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[蛋白质建模] Rosetta中的常见问题汇总(持续更新)

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发表于 Post on 2021-10-13 21:02:33 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
1. Rosetta无法正确读入PDB结构

当PDB文件occupy一列为0,Rosetta默认会忽略该氨基酸,可以通过在命令行添加
  1. -ignore_zero_occupancy false
复制代码
参数强制程序读入,occupy列后面的一列B-factor对Rosetta使用可以认为没有影响。

当PDB中存在未定义残基,早期版本Rosetta可通过添加
  1. -ignore_unrecognized_res
复制代码
参数忽略,新版本的Rosetta会根据其原子连接自动进行参数化,残基名添加“pdb_”(为了得到更准确的建模需要自行建立params)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 21:11:04 | 显示全部楼层 Show all
2. Minimizer 出现[ ERROR ] Inaccurate G! 提示

没事儿。Rosetta的能量函数在优化到局部极小时由于导数不连续等因素可能会出现计算Hessian矩阵失败等数值问题。
但Rosetta整体优化流程基于随机(Monte Carlo)转动+最优化,在个别局部最优出现错误不影响整体结果。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 21:13:15 | 显示全部楼层 Show all
3. 报错serial_to_serial_with_ter...

有些任务如Match时,出现这个错误,可以通过命令行添加
  1. -skip_connect_info
复制代码

来忽略,多数情况并不影响计算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 21:16:08 | 显示全部楼层 Show all
5. 安装报错/usr/bin/ld:  cannot find -lz

编译程序时,如果遇到无法找到 -lz:,意思就是缺少libz库。
libz库是提供数据压缩用的函式库,我们需要安装zlib安装包。 (libz库对应的安装包名字是zlib)。
在ubuntu下,运行命令apt-get install zlib1g zlib1g-dev即可。
不同系统需要先查一下对应的库名。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 21:21:15 | 显示全部楼层 Show all
6. 运行时报错error while loading shared libraries:***.so:cannot open shared object file:No such file or directory

***.so指代你实际遇到的.so,比如说:libsqlite3.so
遇到这种情况首先判断你系统里有没有这个库,一般可以在下面这两个地址里找到
  1. /usr/local/lib
  2. /usr/local/lib64
复制代码

先判断系统路径里有没有,如
  1. find /usr/local -iname ***.so
复制代码

再看rosetta的安装路径里有没有,如
  1. find $ROSETTA -iname ***.so
复制代码

如果这两个命令都没反应,证明系统里没有这个库,需要手动安装
如果有则执行下面这条命令
  1. sudo ldconfig
复制代码

更新库路径,如果还是不行,一般是LD_LIBRARY_PATH环境变量设置问题,可以参考链接
https://www.rosettacommons.org/node/10017

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 21:22:13 | 显示全部楼层 Show all
7. bash: XX: command not found

首先请按照教程仔细检查你的环境变量(一般是在~/.bashrc中)
如果你确认你的环境变量和教程中的一致,请使用source ~/.bashrc更新环境变量。
PS:教程中的环境变量仅第一行需要更改,要更改到你Rosetta目录的所在位置。
PS:不指定环境变量也可以,在运行某个命令时加上完整路径即可

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发表于 Post on 2022-3-8 13:07:23 | 显示全部楼层 Show all
你好
我在设备上已经编译好了openmpi,在编译mpi版rosetta后,已经有了对应的XXX.mpi.linuxgccrelease文件了,但是用mpirun来进行并行或者单独运行XXX.mpi.linuxgccrelease时,会提示
antibody.mpi.linuxgccrelease: symbol lookup error: /software/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.14/64/x86/gcc/4.8/mpi/libcore.2.so: undefined symbol: _ZN9CifString12UnknownValueE
请问这该如何处理呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-11 11:38:31 | 显示全部楼层 Show all
mengskl 发表于 2022-3-8 13:07
你好
我在设备上已经编译好了openmpi,在编译mpi版rosetta后,已经有了对应的XXX.mpi.linuxgccrelease文件 ...

这种情况一般是编译环境和运行环境不一致导致的

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发表于 Post on 2022-7-19 13:58:43 | 显示全部楼层 Show all
wendao 发表于 2022-3-11 11:38
这种情况一般是编译环境和运行环境不一致导致的

请问,这个问题咋解决呀?重新安装也无效。

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发表于 Post on 2023-1-23 22:00:52 | 显示全部楼层 Show all
你好,最近在用Rosetta做蛋白-蛋白对接,每一次都是运行了几秒报错:
Cannot compute center of mass of zero residues
怀疑可能是我有一个蛋白是多链造成,就把无关的一些链全删了,但依旧会如此报错,想问问原因和解决方式,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 显示全部楼层 Show all
冷血 发表于 2022-7-19 13:58
请问,这个问题咋解决呀?重新安装也无效。

需要准备一个比较干净的环境,没有各个版本的c++,openmpi
其实有多个版本也不要紧,但你要搞清楚每一步调用的是哪个,这些都有环境变量控制或者参考
https://new.rosettacommons.org/d ... Build-Documentation
重装而不做任何改变无效很正常

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 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 显示全部楼层 Show all
Norreland 发表于 2023-1-23 22:00
你好,最近在用Rosetta做蛋白-蛋白对接,每一次都是运行了几秒报错:
Cannot compute center of mass of z ...

可能是链的occ列是0,参考一楼的操作

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