...

好的，十分感谢，我学习尝试一下

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