公社群聊Q&A整理：2015.10.11 11 ~ 2015.10.14 20

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-1-30 14:17:08

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.10.11 11:23:50
A:
和原子轨道没关系
基函数只有数学意义
Q:
这次了然了，我结构优化用的是B3PW91 6-31G(d)，没有引入弥散函数，您说的def2TZVP引入了弥散函数了吗？
A:
没引入
Q:
所以，用基函数展开原子轨道，再用原子轨道展开分子轨道？
A:
就别管原子轨道了
量化计算没原子轨道的概念，是个数学过程
LCAO那只是化学上的概念
----------------------------------------------------
2015.10.11 11:23:50
Q:
双杂化泛函有哪些？我不太清楚
A:
[图片]
Q:
哦，那我就了然了，谢谢老师
老师对于双杂化泛函我想了解一下，有什么资料吗？
A:
找那几个双杂化泛函的原文看看就明白了
----------------------------------------------------
2015.10.11 11:32:37
Q:
[图片] 各位英雄，我的优化过程是这样的，是不是初猜就不正确啊...
一直没法收敛。。
A:
初猜跟后期震荡没多大关系
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2015.10.11 11:41:49
Q:
[图片]请问中央的RCP看起来应该主要是由三个铜挤出来的吧？和N的关系应该比较小吧？谢谢、
A:
也可以这么说
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2015.10.11 13:23:03
Q:
[图片]怎么得到二解微扰能啊，有fchk文件还是NBO文件啊，怎么发现两轨道有作用啊@Sobereva
A:
自行看pop=NBO的输出，不了解的话看这些资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2015.10.11 14:05:51
Q:
sob老师，你知道除了MS外，哪个软件可以做某温度下的AIMD，高斯在做这个时好像没有温度补偿，不合适
A:
CPMD
Q:
好的，CPMD也是和MS一样，采用NVT恒温的吗？
A:
不是NVT恒温
而是只要支持热浴就能恒温
Q:
sob老师，CP2k是否可以做恒温的AIMD呢，您知道这个不
A:
可以啊，支持热浴
----------------------------------------------------
2015.10.11 14:39:04
Q:
sob老师如何可以形象的看到一个分子电荷分布的改变呢？
A:
密度差图
Q:
[图片]这个是我问改性引入原子到底改变了什么从而增强了吸附能，这个是别人的热心解答，我想做出来看看，落实到实际操作上如何做您说的密度差图呢？
[图片]老师说的密度差图是这个吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.11 14:39:12
Q:
老师：您好!请问高斯可以算电导率吗？您有这方面的资料或者是帖子吗？谢谢~~~
A:
算不了电导率
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2015.10.11 14:57:58
Q:
sob老师，这个绿色的区域，怎么弄得饱满一些？
[图片]
A:
等值面数值设大点。或者计算格点数据的时候格点间距小点
----------------------------------------------------
2015.10.11 16:36:38
Q:
sob老师一个分子中每个原子的静电荷怎么计算呢？
A:
没有什么“静电荷”一说，只有净电荷，就是原子电荷
Q:
我说错了，是净电荷
那具体怎么计算呢？
A:
看你要算哪种
先看群共享里原子电荷计算方法的对比搞清楚基本概念和定义
----------------------------------------------------
2015.10.11 18:14:07
Q:
照着书上写的如下f90文件，无法演示，我都不相信我的眼睛了[图片]
[图片]
A:
别写(6)
Q:
书上这么写
A:
尽信书不如无书
Q:
要求效果为第一行显示 Good Moring 第二行显示 Good Evennng
好的我试试
A:
你应该写(6:)，代表覆盖6及以后的
顺带一提，gfortran对语法要求特别严。书上的代码用作者自己的编译器能通过，不代表你能用gfortran编译通过
Q:
果然如Sob所说
A:
CVF对语法要求特别松
Q:
我打算直接练习linux下的，也许以后用起来方便
A:
linux下最好用ifort，也没gfortran那么变态
Q:
好的
A:
对于win7及以后系统用IVF练习比较好，windows下编译能通过，在linux下用同版本的ifort也能编译通过。在Windows下编译调试比较方便
----------------------------------------------------
2015.10.11 19:37:46
Q:
------------------------
#p m062x/def2tzvp freq int=ultrafine geom=allcheck empiricaldispersion=gd3
------------------------
第一次L502跑了13个cycle的时候断掉了，显示：
Inaccurate quadrature in CalDSu.
网上初步只查到应该用int=ultrafine，不过已经用了
guess=indo？
A:
scf=novaracc
----------------------------------------------------
2015.10.11 19:41:33
Q:
[图片]娃娃跑来啦
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.11 19:42:51
Q:
大家好，请问在高斯里使用MG3S基组需要进行自定义，我已经在这个网址上http://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi找到了基组，，需要删掉H原子的弥散，请问怎么看这个哪部分是H的弥散啊，-H 0
S 3 1.00
3.386500000000E+01 2.549380000000E-02
5.094790000000E+00 1.903730000000E-01
1.158790000000E+00 8.521610000000E-01
S 1 1.00
3.258400000000E-01 1.000000000000E+00
S 1 1.00
1.027410000000E-01 1.000000000000E+00
P 1 1.00
1.500000000000E+00 1.000000000000E+00
P 1 1.00
3.750000000000E-01 1.000000000000E+00
****
S和P代表是什么意思啊，不懂耶[表情]
S和P代表是什么意思啊，不懂耶[Emoticon]
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2015.10.11 19:51:47
Q:
那么只要画完那软件的那个扫一扫功能就OK了吧
键长这些参数软件本身会修正是吧
七八十个原子也算吗
A:
先用PM6优化，很快就完事
Q:
这是个什么软件- -百度不到
用这个软件优化后的结果更正确吗
A:
# PM6 opt
Q:
哦，这样
A:
对绝大多数有机分子都能给出至少定性合理的结果
Q:
[图片]就是把#p 改成# PM6 吗
[图片]那怎么写还请赐教
A:
写任何关键词的前提是，自己先彻底搞明白关键词是干嘛的、原理是什么，不懂就不要跟风乱写
Q:
那我后面还要再用b3lyp 做基态优化吗
A:
做
----------------------------------------------------
2015.10.11 20:23:19
Q:
SMD计算
可以做
----------------------
#p geom=allcheck M052X/6-31+G(d,p)
--Link1--
#p geom=allcheck M052X/6-31+G(d,p) scrf=(smd,solvent=water)
-----------------------------
然后计算两次SCF能量的差值
-----------------------------
Line 4409: SCF Done: E(RM052X) = -395.805374344
Line 5144: SCF Done: E(RM052X) = -395.812501245
-------------------------
得到溶剂热修正，不过高斯说明书里提供了一个关键词DoVacuum，第一次迭代在真空里跑，用来计算ΔG。
不过我把它加在scrf的关键词里似乎没有用处，程序还是只计算了一次SCF。是这个关键词用得不对吗？
A:
DoVacuum有问题，别管它，自己手动弄就完了。
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2015.10.11 20:32:16
Q:
社会调查，群里年收入3-10万的有多少？年收入10-30万的有多少？30-100万的有多少？100-500万的有多少？500-2000万的有多少？2000万以上的有多少？
1
1都达不到
别说收入了，都拖国家的后腿了
调查，你是为了理想而自甘堕落做低收入人群还是为了崇高抱大腿找富婆？
问题是能抱上大腿富婆吗？
A:
感觉这话说反了
抱大腿找富婆才是自甘堕落
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2015.10.11 20:43:34
Q:
不想引起争议，其实这个问题本质上是：穷人和富人适不适合在一起。最好不要拿理想做遮羞布。这个问题其实在知乎有人讨论过，链接如下，有兴趣的同学可以看看：
http://www.zhihu.com/question/30633478
A:
不在于穷富，关键是价值观能否兼容
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2015.10.11 20:53:30
Q:
[图片]叔，我这个S1的振子强度=0.....请问是预示着什么么？
A:
跃迁禁阻
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2015.10.11 21:24:04
Q:
有个审稿意见，大意是说我们研究的体系使用PCM模型刻画水环境是不到位的，因为存在着比较强的溶质-溶剂相互作用，请问大家有谁知道相关的文献吗？谢谢大家！
A:
介绍溶剂模型的量化书里基本都会提到，比如Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)
Q:
PCM或SMx大致就是这样
Gsol = Egas + deltaGsol = Egas + Ees + Gcav + Grep + Gdis
对原则上是这样请问有相关的文献报道PCM对水溶液的描述局域性的吗？@浊流
对就是提及PCM对水溶液描述不合理的相关文献
最近五六年都没看过溶剂效应的文献了，已经out了
A:
先把我刚才说的书看了，以及Computational Chemistry-Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics 2ed(Errol Lewars)中溶剂模型的部分。
文献里都是零零散散的，与其看那些还不如看点著作，尤其前面说的那本的作者就是搞SM溶剂模型的牛，里面提到局限性的时候自然都会引文献。
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2015.10.11 21:24:04
Q
我还是没有弄清楚怎么解决老师 [图片]你看建盒子时候在最外层原子和盒子间隙间老有水分子通过石墨烯是没问题的但是换成氮化硅就不对好揪心[Emoticon]
老师 [图片]你看建盒子时候在最外层原子和盒子间隙间老有水分子通过石墨烯是没问题的但是换成氮化硅就不对我该怎么办呢
A:
么弄明白你的体系是怎么回事，基本特征是什么
Q:
就是在盒子里面中间加了一层膜然后加满水
现在老有水分子从盒子与膜的最外层的间隙里面通过
A:
你把体系平移复制显示，看看边缘的原子那块区域是否有较大窟窿
----------------------------------------------------
2015.10.11 22:09:12
Q:
弱弱地问下，orca里面的d3bj = g09里面的gd3bj?
A:
=
----------------------------------------------------
2015.10.11 23:05:18
Q:
今天看了一个程序提交任务时，提到串行和并行的提交任务方式不同
问下我自己一个小服务器，两个CPU，16核，应该是算串行吧
A:
看你怎么运行程序，跟你机子没关系。
Q:
哦，这样
我还以为和机子有关系了。
那对于我这个16核，串行和并行效果区别大吗
A:
那当然。串行等于才用你一个核的计算能力
Q:
啊，这样呀
那我想用8个核，肯定是并行操作了
串行执行：CODE:
[ DISCUZ_CODE_4 ]gt; cp2k xxx.in > xxx.out
并行执行CODE:
[ DISCUZ_CODE_4 ]gt; mpirun -np 4 cp2k xxx.in > xxx.out
我看别人的帖子中提到串行和并行。
目前我自己在自己这个小服务器上，用的多核并行，也是用的
[ DISCUZ_CODE_4 ]gt; g09 xxx.in > xxx.out
只是高斯文本里面设置多核，这算并行的吧
可是为啥cp2k直接cp2k xxx.in > xxx.out，仅仅为串行呢
是不是CP2K并行需要这样的操作[ DISCUZ_CODE_4 ]gt; mpirun -np 4 cp2k xxx.in > xxx.out
而高斯计算input里面本身设置了多核，不需要这样并行操作呢
A:
MPI方式并行的程序必须用mpirun才是并行
高斯这种openmp并行的程序直接用就能并行，前提是你在输入文件里设了用多个核
也有的程序特殊，比如orca，虽然是mpi写的，但是用多少核还是在输入文件里写，只不过计算的时候会自动加上mpirun
Q:
哦，这样。
那就是说CP2K这个程序就需要通过mpirun来设定多少个核并行。
[图片]
A:
对
Q:
好嘞，谢谢sob老师。
麻烦再问下，我知道高斯的并行效果很差，可能6个核或者8个足以，但是cp2k不知道并行效果怎么样？目前想学学这个软件。
Gaussian也不差啊
A:
高斯你用16个核还是远比8核要快的
只不过远远不是2倍
Q:
这个有人做测试，高斯超过6核以后，效果肯定会有提高，但是还是不多，比较浪费
case dependent吧 8核是够可不能说它并行差啊有的过程就是一个核在工作有的过程就是核越多越好
A:
那种情况是指的计算资源非常紧张，核数很有限，才有必要想办法压榨一下计算资源
如果16核机子，都闲着，就跑一个任务，16核绝对比你就用6核快得多得多
Q:
[图片]
RI最适用于BP？
这个BP是个什么级别的泛函
A:
GGA
就是BP86
RI对什么泛函都能用
----------------------------------------------------
2015.10.11 23:05:18
Q:
ORCA并行比高斯好吗？
A:
否
半斤八两
Q:
小木虫上曾经有说法ORCA搜索过渡态算法不如g09成熟，是这样吗？
A:
是的
这是高斯的特长
可以高斯用中等级别找过渡态和极小点，然后拿到ORCA算个RI-双杂化/QZ的单点
Q:
意味着同样的初始结构，g09可以搜出过渡态，ORCA不一定能找到？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.10.11 23:05:18
Q:
[Emoticon]我这个体系收敛好慢，还想着用ORCA找……看来还得老老实实g09啊
优化结构结构没问题吧，g09跑完IRC，取出最后一步结构，拿到ORCA优化找极小点
用g09找过渡态，有办法固定苯环键长（苯环整体还可以动），以达到减小计算量的目的吗？
A:
固定那个减小不了计算量
opt(updatemethod=xxx)
减不了
Q:
SCF的计算量肯定减少不了，但是减少了核运动自由度，从而可以减少SCF的个数啊
A:
你固不固定都要算那些的受力，只不过走步、判断收敛时候不计入罢了
和SCF个数更没直接关系
仅对于数值梯度，你明确指定要算哪些变量，这时候你少算一些将它们固定才能降低耗时
Q:
1、读取初始结构
2、初猜，SCF迭代至收敛得波函数和能量
3、调整原子坐标
4、上一步的波函数得到作为初猜，SCF迭代得到波函数和能量
5、比较2和4的某些指标的差异是否达到收敛标准
6、不收敛，调整原子坐标，SCF
7、不收敛，调整原子坐标，SCF
……
n、收敛，结束优化。
固定后不用调整那么多的坐标，不就减少了省略号里面的循环次数么
A:
优化不是一个坐标一个坐标来的，而是整体一起变化的。固定一部分不代表能让总步数减少。
----------------------------------------------------
2015.10.12 01:26:14
Q:
怎么看中心金属到碳碳双键中心的距离啊@Sobereva
A:
根据几何关系一算就出来
----------------------------------------------------
2015.10.12 01:36:44
Q:
哦，明白了，谢谢老师
老师，英文文章的发表也需要查重吗？
A:
你指的是谁查重？出版社？
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:25:14
Q:
老师您好是不是原子之间距离太小就不能做CDA
A:
没这个限制
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:25:14
Q:
请问各位老师这个式子Hcorr = Etot + k*T H和E的单位是J/mol 玻尔兹曼常数k的单位是J/K乘以温度之后单位是J 为什么可以跟E相加啊？
A:
kT是单个分子的能量。一般用的H、E都是KJ/mol，此时你应该加RT而不是kT
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:25:14
Q:
[图片]老师一个反应物，一个产物，分子结构对应，原子序号一致，但成键方式不一致，可以用QST2的方法找寻过渡态吗@Sobereva
用ts尝试了许久，仍未找到过渡态，尝试使用qst2
[图片]四元环过渡态
[图片]
A:
可
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:25:14
Q:
请教各位老师，在查看gaussian输出log文件中的偶极矩时，是看文件中间输出的[图片]，还是看文件最后的[图片]？同时两个值差别较大，分别是什么含义？
A:
单位不一样，一个debye一个a.u.，而且朝向不一样
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:25:22
Q:
请问什么软件能算EPR性质
我用orca算，一个月都没有算完，正常吗
A:
高斯就能算
开壳层体系高斯直接就输出原子核的自旋密度，简单换算一下就是超精细耦合常数的fermi contact
g-tensor做完NMR会输出
Q:
您指的简单换算，哪里有说明呢
A:
J. Phys. Chem. A, 101, 3174 (1997)
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:27:10
Q:
[图片]大家能帮我看看acrobat对指定文件夹文档的进行搜索的功能，是怎么用啊，我下载了Multiwfn程序的451篇文章我怎么去找自己要的实例
A:
进入acrobat完整的搜索界面，里面能设对某个文件夹里的所有pdf内容进行搜索
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:28:42
Q:
Small interatomic distances encountered:
2 1 4.87D-03
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l202
老师这是我做CDA的错误提示
A:
这不是CDA的事，是高斯的限制，你也可以不让高斯做距离判断。但满足不了这个判断的话，结果本身也没什么意义
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:29:59
Q:
老师，对于用超极化率密度分析超极化率的，第一超极化率也可以用Z方向来表征吗？
A:
博文的例子不就用的是Z么
Q:
老师，那是分析第二超极化率的，第一超极化率呢？
A:
也可以啊
极化率也是，套路都是一样的，只不过是求导阶数不同而已
Q:
也就是设定好了坐标，各个方向的分量也就是固定的了，变化规律也是一样的了？
A:
变化规律指什么？
Q:
第一超极化率如果增加，Z方向的分量是否也跟着增加呢？
换句话说，Z方向的分量是不是第一超极化率的主导呢？
A:
不能说Z主导，也可能比如YY主导。
如果你作超极化率密度图的时候习惯以ZZ轴来做，你可以先把超极化率各个分量算出来，看看哪个分量大，比如YY大，你想着重考虑它，你就计算前先把体系的Y旋转成Z再算超极化率密度
Q:
一般来说，比较大的是占主要作用的，是这个意思吧
A:
对
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:31:23
Q:
老师，我想请教一下，纤维素（大分子）吸附还原糖（小分子）的模拟中，能不能通过什么方法算出结合能或者说吸附能呢？？？
A:
复合物能量减两个分子的能量
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:33:31
Q:
[图片]请问优化这种主客体复合物，用什么方法比较合适？谢谢，其中有一个Zn2+离子
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
orca的话，大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:39:11
Q:
请问老师，对于一个体系，进行了AdNDP 搜索非平面五元环5c-2e，又计算这个五元环的多中心键级0.0083，NICS(1)ZZ=-45这能说明这个五元环具有芳香性吗?
A:
可以
Q:
多中心键级不小吗？谢谢老师
A:
我忘了，你和典型的5中心芳香性体系C5H5-对比一下就知道了
----------------------------------------------------
2015.10.12 10:47:11
Q:
sob老师您好，
[图片]
有无办法去掉这些红色区域
降低等值面值的话，绿色那部分又稀疏了
嗯
是的
范德华
A:
调整settings.ini里的RDGmaxrho，把数值设小点（即只保留密度较低的区域）。
或者你算完RDG格点数据之后，先看一眼散点图分布，然后把sign(lambda)rho数值比较正的范围的RDG数值设为很大值比如100，就可以屏蔽掉那部分的贡献。界面上有相应选项。
----------------------------------------------------
2015.10.12 11:13:01
Q:
老师，在新版本的Multiwfn里面绘制DOS的时候，如果我想绘制某个特定片段的p轨道的话，[图片]我选择了cond功能，然后选择原子的序列号，condition2 选择的a，后面我直接选择了一个P是不是就是对这个片段的所有P轨道的描叙呢？而且在绘制DOS的时候，Y轴态密度不要要给它加个单位吗？
A:
态密度不用单位
要输入P而不是p，注意看屏幕提示
Q:
谢谢老师，[图片]那对于像这样的直接绘制2S,5D,6P轨道的我很茫然[Emoticon]
A:
搞清楚基函数壳层跟原子轨道壳层的对应关系，加入相应的壳层到片段里就完了
----------------------------------------------------
2015.10.12 11:13:13
Q:
老师可以帮我发一下sobMECP 的链接吗
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2015.10.12 12:01:17
Q:
弱弱地问一下，DFT方法用D3校正与不用D3校正，对能量有影响，那么对优化的稳定点结构有无影响？谢谢
A:
有影响
----------------------------------------------------
2015.10.12 11:41:11
Q:
[图片]老师，这个操作具体是怎么进行？
A:
下个ultraedit玩玩自然就明白了
Q:
这对我绘制键级曲线有什么用
老师，我想问一下，我可否利用绘制键级的方法同样去绘制键长曲线？
A:
键长曲线直接在gview就能绘制
Q:
老师，有没有相应的文章介绍？
A:
[图片]
Q:
好的，谢谢老师
老师，不想想用Ultraedit，想用awk命令做
您能指导一下吗
A:
自行google
Q:
恩恩
老师，把out.txt最后一列提出来，然后导入到诸如origin之类作图程序里。我不懂仅仅提取这一列有什么用。
A:
你先理解out.txt每一列是什么意思
Multiwfn输出任何文件的时候屏幕上都有明确提示
Q:
最后一列是键级
我知道
A:
那还有什么可问的？
先琢磨，琢磨一天还没明白我再回复
----------------------------------------------------
2015.10.12 12:12:25
Q:
sob老师，光致变色分子涉及到基态和激发态的转变，还涉及到圆锥交叉，这种激发态的反应路径用IRC能够模拟吗？找激发态路径的反应物和产物是不是都是需要平衡激发态结构的？
A:
找激发态的过渡态和找基态过渡态的步骤完全一样
Q:
涉及到交叉点得用IRD
molcas里面的mep可以用来算这个
除了 molcas 别的软件能算吗？据说圆锥交叉点结构在高斯里必须用CAS的计算水平才能算
这个目前基本上也只能用cas
除了molcas，没有别的软件可以
A:
绝对不限于molcas，能干这事的程序多了
比如GAMESS-US不仅限于MCSCF，在TDDFT水平下也能算
sobMECP稍微改改判断标准，结合高斯的TDDFT也能算
Q:
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/external/gansu/guser003/Program/g09/l101
老师这是我做MECP 时的错误您帮我看看
在sobMECP文件夹中编辑Input_Header_A文件成为如下内容，对应单重态计算
%mem=6GB
%nproc=4
%chk=singlet.chk
#n B3LYP/6-311G** force guess(read)
First State
0 1
然后，类似地将Input_Header_B文件写为下面这样，对应三重态计算
%mem=6GB
%nproc=4
%chk=triplet.chk
#n B3LYP/6-311G** force guess(read)
Second State
0 3
注意上面两个文件末尾无空行，后同。可是练习里是这样输入的
A:
自行检查sobMECP产生的完整的高斯输入文件
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2015.10.12 13:41:25
Q:
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
这么好的杂志名字，结果IF只有0.6了。
算是中国人办得量化杂志吧。
可惜不受待见。
我记得张东辉老师也是编委会的
Advisory Editors
Saman Alavi (University of British Columbia, Canada)
Emil Alexov (Clemson University, USA)
Rob Coalson (University of Pittsburgh, USA)
Qiang Cui (University of Wisconsin, USA)
Weihai Fang (Beijing Normal University, China)
Hua Guo (University of New Mexico, USA)
Keli Han (DICP, Chinese Academy of Sciences, China)
Michitoshi Hayashi (National Taiwan University, Taiwan)
Kimihiko Hirao (Advanced Science Institute, RIKEN, Japan)
Guohui Li (DICP, Chinese Academy of Sciences, China)
Xiangyuan Li (Sichuan University, China)
Carmay Lim (IBS, Academia Sinica, Taiwan)
Wenjian Liu (Peking University, China)
Julie Mitchell (University of Wisconsin - Madison, USA)
Yirong Mo (Western Michigan University, USA)
J Gonzalo Muga (University of the Basque Country, Spain)
Hiroki Nakamura (Institute for Molecular Science, Japan)
N Sathyamurthy (Indian Institute of Technology Kanpur, India)
Kim Sharp (University of Pennsylvania, USA)
Zhigang Shuai (IC, Chinese Academy of Sciences, China)
Steven Shwartz (AECOM, Yeshiva University, USA)
Kazuo Takatsuka (University of Tokyo, Japan)
Antonio Varandas (University of Coimbra, Portugal)
Wei Wu (Xiamen University, China)
Yundong Wu (HK University of Science & Technology, Hong Kong)
Daiqian Xie (Nanjing University, China)
Xin Xu (Xiamen University, China)
Yijing Yan (HK University of Science & Technology, Hong Kong)
Jinlong Yang (University of Science & Technology of China, China)
Chinhui Yu (National Tsing Hua University, Taiwan)
Xiao Cheng Zeng (University of Nebraska-Lincoln, USA)
John Z H Zhang (New York University, USA)
Ruiqin Zhang (City University of Hong Kong, Hong Kong)
wiley和elsevier分别是哪个国家的？
A:
自引过度被镇压一次，人气和名誉伤了不少，而且文章下载也不那么方便，很多机构都没买它的库。比起IJQC、CTC一点优势没有，长久以来没什么学术地位。IJQC和CTC的前身THEOCHEM起码有过一些好文章历史也悠久
现在是恶性循环，IF比物化学报都低
Q:
嗯，感觉已经被抛弃了。
A:
而且JTCC审稿、出版还特别慢
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2015.10.12 14:40:03
Q:
老师：您好！这个是我穷举搜索双中心轨道的结果，[图片]这说明我的双中心轨道有9个，接着我在按2，进行3中心轨道搜索的结果如下[图片]，这个是不是说明我的目前没有三中心轨道。请问对么？
A:
不是一码事
临界点和轨道是不同的问题
Q:
老师：请问后面的那个（3，-3）表示什么意思？
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
都是AIM基础知识，不懂看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2015.10.12 14:51:37
Q:
请问，linux下8核，计算两个任务，各用4个核，是不是直接提交任务就好了？两个任务互相之间有没有影响的？
A:
没影响
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2015.10.12 16:12:27
Q:
各位老师好，我想问一下，在计算有弱相互作用存在的体系的偶极矩时，用什么方法基组比较好一些？
A:
键级没法绘制，只能计算数值
手册4.9节一堆例子
不要脱离手册
3.11节是原理介绍
跟有没有弱相互作用没关系。
B3LYP/def2-TZVPD很合适
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2015.10.12 16:13:29
Q:
键级和能级概念是一样的吗？老师
A:
两码事
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2015.10.12 16:16:08
Q:
老师请教：金属配合物中，中心金属和配体O之间的wiberg键级为0.71，但是NBO轨道中没有找到两个原子之间的成建轨道，这说明了什么
A:
不要把NBO当回事
找没找到随它去
Q:
什么意思，不理解
A:
甭管NBO
要么你去搞清楚NBO程序搜索NBO的规则，自然就知道其任意性、误导性很大
优化用什么级别跟计算偶极矩用什么级别没关系
Q:
但是定性的分析难道也不行吗？
A:
不懂它就别信它
共价作用略弱，就找不出BD
Q:
NBO里啥都是超共轭。这是什么意思呢？我的理解NBO分析就是把DFT得到的离域的波函数给它做成局域的轨道给显示出来吗
A:
NBO描述相互作用，除了BD就是超共轭，很偏激
Q:
那应该信什么呢？
A:
色散作用、静电相互作用根本没体现
键级就比“有没有BD”有意义得多
Q:
您的意思是说，我这里的WBI键级为0.71是可信的，但是没有找到成建反键轨道是不可信的？
A:
不是可信不可信，而是找得到找不到BD根本说明不了什么问题
Q:
另外，可以说WBI键级越大，说明两个原子之间的共价性越强吗，比如0.71的键级比0.46的键级共价性更强？
A:
没有必然关系，尤其是不同类型的键之间更没可比性
对键级的解释要结合实际问题和化学直觉
Q:
是同一类型的键
A:
也可以是强度差异，而未必是共价性的差异
本身Wiberg/Mayer键级对离子性/共价性就不敏感
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2015.10.12 16:25:50
Q:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/am300272f?journalCode=aamick&quickLinkVolume=4&quickLinkPage=2273&selectedTab=citation&volume=4
求助一篇文章
A:
[图片]
[图片]
违规一次，已记录
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2015.10.12 16:34:19
Q:
老师，iuserfunc= 23 可以计算-zP2zz吗？
A:
可以
alpha\beta\gamma密度的ZZ值都可以借助那个算
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2015.10.12 16:38:58
Q:
老师，上次请教您湿度条件要不要加溶剂模型的事，您说如果影响大就加、没影响加与不加都行。所以还想进一步请教您，我们实验的数据显示湿度的增加可以促进气体分子在表面的吸附量，这种情况计算时是要加溶剂模型吗？另外，气相反应的湿度条件和溶液中的反应在用溶剂模型时是否是一样的呢？
A:
常有人问涉及到在量化中涉及到反应物浓度、溶液浓度、PH之类的问题，湿度也属于这类
量化计算体现不出来这些东西，量化算的是一个或多个分子微观反应的瞬间，而上述那些都是统计方面的问题，不在一个层面
至于你的问题，如果反应有水才可能发生，没水就绝对不发生，算的时候就加溶剂模型。至于表面吸附量这些和量化计算根本没关系。
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2015.10.12 16:46:35
Q:
老师加显示水分子是不是就是直接把水分子放在模型格子里啊？
A:
是
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2015.10.12 16:52:21
Q:
sob老师，用G4mp2方法，一般是算单点还是做优化啊？体系大小适中。
A:
G4MP2是热力学组合方法，几何优化单点振动分析都自动做，你先看原文
Q:
好的！
那这个方法计算精度和CCSD(t)比较如何？
A:
G4MP2的目的就是用更小的计算量达到CCSD(T)级别的结果，所以只是近似而已
Q:
哦。那您认为：如果我用B3LYP方法跑出来一个势能面，然后用G4mp2跑一下势能面中的中间体、过渡态等，后者这个势能面的相对高低是否更准确些？
A:
没法那么弄。G4MP2根本不是算单点用的
CCSD(T)单点算不动就用双杂化泛函
Q:
我在一篇Angew中看到，势能面是G4mp2，但是给构型时是BMK方法，不明白为什么这样做。截图如下：[图片][图片]
A:
没必要学它
Q:
。。。。
A:
很多文章用的不对，有些是表达不对造成误解，有些则是作者自己改了一些东西才实现的，没有明确的好处就不要盲目效仿
所以你先把G4MP2原文看了再说
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2015.10.12 17:10:34
Q:
本身Wiberg/Mayer键级对离子性/共价性就不敏感”离子键也有键级的说法吗？
A:
没有
Q:
那“ 本身Wiberg/Mayer键级对离子性/共价性就不敏感”这句话的意思是？
A:
看群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space的讨论，特别是CH3结合不同基团时Mayer键级的那张图
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2015.10.12 17:18:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
自己到EMSL拷定义
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2015.10.12 18:24:11
Q:
老师， EDA-NOCV
(energy decomposition analysis with natural orbitals for
chemical valency)这种分析怎么做呢
A:
ADF做
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2015.10.12 18:55:27
Q:
sob老师，想咨询一下，multiwfn手册里的计算实例算出的苯酚分子面积大概133平方埃米，我用的不同的泛函和基组算出136平方埃米。
理论上，两个苯环的萘分子应当比苯酚分子面积大，而文献里萘分子面积还不到100平方埃米，比如
[图片]
萘分子也就73平方埃米左右。貌似差别很大
我的问题是，如果算分子表面积，用在计算分子与材料间单层平铺覆盖的时候，在已知材料表面积的情况下，怎样求得单位质量的材料可以单层平铺覆盖多少某种分子？用什么样的算法比较适当，multiwfn里面的算法得到的分子面积数据是否适用？
抛砖引玉，大家也一起讨论讨论[Emoticon]
A:
对面积的定义不一样，没有可比性。Multiwfn里用不同isovalue的电子密度等值面定义分子表面结果也明显不一样
平铺覆盖不应该计算表面积，而应该计算投影的面积
Q:
那再请教老师，分子投影面积怎么算呢？有没有简单的办法或者软件实现？
A:
我并不知道现成的能算的程序，但算法很容易
比如铺在XY平面，那么计算波函数文件时先让分子平行于XY平面。然后把一部分XY平面划分为均等的点（这些点的分布明显大于投影区域），让每个点对Z进行扫描，如果发现出现密度大于0.001的情况的话，就当成这个点是在投影区域内。这样求出在投影区域内的点数，乘上小格子的面积即可。
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2015.10.12 18:55:32
Q:
[图片]用b2plyp算的算的能量，最后的结果是HF= 还是MP2=？
A:
MP2
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2015.10.12 19:13:16
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
gv看IRC的界面里点右键选导出数据，有反应坐标的那一列
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2015.10.12 19:28:38
Q:
老师，高斯能量计算后要得到NBO文件，是不是在用输出文件计算时Keywords加上pop=（nbo，savenbo）？
A:
what is NBO文件？
Q:
老师，直接上图吧，我是想重复文献里的计算
[图片]
A:
写的不对。根本就没有NBO格点文件这一说，那就叫做NBO plot文件，并没有记录格点信息
做法见此文
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2015.10.12 19:54:08
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/000926149285747X ，求文献，谢谢大家
A:
[图片]
[图片]
违规一次，已记录
两张黄牌=踢
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2015.10.12 20:06:11
Q:
或说sob老师怎么知道sci-hub能否下载啊，你不会挨个试吧……
A:
当然试啊
要不然可能冤枉无辜
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2015.10.12 20:29:27
Q:
大神们，Guassview怎么算近红外区的光谱啊？
然而我想要近红外的图[Emoticon]各位大神们~[Emoticon]
近红外波数5000以上了~
是啊，这个图的单位是微米，要换算成波数cm-1，得求倒数再乘10的四次方
然而不是要分析官能团，只是想和实验值耦合
就是想分析一下理论的近红外区的光谱图，再结合实验的光谱图，做对比，看看符合程度如何
我想验证峰值
老师，所以就必须是中红外区的是吗？
A:
你可以用freq=anharmonic来算倍频和合频，能量和振子强度都会输出
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2015.10.12 20:57:15
Q:
刚才看了Sob老师关于大体系相互作用的帖子，我还是有一点疑问。一个就是对于自己的小电脑可以用MOPAC来算吗，体系得有200多个原子。
A:
可以
Q:
老师，这个MOPAC手册里有关于优化结构的输入文件该怎么写吗？我看了你的帖子写的，但是还是有点不太懂。
A:
手册http://openmopac.net/manual/index.html
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2015.10.12 21:19:30
Q:
另外，补充一下老师给的中红外区域计算的建议， freq(anharmonic) 之后还需要加 IOp(7/33=1)，否则输出文件只打印频率，没有强度值。
A:
D.01版直接就能给出振子强度
Q:
我用的就是 D01 版，不加 IOp(7/33=1) 的确只给出频率值，没有频率对应的强度值
A:
给出啊
[图片]
Q:
哦这样子啊我比较关心熵焓自由能的计算，我看到有提及的
A:
以前的是不直接给出
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2015.10.12 21:26:42
Q:
老师[图片]我这个运行runall.bat这个后，没有生成相应的文件，老师，可能会是什么问题。
A:
确保高斯环境变量已经配置好了
否则没法正常调用g09
Q:
之前做过一遍，成功的，这是第二次，还需要重新设置环境变量吗
A:
检查一下呗
Q:
我重新设置了一遍还是无效
A:
进入dos再执行runall，是什么原因出错直接就能看到
然后自行分析
Q:
岂不是又要装一个dos系统？
老师，我的问题还没有回答呢[图片]
A:
你先上网搜怎么进dos[表情]
你先上网搜怎么进dos[Emoticon]
搜不到，花一天时间解决不了再问
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2015.10.12 21:43:45
Q:
老师你好，我想问一下，模拟荧光光谱计算完成之后，该怎么提取出数据俩作图呢？
A:
[图片]
这里说的是算了3个态的情况
Q:
[图片] 这是我计算荧光的关键词
我应该只计算了一个态
A:
你算了30个态
没必要算这么多，浪费很多时间
此时你得把S2~S30的振子强度全都替换为0
Q:
请老师指教一下哦哦哦知道谢谢老师
[图片] [图片] 老师这样是否正确呢？
A:
否。
你只保留S1不可能还会显示其它的峰
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2015.10.12 22:20:42
Q:
到哪儿找适用于Ubuntu的X9DRL-IF主板驱动[表情]官网上似乎只有redhat
A:
芯片组驱动不装也没大碍
Q:
呃~~现在ubuntu显示起来巨慢无比
A:
集显么？
Q:
[Emoticon]刷新频率几HZ的样子？
恩
A:
你就选RHEL那个试试
Q:
我试一下
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2015.10.12 23:01:12
Q:
[图片]各位老师，请问这是什么错误，输入文件没有错误，谢谢@Sobereva
[图片]
A:
你就用linux版吧
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2015.10.12 23:02:11
Q:
[图片]我找到了错误。这个错误是因为得的那个环境变量没有设置好吗？
A:
你没把g09目录加到PATH环境变量下
所以找不到g09
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2015.10.12 23:35:40
Q:
写了个fortran练习题如图[图片]
采用gfortran编译后出错图下图：[图片]
求如何修改这个练习题语言的写法
A:
inch改成a%inch，cm改成a%cm，meter改成a%meter
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2015.10.13 11:44:54
Q:
老师，g09 不是内部或外部命令，也不是可运行程序。后来我修改了环境变量，但是，依然不行。
写了
我是直接找到根目录，复制过去的
[图片]
[图片]
恩恩
您好，我使用了完整路径，还是不行。
A:
PATH环境变量absolutely，100%，没定义对
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2015.10.13 11:44:54
Q:
老师，在绘制DOS图的时候我自己做了一个测试，以Ca(OH)2为列，对片段的定义时候选取了Ca，cond-a1（Ca的原子编号是1）-P,那么久得到Ca的所有P轨道的DOS啦，[图片][图片]，然后我又换一种操作方式检验一下。在定义片段1的时候，我选取all，[图片]，然后选取s 3,5,7,9加到片段之中（认为type XYZ对应P壳层），绘制出来[图片]（使b3lyp/6-31g*)，还有对于新版本的Multiwfn新增加的功能[图片]LDOS是什么功能啊，里面的point和line是有什么区别吗？
A:
按屏幕提示输入啊。condition 1让你输入编号，为什么开头还输入a啊。这样的话可能其它原子的P壳层都加进去了。
Multiwfn所有东西在手册里都有介绍，LDOS在手册4.10.2节就有例子。
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2015.10.13 11:44:54
Q:
麻烦问下 [图片]怎么让它显示氢键
A:
增加个representation，drawing method用h-bond
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2015.10.13 11:44:54
Q:
高斯计算出现如下错误，一定是硬盘空间不够吗?
Erroneous write. Write -1 instead of 384862608.
fd = 18
orig len = 1233043800 left = 384862608
g_write
g_write: No space left on device
failed to open execfile
failed to open execfile
802891.39user 7023.64system 7:03:58elapsed 3183%CPU (0avgtext+0avgdata
395406548maxresident)k
116840inputs+690660400outputs (78major+1564161465minor)pagefaults 0swaps
A:
明显是硬盘不够
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2015.10.13 11:44:54
Q:
高斯中能不能只计算分子中某个片段的相互作用，如计算A分子的某个基团和B分子的某个基团的相互作用，将不计算的原子用-Bq定义为虚原子是否可行，求大神指教~
A:
不能。你得做pairwise型的能量分解，比如Mayer能量分解、IQA能量分解，或者就用最简单的原子电荷+LJ势，得到每个原子之间的相互作用能，然后再加和成片段的。除非你说的两个片段间的相互作用和其它片段间的耦合较弱，此时你删掉其它部分，且把边缘适当饱和，然后算相互作用能就完了。
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2015.10.13 11:44:54
Q:
老师，看了做ECD计算的文献，想请问一下基态优化后，需要用频率计算的输出文件做能量计算才可靠吗？还是频率计算只是在需要求玻尔兹曼分布时才做呢？谢谢
[图片]
A:
不是。
优化完了得做振动分析，看是否有虚频，并且同时得到自由能，有了自由能才能根据波尔兹曼分布计算比率
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2015.10.13 11:44:54
Q:
[图片]麻烦老师帮忙看一下我的输入文件有问题吗
不行，还是报错
L114
[图片]
貌似我应该指认可变的参数
A:
强烈不建议用CCSD(T)这类连解析梯度都没有的方法做振动分析
而且这么写绝对不行，没有解析梯度的方法优化必须指明要优化哪些坐标，要用变量表示
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2015.10.13 11:44:54
Q:
老师，在文献阅读中：The double-zeta basis sets LanL2DZ and additional f-type polarization functions (αf = 0.75) for both Au and Pt atoms were used with the core electrons represented
by the corresponding effective pseudopotentials。这种αf=0.75是什么意思啊，这要是输入文件怎么写？
A:
怎么添加额外的极化函数这里写得很明确
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.10.13 11:44:54
Q:
请教各位老师CBS-QB3的全称是什么？
A:
没必要写全称，写了全称别人反倒不认识。非要写全称就看原文
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2015.10.13 11:44:54
Q:
请问 multiwfn等值面图更改坐标范围在哪儿呢？
请问 multiwfn等值面图更改坐标范围在哪儿呢？
@Sobereva
[图片]
只找到的更改stepsize的地方
A:
计算之前定义平面的时候，平面定义多大范围就有多大。不是在后处理菜单改的。
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2015.10.13 11:44:54
Q:
请问老师，高斯输出这个错误怎么破[图片]
A:
加大%mem，提示里写得很清楚，有问题先尝试自行分析
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2015.10.13 12:09:18
Q:
请问一下Gaussian09里面的 DGDZVP 与文章中所说的 DZP 是一回事吗？
还有所谓的 gradient-correct DFT level 是不是就是 B3LYP ?
A:
Gaussian中可以使用DGauss程序中的DGDZVP、DGDZVP2、DGTZVP基组，开头的DG是DGauss的缩写以免混淆，后面的DZVP,DZVP2,TZVP就是常规意思。这种基组专为LDA计算而优化。
DZP和那不是一码事
那一般是指GGA
Q:
哦，老师，那Gaussian09 可以直接写 DZP 吗？DZP和DZVP有神马区别呢？
A:
这种过气基组不要用
Q:
哦，谢谢老师，那现在就直接用DZVP就好了，是吗？
A:
不是，这都是非主流基组，除非你要完全全重现某文章的数据，否则别用这些基组
Q:
哦，我就是想看看计算的和文章中符合不符合，谢谢老师。老师，如果优化一个富勒烯碳笼子，比如C60，要想优化出的结构更好一些，有没有特别的要求啊？用常规的B3LYP/6-31g**去优化可以么？
A:
这种级别没问题，很合适
Q:
哦，谢谢老师！
老师，属于GGA的泛函一般有哪些啊，B3LYP是吗？
A:
[图片]
Q:
哦，好的，谢谢两位老师，那从上面的PPT来看，B3LYP已经把GGA考虑进去了，是吧
A:
对
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2015.10.13 12:09:48
Q:
有会画热椭球图的吗
[图片]
类似这样的
A:
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
http://sobereva.com/151
Q:
老师，这个热椭球是不是原子振动的性质，实验做不出来画这样的图是为了好看吗？
A:
能测啊
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2015.10.13 12:46:09
Q:
帮主, 能不能点评一下XYG3算法，这个算法好像是复旦大学的刘昕研发的，他的报告里面说XYG3算法无论是精度还是花费都好于B3LYP，是不是可以认为XYG3就可以完全取代B3LYP ......
A:
那是双杂化泛函，花费比B3LYP“好”是绝对不可能的
XYG3和B3LYP比没任何意义，要比就跟目前最好的双杂化泛函DSD-BLYP比
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2015.10.13 12:58:27
Q:
谢谢sob老师，请问怎样将纵坐标设成不从0开始呢？因为留的空白太多了。[图片]
如果直接设置的范围的话，只是扩大了
A:
意义不明
贴图
Q:
[图片]
怎样能调整坐标把分子能框在中间
也就是说怎样把纵坐标设为 6.3--19.0 横坐标设为6.0---21.0
A:
减小延展距离
或者自行ps
后者自行设定作图平面的原点和平移矢量、平移次数
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2015.10.13 13:53:02
Q:
老师，我没搞懂ECD计算流程，是用基态优化的输出文件还是用频率计算的输出文件做能量计算呢？
有些文献即使不做玻尔兹曼分布计算，为什么还要加一句做频率计算呢？例如下面这篇说频率计算判断构型稳定性，是不是保证频率计算没有虚频就代表构型稳定呢？
[图片]
A:
ECD和振动分析根本没关系，得做电子激发计算，除非是指需要考虑玻尔兹曼平均。VCD才需要做振动分析
没虚频是极小点结构的必要非充分条件
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2015.10.13 14:28:57
Q:
老师，对于LDOS在手册的上的学习，我找完手册的4.10章节，也没找到4.10.2节您所说的例子，在Adobe Reader 里面搜索手册手册的LDOS的关键词也没能找到[Emoticon]
A:
看最新版本手册
文献包里目前没有LDOS的例子
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2015.10.13 14:44:53
Q:
请教一个荧光计算的问题
高斯09中有一个荧光计算的例子
第4步的计算中，最后面的两行数字是什么意思？
Step 4: Relaxation of the excited state geometry. Next, we perform a TD-DFT geometry optimization, with equilibrium, linear response solvation, in order to find the minimum energy point on the excited state potential energy surface. Since this is a TD-DFT optimization, the program defaults to equilibrium solvation. As is typical of such cases, the molecule has a plane of symmetry in the ground state but the symmetry is broken in the excited state, so the ground state geometry is perturbed slightly to break symmetry at the start of the optimization. We retrieve the geometry and other data from the checkpoint file from Step 2:
%oldchk=02-ac
%chk=04-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol)
Geom=Modify Guess=Read Opt=ReadFC
Acetaldehyde: excited state opt
Modify geometry to break Cs symmetry
since first excited state is A"
0 1
4 1 2 3 10.0
5 1 2 7 -50.0
A:
对二面角进行随意修改以破坏对称性
因为激发态和基态点群不一样
Q:
随意设的值吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.10.13 15:15:40
Q:
过渡态这样算震荡吗？[图片]
应该算吧，你还是等sob正解吧
A:
算
同时也观察轨迹
Q:
那怎么办
[图片]
要甩链接了要甩链接了~
A:
老生常谈，博文连接都懒得贴了
Q:
[图片]
A:
贴了无数遍，再贴都没意思了
----------------------------------------------------
2015.10.13 15:44:28
Q:
请问这个错误怎么解决？Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on. 输入文件是#p opt=(cartesian,gdiis) freq=noraman M062X/gen EmpiricalDispersion=GD3BJ iop(1/8=7) optcyc=2000 pseudo=read scf=(maxconventionalcycle=100)
A:
#p opt freq M062X/genecp EmpiricalDispersion=GD3
----------------------------------------------------
2015.10.13 15:54:18
Q:
[图片]任务正常结束，打来LOG文件老师提示这个错误是怎么回事呢。重启了GV也是这样
A:
无视
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:10:14
Q:
“将小基组收敛的波函数作为大基组计算时的初猜”这句话的意思是用guess=read读小基组的chk文件吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:15:39
Q:
请教老师，计算ICSS保存的cub文件，通过VMD想做出来类似于多层等值面的图形，有相应的帖子指导吗？谢谢老师！[图片]
A:
http://sobereva.com/216
第七节就有例子啊
Q:
[图片]外边这个等值面是怎么设的数值？我做出来的是没有这个外面包围的啊？
A:
自己调调isovalue不就知道了
多试
Q:
哦哦好的谢谢老师
还要请教老师，VMD这里面的等值面设的数值和multiwfn中ICSS显示调节的等值面有什么联系吗？
A:
同样isovalue下，Multiwfn直接看到的等值面和VMD里是完全一样的。只不过VMD能显示多层以及截面
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:20:19
Q:
国内教材虽说首推曾谨言但是曾谨言的书其实乱七八糟的
A:
某本书/某篇文献的公式没写清楚，就再看其它书其它文献
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:24:43
Q:
老师，请问Gaussian的输出文件中会有分子极化率和密度吗？我看的OPT和FREQ的输出文件中好像没有。
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
Q:
好的，谢谢老师。
A:
这里都写着
没法算密度
很粗略估算的话只能算出分子体积，然后折算成密度。更准确写的方法是用Multiwfn做定量分子表面分析得到一些分子描述符，然后用QSPR方程估算。
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2015.10.13 16:28:56
Q:
嗯嗯好的非常感谢老师[Emoticon]，老师，ICSS做出来的图能不能把分子那一部分是透明的，屏蔽那一部分不透明的？不是帖子中这样的俯视图像，[图片]而是对于一个立体图形能完整显示的那种？
A:
理解不能
要让等值面透明就在VMD里把材质改成透明
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:32:48
Q:
求教一个我们经常所说的SCF不收敛和Convergence failure -- run terminated.是一个意思吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.10.13 16:56:40
Q:
sob老师，打搅您工作了。有个小问题请教您：在一定范围内，物质A有5个重复单元，那么对于这种物质来说，重复单元之间的内相互作用可以计算出来么？[Emoticon]i love you
强相互作用，叔
并不是那种远程的弱相互作用，重复单元之间挨得很紧密
嗯嗯，这个还可以，结合能是相互作用的一种表示，叔，请问还有别的方法可以来描述这种内相互作用吗？
A:
用我前面说的那些pairwise的能量分解方式，对于氢键，可以用BCP的势能密度估算每个氢键强度（手册4.2.1节有例子），另外也可以用Multiwfn手册上4.1.2节的方法用静电势来估算每一对儿作用强度。
对于几个单元之间耦合弱的情况，直接一个片段一个片段拿出来算也可以。
Q:
谢谢您我这就去学习一下您说的pairwise能量分解方式
[图片]
各位老师，打搅你们了，有个小问题请教一下：请问我在能量计算的时候：结构优化完毕，做频率分析检查没有虚频（非过渡态），在频率计算的输出文件中寻找 SCF DONE 和zero-point correction 对应的能量相加，就是经过零点能矫正的结构的能量。请问这个经过矫正的能量就是体系的总能量吗？
因为之前一直在做激发态，现在老师让我做能量计算，所以很多不懂，给您添麻烦了，叔@Elaine
A:
算哪种能量，取决于你干什么
Q:
[Emoticon] @Sobereva
噢，谢谢叔，谢谢sob老师。我目前正在学习计算分子结合能、键离解焓
A:
理论研究结合能就用电子能量就够了
算反应热，或者结合前后热效应用焓
----------------------------------------------------
2015.10.13 17:30:20
Q:
叔，我的考虑是：因为所研究的高分子DP比较大，我要是研究整个体系的能量，是不是很难计算出来？
我以前用PM6优化过很大很大的功能高分子
谢谢叔，我回去就试试PM6。不过有一个小问题请教一下：由于是高分子，那我怎样才能把结构完全表示出来呢？因为它的链段太长了
也很难有晶体。。
A:
建议你在MOPAC下做PM6-D3H4计算
PM6描述色散很糟糕
Q:
用PM7也可以
A:
后来有些文章表明PM7对弱相互作用描述比PM6-DH+、PM6-D3H4要差不少，所以后来我就不优先推荐用PM7了
Q:
是么，不晓得～
A:
看了这篇，我就不推荐PM7了：DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00296
而且之前有个测试也表明PM7有点缺陷
PM7、PM6-DH+半经验方法在优化碱基对儿时的失败
http://sobereva.com/217
PM6-D3H4也没这问题。早先的MOPAC2012还不支持这个，后来一看已经支持了，就成了我首推的了。
----------------------------------------------------
2015.10.13 17:56:39
Q:
最小的是虚频，但不是我想要的振动
图真大。[Emoticon]
但这个肯定不是你说的过渡态的虚频了
qq 录下来的视频好小，怎么设置
用hypercam
[图片][图片]
这是qq录的吗
或者直接用GV自带的录像工具
A:
第三方录像工具我最推荐oCam
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2015.10.13 19:38:25
Q:
叔，sob老师，晚上好，打搅你们工作了，我计算得到了一组SCF DONE以及zero-point correction [图片][图片]，请问怎样才算是把二者对应的能量加起来呀？是-1297.85877945+0.366749么？[Emoticon]
A:
第一幅截图下面直接就有啊
Q:
噢，老师，请问是这些吗？[图片]
A:
[图片]
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2015.10.13 19:44:25
Q:
[图片]老师，高斯计算结果出现这种情况，请问怎么破？
A:
贴关键词
Q:
#p b3lyp/lanl2dz pbc=nkpoints=240 pop=full iop(5/33=1,5/103=10)
[图片]
A:
int=ultrafine scf=novaracc试试，还不行换个基组试试
Q:
iop(5/33=1,5/103=10)
是干嘛用的……
A:
这是为了获得能带信息
Q:
老师要换的话是不是换b3pw91？
A:
不像泛函的事
而且这两个大同小异
----------------------------------------------------
2015.10.13 21:44:36
Q:
求教一个问题，在个g09中，opt+feeq正常结束后出现虚频该怎么做，我在网上看见有些帖子说GV里面打开log文件然后点击虚频，将Manual Displacement的数值调到0.2，然后保存结构，之后与优化后的分子坐标相加，以此作为初始坐标，再进行优化，之后的过程是个怎么操作的过程，完全没看明白
A:
保存结构就完事了，保存成新的输入文件就完了
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:04:04
Q:
请问如果四个原子围成的环中间有一个环临界点RCP，这个临界点与这四个原子共面，但这四个原子之间完全不存在键临界点BCP，这是否正常？有可能是什么原因？
问题比较长，其实就是几个看起来成环的原子，有没可能在不出现BCP的前提下出现RCP?
A:
不好说，最好有电子密度梯度线图，一看就明白了
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:05:56
Q:
Sob老师，麻烦看下我那个Fortran输出问题，谢谢
A:
warning无视就行了
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:15:00
Q:
请教一个问题，做垂直激发时，每个td都有好几个振子强度，用来表征分子的振子强度要取哪个
A:
振子强度是各个跃迁的特征，不是分子的特征
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:16:07
Q:
电子密度梯度线图就是这样啦：
[图片]
我有考虑过会不会是BCP没有找到，但
The number of critical points of each type:
(3,-3): 150, (3,-1): 196, (3,+1): 53, (3,+3): 6
Poincare-Hopf relationship verification: 150 - 196 + 53 - 6 = 1
Fine, Poincare-Hopf relationship is satisfied, all CPs may have been found
A:
那个条件只是找全的必要非充分条件
很有可能漏了BCP
如果怀疑的话，可以用此文的方法检验
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:25:27
Q:
咱们群主怎么不去弄个研究员当当，我看费超现在弄了个研究员
研究员=研究人员
A:
比起研究员我愿意当民科
比起将军我愿意当侠客
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:28:33
Q:
各位老师，就是我研究的相互吸附，用homo，lumo分析其活性位点，这样做对吗？懂的指点一下，谢谢各位
A:
什么吸附？若是物理吸附和这没关系
Q:
是我们研究一个吸附机理，根据实验推测是物理吸附，但是我算下来结合能有-50多了，也比那个物理吸附超出很多了
-50多了，单位？
即使用拓扑分析的功能6的 3 Set the sphere center at midpoint between two atoms
选择任意两个铜的中点，也不能找到Cu之间的BCP
A:
用6，暴力搜索。还不行改改搜索参数
或者就按博文说的先作RDG图看看，不过你的体系8成应该是有BCP的
Q:
单位KJ/mol
是我们研究一个吸附机理，根据实验推测是物理吸附，但是我算下来结合能有-50多了，也比那个物理吸附超出很多了单位KJ/mol
A:
你作个RDG图，看看是不是非共价相互作用
Q:
是就是要小于50,20-30多
老师RDG图是根据什么软件做呢？
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:40:12
Q:
请问下sob老师，我mac的MultiWFN打开是这个错误，[图片]
但文件夹里是有这个dylib文件的
[图片]
只是路径应该是Downloads/Multiwfn_3.3.7_bin_Mac/而不是Downloads/Multiwfn_3.3.7_bin_Mac/Multiwfn，不知道该怎么解决，settings.ini 里没找的路径的设置
A:
按照手册2.1.3节配置环境变量
Q:
手册2.1.3节说参考2.1.2第五点，那里说If you prefer to boot up Multiwfn from different folders, you'd better set Multiwfnpath environment variable, so that Multiwfn can find settings.ini file properly (see Section 2.3 for more detail about this file). For example, the executable file of Multiwfn is /sob/Multiwfn_bin_Linux/Multiwfn, then Multiwfnpath should be set as /sob/Multiwfn_Linux.。但settings里我没找到Multiwfnpath，我自己加了这样一行也不行
[图片]
A:
Multiwfnpath是环境变量，不是在settings.ini里加的
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2015.10.13 22:45:00
Q:
记得sob有过钱和文章都是rubbish的表述，再加一条，职称也是rubbish
sob指的肯定是为了名利的灌水类的泛泛文章呗
A:
对头
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2015.10.13 22:53:58
Q:
(1)如果是Windows系统，把script目录下的runall.bat拷到那个目录下，然后双击之，就会调用g09来执行此目录下所有.gjf文件。然后在就生成了c:\IRC\Watamote0001.wfn、c:\IRC\Watamote0002.wfn...以及c:\IRC\Watamote0001.chk、c:\IRC\Watamote0002.chk...
老师，我[图片]的结果没有WFN文件
只有out文件输出
A:
检查gjf文件
Q:
我打开过，是正确的
A:
并且检查.out文件，看到底正常结束没有
贴gjf文件
Q:
our文件好像不对
没算完
Out 文件里没有东西
A:
[图片]
Q:
[图片]我的Out文件是这个样子的，我把之前您说的所有文件名都把空格删了，还是不行
A:
路径名别有空格
文件名用空格是大忌，这是计算机常识
我只是指涉及命令行模式时。
纯图形界面的操作没这事
----------------------------------------------------
2015.10.13 23:22:02
Q:
The data was obtained by evaluating B3LYP/6-31G* density (a) or promolecular density(b) and gradient values on cuboid grids.其中promolecular density怎么理解？？@Sobereva
A:
将分子的密度近似为分子中每个原子在自由状态下密度的叠加
称为准分子
Q:
multiwfn能算promolecular density么
A:
能
Q:
好的我明天查一下手册
好的 [emoji]我明天查一下手册
能弱弱的问一句，既然有真是状态下的密度，那么算这个准分子密度有什么意义么
A:
有各种意义
比如真实密度与它求差，就是变形密度，体现了形成分子过程中原子的密度怎么变化的
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
这里就有变形密度图
就是第6节
Q:
谢谢
A:
另外比如Hirshfeld把分子空间划分为原子空间时就是基于promolecular这个概念定义的原子权重
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2015.10.13 23:47:33
Q:
我一个三重态的输出文件（关键词# force td=(triplets,nstates=6,root=1) b3lyp/genecp ）用Multiwfn分析电荷（功能18 -> 1)结果里说Multiplicity of this excited state is 1，这对吗
A:
你用的是0 1？
Q:
0 3
哦我懂了
但这样高斯会去算单重态？
A:
你用0 3的话，基态是开壳层波函数，此时triplet关键词就没有意义，算出来是什么态就是什么态，要根据<S**2>判断。Multiwfn此时无法自身来判断
Q:
哦这样
谢谢sob老师
S**2是自旋平方？我得到的几个态这个值都~2
A:
说明基本上是三重态
----------------------------------------------------
2015.10.14 00:37:12
Q:
老师，能否通过高斯计算出的吉布斯自由能来比较2个同分异构体的稳定性？
A:
@ 可
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2015.10.14 00:37:12
Q:
我画一个charge transfer三重态的hole distribution，
[图片]
和手册里的[图片]
差好多。。改了下isosurface value也不行，怎么调整
哦那我换到windows下试试
A:
正解
windows没这个限制，linux和mac都得这样
Q:
什么意思，我直接读的fchk
A:
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ当中第四条，有说明
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2015.10.14 00:53:06
Q:
sob老师，激发态优化用0 3 和0 1如果都选比如说第一激发态得到的结果会一样吗
A:
未必
或者说肯定不一样
Q:
你是单重态和三重态
我是想说如果我激发态都是三重态那基态怎么选会不会就没影响了
并不是 03 算出来的是第二三重态
没有标点符号，不好断句
恩比如0 1下第一三重激发态对应HOMO alpha->LUMO alpha，然后我算第二三重激发态，假设算出来对应的是HOMO beta->LUMO beta吧，如果0 3的基态就已经是HOMO alpha->LUMO alpha，然后他的第一三重激发是不是就是HOMO beta->LUMO beta，如果我算0 1下的第二激发，会和0 3 下的第一激发一样吗
恩好像不对
算的意思是…优化？
还是相同几何结构下的TDDFT?
这样对不对，比如0 1下第一三重激发态对应HOMO alpha->LUMO beta，然后我算第二三重激发态，假设算出来对应的是HOMO beta->LUMO+1 beta吧，如果0 3的基态就已经是HOMO alpha->LUMO beta，然后他的第一三重激发是不是就是HOMO beta->LUMO+1 beta，如果我算0 1下的第二激发，会和0 3 下的第一激发一样吗
同构型下的单点，或者优化也行
A:
优化的结构多多少少会有一些差别
对
Q:
恩所以我如果都比较激发态呢，01的第二激发和03的第一激发，那就都是tddft了吧
A:
那结果也不一样，参考波函数用的不一样
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2015.10.14 11:59:08
Q:
大家好，我在用赝式基组lanl2mb计算含Tl的分子时，计算出来的电荷是负值，请问，如果是对的怎么解释，如果不对，应该选用什么基组进行计算！谢谢！
A:
用Lanl2MB干嘛，这么烂。金属的原子电荷为负值是常见情况。
----------------------------------------------------
2015.10.14 12:33:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
公告一下：
如果有谁被群内成员骚扰，可以向群主直接打小报告，最好提供截图等证据。确认骚扰事实后，骚扰者会被直接踢出，并且不允许再次加入。
私聊信息、邮件中发送广告、宣传资料也算骚扰范畴之内
群主一定会严厉打击
Q:
私聊很常见哦。。。
A:
私聊无妨，关键是骚扰决不允许
----------------------------------------------------
2015.10.14 12:46:55
Q:
S老师，我在按您的文章安装amber14到我的电脑。操作系统ubuntu12.04, K20c卡。
首先要安装ifort, icc 12.1.0到默认路径，这怎么装呀？
A:
下载个装就完了
Q:
还有，我系统里面原来装有amber12。ifort, icc 12.1.0 Open MPI 是不是应该都有？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.14 13:40:10
Q:
我优化一个体系的时候用了全电子基组（有机部分）和赝势基组（过渡金属原子），优化成功后，欲算nbo和chelpg电荷分布，请问这个时候只用全电子基组的话会不会好点？
A:
没有NBO电荷，那叫NPA电荷
Q:
噢，对
A:
用小核赝势就行
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
----------------------------------------------------
2015.10.14 13:48:21
Q:
有没有人看过用量化理论推导计算物性（如：临界温度、表面张力、粘度）的文献？
A:
这不可能通过量化推导得到，不是一个层面的问题
讨论量化描述符和物性的关系非常多，诸如
[图片]
J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1005-1013
[图片]
Q:
动力学才能更好体现这些宏观的性质吧？
A:
MD、MC都可以模拟这些性质
----------------------------------------------------
2015.10.14 13:54:44
Q:
[图片][图片]请问混合基组里算NPA，这两部分哪个放在最后的？谢谢老师
A:
按什么顺序写手册都写了
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_input.htm
Q:
谢谢两位老师，我这问题水平有点低啊
A:
try try也自然就明白了
----------------------------------------------------
2015.10.14 14:05:35
Q:
老师，在用VMD绘制分子轨道时，xyz的方向就按vmd中给出的坐标轴确定就可以了吗？比如我想确定d轨道的方向，[图片]这种d轨道dz2还是d2-y2呢？谢谢老师
A:
对
Q:
是dz2吗？
A:
不知道坐标轴朝向不可能确定，知道了自然就确定了
Q:
老师帮我确定了，我就放心了，因为好像vmd的坐标轴方向和guassianr 不太一样
A:
绝对一样
Q:
[图片]老师，这个就是dxz是吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.14 14:19:59
Q:
sob老师，从NBO的输出文件中，想看看两个原子间是否成键，应该读取哪些关键词那？
A:
成键与否没有绝对标准，这是个程度问题，通常用键级衡量
Q:
那，NBO.out中也可以看吗？
A:
[图片]
Multiwfn手册4.9节有例子
Q:
恩
谢谢老师
A:
也可以绘制ELF图、做AIM分析之类
Multiwfn全能做
----------------------------------------------------
2015.10.14 14:27:29
Q:
老师，Multiwfn可以绘制前线分子轨道以及轨道的能量吗？[图片]
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.10.14 14:32:28
Q:
老师，我用multiwfn 输出分子轨道，为什么只能在屏幕上显示一部分呢？
A:
截图
Q:
[图片][图片]我点了show all，却只能看到1264以后的轨道，之前的都没有显示是为什么呢？
[图片]
A:
看手册5.5节
----------------------------------------------------
2015.10.13 22:11:24
Q:
如果你还没有对Gaussian运行环境进行配置，应当进入系统-高级系统设置-环境变量，把Gaussian的目录添加进用户的PATH环境变量，并新建GAUSS_EXEDIR环境变量，内容也定义为Gaussian的目录（如d:\study\g09w）。
老师这句话中，GAUSS_EXEDIR环境变量添加到系统变量还是用户变量？
A:
都行
Q:
那个PATH的环境变量是已有的，然后在后面继续添加一下高斯的目录就可以了吗？
A:
然
注意用分号和前面的分隔
Q:
我试试，今天试了一天还百度了其他的设置方法，仍然不行
[图片][图片] 老师，您看一下，我这样设置有什么问题。我已经没辙了。
A:
就是这样
没生效的话先重启一次
Q:
好，我重启一下去
[图片]老师，我重启了，还是不行，我要算的就是这个。
A:
你先在DOS里运行runall
你进dos后，如果运行runall还是找不到g09，你运行echo %Path%，看目录到底加进去没有
如果加进去了，再看g09.exe到底是不是在c:\g09w下面
Q:
[图片]现在错误不是程序不能用，是文件打不开？
A:
哎呀，你批量产生的gjf文件文件名别留空格
----------------------------------------------------
2015.10.14 16:45:53
Q:
在2*E5-2650 v2 的机器上装了Ubuntu server 14.04，还需要做什么配置启用CPU的Turbo增加频率么？
A:
不用什么配置
----------------------------------------------------
2015.10.14 16:48:48
Q:
老师，我的输入文件格式是这样，[图片]为什么总是这样报错？[图片]麻烦老师指点一下
A:
基组设定不对
----------------------------------------------------
2015.10.14 17:25:58
Q:
请问怎样将一个奈分子在gaussview中操作使其Z轴坐标为0？
（奈的分子结构是从晶体结构中导出来的，不是在gaussview中建的）
A:
按此文方法2，让分子平行于XY平面。http://sobereva.com/178
然后自行把Z坐标都替换为0即可。
----------------------------------------------------
2015.10.14 17:34:42
Q:
老师再弱弱地问下在gaussview中可以吗？直接在gaussview中画出的分子是可以的
A:
不可
----------------------------------------------------
2015.10.14 20:38:25
Q:
[图片]
[图片]
请问双分子反应，我的A+B大于TS能量了，怎么求A...B复合物的能量？可以使用最左边的点继续直接优化吗？
A:
A+B一优化就完了
Q:
谢谢sob，那两个分子的空间相对位置有具体要求吗？
A:
看具体情况了。如果有多种相对朝向的可能，得找到能发生反应的那种朝向的极小点结构
----------------------------------------------------
2015.10.14 20:39:18
Q:
但KiSThelP是基于气态模型下的速率？
A:
这根kisthelp本身没关系。你在溶剂模型下计算就行了
----------------------------------------------------
2015.10.14 20:41:42
Q:
那倒是，不过我感觉有些参数可能会根据不同的相来调整会更好吧
A:
并没有什么特殊参数
----------------------------------------------------
2015.10.14 20:22:26
Q:
[图片]
发现一个不错的动画图
A:
好图
收藏了
Q:
[图片]
改成google符合群主
A:
说道点子了，就是想要个google版
----------------------------------------------------
2015.10.14 20:25:31
Q:
群主，用mulliken charge 看多少价，这个方法可靠的么？还是需要什么特殊分析手段。
定性的看多少没有问题啊
定量谁还看mulliken charge啊
NPA更好吧
A:
价那种东西不是量化上的概念，是人为臆测的
比如二茂铁，算出来Fe的电荷还是轻微负值呢
Q:
价键时代遗留的，实验的总拿这玩意说话
A:
我很不喜欢这东西
Q:
价键理论现在已经过时了。。。
额，似乎得罪了福建那边一大票人
A:
他们搞的是现代价键理论
Q:
嗯
确实很多实验现在根本不是价键理论能够解释的
用价键做透热势能面很好
比如单电子sigma键等
所以某群友问 XXX能判断Cr的价态吗？还不如做NPA去分析原子电荷
A:
然
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2015.10.14 20:33:52
Q:
计算氢原子所带电荷数，哪个分析方法更好些呢
A:
NPA、hirshfeld、ADCH都可以
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2015.10.14 20:34:13
Q:
有做微观动力学模拟的吗
请问怎么从DFT结果得到速率常数
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.10.11 11 ~ 2015.10.14 20

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