求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟

YANGCHUANHUI · 发表于 Post on 2021-11-26 16:15:59

求助：
1、在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？
2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程；是直接拷贝README文件里面的命令从Minimization开始运行吗

3、更简单的，csh README，请问csh README是什么什么意思，具体怎么操作呀？

YANGCHUANHUI · 发表于 Post on 2021-11-26 18:36:44

当我按照READMEA上面进行运行，Equilibration:
gmx grompp -f step6.1_equilibration.mdp -o step6.1_minimization.tpr -c step6.0_minimization.gro -r step5_input.gro -p topol.top -n index.ndx

gmx mdrun -v -deffnm step6.1_equilibration（运行这一步时，出现如下问题，这是什么情况呀？）

botu · 发表于 Post on 2022-2-22 11:40:55

根据我的了解，csh README就是用c shell（默认用的shell一般是bash）去运行README文件，直接在命令行里面是输入“csh README”就行（前提是安装了csh）（这个方法比一行行输入README的命令快很多）

Tang_jh · 发表于 Post on 2022-2-23 10:37:37

直接 ./README 可以了

小毕17431 · 发表于 Post on 2024-10-28 22:44:50

朋友，请问你问题解决了嘛，求指教

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