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[综合交流] 在Origin中绘制能量折线图的方法

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发表于 Post on 2016-2-9 23:16:47 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
PS:鉴于有一些人看完了本文还是觉得操作上吃力,笔者专门录了个视频予以演示:https://www.bilibili.com/video/av28653613

在Origin中绘制能量折线图的方法

文/Sobereva @北京科音   2016-Feb-9


很多讨论反应机理的文章都会给出能量折线图,用于描述反应过程中过渡态、中间体的能量以及连接关系。这种图中,纵坐标是能量,横坐标是反应坐标,每个过渡态或中间体在图中在相应位置用一个横杠表示,相邻的这些结构用实线或虚线连接。有一些现成的小工具可以绘制这种图,比如liyuanhe写的基于Python写的小程序(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2675),以及energy_plot.py(http://homepage.univie.ac.at/felix.plasser/chemprogs/python.htm)。有些人用chemdraw画这种图,显然是不合适的,横杠位置摆放只能靠肉眼估计,间距也不均匀,过程也麻烦。比较合理的做法是用Origin。本文介绍怎么用Origin结合笔者写的一个辅助小工具作这种图,练习过一遍后会发现整个流程挺简单,而且可以用Origin的丰富的选项定制出自己想要的效果。本文用的是Origin 9.0。

此文要作的图里从左到右有7个能量值,单位为KJ/mol,如下所示,第一个值作为零点。
0.0
100.2
29.5
60.3
-57.8
-9.7
-62.0

为了作图方便,这里用笔者写的enepro程序产生与上面对应的在Origin作图中要用的数据文件。在这里下载enepro: origin_enepro.rar (314.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 3034)

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发表于 Post on 2016-2-10 01:52:21 | 显示全部楼层 Show all
能量折线_DataGraph.png

这张图应该是给出了最简单的作图方法了
不过只适用于Mac OSX的用户

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从头算界孔乙己

发表于 Post on 2016-2-10 08:15:03 | 显示全部楼层 Show all
画个图其实不用很纠结,甚至可以使用CAD,无非就是几个图形平移几次。
无标题.png


实际方法可能还有很多,找一种合理且顺手的就行。

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阿锋001 + 3 好萌好萌好萌!

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近期不及时回复。欢迎无偏见非商业的学术讨论,但是看家本领和课题组的传统艺能别人会毫无保留告诉你?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-10 11:30:43 | 显示全部楼层 Show all
用任何其它程序(除了文中提到的现成的python脚本外)都是比文中的流程要复杂的,需要点击更多次鼠标和键盘,而且可控性和准确度没有文中的高,包括LS和LSS的过程和所用程序。
本文的目的不在于能作出图,而是以最简单的步骤、最好的效果作出图。

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发表于 Post on 2016-2-11 09:42:40 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2016-2-10 11:30
用任何其它程序(除了文中提到的现成的python脚本外)都是比文中的流程要复杂的,需要点击更多次鼠标和键盘 ...

简洁,快速,高效,科研正是追求这个的呢,所以支持老师

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发表于 Post on 2016-3-2 22:20:32 | 显示全部楼层 Show all
大赞,可以马上抛弃作图用眼的手法了
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发表于 Post on 2016-3-3 20:47:09 | 显示全部楼层 Show all
sob 老师,我有个问题,除了数据,我们还需要标注名称,有没有快捷的办法都弄上去,还是只能一个一个添加文字来弄?
站在宇宙中心呼唤爱

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发表于 Post on 2016-3-3 20:57:51 | 显示全部楼层 Show all
的确是比较方便的方法。我的方法是Y坐标值两两重复,并且有两列一摸一样的Y值,X轴则用1,2,3,4,5,6,作图时是作两根线,其中一根用虚线,另一根是直线,但线型选“2-segment”。数据格式如下
X   Y1  Y2
1   1.0  1.0
2   1.0  1.0
3   2.0  2.0
4   2.0  2.0
5   4.0  4.0
6   4.0  4.0

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阿锋001 + 5 亲测有效,感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-3 21:00:48 | 显示全部楼层 Show all
kevin 发表于 2016-3-3 20:47
sob 老师,我有个问题,除了数据,我们还需要标注名称,有没有快捷的办法都弄上去,还是只能一个一个添加文 ...

只能一个个添加
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发表于 Post on 2016-3-4 10:07:47 | 显示全部楼层 Show all
如果愿意折腾的话,可以用tikz。

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发表于 Post on 2016-5-12 10:16:42 | 显示全部楼层 Show all
sob老师,origin8.5是不是不能配合enepro使用?

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发表于 Post on 2016-5-12 10:28:28 | 显示全部楼层 Show all
genies 发表于 2016-3-3 20:57
的确是比较方便的方法。我的方法是Y坐标值两两重复,并且有两列一摸一样的Y值,X轴则用1,2,3,4,5,6, ...

请问,您怎么将两条线放到一个图里面?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-14 19:51:41 | 显示全部楼层 Show all
dingliping1108 发表于 2016-5-12 10:16
sob老师,origin8.5是不是不能配合enepro使用?

应该也可以
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发表于 Post on 2016-5-16 09:21:03 | 显示全部楼层 Show all

我再试试 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-6-12 20:30:40 | 显示全部楼层 Show all

老师,我一直试着origin8.0做这种图,可是没有成功,请问,您可不可以把origin9.0的安装包分享一下呢,谢谢您了,老师,非常感谢!

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