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[GROMACS] 请教gromacs执行gmx energy后的选项的含义

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本帖最后由 Jerryluo 于 2021-10-22 23:30 编辑

  
1.请问 静电相互作用能是指选项5,范德华相互作用能是指选项6吗
2.静电相互作用能是指选项7+选项8;范德华相互作用能是指选项9+选项10吗
3.选项13 = 7+8+9+10+11+12?

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发表于 Post on 2021-10-23 01:37:10 | 只看该作者 Only view this author
1 显然不是。搞清楚什么叫1-4作用、程序怎么处理的

2 显然不是。LJ势描述的是范德华作用。9+10才是静电作用

3 显然不是。总能量等于动能加势能,势能里显然要把bond、angle等也得纳入进去

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-23 09:35:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-23 01:37
1 显然不是。搞清楚什么叫1-4作用、程序怎么处理的

2 显然不是。LJ势描述的是范德华作用。9+10才是静电 ...

谢谢老师,那就是说9+10是静电作用,7+8是范德华作用,总能量是11+12。如果要两项相加的结果作图需要怎样处理,谢谢

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发表于 Post on 2021-10-24 02:48:36 | 只看该作者 Only view this author
Jerryluo 发表于 2021-10-23 09:35
谢谢老师,那就是说9+10是静电作用,7+8是范德华作用,总能量是11+12。如果要两项相加的结果作图需要怎样 ...

注意9+10不算是全部的静电作用,因为1-4原子之间还有静电作用,只不过被特殊处理,体现在6中
同理,1-4原子间的范德华作用体现在5中

作图自己用origin新定义一列设成二者加和就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-24 16:43:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-24 02:48
注意9+10不算是全部的静电作用,因为1-4原子之间还有静电作用,只不过被特殊处理,体现在6中
同理,1-4 ...

好的谢谢老师

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