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[GROMACS] 求助:计算溶剂化自由能

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最近在复现一篇文献的溶剂化自由能计算结果。文献中的计算结果如下图所示:
其中溶质是水,溶剂是癸酸的自由能计算,我理解是创建一个癸酸盒子,放一个水分子进去进行计算。那么:

1.溶质是水,溶剂也是水的自由能计算,计算模型该怎么构建呢?
2.溶质是水,溶剂是癸酸(包含4%水)的自由能计算,计算模型该怎么构建呢?

希望得到各位前辈的解答,谢谢!

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发表于 Post on 2021-11-3 22:55:19 | 只看该作者 Only view this author
模型什么样看文章原文,或者多看一些TI、FEP计算溶解自由能的文章便知

分清楚自由能和溶解自由能,绝对不要混用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-4 11:17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-3 22:55
模型什么样看文章原文,或者多看一些TI、FEP计算溶解自由能的文章便知

分清楚自由能和溶解自由能,绝对 ...

社长,原文对这个模型没有很清楚的表述,我按自己理解做的,只是确实没理解溶质和溶剂都是水应该怎么设置。。。。
我是算溶解自由能,应该是没有搞错的。
谢谢社长指导!

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发表于 Post on 2021-11-4 14:17:40 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2021-11-4 11:17
社长,原文对这个模型没有很清楚的表述,我按自己理解做的,只是确实没理解溶质和溶剂都是水应该怎么设置 ...

明明都是一样的计算方式
A在B中会算,B在B中就不会算?明显不可能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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