求助分子动力学模拟计算凝固点

chemistryxrw · 发表于 Post on 2021-10-27 16:02:55

大家好，我尝试用GROMACS跑NPT分子动力学来计算氟代碳酸乙烯酯的凝固点(实验值为230K)。模拟过程从300K开始到180K，间隔是5K，每个温度跑5ns，用上一个温度模拟得到的构象作为下一个温度模拟的初始构象。之前也搜索过论坛的相关帖子，可以通过扩散系数随温度的变化来判定凝固点，但模拟得到的扩散系数变化连续(见下图)，并没有出现阶跃的情况，那这种情况下如何比较准确的得到凝固点？谢谢！

k64_cc · 发表于 Post on 2021-10-27 16:17:27

你要是有凝固相结构，就从凝固相开始升温。体系从无序结构变成有序凝固所需要的弛豫时间可能很长。

chemistryxrw · 发表于 Post on 2021-10-27 16:37:57

k64_cc 发表于 2021-10-27 16:17
你要是有凝固相结构，就从凝固相开始升温。体系从无序结构变成有序凝固所需要的弛豫时间可能很长。

谢谢你的回答。之前也这么想过，但是这个溶剂的凝固点与熔点差别比较大，而且也没有凝固相的结构，那我试试延长下模拟的时间。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-27 20:04:03

chemistryxrw 发表于 2021-10-27 09:37
谢谢你的回答。之前也这么想过，但是这个溶剂的凝固点与熔点差别比较大，而且也没有凝固相的结构，那我试 ...

如果实验上都能看出凝固点与熔点差别很大，那延长模拟时间估计没用。
显然凝固点小于等于熔点，那么如果两者差别很大，就说明这个液体容易过冷，起码可以在过冷状态下保持几十秒到几分钟，只有这样，实验上才会发现降到这个温度时液体仍然不凝固。此时你即便跑到微秒级，甚至烧大钱跑到毫秒级的时间，都是无济于事的。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-28 03:09:18

wzkchem5 发表于 2021-10-27 20:04
如果实验上都能看出凝固点与熔点差别很大，那延长模拟时间估计没用。
显然凝固点小于等于熔点，那么如果 ...

不只是时间尺度，在控温/控压的情况下空间尺度的影响也很大

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