[GROMACS] 求助：gromacs计算氢键自相关函数怎么加快计算速度

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邱美佳

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发表于 Post on 2021-10-29 20:03:20 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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我用gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -ac ac.xvg -b 55000 -e 60000 命令计算体系中水分子和水分子之间的氢键自相关函数，可是计算的速度超级慢，56核的机子算了两个多小时还没结束，体系也就10750个原子。请问这个计算速度是正常的吗？我第一次计算自相关函数，不知道耗时情况。有没有办法让体系计算地快一点呢？

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