求助：pdb文件中一些原子的占有率不为1，会影响GMX的模拟吗？

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-10-26 09:17:41

请教各位老师，
一个X-ray衍射的晶体结构的pdb坐标文件中，有几个氨基酸的位置有两种可能，这些氨基酸对应的原子的占有率不为1，如下图。请问在生成拓扑文件之前需要只保留唯一的氨基酸位置并将原子占有率改回1吗？如果不修改的话，会影响GMX正常运行，或者影响模拟的结果吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-26 11:50:45

pdb2gmx之后你看一下不就知道了

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 14:18:20

pdb2gmx搞一下，仔细看所有提示；如果提示不行，就手动保留唯一的

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-10-26 15:02:52

sobereva 发表于 2021-10-26 14:18
pdb2gmx搞一下，仔细看所有提示；如果提示不行，就手动保留唯一的

好的，谢谢老师

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[GROMACS] 求助：pdb文件中一些原子的占有率不为1，会影响GMX的模拟吗？