ORCA并行计算超过10核就报错

fengqingxue9 · 发表于 Post on 2021-10-15 09:16:37

各位老师好：
我安装了ORCA，并用oepnmpi实现了并行计算，但是不知道为啥只要计算用核心数设定超过10，就会马上报错，小于等于10的时候，都能正常计算，试着改过对应的内存，防止核数过多把内存耗光，但是不起作用，还是一运行就出错，不知道大家有没有类似情况，我是Ubuntu系统。谢谢大家。

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-10-15 09:49:07

本帖最后由冰释之川于 2021-10-15 09:50 编辑

装openmpi之前，系统里有没有安装gfortran？如果没有，就装个gfortran，然后重新编译openmpi，再试试

snljty · 发表于 Post on 2021-10-15 10:00:06

多提供一些信息，你的Ubuntu版本，OpenMPI版本，ORCA版本，测试文件内容，机器实际核心数。顺便，你把OpenMPI拼错了。

fengqingxue9 · 发表于 Post on 2021-10-15 10:25:00

谢谢大家，我是提前安装了gfortran的, Ubuntu是20.04，OpenMPI是4.1.1（刚才拼写错了不好意思），ORCA是5.0，实际物理核心数16，32线程，测试文件很普通了，就是用一个H2O.inp测试了下，除了核心数和内存大小外，其它关键词为：
! b3lyp/G 6-31g(d) opt

pwzhou · 发表于 Post on 2021-10-15 11:24:55

fengqingxue9 发表于 2021-10-15 10:25
谢谢大家，我是提前安装了gfortran的, Ubuntu是20.04，OpenMPI是4.1.1（刚才拼写错了不好意思），ORCA是5.0 ...

最关键的出错信息呢？

chrinide · 发表于 Post on 2021-10-15 11:24:55

极大可能是测试算例太小，换一个大一点的分子再看看

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-10-15 14:00:32

chrinide 发表于 2021-10-15 11:24
极大可能是测试算例太小，换一个大一点的分子再看看

我也猜是不是分子太小，电子对数不够那么多并行的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-15 14:36:52

量化小菜鸡发表于 2021-10-15 07:00
我也猜是不是分子太小，电子对数不够那么多并行的。

DFT任务不受电子对数制约，只有CCSD之类的会

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-10-15 14:48:50

wzkchem5 发表于 2021-10-15 14:36
DFT任务不受电子对数制约，只有CCSD之类的会

这样子,了解了。

fengqingxue9 · 发表于 Post on 2021-10-15 17:54:06

谢谢大家，前两天只要一超过10核设定就马上报错，弄了几次也没作用，因为实在等不起，就用10核算了，这两天一直在计算，早上就想着来论坛问问大家看看有没有类似情况。持续了近40个小时的计算结束后，刚才我想把错误截图给大家看一下，结果发现居然编写超过10核任务也正常了，没有报错了。不是太明白为什么，因为这两天电脑一直算，我也没调什么。感谢大家的参与，耽误了大家时间我十分抱歉。

fengqingxue9 · 发表于 Post on 2021-10-15 17:57:03

补充说明：前两天有问题的时候确实是用的小体系试的，这两天持续算的是几十个原子的体系，算完后发现，无论大小体系，再设定10核以上都不报错了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-15 18:23:29

fengqingxue9 发表于 2021-10-15 10:54
谢谢大家，前两天只要一超过10核设定就马上报错，弄了几次也没作用，因为实在等不起，就用10核算了，这两天 ...

可能是race condition之类的问题，race condition不可重复，而且重复出来的概率不是固定的，而是这两天总是报错，过两天又总是不报错了；这台机子上有50%概率报错，那台机子上有10%概率报错，另外哪台机子上永远不报错。这种不一定是orca的bug，也可能是openmpi的bug；即便是orca的bug，修复起来也很麻烦，因为在用户机器上出现的race condition可能在orca团队内部机器上永远不出现，我们又不可能把orca源代码上传到用户机器上去调试。我们遇到过很多次用户报错在我们内部重复不出来，很难知道是因为配置不一样，硬件不一样，还是什么其他问题。
如果这种问题经常出现，可以检查一下openmpi有没有新版，如果有的话重装一下openmpi，但是解决问题的概率也比较有限。

fengqingxue9 · 发表于 Post on 2021-10-15 19:46:03

wzkchem5 发表于 2021-10-15 18:23
可能是race condition之类的问题，race condition不可重复，而且重复出来的概率不是固定的，而是这两天总 ...

学习了，谢谢老师的帮助

范德华力 · 发表于 Post on 2021-11-6 13:02:06

学到了，我遇到了ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 10 /home/orca5.01/orca_gtoint_mpi orca1.int.tmp orca1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run
的错误，真希望也能这样就好了

wangzuwei · 发表于 Post on 2022-6-2 04:12:06

我也遇到了这个问题，刚解决完，来挖个坟
1. 如果机器上有intel oneapi，先检查是否启用了oneapi的环境变量。如果启用了，会默认调用intelmpi，就会出现上述错误
2. 编译openmpi时一定用gcc g++ 和 gfortran，虽然openmpi网站上写支持intel编译器，但亲测会出错

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