求助使用Multiwfn计算分子的长宽高的几个问题

lixiaoxiao

老师您好：

学生又来打扰您了，想要请教您几个问题。万分感谢老师抽出宝贵时间为学生答疑。

一、计算分子长宽高时，启动Multiwfn后，载入此分子的fchk文件，然后依次输入

100

21  

All

会出现以下信息:

Minimum Xis   -1.69400000 Angstrom, at atom   134(C )
Minimum Y is   -1.69400000 Angstrom, atatom  2112(C )
Minimum Z is   -2.75500000 Angstrom, atatom  2177(C )
Maximum X is    1.69300000 Angstrom, atatom  4249(C )
Maximum Y is    1.69400000 Angstrom, atatom  2244(C )
Maximum Z is    2.75600000 Angstrom, atatom  2179(C )

其中 MinimumX， MaximumX，（X轴方向原子位置的最大值和最小值）它们代表的物理意义是什么？

二、下图中蓝色长方体的长宽高代表的物理意义是什么？蓝色长方体的长宽高为计算分子的长宽高，与第一个问题中的Xmax-Xmin，Ymax-Ymin，Zmax-Zmin为计算分子的长宽高,两者计算出的分子长宽高是不是不一样？

三、下图中“Ratio of atomic size”（原子尺寸比）代表的什么物理意义？下图中“Ratio of atomic size”设为了4，此时图上原子球的半径正对应于Bondi范德华半径。如果计算其他分子“Ratio of atomic size”这个参数应该怎么设置，才能使原子球的半径正对应于Bondi范德华半径？

四、计算乙腈分子长宽高

（1）    优化乙腈结构，得到乙腈分子chk文件（所用方法为b3lyp/6-31+g(d,p) ），然后将chk文件转为fchk

（2）    将乙腈分子的fchk拖入Multiwfn中，输入以下命令：

100

21

all

得到以下信息：

Minimum X  is   -0.88759694 Angstrom, at atom    6(H )

Minimum Y  is  -0.51245433Angstrom at atom      6(H)

Minimum Z  is  -1.55284368Angstrom ,at atom      4(H )

Maximum X  is  0.88759694Angstrom, at atom      5(H )

Maximum Y  is  1.02490866Angstrom, at atom      4(H )

Maximum Z  is  1.43320551Angstrom, at atom      2(N )

用Xmax-Xmin，Ymax-Ymin，Zmax-Zmin即得乙腈分子的长宽高为：

0.1775×0.153×0.2986nm3   与参考值0.18×0.20×0.32 有一定的差距，这是由于什么原因呢？

sobereva

你当前是提问帖，为什么选“Multiwfn资源与经验”分类？
而且你的标题“使用Multiwfn计算分子的长宽高”会严重令别人以为是分享计算经验（更何况原本我就有一个帖子叫《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》http://sobereva.com/426），而不是提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html了解本论坛发帖时候的标题规范。本论坛对于帖子标题有严格要求

这次给你改了，下次再违规乱写标题、乱设分类直接删帖扣分处理

sobereva

1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn给出的是对体系经过旋转之后的，不是输入文件里的原结构。而且还考虑了原子半径

3 使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
里面明确说了

"Ratio of atomic size"设置图中原子球的大小，如果设为4.0，则原子球半径将恰等于原子的bondi范德华半径，如果设为0，则相当于不显示原子球。

4 第2条我已经解释了

PS：别乱加弥散函数，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

sobereva

1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断，不是输入文件里的原坐标。而且还考虑了原子半径（显然衡量尺寸时box不能正好卡着原子核）

3 使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
里面明确说了

"Ratio of atomic size"设置图中原子球的大小，如果设为4.0，则原子球半径将恰等于原子的bondi范德华半径，如果设为0，则相当于不显示原子球。

4 第2条我已经解释了

PS：别乱加弥散函数，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

lixiaoxiao

sobereva 发表于 2021-11-24 08:53
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断，不是输 ...

谢谢老师的答复

lixiaoxiao

sobereva 发表于 2021-11-24 08:53
1 X坐标最小、最大的原子的原子核位置

2 输入size后Multiwfn是对经过旋转之后的体系进行的判断，不是输 ...

您好老师：
我仔细思考了您的解答，还有些疑问。
一、在Multiwfn中输入size后，所计算分子表面与蓝色长方体表面相切吗？还是说把"Ratio of atomic size"设为4.0才会相切？
二、box-蓝色长方体长宽高代表什么物理意义？
感谢老师的耐心解答！

sobereva

lixiaoxiao 发表于 2021-11-24 17:45
您好老师：
我仔细思考了您的解答，还有些疑问。
一、在Multiwfn中输入size后，所计算分子表面与蓝色长 ...

1 显然改成4.0才正好贴着盒子。这都没必要问，直接找个体系自己一看便知。

2 体现分子尺寸啊。光给个长宽高的数字多抽象，所以程序用盒子明确图形化展示出来

lixiaoxiao

sobereva 发表于 2021-11-24 18:42
1 显然改成4.0才正好贴着盒子。这都没必要问，直接找个体系自己一看便知。

2 体现分子尺寸啊。光给个 ...

谢谢老师的答复