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[辅助/分析程序] 绘制 Energy Profile 的小工具 2.0

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发表于 2016-2-9 01:26:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-2-15 02:09 编辑



######## UPDATE ########
本程序已更新3.0版本,见下文:
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html
######## UPDATE ########


######## UPDATE
########
2016.3.1 更新2.0:
增加自定义纵坐标文字
增加了拖动数值的功能,解决数值overlap
解决了原有负数区域Tag拖动后消失的Bug(Matplotlib库的问题)
具体情况与新下载地址见本文末尾
######## UPDATE ########

-----------------------------------------------------------  原文↓ -----------------------------------------------------------
火车上闲得无聊,用 Python+PyQt5+matplotlib 写了一个给自己用的、绘制能量折线图(Energy Profile)的小工具,可以做出如下的图。
在群里显摆了一下,竟然有很多人想要,以及发现有至少4人竟然一直用 ChemDraw+鼠标+眼 来做类似的图。。。故编译成 exe 传上来(python本身不需要编译,但源码运行需要用户安装python和相应库)。

1 Basic 2.png

导出的图片:
5 Example From Article.png

这组数据是本组之前一篇文章里的数据(10.1038/ncomms9617),稍微调一调,放到ChemDraw里画上结构,估计可以达到发表的标准,原文中的图如下:

Snap11.png

(P.S. 个人十分讨厌 kCal/mol 这个非 SI 非 au 单位)


使用方法:
下载后解压缩,可得到3个文件夹。exe 是 ./Packed/Draw_Energy_Diagram.exe, 源码在SourceCode文件夹里, Example里有一些实例。


程序界面如下,读取的输入是 excel 文件(内容下文说),可以用 Load 按钮打开,或者直接拖到 Drop Area 里。

随后就会显示对应的图片。可以通过缩放窗口、或使用放大镜工具调整图片的范围和长宽比。按保存可以将当前状态存为多种图片文件(推荐png)

3 Competing Pathway 2.png

下面是对应于上图的 excel 输入:
Snap8.png


  1. 1~2行(可以是任意多行):
  2.                A列为颜色声明(K: 黑色,R: 红色,其他代码见下),指认该行的颜色。
  3.                B,C,D...为各路径的能量。

  4. 3行:
  5.                一个空行(分割数据部分和Tag部分)

  6. 4~5行(行数与数据部分对应):
  7.                数据部分,每个态对应的tag
复制代码


这种输入格式其实有点奇怪,因为它其实是我的另一个程序的输出格式。。。

支持的颜色表达如下(实际上是Matplotlib所支持的颜色 http://matplotlib.org/api/colors_api.html

  1. #DDEEFF: Arbitrary RGB Color
  2. b: blue
  3. g: green
  4. r: red
  5. c: cyan
  6. m: magenta
  7. y: yellow
  8. k: black
  9. w: white (这个显示不出来。。。)
复制代码
无标题.png



保存为png后,可以直接用ChemDraw打开,随后开始在图上绘制分子结构:
5 Example From Article_ChemDraw.png

5 Example From Article.cdx (97 KB, 下载次数: 9)

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发表于 2016-2-9 04:46:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 smutao 于 2016-2-9 04:52 编辑

用DataGraph做出的效果图
(见附件) energy_diagram.dgraph.zip (106.56 KB, 下载次数: 130)

energy_diagram.pdf

22.61 KB, 下载次数: 222

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发表于 2016-2-9 05:16:20 | 显示全部楼层
要画分子式其实直接在chemdraw 里作更方便,
要不然还要画分子式,再ps上去。

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发表于 2016-2-9 06:25:27 | 显示全部楼层
北纬18° 发表于 2016-2-9 05:16
要画分子式其实直接在chemdraw 里作更方便,
要不然还要画分子式,再ps上去。

我的分子式是直接从chemdraw复制粘贴过去的

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首席卖萌官

发表于 2016-2-9 09:34:35 | 显示全部楼层
其实风格可以多选一下,比如文字不是上下编排,而是左右,这样比较好一点
She doesn't love me.
Even so,
my heart has been taken away by her.

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 楼主| 发表于 2016-2-9 10:50:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-2-9 11:09 编辑
北纬18° 发表于 2016-2-9 05:16
要画分子式其实直接在chemdraw 里作更方便,
要不然还要画分子式,再ps上去。

上面说明里已更新。
为。。什。。么。。会。。需。。要。。PS。。。

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 楼主| 发表于 2016-2-9 10:51:17 | 显示全部楼层
smutao 发表于 2016-2-9 06:25
我的分子式是直接从chemdraw复制粘贴过去的

不要把分子式放到图里啊,把图放到ChemDraw里不就完了。。。

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 楼主| 发表于 2016-2-9 11:43:32 | 显示全部楼层
我本是个娃娃 发表于 2016-2-9 09:34
其实风格可以多选一下,比如文字不是上下编排,而是左右,这样比较好一点

这个程序初衷没想给别人用,所以没留处理选项的地方。可以考虑直接把作图的两句命令拎出来,让大家直接改吧。

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发表于 2016-2-9 17:08:11 | 显示全部楼层
我能够感受到大家群策群力的精神!谢谢大家!

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发表于 2016-2-9 23:57:48 | 显示全部楼层
我觉得Origin结合PPT怎么样都比“ ChemDraw+鼠标+眼”方便准确呀......

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发表于 2016-2-9 23:59:21 | 显示全部楼层
smutao 发表于 2016-2-9 06:25
我的分子式是直接从chemdraw复制粘贴过去的

那叫结构式吧。而且在ChemDraw里画好后导出图片再插入PPT里也不错。

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 楼主| 发表于 2016-2-10 00:50:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-2-10 19:17 编辑
虎王 发表于 2016-2-9 23:59
那叫结构式吧。而且在ChemDraw里画好后导出图片再插入PPT里也不错。

真要这么干直接复制ChemDraw对象到PPT不就行了

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发表于 2016-2-11 13:37:43 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2016-2-10 00:50
真要这么干直接复制ChemDraw对象到PPT不就行了

个人兴趣。不太喜欢直接复制。
不过我的意思是Origin就可以做出准确定量的能级图,然后在ppt里修饰一下效果就不错了。所以有点惊讶有些人用ChemDraw来实现类似的效果。

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发表于 2016-2-12 19:24:13 | 显示全部楼层
我本是个娃娃 发表于 2016-2-9 09:34
其实风格可以多选一下,比如文字不是上下编排,而是左右,这样比较好一点

可以用origin导出AI格式的文件,在AI里面进行更加细节的编辑。个人觉得这个软件已经很棒了~~毕竟程序本来也就是作者写来打算自用的
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