公社群聊Q&A整理： 2016.01.24 18 ~ 2016.01.28 19

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-1-29 00:26:41

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2016.01.24 18:54:17
Q:
IRC路径分析的时候可以同时计算频率吗？
A:
不
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2016.01.24 19:03:21
Q:
老师计算反铁磁的时候用guess=mix,在scf中要不要加关键词nosymm
A:
不是scf中，nosymm本身就是独立的关键词。加这个
Q:
老师，我用了guess=mix之后，那要不要管对称性的问题
A:
两码事
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2016.01.24 22:53:42
Q:
sob老师，我计算[图片]这样一个阳离子的表面静电势情况用multiwfn计算，发现采用M062x/6-311+G**和采用M062x/may-cc-pvtz计算的结果不一致，采用M062x/6-311+G**计算极小值出现负值，M062x/may-cc-pvtz没有出现负值。不知道该用哪个了，希望老师指教
A:
用may-cc-pVTZ的结果，基组更大，原理上更准
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2016.01.24 22:53:42
Q:
请问各位，用SCF=noincfock关键字计算是不是很慢？谢谢
A:
会慢不少
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2016.01.24 22:53:42
Q:
那cpcm的Gsolv怎么算？
好像g09和g03不一样。。。。
A:
用CPCM的单点合和气相单点能量之差
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2016.01.24 22:53:42
Q:
跟老师请教一下算MECP时输入文件的force也是力常数吗此外我觉得输入文件像是单点的输入为什么最后找得的结构跟刚开始输入的不一样
A:
force是力不是力常数
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2016.01.24 23:00:09
Q:
单点能之差？那不就是和smd 一样了？
A:
是的
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2016.01.25 08:06:04
Q:
大家好，我现在有一个金属Pd和配体的络合物单晶，测出了结构。想用gaussian通过优化计算结构，但发现计算的结构和单晶结构的键长差距比较大啊。请问该如何做优化比较合适？
A:
你先说一下你现在用的计算级别
一般B3LYP或BP86结合Lanl2TZ+6-311G**就不错
Q:
我就是B3LYP结合Lanl2TZ+6-311G**的，有时候程序还会报错，把分子结构显示的乱七八糟。这是我初始位置选的不合理吗？那么该如何选择初始位置呢？
A:
看具体报错
初始结构凭化学直觉构建
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2016.01.25 08:07:22
Q:
我也经常这样，用的HSE06，金属lanl2dz，其他6-31+gd，配位键总是长6%以上，求教
A:
对配合物不建议用HSE06，那个是给固体计算用的（主要是固体能带、电子-空穴binding energy等问题比GGA泛函有优势），耗时比一般泛函高不少。
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2016.01.25 09:22:52
Q:
PBEDH-P 双杂化泛函高斯里是有吗？
A:
没有
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2016.01.25 09:46:46
Q:
老师们好，我计算的体系包括CHO三种元素，涉及到的原子数最大为38个，采用了m062x/6-31+g(d,p)优化，之后选取了ccsd(T）/6-31+g(d,p）进行单点能计算，并进行T1检验，但是这个实在是太慢了，在机群8核算了两天了还没算完。参考了一下群里的聊天记录现在选取m062x/6-311+g(2df,2p)计算单点，不知道选取是否妥当。文献上对于类似体系（原子数少一点）比较常见的是m062x/aug-cc-pvtz优化，ccsd(t)/aug-cc-pvtz单点计算，做过实验（主要进行了优化）也比较慢，麻烦老师们给点建议，谢谢了
A:
ccsd(T）/6-31+g(d,p）简直是搞笑
Q:
没必要用ccsdt算单点能
高方法居然配着低基组
不是，我敲错了用的ccsd(t)/6-311+g(d,p)
A:
应当用M062X/6-311G**优化，双杂化泛函/cc-pVTZ算单点
如果涉及到弱相互作用，双杂化泛函用may-cc-pVTZ或jun-cc-pVTZ算单点
6-311+g(d,p)这种缺乏高角动量函数的基组根本不能给高级后HF方法用
CCSD(T)起步是cc-pVTZ
Q:
哦，知道了，谢谢老师，但是我这个计算速度太慢了。按照您的意思m062x/6-31+g(d,p)优化也不太合适是么？
A:
6-31+g(d,p)耗时比6-311G**要高，结果还不如它
38个原子不用DLPNO技术别指望能用CCSD(T)结合像样的基组算
Q:
sob老师你好，要精确计算过渡态的能量，请问用什么方法好（很小的分子的反应）？
A:
CCSD(T)/cc-pVTZ或外推至CBS
如果静态相关强用CASPT2或更精准的MRCI结合上述基组
Q:
sob老师，he老师，我想问下为什么要算单点，我算260左右的原子优化用orca blyp-d3 GCP(DFT/SVP) def2-svp def2-svp [表情]优化的，如果要算单点采用什么比较好点
A:
改成def2-TZVP即可
Q:
请问G09用ccsd(t)算l114出错
输出： ** ERROR IN INITNF. NUMBER OF VARIABLES ( 0) **
** INCORRECT (SHOULD BE BETWEEN 1 AND 50) 是什么原因呢？
A:
[图片]
Q:
谢谢sob老师，我就优化个小分子，那我只能用内坐标，然后在内坐标里指明需要优化的角度和坐标，是吧？然后下面给定初始值
A:
y
优化甭用CCSD(T)
Q:
恩，好，看着这么写也挺复杂的
A:
真要高精度优化CCSD也足够了
双杂化泛函优化质量已经足够了
Q:
哦，ccsd优化的时候是不是就不用这些设置了
A:
y
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2016.01.25 10:01:50
Q:
用CPU来跑amber,完全不可忍受。这可能是amber没有namd gromacs这些MD程序那么流行的原因了。
我觉得amber收费是关键
钱不多呀
cpu跑的话和gromacs差多少？
A:
原因：收费+慢+不够灵活
Q:
[表情]说得好
A:
轨迹也比gmx的xtc格式大很多
Q:
gromacs相比lammps有什么优势，
10倍以上
但是，amber有一个出类拔萃的长处，就是支持QMMM模型。
研究酶机理的同学，不得不选它。
A:
amber支持一些高级的东西，能直接用省得折腾，诸如antechamber、constant PH、MMPBSA、LES等等
另外好处是教程很全面系统，容易入门
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2016.01.25 10:07:13
Q:
请教各位老师，我使用SCF=Fermi关键字，是不是不能和noincfock,novaracc等关键字一起用？谢谢。
A:
不冲突
Q:
好的，谢谢老师
各位老师，使用Integral=(Acc2E=11or12)对收敛有帮助吗
A:
无
Q:
我看了Sobereva老师关于解决不收敛问题的文章，想请问老师，在使用scf=qc关键字时，还需要用哪个关键字了？
A:
不需要其它的
不要优先用qc
Q:
[图片]老师，这种关键字可以和noincfock,novaracc等关键字一起用吗
A:
可。
解决几何优化不收敛和解决SCF不收敛的关键词不冲突
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2016.01.25 11:14:29
Q:
大家好请教一下:用多功能波函数分析基态S0到S1跃迁后的电子密度差图，看教程是需要S1和S0的波函数，wfn文件，这里能直接用优化S0和S1的构型时产生的fchk文件吗，S0用b3lyp S1 TD-b3lyp
A:
看具体报错
不能直接用fchk文件
Q:
S1的波函数怎样获得才比较准确呢
A:
用out=wfn
同时写上density关键词
此文有例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.01.25 11:18:26
Q:
[图片]
我报错后显示这个结构，第二个金属和硝酸根间键断了
Error in internal coordinate system.
A:
优化时用opt=cartesian可避免报错
不要管什么键断不断，那是gv凭距离确定的。实际不是那样的结构优化完了自然变形
Q:
opt=cartesian
A:
PS：顺带一提，最近发现用GDIIS时候cartesian关键词会失效，依然在冗余内坐标下进行
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2016.01.25 11:20:46
Q:
老师 S1结构没出来还有办法分析没能不能分析垂直激发的S0和S1的电子密度差
A:
本来密度差就只能绘制垂直过程的密度变化
两个wfn文件结构必须一样
Q:
一个结构可以生成S0和s1的波函数吗
A:
可
Q:
直接用S0优化好的结构吗
A:
y
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2016.01.25 12:14:04
Q:
请教老师，高斯计算中加不加这两个关键词对单点能和激发态能量有影响吗？ guess=(mix,save) geom=connectivity
A:
geom=connectivity无影响
guess看具体情况
不懂的关键词一律不要乱加
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2016.01.25 14:57:25
Q:
sob老师，我做优化时候用的是pbe赝势（Ag+C,N），在做单点能计算用的是LAN2DZ（Ag）和6-31G（C,N）势能，这会不会是造成分析轨道成分时候出现大于100%的原因？
A:
没直接关系
Q:
[图片]
那我之前算出这样的轨道相互作用中，金属团簇的作用要好几千，这样的话Frag 2的轨道成分比例可信么？可以放在文章里讨论么
A:
出现几千就没法讨论了
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2016.01.25 15:03:57
Q:
请教sob老师，有没有办法绘制分子某处电子云随电场强度的变化的动画？
A:
自己写脚本，结合Multiwfn，得到每种强度下的图，然后合并成动画
下文能提供一些思路
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86
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2016.01.25 15:06:02
Q:
我该如何改善好呢？
我的构型是用pwscf优化的，为了讨论我用高斯做了单点能计算，文件如下
[图片]
分别计算复合物，片段的单点能文件，然后用Multiwfn分析
可不可以请老师提些我可以在哪些地方做些改善的建议？
A:
conver=4太低了
Q:
谢谢树哥，可是conver设到6就没法收敛，
A:
conver=4是绝对不能接受的
找别的办法解决不收敛
Q:
优化时可以用scf=(nodiis,fermi)试一下，我有一个体系就是这样解决的。
试过多种方法解决收敛，计算是在加弥散函数时进行优化，其中就scf=(nodiis,fermi)或scf=(xqc,conver=6)能运行成功。
弥散部分我可以加上，之前为了看看效果，才简单设置的
A:
加了弥散更难收敛，还慢得吐血
A:
都属于碰巧，没什么必然性
带弥散函数碰见不收敛优先加上novaracc
scf=(nodiis,fermi)不影响收敛的波函数的精度，conver=6会影响，但对于偶极矩计算目的影响不大
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2016.01.25 15:30:38
Q:
各位能否推荐个计算能力较强的笔记本电脑 7千-15000之间的
A:
微星PE70 2QE-049XCN
Q:
Sob老师，能否多推荐几款，那个价格区间或者超出一点的都行
微星PE70 2QE-049XCN这款的频率是2.6G的感觉计算的不会很快啊
A:
没什么好推荐的，更贵的都是人傻钱多速来那种
笔记本CPU哪能跟台式机比
TB最高上能到3.4
TB最高能上到3.4
Q:
TB是指台式机吗
A:
turbo boost
笔记本四核CPU到头才3.1（XEON-E3 1500M系列除外）
Q:
Sob老师，能否推荐一下XEON-E3 1500M系列和turbo boost的笔记本电脑
A:
intel四核U基本都支持turbo boost技术
联想有1500M的，jd上搜搜
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2016.01.25 15:32:54
Q:
请教sob老师，在gaussian中加电场时，所加的方向与分子初始的朝向有关吗？是不是电场的方向就是根据分子中原子的坐标XYZ来确定指向的？
A:
y
Q:
那么在优化的过程中，分子的朝向发生变化，电场的方向是不是不随分子朝向的变化而变化？
A:
y
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2016.01.25 15:42:42
Q:
请问大家我做了基态和激发态的电子密度差图把数据导出来之后用什么作图软件比较方便作图啊
A:
VMD
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2016.01.25 16:08:06
Q:
老师，计算Fukui函数预测反应位点，得到下图，实验中C8的反应活性高于C10，我们目前理论得到的图，是否已经可以说明了？
[图片]
A:
对
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2016.01.25 16:18:02
Q:
各位老师请问一个分子先不加溶剂化优化出来的能量Evac，与加上溶剂化后优化出的能量Esol，这两个能量不一样，是否能理解为能量低的那种是比较稳定的状态呢
A:
没有可比性
如果你是指溶剂下和真空下哪个稳定，Esol比Evac低可以说溶剂下更稳定
Q:
谢谢sob老师
那么如果A物质的Esol与Evac之间的差值大于B物质的Esol和Evac之间的差值，能否理解为B物质更容易在溶剂中发生溶剂化作用
A:
可
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2015.10.14 14:48:31
Q:
请问G09的tddft是否支持二阶解析导数？
A:
否
下个大版本有望支持，现在仅有Q-Chem支持
Q:
好的谢谢sob老师，那如果计算(ˇˍˇ) 想像苯环大小的化合物的S1激发态频率的话，用tddft和CIS哪个更好一些呢？
A:
这种体系TDDFT算频率还是算得动的
Q:
但是算频率用6-311++g**这种基组还是很慢的
A:
6-31G*算频率就够了
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2015.10.14 14:57:34
Q:
[图片]老师，轨道能量为什么会有两列呢？比如[图片]这两列分别代表什么呢？
A:
两种单位啊，屏幕都有提示
Q:
老师，第一列是原子量单位，第二列才是电子伏单位，是这样吗？
[图片]老师，这种轨道能级图，软件可以直接做吗？
我知道用origin作可以，就是想软件有没有强大的功能直接做出来，没有就只用origin做吧，就是有点麻烦，谢谢啦
A:
origin几分钟就能做出来啊
折腾其它程序的时候origin都已经做出来了
Q:
这个能级图，origin几分钟就做出来了？/惊恐
我以前都是把能级的能量换算成eV,然后origin，然后再添加自旋电子，听麻烦的，难道还有什么好办法
A:
就是做个散点图，然后标上小箭头就完了，很快的事
Q:
能量换算可以用Excel或Origin的函数功能。这个也很快。
做散点图的时候把点用横线表示
A:
用Multiwfn直接就显示了eV为能量的数值，你从屏幕上拉个框，一拷就完了
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2015.10.14 15:30:19
Q:
吡咯烷和哌啶谁的给电子能力强看网上的资料说法不同一求各位指点谢谢[Emoticon]
A:
自己算算，比较片段电荷大小就知道
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2015.10.14 15:33:41
Q:
Is there a quantum chemistry package which calculates a second-order wavefunction?
A:
"second-order wavefunction"不够确切
Q:
I am trying to generate a change in density which corresponds to a second-order wave-function in standard Rayleigh-Schrodinger perturbation theory. I would like to try out a simple test on an atomic dimer. However, I am not sure if such a method is implemented in any of the standard quantum chemistry software packages.
A:
如果你是指MP2密度，高斯就行
----------------------------------------------------
2015.10.14 15:39:51
Q:
老师您好我想问一下，aim分析中能利用能量密度H大小来比较共价性强弱吗
A:
[图片]
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2015.10.14 15:40:12
Q:
请问VMD可以做电子密度等值面么
A:
得先用Multiwfn产生电子密度cube文件
Q:
已经用Multiwfn 产生电子密度cube 文件，但是vmd里面还是画不出来
A:
play
按这文章，搞会了怎么在VMD显示分子轨道等值面，就自然会显示电子密度等值面了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
好的
2015-10-14 15:44:50
[图片] 删除群动态15:44:49
好的
电子密度能做出这种效果么[图片]
A:
能
增加个representation，设成slice显示方式就行了
Q:
我是按照这个帖子的方法做的，ELF发现做出来了
但是电子密度就没做出来
[图片]增加这个对么
A:
y
coloring method设volume
----------------------------------------------------
2015.10.14 15:52:23
Q:
老师您好，请教一个问题，我用：1、castep优化出周期性晶体的结构，2、用gaussian计算单点能的方法获取波函数、3、然后使用multiwfn进行系列分析。这样的做法可取吗？谢谢老师
A:
可
----------------------------------------------------
2015.10.14 16:10:51
Q:
SOB老师，B3LYP适不适合算氢键呀网上说有的说算氢键不准确有的说算强氢键比较好
A:
字号用小点
定性正确，定量不准
详见此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
B3LYP配合6-311+G**基组，算小体系强氢键合理吗？或者建议用什么方法跟基组，谢谢。
我的是中性体系
哦，结构能量以及过渡态
那中性最好用什么呢
A:
怎么就不看我的博文呢！
回复问题时总有种情况，贴了博文，博文里写得都很清楚，但是还没看就又来问
Q:
看了看了之前也专门看过说有误差以及来源，可是我还是不知道用什么好。。。因为还是具体情况具体对待嘛[表情]
A:
博文里把适合的级别都列举得很清楚
仔细看了不可能还会用B3LYP而不用B3LYP-D3
Q:
请问，我想加D3，这个命令行对不对这样写# opt b3lyp/6-31+g(d,p) EmpiricalDispersion=GD3
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2015.10.14 16:11:25
Q:
请教一个问题：
在计算荧光时，按高斯09给的例子，（为了计算发射光谱的形状，）如果在第一步的过程中加入命令Freq=(ReadFC,FC,Emission,ReadFCHT) ，则会出现Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l718.exe错误。请问可能哪个地方出问题了？谢谢！
Information on the Simulation
==================================================
Type of Spectroscopy: ONE-PHOTON EMISSION
Model applied to the transition: ADIABATIC HESSIAN
Approx. of the electronic transition dipole moment: FC
Temperature effect are not taken into account.
==================================================
Treatment of Input Data
==================================================
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l718.exe at Wed Oct 14 16:07:48 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 26 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 1
请教一个问题：
在计算荧光时，按高斯09给的例子，（为了计算发射光谱的形状，）如果在第一步的过程中加入命令Freq=(ReadFC,FC,Emission,ReadFCHT) ，则会出现Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l718.exe错误。请问可能哪个地方出问题了？谢谢！
Information on the Simulation
==================================================
Type of Spectroscopy: ONE-PHOTON EMISSION
Model applied to the transition: ADIABATIC HESSIAN
Approx. of the electronic transition dipole moment: FC
Temperature effect are not taken into account.
==================================================
Treatment of Input Data
==================================================
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l718.exe at Wed Oct 14 16:07:48 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 26 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 1
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
----------------------------------------------------
2015.10.14 16:11:45
Q:
老师好，这些数值的单位名称是啥[图片]
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2016.01.25 16:39:43
Q:
请问老师有没有帖子详细介绍了NBO和NAO推导过程及异同点的？谢谢~类似于这个的详细版[图片]
A:
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2016.01.25 16:51:25
Q:
老师，有没有详细的NTOs介绍
A:
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Q:
谢谢老师
A:
更多讨论看NTO原文
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2016.01.25 16:54:47
Q:
老师我用多功能波函数输出的S0和S1电子密度差的数据output.txt怎么才能弄到vmd里面啊
A:
VMD绘制的是密度差的cube文件，output.txt不行
多功能波函数要写multiwfn
cube文件在VMD里显示成等值面的过程参考此文
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.01.25 17:04:04
Q:
请教各位老师个问题，在分子动力学模拟中选取了力场，是不是就是说吧各个子项如非键结势能的函数也选的了
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.25 18:39:12
Q:
[图片]各位老师烦请问一下圈出来的那是什么轨道是d轨道吗怎么怪怪的
A:
是
----------------------------------------------------
2016.01.25 19:12:41
Q:
请教大家，有木有关于nwchem软件详细安装步骤的帖子[表情]
A:
NWChem 6.5编译方法
http://sobereva.com/270
Q:
这个帖子有看过，但是按照上面所说的也进行了，没有安装成功
有没有更详细的的具体步骤解释[表情]，因为之前没有在服务器上装过软件
A:
没法更详细了
这是linux基础知识不够所致
----------------------------------------------------
2016.01.25 19:29:10
Q:
Sobereval老师，请问在用Multiwfn计算分子含频二阶超极化率r(-w;w,-w,w)时如何输入负的外场频率-w？网上找了许久都没有得到满意的答案，谢谢！
A:
频率哪有负值
Q:
比如说四波混频中，入射光频率w，信号光频率也是w，考虑能量守恒有w=w+w-w，二阶超极化率可以表示为r(w;w,w,-w)，在用完全态求和过程中有一个频率要输入负值，multiwfn好像输入不了负值(抱歉刚才没有立即回复您)
A:
没法输入负值
----------------------------------------------------
2016.01.25 20:22:35
Q:
#p PBE1PBE/gen maxdisk=20GB out=wfn int=DKH2
请问在如上的命令行产生的wfn文件，拖进Multiwfn 3. 3.8之后为何出现以下错误：
Please wait...
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List
-Directed Read
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00860600 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00816216 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00800182 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007FF4C4 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D21AB Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D0C12 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 006BA051 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 0069672C Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D5322 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 7581338A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77C39882 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77C39855 Unknown Unknown Unknown
A:
文件发给我
----------------------------------------------------
2016.01.25 20:23:17
Q:
sob老师，我尝试提交NTOs计算，命令行为[图片]，但是却出错了，[图片]谢谢老师[表情]
A:
写TD啊
----------------------------------------------------
2016.01.25 21:52:14
Q:
求一篇老文献http://science.sciencemag.org/content/245/4920/841.short谢谢.io法下不来[表情]
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，
[图片]
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2016.01.25 22:58:41
Q:
弱弱地问：是否有软件可以很方便的转换不同类型的分子坐标。
A:
格式转换用openbabel
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2016.01.26 10:08:00
Q:
早上好，咨询一个问题：
如果说S1是HOMO到LUMO的跃迁。那么，这个HOMO质心到LUMO质心的距离，是不是就是电荷转移距离？和electron-hole的距离有什么区别（这是几何中心）？谢谢指点
A:
此时HOMO的质心几乎等于electron的质心，LUMO的质心几乎等于hole的质心。
因为此时electron/hole函数就相当于HOMO/LUMO轨道波函数的平方
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2016.01.26 10:45:22
Q:
很糟糕，维修的师傅说是硬盘坏了
就是硬盘坏了，刚买的固态硬盘就这么坏了
没有，老师推荐的硬盘，我就买了，没想到出这么个情况
半个月左右就坏掉的你见过吗
影驰战将
太倒霉了，网络还连不上
A:
希捷，日立，东芝这些都是机械硬盘厂商
影驰的SSD没问题，我用了两年很好，娃娃是中奖了，或者使用方式不对
也可以用OCZ的trion 240G，价格和影驰差不多
intel的贵啊
OCZ是全球知名的大牌子
影驰主打国内市场，历史也不短了，SSD还不错
Q:
老师，怎么个使用方式不对？
影驰战将
A:
玩坏了
Q:
半个月就玩坏了？
Q:
天气冷冻的
看来以后不能暴露固态，否则修都修不起
保修期内是免费换的
你不觉得麻烦吗
还有你得做raid。不做raid就是风险高，做个raid1就行了
怎么做，有空教教
[表情]老师，我买回来，安装之后直接分区做系统，没问题吧
A:
4年前OCZ 60GB、前年的影驰240GB，今年的OCZ 240GB，一个有问题的都没有
然
但依然要经常备份
Q:
做计算不做raid，有悲剧的时候
你不用买raid卡，直接做软raid
A:
raid太浪费
自己注意就完了
Q:
[表情]过了退货期和更换期，只能等着修了
A:
常用的目录常备份
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2016.01.26 10:50:58
Q:
请教一下：nwchem的输入文件是自己手动输入还是有特定的软件生成啊,另外在Linux下也是采用脚本加相关指令的方式提交任务进行计算的吧~
A:
自己写输入文件，也有很不好用的图形界面
Q:
图形软件不好用指的是？
A:
主页上有提及，安装都很困难
基本上你就用gview画结构，把坐标拷进输入文件里，自行填上关键词就行了
直接一行指令就能运行了
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2016.01.26 10:59:49
Q:
请问multiwfn可以计算bader电荷吗？
A:
可
正确叫法叫AIM电荷
手册4.17.1节有例子
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2016.01.26 11:03:33
Q:
请问老师，例子第一行的wfn文件怎么得到呢？
A:
手册第四章开头说了
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2016.01.26 11:10:59
Q:
怎么看multiwfn中计算的某个键的拓扑数据
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
Q:
谢谢
请问，我的体系很大，从生成的拓扑图上很难找出我想看的某个键。有没有信息显示，某个临界点对应于哪两个原子之间的键，谢谢
A:
在VMD里作图，可以比较容易查看相应临界点的编号
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
或者搜索临界点时候用1 Search CPs from a given starting point，初始坐标设成那两个原子的中点，找到的一般就是对应于你研究的那两个原子间的BCP
Q:
谢谢了
两个原子坐标的中点怎得到
或者如果只算某一个键的BCP，怎么操作
A:
主功能0看结构的时候就会在文本界面输出原子坐标，自行算一下
Q:
出现[图片]，怎么看这个CP的拓扑数据
A:
选项7，输入临界点编号
仔细follow一遍博文，自然就知道了
手册4.2.1也有详细的例子
一定要先看例子
刚在Multiwfn主页上更新了一下multiwfn 3.3.9(dev)版，拓扑分析中选项1当中可以直接输入两个原子的编号，中点就会直接被当做初猜点来搜索临界点
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2016.01.26 11:30:43
Q:
AIM 电荷分析是不是不能用赝势基组？
A:
能
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
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2016.01.26 16:55:46
Q:
[图片]请问各位，99号轨道和100号轨道可以通过什么途径交换呢？
[图片]请问sob老师，99号轨道和100号轨道可以通过什么途径交换呢？
@Sobereva
不可以吧？怎么托？我的初始猜测是100（a1），99（a2），但是优化完就成这样了。
A:
guess=alter，然后分子坐标后面空一行写99 100。但这只是在产生初猜波函数时进行交换。
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2016.01.26 16:57:58
Q:
各位老师，我的高斯算中间体在这个地方快卡了一天了，上次也是算到这里就不动了，请大家指点 SCF Done: E(RB3LYP) = -1515.54112305 A.U. after 17 cycles
Convg = 0.6099D-08 -V/T = 2.0074
Range of M.O.s used for correlation: 1 584
NBasis= 584 NAE= 107 NBE= 107 NFC= 0 NFV= 0
NROrb= 584 NOA= 107 NOB= 107 NVA= 477 NVB= 477
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 20 centers at a time, making 3 passes doing MaxLOS=2.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
老师，从哪里能找LINK...高斯刚学，自己学的，很多不懂
我先查一下
A:
正算着
Q:
恩恩谢谢Sobereva老师，老师，高斯小白的入门资料最先看什么？能推荐一些
A:
看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2ed，刚出了3ed
最好的入门方式是参加科音的基础量子化学培训班
[图片]
这不是刚回完么！
Q:
恩恩我之前有查过科音的基础量子化学培训班
的信息，再开课一定报名~
A:
5月可能办下一次
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2016.01.26 16:57:58
Q:
如果使用Multiwfn引用那几篇文献
我原来看到过，现在突然找不到在那一块写着了
好的，谢谢
A:
Multiwfn手册、Multiwfn官网、Multiwfn刚启动时，《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)中都写着怎么引用，洒家已经尽最大可能让用户知道怎么引用了
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2016.01.26 17:02:01
Q:
[图片]这个对应于[图片]?
[图片]这个对应于[图片]？
A:
对
Q:
[图片]这个对应于[图片]?
[图片]这个对应于[图片]？
A:
那些函数手册2.6节有超级超级超级超级超级超级超级详细说明，仔细理解
用Multiwfn碰见不懂的，第一件事是看400余页呕心沥血撰写的手册
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2016.01.26 17:10:08
Q:
由两个问题请教Sob老师，首先，gaussian09里面SCRF关键词默认的溶剂是水吗？是否还需要输入solvent=water
第二，溶剂化模型怎么选择？如果是水选用什么模型比较好？
A:
1 是
2 SMD
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2016.01.26 17:14:18
Q:
做构象筛选，能量最低的构象有一个 -15 的虚频，这个结构可信吗？
A:
先想办法去除
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
做构象筛选算了60多个构象，大部分都有一到两个虚频。
优化后很多都有？
没用GD3BJ吧
b97d3优化的
自带gd3bj
A:
M062X/6-311G** opt=tight int=ultrafine freq
妥妥的
Q:
b97d3 就是速度快，m062x实在太慢了
A:
也就慢一倍而已
想快就用B3LYP加零阻尼DFT-D3
用BJ阻尼对柔性体系有虚频是自找的
没必要
Q:
您的意思是说bj阻尼算柔性分子，很可能有虚频？
A:
这是well-known的问题http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2410
Q:
上哪找E01去啊……
A:
买
Q:
对了老师，说到这个虚频，我已经以这样的关键字算的结果还是有虚频，还有什么办法吗……
#p b3lyp/6-31+g* nosymm geom=connectivity
iop(7/33=1)
int=ultrafine
scf=(maxcycle=128)
opt=(verytight,maxstep=7)
freq=noraman
分子是联苯
A:
检查结构是否是由于初始结构对称性太高，导致优化后的结构也有高对称性而没跑到极小点
#p b3lyp/6-31G* opt freq足矣
Q:
对称性的话，有nosymm应该就无关吧？
A:
写它没用
Q:
哦哦我试试调整一下结构
对了，我发现这个iop(7/33=1)好像传递不到第二步的freq计算里
#P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check Test GenChk RB3LYP/ChkBas Freq
这是log里第二步算freq的命令
所以好像还是得提取坐标再单独算freq
这个是没必要
不过上次和老师argue过没说通[表情]所以反正对结果没什么坏处，就顺着老师吧 [表情]
看来应该是对称性的问题，之前的输入文件里两个苯扭转角是0，结果优化完了还是0
A:
果然
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2016.01.26 17:47:11
Q:
7/33=1，是什么东西？@切嗣耙耙
A:
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
IOp(7/33=1) 做freq时，输出更多细节信息，如偶极矩导数、极化率导数、振动极化率来自各振动模式的贡献等。
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2016.01.26 18:35:32
Q:
SOB，请教一个问题，关于DFT理论，在计算弱相互作用，比如van der waals，hydrogen bond等等，DFT是overstimate weak interaction or underestimate them??
A:
不能一概而论
色散和氢键必须分开看，不同泛函特征也相差甚远
Q:
好的，那我更加具体点，我计算酒精系列分子，搜索文献之后发现大致分为两类计算B3LYP和MP2的，B3LYP多是使用6-311++G**基组，考虑极化和弥散。B3LYP算出来的结果比MP2大很多，比我的CCSD（T）也大很多。
A:
这种氢键主导的弱相互作用体系MP2算得不错。
DFT就用M062X/6-311+G**就挺不错，比B3LYP好得多
DFT-D3、M06-2X流行之前B3LYP算这个勉强说得过去，现在再用它来算就明显不合适了
Q:
恩，是的，那么我就想问问B3LYP/6-311++G**基组是不是overestimate H/bond？
A:
没必然性
但如果你发现结果是这样那就是这样
Q:
我觉得应该是overestimate了，，，
是不是考虑不同体系再下结论呢？
恩，我把讨论的面放窄一些，紧紧针对我计算的这个分子
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2016.01.26 18:35:32
Q:
Truhlar的拟合作了多少年了，版本都从M06变成M15了，还是没有最终停下脚步，所以这是为什么呢
按他现在这身板，还可以做出很多版本来啊
M15了？这么疯狂，，，
用的最多的好像是个m06, m062x吧
A:
不断加大测试集容量+增加测试集考虑的问题（固体体系）+增加新内容（non-separable、范围分离）+忽悠
Q:
不好意思，我不是想黑他
A:
除了早期的那些，明尼苏达系列换了三批人了
Zhao Yan：PW6B95、PWB6K、M05、M05-2X、M06、M06-2X、M06-HF、M06L、M08-SO、M08-HX
Peverati：M11、M11-L、N12、MN12-L、N12-SX、MN12-SX
Haoyu S. Yu：GAM、MN15-L
Q:
课时他好像才不到80
A:
这个系列继续搞也就是混文章了
Q:
他的文章也太多了
虽然很牛，但是也没本质突破
A:
泛函不需要太多，也不需要明尼苏达系列stepwise式的进展，只需要M062X这样比较鲁棒、好用的
Q:
继续搞，总有一个M适合你。。。
我在想当初赵彦是不是一下子弄得过头了，觉得这拟合没什么指望看见终极版了，就主动退出了，呵呵
A:
我也略微这么觉得
继续做没有什么油水了
Q:
sob老师，色散矫正是这样输入的吗:PBE1PBE-D3/6-311+G*
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
M11搞得很失败，后来MN12-SX就是把HSE06的idea直接给搞过来罢了，了无新意
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2016.01.26 19:24:16
Q:
今天multiwfn出新版本Version 3.3.9(dev) [表情]
[图片]
请问3.3.9版本比3.3.8版本有哪些改进？
A:
3.3.9(dev)早就有了，只不过时不时更新一次，攒得差不多了发布一次正式版本
官网上update history有说明
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2016.01.26 19:44:14
Q:
大家好，我是一名研一学生，我现在用MS中的castep模块做晶体能带和态密度的计算，由于是新手，不知道怎么做收敛性测试，我上网查资料后还是不知道怎么做，有朋友知道在这模块中收敛性测试的具体操作吗？望解答，谢谢！
A:
不断增加k点或平面波cutoff值，看结果是否发生变化，如果变化还很大，说明当前k点或cutoff设定不合适，偏小
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2016.01.26 22:17:02
Q:
我目前在做IRC计算，[图片](这是IRC中reverse部分)， forward部分如下图所示，[图片]，forward 部分不是很光滑，是否需要调整？如何调整？
A:
加calcall看看
也可能是电子态的突然改变，可以对突跃附近的点用stable关键词做波函数稳定性测试
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2016.01.26 22:45:32
Q:
[图片][图片]想对Sc-Ph之间存在的键进行研究，探究是配位键还是静电作用，其强度如何，需要计算什么东西可以得知啊，老师
A:
用Multiwfn作能量密度图、ELF函数图，计算键级，做AIM分析之类
和苯环之间距离这么远，不会是配位作用
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2016.01.26 22:50:35
Q:
请问sob老师，高斯计算中考虑振动的非谐性吗？
A:
freq=anharmonic
Q:
sob老师，只要加这个关键词就可以吗，为什么一般计算都不加呢？
非谐性指的是考虑模式之间的耦合作用吗？
A:
一般计算不用考虑非谐振效应，因为计算耗时多得多
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2016.01.27 09:10:38
Q:
请问sob老师，对于这两个结构，[图片]，如何通过multiwfn定性或者定量描述硝基电子密度离域情况？N=N键的引入是怎么样影响的？非常感谢
A:
计算NO2的原子到其它不同原子上的Mayer键级或离域化指数
但更适合考察对分子平面上静电势、原子电荷、福井函数、多中心键级等性质的影响
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2016.01.27 09:12:11
Q:
請教sob老師 uv促發的反應該如何用量化來研究？
A:
那得研究激发态势能面，找上面的过渡态、与基态的极小交叉点等等，属于光化学计算问题，Robb、方维海他们发过不少这种文章可以找找看。
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2016.01.27 09:12:46
Q:
[图片]
这种红外图怎样把其他的去掉只分析一个键的振动啊
想请问大家这个图用什么做出来的
A:
你把不想考察的振动模式的振子强度设成0就完了，用Multiwfn极方便
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
界面上有还有专门的选项把整个光谱分解成个跃迁/振动贡献的选项
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2016.01.27 09:49:01
Q:
说到这个虚频，calcfc在第一点计算精确hessian，calcall在每一点都计算精确hessian
为什么不能在默认优化收敛的最后一点计算精确hessian再判断，没收敛的话继续优化呢
A:
这得手动去弄
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2016.01.27 09:22:24
Q:
sob老师，那个PBE0除了可以加GD3和GD3BJ，还有哪些矫正可以加呢？
A:
XDM
Q:
我有一个结构，用其他方法算都没有虚频，唯有用PBE0算，无法消除此虚频。想试着加一些矫正，看是否可以消除。昨天加了GD3和GD3BJ，没有消除，但是使虚频的绝对值变小了
XDM这个是什么矫正呢？主要的作用是什么呢？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
色散校正跟着毫无关系
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2016.01.27 09:22:24
Q:
由于我基础薄弱，在此请教一下各位老师[表情]，这两种收敛方法哪种更适合算偶极距？因为搭配了两个关键词，那么这两个关键词之间会不会相互促进或干扰？
A:
关键词间无干扰
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2016.01.27 09:22:24
Q:
[图片]求帮忙，这个Multiwfn做的图如何让它显示全图？
A:
设定作图平面时选0加大延展距离
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2016.01.27 10:34:04
Q:
刚刚看到各位在讨论scf不收敛问题，请问各位老师，scf=(nodiis,fermi)这个关键字对于适用的体系有什么限制吗？谢谢~
A:
无
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2016.01.27 19:33:57
Q:
[图片]
那如何显示这样的效果呀？
高斯view在这里弄吗？
[图片]
surface？
[图片]
我搞出这样的，[图片]
那个图电子密度不同颜色不同呀
在哪里设置呀？
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
你要作等值线图用Multiwfn，手册4.4节一堆例子，比gview效果好得多
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2016.01.27 19:49:28
Q:
sob老师，我看您的帖子里写到：计算弱相互作用PW6B95-D3(BJ)，其次是M06-2X-D3、wB97XD。请问PW6B95-D3(BJ)和M06-2X-D3在G09中都有吗？
关键词应该怎样写？
A:
PW6B95没有
D3加的方法这里有：
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
好的谢谢sob老师
请问sob老师，如果优化苯环和一个小分子的体系，用M06-2X-D3和B3LYP-D3(BJ) 那个更好呢？
A:
皆可
若没弱相互作用不用加D3
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2016.01.27 20:23:19
Q:
大家好，请问一下怎么样将chk转化成fchk呢？因为我的chk打不开了
好，我试试，谢谢
可以了，成功转换了，[表情]
请问一下，当出现了这样子，说明了哪里出现了问题呢[图片]
A:
大抵是没能正确调用cubegen
Q:
那应该怎么做呢
A:
你想用gview干嘛？
Q:
做锂电机理的计算
因为是刚刚入门，很多知识点都不懂
主要想看分子电子云的分布情况
A:
直接考察用原子电荷最简单
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2016.01.27 20:46:11
Q:
请问sob老师，我采用M06-2X/6-311++G**与文献中采用MP2/6-31G*方法计算弱相互作用团簇的构型不同，那种计算更可靠？@Sobereva
A:
当然前者。
后者是十几年前用的
Q:
恩可以直接反驳是吧？
而且我发现采用M06-2X/6-311++G**计算的团簇结合能比MP2/6-311++G**要大不少，不知道哪种更可靠？
A:
前者
最好用M06-2X-D3
MP2用那种基组太小
MP2都用了还不用双杂化？
Q:
那sob老师，我可以用M06-2X/6-311++G**优化完的构型，再用M06-2X-D3计算单点能求结合能吗？
A:
莫名其妙
M06-2X-D3/6-311+G**优化，双杂化+D3算单点
具体看体系
Q:
是这样的，因为之前的构型结果已经用M06-2X/6-311++G**进行分析了，现在想要分析结合能，所以想问一下能不能在之前的基础上直接用M06-2X-D3计算单点能求结合能？
之前的数据就不用修改了。。
A:
一定会被批
人家一定会批：优化时干嘛不加
Q:
恩恩
A:
单点必用更贵更准的，显然用双杂化
Q:
我计算的是类似苯+CHF3的体系
里面含有CH...π 作用
A:
对什么体系都是同样的理
Q:
[图片]
就是这一部分描述的是吧 sob老师
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.27 21:44:43
Q:
计算含I原子的体系，用什么基组合适?有类似经验么？
A:
低精度lanl2DZ
中精度lanl08
高精度def2TZVP、cc-pVTZ-PP
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2016.01.27 21:46:07
Q:
有一个问题，如果我想计算氧气参与的DA反应时的过渡态，由于都是单线态氧参与的反应，是否要用氧气的激发态与二烯体一起搭建和寻找过渡态？
而不能只是将体系的自选多重度设置为1就可以
A:
是
Q:
那可以用TD的方法得到这个过渡态吗？
A:
用不着TD
Q:
那用什么方法得到氧气的激发态呢？
A:
0 1计算直接就是单重态激发态
----------------------------------------------------
2016.01.27 21:50:01
Q:
sob 老师为什么我用density 得到的高斯输出激发态偶极距和在multiwfn 中用SOS模块得到的相同激发态偶极距完全不一样呢
A:
高斯默认的是弛豫的激发态的密度
density=rhoci用非弛豫的激发态密度才和Multiwfn的有可比性
Q:
那文献中用的激发态偶极距是不是应该是驰豫后，因为我要算激发态偶极距与基态偶极距的差值
A:
是
Q:
冰老师可不可以说一下“弛豫”具体指什么呢？
老师，我是这么理解的，不知道对不对，请批判地看[表情]: 非弛豫的密度，是使用td计算所得跃迁轨道对的CI系数和基态轨道的波函数，直接构造一个激发态波函数，并得到电子密度，所以叫rhoCI。这实际上是一个近似，类似于初猜，并不是一个能量极小点，但用起来方便，生成速度快。
驰豫的，是指对波函数进一步迭代得到的真实的激发态波函数，以此得到current电子密度。计算需要额外耗时，但是贵在“真实”。
我模模糊糊只知道大概意思，具体是如何计算的，不知sob老师可否详细介绍一下？以及，何种情况下rhoci和current结果差别会很大或不大？
请指正，谢谢老师~~
我很喜欢你那种说法.
我现在想的是，怎样得到激发态的真实的波函数，而非CI的组合？
这就是我的问题，我实在是不知道怎么得到的current波函数。我想一定有那么个优化过程，只是优化的是什么，我不清楚....
A:
得到弛豫的密度需要用Z矩阵方法，见J. Chem. Phys. 81 (11), 5031
非弛豫密度相当于1阶近似
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2016.01.28 10:21:31
Q:
[图片]算硝酸根在CeO2团簇上的吸附，优化之后为何结构变得如此诡异？以前没算过稀土元素，求老师指教。方法b3lyp,基组H N O 6-31G**、Ce SDD。体系总电荷-1，自旋多重度尝试过多种情况1、3、5...也按自旋极化单重态处理过，全优化/固定CeO2表面也都试过，结果都是产生类似右边图中原子叠在一起的情况。
A:
输入文件贴出来
Q:
[图片]
A:
写genecp啊，否则赝势根本没有读取，其它原子和Ce坍塌到一起是必然的
Q:
好的，谢谢老师，看过您这个帖子，看来不经过实战还是印象不够深刻。对了，我就想看看红外谱，还需要对这个-1价体系加弥散函数不？您觉得这个模型、方法和基组大小可以吗？
A:
建议O、N、H改成6-311G**，弥散倒不是必须的
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2016.01.28 10:22:00
Q:
老师:您好！我在文献章看到有两种相互矛盾的结论：一个说[图片]这两个不是π键。一个说[图片]这两个是π键。应该是第二种对，是吗？谢谢
A:
显然不矛盾。第一张图在分子平面上没有节面，显然是sigma轨道
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2016.01.28 10:23:55
Q:
老师，您好，我在用gmxgrid做尿素在蛋白周围的分布图，A体系溶液是尿素+离子液体+水，B体系是尿素+水，我想问不同体系gromacs算出的尿素cube文件里的isovalue值有可比性吗@Sobereva
A:
有
Q:
这个isovalue的具体意义是什么呢
A:
就是显示的等值面上每个点的数值都和你设定的isovalue一样
Q:
它的物理意义是啥呢，可以理解为密度吗
我不明白为什么isovalue可以达到好几十
A:
g_spatial输出的单位在http://sobereva.com/38文中已经提及了
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2016.01.28 10:25:20
Q:
genecp和gen pseudo=read一样吗？
A:
一样
可以忘记后者
关键词以简约为美
Q:
[表情]好的，马上就照办！关键词掌握的不够，以为gen就是了呢，谢谢老师！
A:
建议仔细看看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.01.28 10:36:03
Q:
请问sob老师，我在用Multiwfn结合高斯做Os在DKH下的5d 6s径向分布函数的时候，为什么显示出来是空图？关键词是#p b3lyp/gen geom=connectivity int=dkh2 iop(3/93=1) pop=full，基组是DZP-DKH
A:
用的什么输入文件？
Q:
是用的fchk文件
A:
那肯定操作有误
Q:
我的顺序是3/4/37(轨道号)/2/0,0,0,20,0,0 可是没有图出来
请问能麻烦您看看吗@Sobereva
A:
那个不是径向分布函数，只是径向方向上轨道波函数的变化
Q:
是的，后面要处理一下才是径向分布函数。但是现在连这个径向轨道波函数都没有@Sobereva
A:
你当前作图是考察函数在图中红箭头方向的变化，这里是节面，显然没有函数值
[图片]
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2016.01.28 10:39:13
Q:
sob 老师，TD 做吸收光谱分析，用density 和不用density 两者的激发态能量、振子强度也不一样，是不是也是和弛豫密度/非弛豫密度有关呢？
A:
一样
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2016.01.28 10:46:41
Q:
[图片][图片][图片] 老师，我要找图中噻吩环迁移的过渡态，试了各种办法，过渡态优化得到的曲线震荡的厉害，而且丝毫没有环迁移的趋势，请问有什么解决的办法，这种大环的迁移是不是很难找到过渡态？
A:
你先把产物优化出来，和反应物进行对比来分析怎么弄过渡态合理，猜想不出来就尝试QST2
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2016.01.28 10:51:22
Q:
请问老师，有的速率常数是用cm3/molec/s来做单位，那这个单位和cm3/s一样吗？谢谢老师！
A:
不一样
Q:
相互之间怎么换算啊
A:
没有换算关系。cm3/molec/s是双分子反应速率常数单位，单分子是/s，并没有cm3/s这种
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2016.01.28 10:53:54
Q:
sob老师，用Origin做Multiwfn导出的RDG数据最后两列作图用的是Origin哪个作图模块？我都试了下，发现不是Multiwfn导出的图形样式。谢谢！
A:
就是散点图
这是那个MO37对应的密度的径向分布函数
[图片]
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2016.01.28 11:06:06
Q:
[图片]请问这应该是什么方法？乱码了
A:
EOM-CC吧
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2016.01.28 11:53:07
Q:
大家知道要研究多肽链，大概20个组的氨基酸，能用哪种力场吗？ AMBER， MMFF etc
A:
amber、gromos、OPLS都可以
charmm也行
Q:
能具体说说吗
哪两个最好啊
A:
先看你用什么程序用得最顺手
Q:
如果要是研究制药的，比如在上面加各种不同的官能团，哪个力场能用呢
A:
原理上都可以
Q:
你觉得MMFF是不是好点呢
A:
图省事的话MMFF94，但是由于力场形式复杂一些，比amber、gromos慢，而且支持它的程序相对少一些，而且不太适合凝聚相模拟
Q:
个人感觉Allinger的bond dipole描述静电作用比原子电荷是不是更合理一些，dipole好像更接近矢量
A:
原子电荷是最简单的描述方式。如果想考虑更精细，可以再引入键偶极矩（或者原子中心上引入原子偶极矩），如果想进一步精确描述静电作用，可以用Stone的DMA（分布多极分析）。
模型越复杂，静电作用描述越准确，但代价就是越不直观。
Q:
MMx之类的力场应用在MD上不太合适就是因为描述过细导致计算量太大
A:
在MD上不流行的问题有几个
1 函数形式复杂，计算成本高
2 函数形式复杂，造成支持它的MD程序少
3 适合真空中模拟，但并没怎么考虑凝聚相模拟
4 主要考虑小分子，在生物分子上考虑不足
----------------------------------------------------
2016.01.28 12:24:57
Q:
刚接触激发态，想做激发态的优化和频率，优化已频率老出错，想问下激发态的频率应该怎么做。谢谢。
优化用的输入是：
%chk=ben-td.chk
%rwf=ben-td.rwf
%mem=200MW
%nprocshare=12
# opt td b3lyp/6-31g(d)
频率计算输入：
%chk=ben-td-f.chk
%rwf=ben-td-f.rwf
%mem=200MW
%nprocshare=12
# freq td b3lyp/6-31g(d) iop(9/40=5)
请问应该怎么解决，谢谢。[图片]
A:
就这样写
Q:
为什么老是没计算完就停了？总算不出来[表情]
A:
看提示
Q:
老师您好，这是我激发态的频率计算，就到这停止了，请问是什么原因，谢谢老师。
SavETr: write IOETrn= 770 NScale= 10 NData= 16 NLR=1 LETran= 118.
IDoAtm=1111111111111111111111111111111111111111
Differentiating once with respect to electric field.
with respect to dipole field.
Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
There are 1 degrees of freedom in the 1st order CPHF. IDoFFX=0.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=2.02D-03 Max=2.21D-01
AX will form 1 AO Fock derivatives at one time.
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=4.31D-04 Max=2.25D-02
LinEq1: Iter= 2 NonCon= 1 RMS=2.91D-04 Max=1.36D-02
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=2.27D-04 Max=1.60D-02
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=1.99D-04 Max=1.26D-02
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=1.04D-04 Max=6.16D-03
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=5.06D-05 Max=1.92D-03
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=2.28D-05 Max=1.17D-03
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 RMS=1.49D-05 Max=1.22D-03
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=1.48D-05 Max=1.31D-03
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=7.12D-06 Max=2.68D-04
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=3.05D-06 Max=1.36D-04
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=2.41D-06 Max=1.46D-04
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=1.28D-06 Max=5.58D-05
A:
自动就中断了？
Q:
嗯，就没往下算
A:
用的哪个高斯版本？
Q:
09，在大型机Linux系统上算的
A:
具体修订版号
Q:
是指这个吗？
This is part of the Gaussian(R) 09 program. It is based on
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
RESTRICTED RIGHTS LEGEND
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.01,
A:
[图片]
改成D.01再试
A.01 bug多
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2016.01.28 12:28:13
Q:
请问想用multiwfn做基态和激发态的电荷密度差分图，一定得用wfn文件吗？可不可以直接使用fchk文件呀？
A:
可以用，但需要多做一步比较麻烦
wfn省事
----------------------------------------------------
2016.01.28 12:29:10
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
提示：没看过群共享里的群规的人务必看群规（与当前这个问题无关）
----------------------------------------------------
2016.01.28 14:06:35
Q:
sob老师，我在算一个配体（大环共轭结构）的荧光发射能，我先拿配体的样品测了固体荧光，实验结果显示有两个峰（可能是n-π*和π-π*两个跃迁），峰位置分别是360 nm和 510 nm，我拜读了您的帖子后，优化第一激发态S1，算出来的wavelength是360 nm，请问这个时候我要想得到510 nm，是不是考虑优化S2或者S3这样？还是优化T1？谢谢sob老师
A:
S2
----------------------------------------------------
2016.01.28 14:51:43
Q:
请问我这个激发态计算的gif错在哪里呀？
%chk=C:\Users\PN\Desktop\lianxi\HCHOopted.chk
#T RCIS/6-31+G(d) Test geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C -0.00000229 0.54244290 0.00000000
H 0.93359662 1.12922355 0.00000000
H -0.93356458 1.12927986 0.00000000
O -0.00000229 -0.68914510 0.00000000
1 2 1.0 3 1.0 4 2.0
2
3
4
--Link1--
%Chk=se_form
%NoSave
#T RCIS(Root=1，Read)/6-31+G(d) Opt Freq Geom=Check Guess=Read Test
A:
--Link1--前面加空行
test关键词完全多余
而且第一步和第二步的%chk根本对不上
----------------------------------------------------
2016.01.28 14:57:07
Q:
[图片]
可是我修改了还是不对呀
A:
不会搞就自行分两步计算，要么用图形界面的additional step来设定下一步
----------------------------------------------------
2016.01.28 15:07:01
Q:
请问各位老师有没有能算一个分子的范德华半斤的方法？
mutliwfn里面可以算范德华面积的
A:
范德华半径是对于原子而言的
分子只能说范德华体积、范德华表面积
Q:
嗯嗯分子有没有近似的方法，我想算一下几个溶剂分子的半径
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2016.01.28 15:40:53
Q:
emsl 上没有找到ahlrichs tzvp ，有个 tzvp (DFT Orbital)，虽然有H，但是使用范围小很多。我在gaussian主页上说，TZV, TZVP 的使用范围是H到Kr。我就不明白怎么会不一样呢？
那个tzv, tzvp 基组的问题我也不懂，E给解释下呗…
三重分裂价基，后者加了极化？
A:
Gaussian里的TZVP就是指def-TZVP，也对应于EMSL上的Ahlrichs TZV结合Ahlrichs Polarization。
Q:
我没看懂问题是不是问TZVP和TZV区别这我知道啊
可是使用范围不一样啊，gaissian 说H-Kr,可是 emsl 说对H是无效的。
A:
问 EMSL 管理猿
要么看原文
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2016.01.28 15:50:52
Q:
谁推荐个动作片，看起来就让人放不下的那种？！整理基金脑子不转圈了，需要休息。
A:
一拳超人
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2016.01.28 16:39:52
Q:
图像基于Multiwfn的分析数据用VMD绘制中的vmd的全称是什么?请教
图像基于Multiwfn的分析数据用VMD绘制中vmd的含义是什么?
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.28 16:52:58
Q:
咨询一下：范围分离泛函中：LC-wpbe中默认的w是0.400Bohr-1。LC-BLYP默认的w是0.33 Bohr-1. 那这个LC-pw91的默认数值是多少。谢谢
A:
和LC-BLYP一样
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2016.01.28 17:16:14
Q:
麻烦哪位大神帮我下载两篇文献，谢谢篇名：
Magnetic molecules: Chirality and magnetism shake hands
刊名： Nature Materials
ISSN： 1476-1122
卷期： 7 卷 9 期出版日期： 20080900
页码：从 691 页到 692 页共 2 页
doi： 10.1038/nmat2263
篇名： Strong magneto-chiral dichroism in enantiopure chiral ferromagnets
刊名： Nature Materials
ISSN： 1476-1122
卷期： 7 卷 9 期出版日期： 20080900
页码：从 729 页到 734 页共 6 页
doi： 10.1038/nmat2256
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享群规
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:46:37
Q:
求教Sobereva 老师， ORCA里有类似高斯 guess=read 的功能么？有些时候还是很实用的
A:
自动就会从同名的gbw文件中读取初猜。用noautostart则禁止这种行为
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:46:45
Q:
请问在计算水相中结构的NBO时，是否需要加入scrf=(solvent=water, smd)？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:46:57
Q:
[图片]
老师们，这种MEP图怎么做的
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
Q:
VMD不能体现静电势的渐变性，挺可惜的
A:
怎么不能体现？
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:46:57
Q:
还有一个问题不大明白，我在NBO分析中得到两个原子之间是有相互作用的，其中一个原子参与15%左右，另一个85%。但是在观察MO时找不到这个轨道啊
A:
MO和NBO两码事
Q:
23. (1.94533) BD ( 1) U 13 - N 22
( 10.54%) 0.3246* U 13 s( 22.50%)p 0.76( 17.03%)d 1.87( 41.96%)
f 0.82( 18.50%)g 0.00( 0.02%)
0.0000 -0.0013 -0.4736 0.0229 -0.0101
0.0010 -0.0005 0.0002 0.0000 0.0000
0.0000 0.0000 -0.0041 0.0001 -0.0001
0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
-0.0018 -0.4098 0.0070 0.0016 -0.0014
0.0005 -0.0001 0.0000 0.0000 0.0003
0.0470 0.0010 -0.0007 0.0005 0.0000
0.0000 0.0000 0.0000 -0.0137 0.0001
0.0001 0.0000 0.0000 -0.0027 0.0001
-0.0002 0.0001 0.0001 0.1326 -0.0046
-0.0045 0.0010 0.0001 0.5978 -0.0060
-0.0042 -0.0005 0.0001 0.2071 -0.0308
-0.0207 0.0028 -0.0509 0.0068 -0.0039
0.0005 0.0025 -0.0007 0.0000 0.0000
0.1414 -0.0556 0.0071 -0.0015 -0.0783
0.0174 -0.0038 0.0000 -0.0045 -0.0018
0.0001 -0.0002 0.0145 -0.0019 0.0002
0.0001 0.3861 -0.0582 0.0076 0.0017
-0.0112 -0.0014 0.0000 -0.0006 -0.0001
0.0000 -0.0053 -0.0009 0.0001 -0.0034
-0.0002 0.0002 -0.0001 0.0000 0.0000
0.0000 0.0000 0.0000 -0.0017 -0.0003
0.0001 -0.0059 -0.0008 0.0001 0.0003
0.0000 0.0000
( 89.46%) 0.9458* N 22 s( 24.62%)p 3.06( 75.38%)d 0.00( 0.01%)
-0.0001 -0.4960 0.0133 0.0000 0.0084
-0.0005 0.0000 0.8512 -0.0387 -0.0006
-0.1661 0.0053 0.0000 0.0001 -0.0001
这个是NBO分析得到的结果，第23个轨道，U-N键
A:
看NBO轨道啊，别看MO轨道
Q:
NBO轨道怎么看啊
A:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:56:42
Q:
谁有gaussian　view，传一个给我，谢谢！
要积分，我注册先试下看
A:
gv在群共享就有
Q:
收了！
群里是不是 Gaussian+09w-d01.zip这个里面包括的?
A:
否
Q:
大家装g09的时候，对win8.1适应好么？我自己的笔记本setup没反应。
A:
跟系统没关系，win10都能跑
----------------------------------------------------
2016.01.28 18:57:00
Q:
有一结构，气态优化的结构和在溶剂中优化的结构变化较大，如果要计算溶剂化自由能，用哪个结构？
A:
溶剂中
----------------------------------------------------
2016.01.28 19:56:53
Q:
老师，我做relax-scan扫描化学键断裂的时候，输出的能量是先随键长增加下降，然后再上升；而扫描其他分子化学键断裂的时候，输出能量随着键长增加而增加最后几乎保持不变，请问第一种情况是什么原因呢？谢谢您
A:
结合柔性扫描过程中优化后的结构判断
----------------------------------------------------

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