ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+...

coolrainbow

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下载ABCluster可直接点击： http://zhjun-sci.com/abcluster
ABCluster教程： http://zhjun-sci.com/abcluster/doc

ABCluster是一款最早发布于2015年的软件，目的是为化学工作者提供最高效、最便捷的搜索原子与分子团簇结构的方式。自推出以来，受到广泛好评，已经被来自大气化学、金属团簇、催化、电化学、环境化学、有机合成、能源材料等多个不同领域的研究人员引用。很多工作发表在了高水平期刊上（如2021年的Science和Proc. Natl. Acad. Sci.）。2021年10月29日，ABCluster发布3.0版本。这是一个极其重要的升级，添加了很多之前没有或者很难实现的功能，其中最重要的两个方面：

• 添加了柔性分子的构象搜索。从此单个分子的构象搜索也可以像多个分子的团簇全局优化一样用ABCluster进行；并且构象搜索和团簇全局优化可以同时进行以操作含有刚性和柔性分子的团簇，实现更加灵活精确的构象搜索。
  
  
• 内置了xTB方法和CHARMM力场计算引擎。这样在进行全局优化和构象搜索时，这个快速的量子化学方法和分子力学方法都不需要另外安装程序，可以由ABCluster自身进行，这又大大简化了软件的操作方法。在Windows和Linux下都已经实现。
  
  
  

尽管ABCluster内部的算法相当复杂，但它对使用者却是十分友好的一个软件：

• 开箱即用。只要解压缩后就可以使用，不需要编译。预编译软件的效率已经足以满足科研级别的要求。
  
  
• 跨平台，使用方便。软件在Windows和Linux下的所有功能和行为完全一致。读者完全可以在Windows下进行学习，再在Linux下进行大型团簇的优化。事实上，即使在Windows下，也可以做很大体系的优化。
  
  
• 教程详细丰富。ABCluster提供了详细的教程，精确到每一步以完成一个真实的全局优化或构象搜索。实际上，读者完全不需要阅读全部教程，只要在目录中寻找与自己感兴趣的体系接近的例子，直接阅读相关的章节，就可以立即用ABCluster从事自己的科研工作。
  
  从ABCluster 3.0起，手册同时提供在线网页版和离线PDF版。推荐大家使用在线网页版，因为排版比PDF要好看一些，也适合在计算机上直接操作，复制代码等。
  
  
  
  
  
• 使用简单。作者将软件的操作简化到了极致。一般来说，读者只需要一两个小时的学习时间，就可以立即进行科研级别的工作。
  
  
• 提供应用编程接口（API）。读者可以灵活使用各种脚本（Python，Shell等）调用ABCluster尚未官方支持的程序如ADF，VASP等。
  
  
  

下面详细列举下ABClsuter的主要功能：

• 寻找各种原子团簇的全局和局部极小点。
  
• 寻找各种分子团簇的全局和局部极小点。
  
• 指定点群生成原子团簇。支持所有的点群。
  
• 寻找配体保护、表面支撑、约束空间下的团簇全局和局部极小点。
  
• 寻找复杂拓扑结构的柔性有机分子的全局和局部稳定构象。包括含有大量可旋转单键的分子：
  
  以及含有大环的分子：
  
• 软件内置了大量经验力场（例如Gupta势、Lennard-Jones势等）、分子力学（CHARMM）和半经验量子化学（xTB）计算引擎。对于大部分场景，ABCluster足以独立计算能量和梯度，不需要第三方软件。
  
  
• 软件提供了Gaussian和CP2K的接口。利用CP2K可以方便地搜索需要周期性量子化学方法优化的团簇：
  
• 提供了灵活的指令调控团簇的结构，如固定某个分子、在某个分子表面分布、形成胶束、分布在某层中等等，都可以非常简单的实现：
  
• 在构象搜索中，可以精确调控柔性，如指定只旋转某些键、只变形某些环等。
  

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flyingchow

把xTB的力场内置了，感觉很厉害的样子。请问支持GFN-FF吗？
还有老师您这个单分子构象搜索的功能能像Sob老师的molclus那样，用xTB跑分子动力学模拟来获得轨迹吗？谢谢。

flyingchow

还有，老师能提供一个dockerfile吗？这样就不用担心环境配置了。谢谢！

flyingchow

flyingchow 发表于 2021-11-2 01:52
还有，老师能提供一个dockerfile吗？这样就不用担心环境配置了。谢谢！

老师,我苯了。直接找一个Ubuntu最新的singularity container，直接就可以跑您的binary文件啦！谢谢

coolrainbow

flyingchow 发表于 2021-11-2 02:08
老师,我苯了。直接找一个Ubuntu最新的singularity container，直接就可以跑您的binary文件啦！谢谢

谢谢你的建议！我会考虑做一些容器类配置，让使用更加方便！

coolrainbow

flyingchow 发表于 2021-11-2 01:45
把xTB的力场内置了，感觉很厉害的样子。请问支持GFN-FF吗？
还有老师您这个单分子构象搜索的功能能像Sob老 ...

GFN-FF还在调试中，这个版本没有。

目前除了xTB外，程序支持了完整的CHARMM力场，用普通的CHARMM参数文件就可以直接计算能量优化结构。

ABCluster用的是自己开发的适合化学体系的ABC算法，与molclus走的是不同的路数。

关于ABCluster构象搜索的原理方法，文章正在撰写中。

aaq2800

不错不错，顶一下

一个用户名

感谢大大！我有两个小建议想反馈一下：
1. windows生成的文本，行末都是"回车符+换行符"，而linux生成的文本行末只有换行符。经过尝试，topgen不能正常读取行末是"回车+换行"的xyz文件，会直接报错
2. topgen生成的xxx-cycles.txt文件名变成了xxx-clcyes.txt，推测是源码里面打错了
希望大大能够优化一下，感谢！

ggdh

哈哈 有生之年居然可以看到3.0 太赞了!!!
单分子的构象也是用的ABC算法? 不知道和其他方法比,有啥特点
比如 crest的iMTD-GC, macromodel的low mode search

coolrainbow

一个用户名 发表于 2021-11-3 20:41
感谢大大！我有两个小建议想反馈一下：
1. windows生成的文本，行末都是"回车符+换行符"，而linux生成的文 ...

感谢反馈！这两个问题已经修复。在3.1中将会发布。
文本的错误可以通过dos2unix 在Linux下解决。

coolrainbow

ggdh 发表于 2021-11-4 09:28
哈哈 有生之年居然可以看到3.0 太赞了!!!
单分子的构象也是用的ABC算法? 不知道和其他方法比,有啥特点
比 ...

这个比较会尝试做一下。不过ABCluster可以调用更多种类的能量计算引擎，还能把构象搜索和团簇优化一起进行，这是crest之类不能做的

这个甚至比packmol还好用些，要是生成长链分子的溶剂盒子，packmol所有的分子构象都是一样的，但是用ABCluster生成的话，同种分子可以有不同的随机构象。
另外ABCluster可以指定冻结特定的键或者环，crest似乎没有这个功能

ggdh

coolrainbow 发表于 2021-11-4 22:57
这个比较会尝试做一下。不过ABCluster可以调用更多种类的能量计算引擎，还能把构象搜索和团簇优化一起进 ...

这个可以完全代替packmol么？可以支持到多大的体系啊？

wei

很强大的软件。1.能不能提供一个不依赖于高版本gcc的编译版本？2.crest做团簇搜索时，我怎么感觉它的单分子不是rigid的？

coolrainbow

ggdh 发表于 2021-11-5 13:45
这个可以完全代替packmol么？可以支持到多大的体系啊？

搜索几千个分子是没问题的。

妙角不脆

老师您好，请问您个问题。我这边运行我们textfile里面的inp文件时，并不像您示例一般简洁的给出一个总的out文件，而是每个结构的out文件也在其中。请问有办法只显示整体的out文件而不显示每个结构的out文件么？