求助cp2k计算过剩电子的回旋半径和VDE

dhdhdh · 发表于 Post on 2021-11-10 10:34:06

请教大家，cp2k中利用什么样的命令或者脚本，来提取一个体系中过剩电子回旋半径、VDE随时间的变化呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-11 04:46:19

没有特殊限定下，不要直接用VDE这种可能导致歧义的缩写
说明当前体系是什么特征，过剩电子是怎么来的、怎么衡量

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-1-29 19:25:15

本帖最后由 Lyy1 于 2023-1-29 22:38 编辑

sobereva 发表于 2021-11-11 04:46
没有特殊限定下，不要直接用VDE这种可能导致歧义的缩写
说明当前体系是什么特征，过剩电子是怎么来的、怎 ...

老师您好，我的体系是一个碳笼封装原子后，垂直注入1或2个电子探究电子对原子的影响。想做出类似下面的这种图。所以请问下老师：cp2k用什么命令可以计算VDE、Rg呢？还是只能提取出每个点用高斯逐点计算呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-29 22:01:47

Lyy1 发表于 2023-1-29 19:25
老师您好，我的体系是一个碳笼封装原子后，垂直注入1或2个电子探究电子对原子的影响。想做出类似下面的这 ...

没看见图

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-1-29 22:03:44

sobereva 发表于 2023-1-29 22:01
没看见图

老师现在上传成功了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-30 12:20:48

VDE/VAE就是不同的态能量求差的简单问题，用CP2K算还是Gaussian等量化程序算都行，后者更好。用CP2K算的话必须记得当非周期性体系算静电作用

回转半径用Multiwfn算，通常可以通过自旋密度描述过量电子的分布。Multiwfn载入CP2K的molden文件，进主功能200的子功能11，选3把函数选成自旋密度，然后选2计算函数中心位置，再选1计算描述函数分布的量，其中就有回转半径

CP2K做动力学过程中可以要求一定帧数输出一次molden文件，结合下文写的方式自己弄个脚本做批处理就完了
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-30 22:01:53

专门写了篇文章
使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
http://sobereva.com/658（http://bbs.keinsci.com/thread-34812-1-1.html）

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-2-3 21:34:03

sobereva 发表于 2023-1-30 22:01
专门写了篇文章
使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径
http://sobereva.com/6 ...

老师您好，我仿照您发的这个帖子用cp2k的molden文件和轨道的cube文件分别计算了回旋半径，其中用cube时也把iuserfunc设置为-1了。按着帖子中“基于轨道概率密度计算过剩电子回转半径的例子”进行计算时发现二者计算出的半径不一样，cube文件算出的是4.9埃左右，而Molden文件是9.0埃左右。请问老师应该以cube文件还是Molden文件哪个为准呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-4 05:30:58

Lyy1 发表于 2023-2-3 21:34
老师您好，我仿照您发的这个帖子用cp2k的molden文件和轨道的cube文件分别计算了回旋半径，其中用cube时也 ...

上传压缩后的具体文件，超过5MB传网盘

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-2-4 10:15:16

sobereva 发表于 2023-2-4 05:30
上传压缩后的具体文件，超过5MB传网盘

老师您看一下
链接：https://pan.baidu.com/s/1PpNvpRkFQBqOlrP9mKFcxw?pwd=iqfp
提取码：iqfp
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sobereva · 发表于 Post on 2023-2-6 01:41:23

Lyy1 发表于 2023-2-4 10:15
老师您看一下
链接：https://pan.baidu.com/s/1PpNvpRkFQBqOlrP9mKFcxw?pwd=iqfp
提取码：iqfp

说明两个计算的完整操作步骤，体现每一条输入的命令。
并且描述具体你传的cube文件是怎么产生的，具体对应什么函数的格点数据

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-2-6 11:15:06

sobereva 发表于 2023-2-6 01:41
说明两个计算的完整操作步骤，体现每一条输入的命令。
并且描述具体你传的cube文件是怎么产生的，具体对 ...

1.都是启动Multiwfn，输入
6 //修改波函数
26 //修改轨道占据数
0 //选择所有轨道
0 //占据数设为0
332 //alpha-HOMO轨道的序号（进入Multiwfn主功能0的时候在文本窗口就会告诉你HOMO的序号）
1 //电子数设为1。此时总电子密度就正好对应于alpha-HOMO的概率密度了
q //返回
-1 //回到主菜单
200 //主功能200
11 //计算函数中心、一阶、二阶矩和回转半径
2 //计算函数中心。默认的函数就是总电子密度
y //将算出来的中心坐标作为后续计算的参考中心
1 //计算各种量
2.cube文件是cp2k计算时输出的homo轨道的cube

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-7 01:59:55

Lyy1 发表于 2023-2-6 11:15
1.都是启动Multiwfn，输入
6 //修改波函数
26 //修改轨道占据数

你传了4个文件，哪个是什么都注明清楚
cub文件没法给Multiwfn提供波函数信息，用cub文件当输入文件时按1的做法毫无意义，仔细看下文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

xmn · 发表于 Post on 2024-1-6 11:56:58

sobereva 发表于 2023-2-7 01:59
你传了4个文件，哪个是什么都注明清楚
cub文件没法给Multiwfn提供波函数信息，用cub文件当输入文件时按1 ...

老师好，像CP2K输出了spin.cube文件，没有设置输出molden文件，我之间按照图上方法计算了水合电子的回旋半径，计算结果是8.4埃，与文献中数值不符，cube文件和multiwfn计算的输出文件我上传到网盘了，麻烦老师帮忙看一下。
链接：https://pan.baidu.com/s/166_jx0K1CsLfLl7TbY8qyA
提取码：1234

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-6 18:15:32

xmn 发表于 2024-1-6 11:56
老师好，像CP2K输出了spin.cube文件，没有设置输出molden文件，我之间按照图上方法计算了水合电子的回旋 ...

你这个是周期性体系，前面的讨论都是孤立体系
multiwfn的这个功能目前不支持周期性体系。Multiwfn明确支持周期性的分析功能看相应版本手册2.9.2.2和2.9.3节。

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