计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3906|回复 Reply: 13

[计算机购买] 2021双十一MD工作站配置推荐

[复制链接 Copy URL]

316

帖子

4

威望

2047

eV
积分
2443

Level 5 (御坂)

小屁孩

发表于 Post on 2021-11-10 15:56:29 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-11-10 23:27 编辑

今晚8点双十一活动就开始了,这里推荐两套用于MD模拟的工作站配置,其中1号配置几乎是目前跑大体系MD模拟任务和量化任务最快的消费级平台。(线程撕裂者是准专业级,排除了)
配置单里写的购买渠道都是非常稳妥的,开发票非常方便,完全适用于公费采购。如果是个人购买,在有售后保障的前提下可以去更便宜的渠道,CPU可以买散片。
配置单中两张显卡都需要抢,按以往规律,今晚大概率是秒无,但之后一段时间又会时不时有货几秒,有耐心的同志可以花点时间疯狂刷新,找到机会立刻下单,鄙人之前就是用这种办法抢到了许多许多耍猴产品,包括但不限于Nvidia显卡、小米平板触控笔。如果实在抢不到,可以找找JD自营的其他品牌,看有没有价格合适的非丐卡,也可以去桃饱买,价格和JD自营相差不大,但不含税,要开票得加税点。需要注意的是,如果去桃饱买显卡,也请尽量选择配置单中推荐的,再不济也要选个人送保方便的品牌,例如七彩虹、影驰、铭瑄。
AMD Ryzen平台相较于intel Core平台有一个优势——支持ECC-UDIMM内存,所以这里只推荐AMD Ryzen CPU。需要注意:Ryzen APU不支持ECC内存,另外有一些主板也不支持ECC内存,这里推荐的都是华擎主板,因为华擎X570主板全系支持ECC内存。
1号配置中主板和显卡都选了用料很扎实的旗舰/次旗舰产品,主要是考虑到平台功耗高、发热大,长期满载的情况下丐版用料容易出问题。不建议自行改为丐版显卡和主板。1号配置的SSD选了当前性价比最高的PCIe4.0 SSD,浦科特M10P,这块硬盘综合性能比三星980Pro和西部数据SN850都强,在消费级产品中仅次于奇贵无比的希捷酷玩530。浦科特一直以来都采用东芝原厂NAND闪存颗粒,产品性价比也都很不错,但由于其不善营销,故在大众市场不知名。
内存和机械硬盘的购买渠道只标了桃饱,具体什么店铺就不说了,免得有广告嫌疑,诸位自己去找开店时间久、评价靠谱的店铺就行。机械硬盘要认准有西部数据零售代理资格的店铺。
散热器和机箱风扇都推荐了利民的高端产品,FC140和TL-C14X在B站上都有评测,性能都是顶级,性价比也非常高。先马朱雀机箱出厂预装了前面板的3把风扇,上侧和后侧一共3个14cm风扇位,2号配置中只给了1把14cm风扇,应该装到后侧。如果觉得机箱风扇一百多元一把买不起,也可以另找便宜的工业扇,缺点就是噪音奇大。
1号配置在Ubuntu 20.04环境使用Gromacs 2020.6跑20万原子体系,rvdw=1.4的情况下,速度是XEON W-2145 & RTX 2060的3倍、XEON Gold 5220 & RTX 2060的2.5倍;2号配置分别为2倍、1.8倍。
Gromacs在使用GPU加速的情况下,对CPU性能仍有一定要求,特别是在使用浮点性能非常强的Ampere架构中高端GPU的情况下,对CPU要求很高。1号配置使用了Zen3架构16核心全核满载4.5GHz的5950X,但在跑100万原子的巨大体系时仍然显示出明显的CPU瓶颈,对于小几十万原子的体系,CPU瓶颈不太明显,mdrun时设置-nt 32即可。
如果你使用的是Amber、NAMD v3等在调用GPU加速后对CPU需求不高的MD程序,同时预算很吃紧,也可以把CPU降为5800X,其中1号配置的主板和内存改成和2号一样的。预算不吃紧就不用降了,CPU性能强不会吃亏,可以用来跑跑量化,毕竟做MD研究的过程中多少会涉及一些量化任务。超频Tips: 配置单中的2张显卡都可以按下挡板上的“一键超频”按钮来拉升频率和功耗墙,是原厂调好的方案,很稳定,建议日常按下;AMD Ryzen CPU的平台,应该去主板BIOS打开PBO选项,性能有大幅提升,也很稳定。进阶的超频,玩玩就好,不建议日常使用,除非你能确认核心体质非常好。
202111101528245193..png




- 向着虚无前进 -

16

帖子

0

威望

167

eV
积分
183

Level 3 能力者

发表于 Post on 2021-11-10 22:52:14 | 显示全部楼层 Show all
一定要用ECC内存吗?

316

帖子

4

威望

2047

eV
积分
2443

Level 5 (御坂)

小屁孩

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-10 23:24:13 | 显示全部楼层 Show all
OIrH 发表于 2021-11-10 22:52
一定要用ECC内存吗?

ECC内存可以显著降低长时间计算出错的概率,很有必要用。我好兄弟用来打游戏兼顾ML炼丹的PC都用了ECC内存
- 向着虚无前进 -

51

帖子

0

威望

1170

eV
积分
1221

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-9-29 19:08:44 | 显示全部楼层 Show all
请问2022年9月底,4090出了,可以推荐一个gromacs的新配置么?4卡或者8卡的平台是不是不太适合跑gromacs,因为对于cpu的需求比较高,谢谢。

316

帖子

4

威望

2047

eV
积分
2443

Level 5 (御坂)

小屁孩

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-29 19:59:11 | 显示全部楼层 Show all
amani73986 发表于 2022-9-29 19:08
请问2022年9月底,4090出了,可以推荐一个gromacs的新配置么?4卡或者8卡的平台是不是不太适合跑gromacs, ...

等评测全部出了,最好是有人拿到硬件测试过GMX再说吧,都不知道4090用什么CPU带合适。7950X能发挥4090多少性能也不知道,而且7950X目前看来在游戏PC和其他非科学计算用途上弱于13900K,售价还更贵,估计马上就该破发了。

跑GMX的机子不推荐1块CPU带1块以上GPU,可以看看我5月发的测试。
- 向着虚无前进 -

21

帖子

0

威望

355

eV
积分
376

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-9-29 20:16:33 | 显示全部楼层 Show all
双十一 可以推荐一个gromacs的新配置么,2万左右

51

帖子

0

威望

1170

eV
积分
1221

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-9-29 21:21:10 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 amani73986 于 2022-9-29 21:23 编辑
Entropy.S.I 发表于 2022-9-29 19:59
等评测全部出了,最好是有人拿到硬件测试过GMX再说吧,都不知道4090用什么CPU带合适。7950X能发挥4090多 ...

您好,谢谢回复,我看了您的五月份的帖子,了解gmx不太适合多卡并行的情况。

我这边的实际使用需求是想这个gpu的节点除了跑gromacs计算以后还需要跑一些机器学习势函数的计算任务(底层是pytorch或者tf写的神经网络),另外由于程序兼容性,所以还会跑一些lampps的任务(调用机器学习力场)。这种情况上,一个四卡或者8卡的节点,希望能同时跑多个任务(非多卡并行同一个任务)。
请问这样的情况下,普通的双路节点比如cpu是两颗8175M,这种情况,是不是完全没办法满足多卡多任务的需求。

实际测试一个gromacs任务,一张3080,搭配4/8/12/16 cores,跑出的性能在16-13min,看上去是cpu核心越多,速度越快。基于这个情况,哪怕弄了4/8卡的节点,好像也没办法高性能的跑起来所有显卡...

316

帖子

4

威望

2047

eV
积分
2443

Level 5 (御坂)

小屁孩

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-29 23:04:23 | 显示全部楼层 Show all
amani73986 发表于 2022-9-29 21:21
您好,谢谢回复,我看了您的五月份的帖子,了解gmx不太适合多卡并行的情况。

我这边的实际使用需求是 ...

跑ML也没必要用多卡,没NVLink的情况下没法使用双卡跑1个任务。在当前NVIDIA把消费级乃至专业级图形卡的NVLink全部取消的情况下,最推荐的方案是多装几台单路单卡的顶配游戏PC,最好用10G局域网,方便传输数据。

ML对CPU的需求只有单核性能,而GMX需要比较强的CPU综合性能,目前看来7950X+4090或许是较好的选择。

一定要搞多卡,应当让GMX机器和ML机器分开,比如1台单路7950X+1*4090专跑MD、1台2*8175M+2*4090专跑ML,在某一台跑它专属的任务不够用时可以借另一台做暂时的补充。如果多卡机器用4*4090,必须使用双电源,更多4090就不推荐了。

最后还是要重复一遍,多卡目前是不推荐的。
- 向着虚无前进 -

51

帖子

0

威望

1170

eV
积分
1221

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-9-30 12:27:31 | 显示全部楼层 Show all
Entropy.S.I 发表于 2022-9-29 23:04
跑ML也没必要用多卡,没NVLink的情况下没法使用双卡跑1个任务。在当前NVIDIA把消费级乃至专业级图形卡的N ...

谢谢解释,刚好在超算有多卡的节点,我来实际测试下。

11

帖子

0

威望

276

eV
积分
287

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-10-19 18:22:53 | 显示全部楼层 Show all
今年双十一有推荐的配置嘛 受限于设备好多天了 想剁手组一台。。。。。。

21

帖子

0

威望

355

eV
积分
376

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-10-19 22:19:24 | 显示全部楼层 Show all
Reman 发表于 2022-10-19 18:22
今年双十一有推荐的配置嘛 受限于设备好多天了 想剁手组一台。。。。。。

+1

21

帖子

0

威望

355

eV
积分
376

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-10-21 21:54:55 | 显示全部楼层 Show all
什么时候更新今年双十一装机配置

316

帖子

4

威望

2047

eV
积分
2443

Level 5 (御坂)

小屁孩

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-2 16:22:27 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-11-2 18:24 编辑
xptracy 发表于 2022-10-21 21:54
什么时候更新今年双十一装机配置

价格和货量都极不理想,这个双十一不再推荐配置,同时建议不要急于装机。可以先看看新发的4090评测

-----------------------------------


update:打脸了,配置推荐已发  

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
Reman + 4 谢谢分享!

查看全部评分 View all ratings

- 向着虚无前进 -

21

帖子

0

威望

355

eV
积分
376

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-11-2 19:26:10 | 显示全部楼层 Show all
Entropy.S.I 发表于 2022-11-2 16:22
价格和货量都极不理想,这个双十一不再推荐配置,同时建议不要急于装机。可以先看看新发的4090评测

-- ...

哈哈 谢谢 优秀

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-7 03:40 , Processed in 0.373942 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list