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[算法与编程] 调用Multiwfn交互式resp电荷产生小工具:fitRESP.sh

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发表于 Post on 2021-12-1 20:18:03 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 丁越 于 2021-12-2 09:03 编辑

调用Multiwfn交互式resp电荷产生小工具:fitRESP.sh


  这个脚本是练习sob大大的博文(http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html)中一键计算RESP电荷的脚本,然后自己突然想着,为何不搞个那种交互模式输入计算参数的那种脚本呢?就比如冰冰老师的一键更新Multiwfn的脚本一样,界面非常漂亮。那先说下这个脚本的特点吧:

1.如果不手动指定计算参数,则在默认的参数下一键式进行RESP电荷的计算。默认的计算参数会在界面提示。

2.可以手动指定高斯文件的输入参数。如内存、核数、结构优化参数、单点计算参数、自旋多重度。

3.自行调用高斯,无需手动指定。(仅g09和g16)。

4.脚本也可以不局限于计算RESP 电荷,修改脚本最后的Multiwfn计算RESP 电荷部分,这个脚本就又可以一键式计算其他任务了。


使用方法:

./fitRESP.sh [文件] 。任何能被Multiwfn识别的带有结构信息的文件都可以当做输入文件。另外使用时一定要放到一个干净的目录下,防止脚本误读之类的问题。


下面是脚本全部采用默认时的输出界面:

  1. ################################### GENERATING RESP CHARGE ###################################
  2. => Generating the input file of Gaussian, please wait.....
  3. => Please enter the memory for Gaussian calculations, e.g., 10GB. Default: 10GB by press Enter :
  4. The default memory has been set as 10GB

  5. => Please enter the number of cores for Gaussian calculations. Default: 5 by press Enter :
  6. The default number of cores has been set as 5

  7. => Please enter the parameters for Geo_optimization. Default: b3lyp-D3(BJ)/def2svp opt scrf by press Enter :
  8. The default Geo_opt parameters has been set as: #p b3lyp/def2svp opt scrf

  9. **Note: pop=MK IOp(6/33=2,6/42=6) is the default keyword for SP, there is no need to add it manually**
  10. => Please enter the parameters for SP calculation. Default: b3lyp-D3(BJ)/tzvp scrf by press Enter :
  11. The default SP parameters has been set as: #p b3lyp/tzvp scrf

  12. => Please enter the charge and spin multiplicity. Default: 0 1 by press Enter :
  13. The default charge and spin multiplicity has been set as 0 and 1, respectively

  14. ----------------------------------------------------------------------------------------------
  15. >> Now invoking Gaussian for geo_opt calculations, please wait......

  16. real    0m6.851s
  17. user    0m27.805s
  18. sys     0m1.881s
  19. >> The Geo_opt calculation terminated normally ^v^. Now proceeding high accucy SP calculation......

  20. real    0m2.091s
  21. user    0m8.523s
  22. sys     0m0.590s
  23. >> The SP calculation terminated normally ^v^
  24. ----------------------------------------------------------------------------------------------
  25. >> Running formchk......
  26. >> Done!

  27. >> Now Start standard two-stage RESP fitting calculation.....
  28. >> Done! The RESP charges has been exported to H2O.chg in current folder
  29. ##############################################################################################
复制代码
   脚本的第一部分是输入计算参数,如果你想使用默认值的话就按照提示直接回车就行;如果你想修改结构优化部分参数,那么你就直接输入相应计算参数就可,如:"M062x/def2svp opt freq scf(conver=7)"。单点任务会自动读取结构优化产生的chk文件然后做计算 (geom=allcheck guess=read,单点部分不需要加该关键词)。另外注意单点计算上面的 "Note" 提示,不要在单点计算参数设置时再重复输入pop=MK IOp(6/33=2,6/42=6) 关键词了,脚本已经把这两个关键词默认了,否则的话导致计算报错。脚本第二部分输出结构优化和单点计算时的运行时间以及是否计算成功,假如结构优化不收敛,那么脚本会自动退出,单点同理。脚本第三部分是输出fromchk转化chk文件以及RESP 电荷计算是否完成。

大家在使用过程中要是有什么问题可以给我反馈呀(抱拳抱拳!!)






fitRESP.sh

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发表于 Post on 2021-12-1 23:44:06 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 ggdh 于 2021-12-1 23:46 编辑

还需要支持限制电荷resp,以及resp2-0.x的功能
另外你这标题改一下啊,建议改成:调用Multiwfn交互式resp电荷产生小工具:fitResp.sh

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 08:44:23 | 显示全部楼层 Show all
ggdh 发表于 2021-12-1 23:44
还需要支持限制电荷resp,以及resp2-0.x的功能
另外你这标题改一下啊,建议改成:调用Multiwfn交互式 ...

好的钟老师,我修改下。这些功能我以后慢慢加入,刚开始写还不知道能不能搞定这些,若是有问题还需钟叔大法指导hhhh
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