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楼主 Author: 小书童
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[新手求助] IRC产物拿出来OPT,结构变形

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发表于 Post on 2016-1-30 12:20:06 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了,有虚频,而且虚频正是变形的方向。那么,对于这个问题可能的原因是什么呢?我的 ...

这样看来,过渡态有一个虚频,是顺着反应方向的;IRC末端也有一个虚频,是对应于平面扭曲的。
有可能是反应路径发生了分叉,类似下图,在平面上下扭曲的两个结构各是一个分叉后的极小点

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 13:30:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-30 12:20
这样看来,过渡态有一个虚频,是顺着反应方向的;IRC末端也有一个虚频,是对应于平面扭曲的。
有可能是 ...

哦哦,原来是这样子啊。那么VRI Point是什么意思呢?VRI point是假的中间体的意思吗?目前对于我这样的情况,我该如何继续向下找寻过渡态呢?我该怎样找到第二个图中cs和c1呢?麻烦老师继续老师指教一下。非常感谢!

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发表于 Post on 2016-1-30 16:15:59 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 13:30
哦哦,原来是这样子啊。那么VRI Point是什么意思呢?VRI point是假的中间体的意思吗?目前对于我这样的情 ...

VRI就是分叉点,之后得到一对儿对映异构体。你之前优化已经得到了其中一个了,另一个你做一下镜面翻转就得到了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 17:29:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-1-30 19:12 编辑
sobereva 发表于 2016-1-30 16:15
VRI就是分叉点,之后得到一对儿对映异构体。你之前优化已经得到了其中一个了,另一个你做一下镜面翻转就 ...

老师,您说的镜面翻转具体该如何操作呢?我接触量化不久,底子比较薄,辛苦老师多指点一下!

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发表于 Post on 2016-1-30 20:05:59 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 17:29
老师,您说的镜面翻转具体该如何操作呢?我接触量化不久,底子比较薄,辛苦老师多指点一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 20:20:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-30 20:05
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谢谢老师指点,提前祝您春节快乐!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 10:25:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-30 12:20
这样看来,过渡态有一个虚频,是顺着反应方向的;IRC末端也有一个虚频,是对应于平面扭曲的。
有可能是 ...

老师,对于这种情况我该如何找到TS2呢?还是对生成的一对儿对映异构体进行过渡态的猜寻?请老师指点一下,谢谢!

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发表于 Post on 2016-2-22 12:11:30 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-22 10:25
老师,对于这种情况我该如何找到TS2呢?还是对生成的一对儿对映异构体进行过渡态的猜寻?请老师指点一下 ...

拿对映异构体作为QST2的反应物和产物,尝试找到过渡态,然后产生IRC验证
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发表于 Post on 2016-2-22 12:37:34 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-30 10:02
老师结构频率分析完成了,有虚频,而且虚频正是变形的方向。那么,对于这个问题可能的原因是什么呢?我的 ...

这个结构本身就不应该是平面的。稍微破坏平面性之后优化。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 19:36:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 12:11
拿对映异构体作为QST2的反应物和产物,尝试找到过渡态,然后产生IRC验证

好的,我试试。还有老师,过渡态会不会就是那个平面的机构呢?

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发表于 Post on 2016-2-22 19:45:58 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-22 19:36
好的,我试试。还有老师,过渡态会不会就是那个平面的机构呢?

有可能,但是我记得你说过没虚频
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-23 08:53:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 19:45
有可能,但是我记得你说过没虚频

不是啊,那个平面结构是从IRC末端取出来的,您告诉我对其直接进行振动分析,结果发现这个点有一个虚频,您才说可能是分叉了的。如果是我刚才说的那样的话,ts2就相当与直接找到了?

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发表于 Post on 2016-2-23 14:37:30 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-2-23 08:53
不是啊,那个平面结构是从IRC末端取出来的,您告诉我对其直接进行振动分析,结果发现这个点有一个虚频, ...

我记错了。
如果这样,你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了,应该会连接两个对映异构体
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-24 08:38:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-23 14:37
我记错了。
如果这样,你就直接拿这个点搜索过渡态再走IRC就好了,应该会连接两个对映异构体

老师,如果这样的话,这个反应就算找完了吧?其实我想得到的是如图所示的产物,HCN将吸附在碳基表面的NO还原,形成了N2。但是目前从您给我发的势能面的那个图来说,好像不会有后续的反应了。

产物.jpg (28.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 104)

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发表于 Post on 2016-2-24 16:00:43 | 只看该作者 Only view this author
你当前的反应就是个N-N键变成N-O键。如果你想脱出N2来,那还得尝试另外找对应的过渡态,但看起来难度很大。
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