相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
暂无全文附件（全文附件是手动拼的，好麻烦，多几次一起更新）
本次附件（附件内容与下文一致）：
- 2015.09.29 07:37:59
- Q:
- 咨询一下，高斯哪个版本开始支持TDA？谢谢
- A:
- D01
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 08:32:47
- Q:
- 高斯报这样的错是什么原因？
- galloc: could not allocate memory.
- A:
- %mem设小点，量力而行
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 09:51:19
- Q:
- 请教各位老师，结构优化如何保持分子的对称性
- °SYMMTRY
- 试过了，好像还是没用@@我本是个娃娃
-
- Q:
- 貌似是这样symm=on °
- A:
- 没用
-
- Q:
- sob老师，可是我之前问一个老师，他说固定对称性就是symm=on@Sobereva
- A:
- 胡说
- [图片]
- 高斯自动根据初始结构判断对称性
- 所以不要乱信一些说法
- 和什么symmetry根本没关系
- Q:
- 那和什么有关系腻》？
- A:
- 先确保初猜结构满足对称性，并且确保没弥散函数（容易破坏对称性），最好用高点的DFT积分格点质量（int=ultrafine），然后优化，如果没维持住到时候再说。
- 本身默认就是能用对称性就用的，不需要加什么额外的来注明这点
- Q:
- 明白了。谢谢sob老师。假如我有个D2h的结构，想保持到D2，这样可以实现吗？@Sobereva
- A:
- 如果当前计算级别下本来极小点就是D2h，初始结构是D2h，优化完了还是D2h。
- 哪怕你一开始折腾一下结构让它不满足D2h而只满足D2，跑完之后还是自发回到D2h
- 满足D2h必然满足D2
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 09:51:19
- Q:
- 老师，对于弥散函数在能量上的关系，可不可以先不使用弥散的基组（含极化函数）来优化构型，然后用含有弥散函数的基组来计算优化好的构型的单点，来进行能量比较？
- A:
- 可以
- Q:
- 那，如果直接用弥散函数来优化构型，会不会和之前的做法有差异呢？
- A:
- 加不加弥散显然会影响构型
- 影响通常甚微
- Q:
- 老师对于弥散函数有相关博文可以看看吗？
- A:
- 谈谈弥散函数和“月份”基组
- http://sobereva.com/119
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:03:39
- Q:
- 求文献http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.110.247401
- 老师又要发怒了
- A:
- [图片]
- [图片]
- 违规一次，已记录
- Q:
- 发送了，得饶人处且饶人
- A:
- 就是不饶
- Q:
- 黄牌是终身累积，还是每周清零?
- A:
- 终身累积
- 除非有立功表现可以抵消
- Q:
- 何为立功表现？
- A:
- 比如昨日，提供那两篇ingenta上的算立功，当时已经说了
- [图片]
- Q:
- 娃娃都提供了那么多的文献，也没见记功一次……
- A:
- 不是官方任务
- Q:
- 官方任务应该经常有，省着有人说你这是独裁
- A:
- 不会经常有
- 所以少犯错才是明智的
-
- 别人爱说什么说什么
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:05:11
- Q:
- 但是相对而言，高斯加的是均匀电场，而极性分子提供的相当于是中心电场
- A:
- 用背景电荷来表现氢也没问题，但是用电场表现更为elegant，效果都一样
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:14:57
- Q:
- [图片] 大神，想做个这种图，对S1和T1态势能扫面？可以吗[Emoticon][Emoticon]
- A:
- 不是扫描，而是在两个结构间做线性插值，算出每个点能量，然后连成曲线图
- Q:
- 大神，怎么做线性插入啊，不会做啊，求大神指导[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
- A:
- 自行写程序，实在不行就拿excel也能干
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:17:18
- Q:
- 请问有没有因为结构的微小变化导致spin state变化的
- A:
- 在交叉点附近，显然结构变化一点就会基态自旋态变化
- Q:
- 我想请教的是，能不能先跳到一个能量稍高的基态位置，自旋发生变化，然后再保持自旋状态进行一个有TS的反应过程。
- 而不是在交叉点进行自旋变化。
- A:
- 不是，比如S1的某个键键长是1.3，T1的时候是1.5，那你用步长0.02线性插值出来的结构这个键长就分别是1.32,1.34,1.36...1.5
- 不明白你的意思，有个图示最好
- Q:
- [图片]
- 我想问一下右边的反应有没有可能
- A:
- 让反应物处于激发态再反应，也可行
- Q:
- 那这个激发态算TDDFT得到吸收光有意义谱吗？它算是triplet态下的一个能量极小值
- 吸收光谱
- A:
- 不清楚你为什么要算这个。要算激发能，没必要TDDFT，你就在0 3和0 5下算个能量差就够了
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:28:06
- Q:
- 大神，用CASSCF=spinorbit能不能计算自旋轨道耦合，适合多大体系，怎么设置啊？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
- A:
- 高斯那个功能没多大用，限制很多，就给个旋轨耦合常数而已
- 要专门算态态间的旋轨耦合，推荐用诸如ADF、dalton、GAMESS-US这些
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:28:30
- Q:
- 老师，我分析相互作用能的时候计算countpoise=2时出现502错误是什么原因呢
- A:
- SCF不收敛
-
- 解决SCF不收敛问题的方法
- http://sobereva.com/61
- Q:
- 这个算相互作用能和优化一样吗，我是优化好了复合物再计算的
- A:
- 不一样。counterpoise是在确定的结构下做来获得BSSE校正能和校正后的相互作用能
- 虽然counterpoise也可以结合opt来在考虑BSSE下优化几何结构，但很不推荐如此
- Q:
- 那就是还要说不opt的情况下，还要用解决SCF不收敛问题的方法解决502错误对不
- A:
- 对，单点你做counterpoise出现SCF不收敛还是用那些解决SCF不收敛的办法
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 10:44:57
- Q:
- [图片]老师根据这个分子轨道图 可以看出原子轨道10给分子轨道21贡献了一定的百分比 但我想判断10什么轨道，观看分子轨道时，发现对称轴不在相应位置，无法判断是d的那个轨道 ，请问老师有什么方法可以判断吗
- A:
-
-
- 说哪个d轨道先得明确复合物结构的朝向，也就是体系结构和笛卡尔轴的朝向关系。
- 复合物分子轨道和复合物结构的朝向是绑定的，然后原子轨道又对复合物分子轨道有贡献，通过对比复合物分子轨道和原子轨道等值面，从图形上就能判断这个d原子轨道朝向怎么对应复合物体系的笛卡尔轴的，就能判断了。
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 11:00:38
- Q:
- 大神，用antechamber生成的top文件里atom type是不对的，gromacs识别不了，怎么修改啊，有没有一个gromacs可识别的力场文件的atom type和GAFF力场对照一下手动修改？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
- A:
- 输出具体内容我忘了
-
- 肯定不是不对，也没有gmx能不能识别这说，本来原子类型名字就是随意定的，关键是得有参数。如果生成的那堆文件里本身没有给全参数，导致grompp通不过，那你就自己提供参数按照gmx拓扑文件的格式写进去，基于amber程序的gaff里的参数。
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:39
- Q:
- 群主的笔记本电脑是什么型号啊？我记得你说过屏幕分辨率高，写代码用的爽
- A:
- 东芝X500-01R
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:39
- Q:
- 用Multiwfn的AIM分析时，是否可以用fchk文件代替wfn文件？会有什么影响？
- 用Multiwfn的AIM分析时，如何解决赝势造成的金属与键临界点之间没有键径的问题
- A:
- 可以，无影响
-
- 用.wfx文件
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:39
- Q:
- 分子中有多个双键，哪个双键容易和Pd配位，有没有General的分析方法（只需要底物结构，不用把金属配合物放到底物上去算的）
-
- A:
- 看静电势、平均局部离子化能、福井函数等，这都是函数，除非你condense到原子的话才是考察的原子特征，你直接看函数分布考察任何区域都可以
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:39
- Q:
- Multiwfn 如何绘制某一个轨道的电子密度
- A:
- 主功能6的选项26里把不感兴趣的轨道占据数都清零，然后照常绘制电子密度就只是那个轨道的电子密度了
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:39
- Q:
- 请教各位老师，当用关键词pop=readnbo关键词得到的wiberg键级是[图片]，但是用同时得到的chk文件转换为fchk文件导入到multiwfn中查看wiberg键级是这样的[图片]，两种显示有些不同，我该选择哪一种？
- A:
-
- [图片]
- Multiwfn用基于对称正交化算wiberg键级，与NBO给出的显然不同
- 我看到算wiberg键级总是有些反感，从头算波函数直接用Mayer键级就完了
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:42
- Q:
- 你是不是调IRC的什么步数了
- 9999出现了
- A:
-
- 用非标准路径，见
- Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
- http://sobereva.com/57
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:42
- Q:
- 老师，在绘制DOS，PDOS，OPDOS的时候对于我们在对[图片]对于这些X轴能量的范围调节还有后来对于图像处理的时候关于Y轴坐标范围的一些调节都可以带着自己的“任意性”吗？还是对于这些坐标的调节是有数据可一来的，可以按照某个标准来呢
- A:
- 有很强任意性，没有标准
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:17:42
- Q:
- 请教一个概念性问题：NBO分析得到的wiberg bond index是不是表征的是两个原子之间的共价键键级？也就是说有没有一种情况，中心金属离子和某一阴离子性比较强的配体之间WBI键级很小，但两者之间的作用力却很大
- 也就是说键级就是描述共价键强弱的参数，对吗@浊流
- 对于一个未知的金属-配体之间的键，有什么办法判断它是共价键性强一点还是静电作用强一点呢
- 亲电势或电负性描述的是整个分子的统计行为吧，不能说明某一根键的性质吧？
- A:
- 是。但通过静电势、局部电负性可以描述局部的，但作为局部描述一般描述的都是原子的而不是键的因为键的空间很难定义。
- Wiberg键级根本不是共价键级（Laplacian键级、NLMO键级才算共价键级，键群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space的讨论），而是衡量共享的电子对儿数，体现不出极性，对不同类型键也反映不了强弱，诸如Li2和H2算出来的都是一样的。
-
- 配位键总是有高极性的。讨论那个没什么意义。
- Q:
- sob老师，是用multiwfn给出的Mayer键级直接用吧 @Sobereva
- A:
- 是，前提是没用弥散函数
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:48:45
- Q:
- 嗯，谢谢sob老师。要是计算的是弱相互作用体系，不加弥散函数计算体系的各种性质，而用高基组算单点能，可行不？
- A:
- 可以
- 当然有些性质诸如超极化率、偶极矩，不加弥散结果没法用
- 只是说计算电子结构做波函数分析不需要弥散函数
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 21:48:45
- A:
- [图片]
- 发现最近一期JCC的封面用的是Multiwfn作的图
- Q:
- [图片]@Sobereva
- sob老师，您能把这篇文章的链接发到群里吗？好赞。@Sobereva
- 呀，这样说算不算犯规呢？[表情]
- A:
- http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.v36.28/issuetoc
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 22:32:53
- Q:
- [Emoticon][Emoticon][Emoticon]男神棒棒哒@Sobereva
- [表情][表情][表情]男神棒棒哒@Sobereva
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 22:34:03
- Q:
- sob老师，看了您的《将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法》帖子，试着在Windows下降xtd转xyz，但是报脚本在41行，无法执行my $atoms = $doc->Atoms;提示infinity symmetric system，不知道您见过没，是怎么解决的？
- A:
- 没见过，实际上这个脚本我自己用得也很少
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 22:39:28
- Q:
- [图片]老师 这个报错半天我还没解决了 求解答[图片]
- A:
- 既然你在mdp里用了DA这个group想必你也知道指的什么（包含哪些原子），但是grompp不知道这是指的什么。所以你得index文件里定义一个叫DA的group，可以用make_ndx来帮助产生index文件。然后grompp的时候引用index文件
- Q:
- 两处错误了
- 对啊 我是用make_ndx 生成索引文件 然后在grompp中引用的 嗯 谢谢老师
- A:
- 你得修改index文件，让那个group名字就叫DA，否则对不让
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 22:43:35
- Q:
- [图片]请问老师这是什么原因导致的啊？
- A:
- 什么程序报的错得先说明
- Q:
- 用gaussian通过molden看log文件的时候
- A:
- 干吗用molden这么烂的程序
- Q:
- 这个是程序的问题吗？
- 还是计算上就出了问题
- A:
- 不知道，我几乎不用molden这个很糟糕的程序
- 非常out的程序
- Q:
- 好吧，那老师可不可以推荐几个比较好的
- A:
- 取决于你目的何在
- gview+Multiwfn解决一切问题
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 22:45:15
- Q:
- [图片]
- [图片]请问各位老师，出现这个错误是什么原因？
- A:
- pseudo=read，然后确保赝势写的格式正确
- Q:
- 那老师pseudo=cards和pseudo=read有什么不同？
- A:
- 甭管前者，没人用
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.29 23:44:46
- Q:
- 请教sob老师和各位老师 高温下超过水沸点下MD的压强该如何取值？如果想看蛋白在高温下的状态，升温策略应该如何考虑？
- A:
- 正常温度下NPT跑完了，固定盒子尺寸用NVT来跑，照常升温
- Q:
- Sob 为啥好多聚合物的盒子也要nve 和nvt 混合跑？
- 才能达到想要的密度？
- 说错了，npt 和nvt 分别取最后一贞
- A:
- 这我倒没见过
- 估计算实践总结出的一种特殊的技巧，比如加压压到高密度，然后NVT下自发地平衡平衡结构，然后再改改压力，再NVT平衡平衡，来回折腾折腾，直到让结构排列收敛到个比较稳定的状态
- Q:
- 对的，就是这么个过程
- Npt 的压力是恒定的吧，怎么实现加压？
- A:
- 就是控压的时候把目标压力设比较大
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 08:26:07
- Q:
- 高斯运算出现这样的错误
- lanl2DZ
- ****
- Centers: 56
- 6-31G*
- H
- QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
- H
- '
- Last state= "NG"
- TCursr= 5702 LCursr= 1
- Error reading general basis specification.
- Error termination via Lnk1e in /home-gk/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l301.exe at Tue Sep 29 21:47:58 2015.
- Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 15.2 seconds.
- File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
- 是H的基组用的不对么？
- %mem=10GB
- %nproc=16
- %chk=./SH.chk
- #P BP86/genecp scf=conver=6 out=wfx
-
- Generated by Multiwfn
-
- 0 1
- Au 0.010221458 0.027307248 -0.048794008
- .......
- Ag Au
- lanl2DZ
- ****
- S
- 6-31G*
- H
- 6-31G*
- ****
-
- Ag Au
- lanl2DZ
- A:
- S
- 6-31G*
- H
- 6-31G*
- 改成
- S H
- 6-31G*
- Q:
- 原来如此 谢谢老师！
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 09:24:34
- Q:
- 请问prodrg这个网站生成topol文件，经常报错，是什么原因？大家用它有没有这种情况出现？
- gromacs的n2t文件有什么用
- A:
-
- Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法
- http://sobereva.com/39
- 使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
- http://sobereva.com/268
- Q:
- 我是用Nanotube Modeler生成cnt.pdb, 但是发现它的opls_298，然后查看.n2t文件，里面没有opls_298, 于是去prodrg 和ATB 生成topol文件，但是都不成功啊。
- 1. .n2t文件能否自己生成opls_298？什么办法？
- 2. prodrg 和ATB 是不是对很多化合物都不能够生成topol
- A:
- 别用ATB、prodrg处理碳纳米管，那是给小分子用的
- 这种体系按我帖子里去做
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 09:34:32
- Q:
- ，请问老师，科音有没有办materials studio培训班的计划。。。
- A:
- 没有
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 10:23:01
- Q:
- 请问一下谁有2013版的64位的GAMESS源代码，能给我发一份吗，官网上下不到了，谢谢
- Linux版的
- A:
- http://pan.baidu.com/s/1eQiZsfo
- Q:
- [图片]老师，这是个什么？
- A:
- 下载一看就知道了
- Q:
- 难道是什么机密文件？
- A:
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=46
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 10:23:0
- Q:
- 现在最新版本的mopac是不是不提供代码了？
- A:
- 不公开提供，但可以找作者要
-
- 开放源码的是20年前MOPAC7及之前时候的事了
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 10:56:17
- Q:
- [图片]娃娃要做好人，而不是那种求文献才冒泡的人
- [Emoticon]
- [Emoticon]
- [Emoticon]
- [图片]
- 卖萌要收费的。[Emoticon]
- 我是恶意卖萌
- 恶意卖萌加倍收费[Emoticon]
- 物价局有指导价格吗
- A:
- 代价是T
- Q:
- 肯定双重标准
- 老师，看在娃娃帮助你这么长时间的份儿上，留我一命吧
- [图片]
- A:
- 套近乎没用
- Q:
- 其实我们不一定翻译对，人家也不一定错，习惯不同
- 帮的不是sob 是大家啊
- A:
- 我表示没受到过任何帮助
- Q:
- 可是这个群是老师一个人管理啊，所以要和老师搞好关系
- 在你不在群里的时候
- A:
- 实话说，好些回答都是错的
- Q:
- 但我的心是好的嘛
- 娃娃，可以改个名字叫：乖娃娃
- ....难道不是应该尽量遵守白天不扯淡之类的规则吗 ....... 搞好关系.....你这思维....
- A:
- 北京时间大白天不宜刷闲图发一些没营养的文字
- Q:
- 瓜娃娃 回答错的坏处在于会耽误别人的时间 大家当真了就不会继续问了 连纠正的机会都没有 ....扯上北京人你又在恶意卖萌
- A:
- +1
- Q:
- 讨论嘛，我犯错了，被纠正，也算是学习
- 你们欺负娃娃
- [Emoticon]
- A:
- 要踏实稳重点，并且多考虑别人的感受
-
- Q:
- 好多人都和我私聊，结果我还说的大部分都是错的
- 这个我做老师的经验告诉我，有时候必须对一些规则强力执行，否则无法镇住一个班
- 别啊 .....没说你回答不对 就是说不确定的时候 就用不确定的表达方法
- 我在本群发言的时候都有一个词，叫做可能
- A:
- 如果给出明确的回复，至少觉得自己有>90%的肯定
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:03:47
- Q:
- @Sobereva我这个分子算几周了，错在哪里[图片]
- A:
- [图片]
- Q:
- 超過優化步數限制了
- A:
- 若看输出文件确定是几何优化不收敛，超过步数上限所致，看此文
-
- 量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
- http://sobereva.com/164
- Q:
- calcfc加在哪里
- A:
- 这些关键词怎么用在博文里写得极为极为详细，建议看完再问
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:15:46
- Q:
- 军衔或将军什么的都没意义，关键是提高交流的准确性和效率。
- A:
- 对
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:24:09
- Q:
- [图片]老师，这个人居然引用文献都出错了
- 量子化学书太多了，目前也就赖文可以看
- 嗯，莱文的
- 赖文的书我看了一半儿了，准备看第十二章
- 我觉得书看最好的，sob基础班都点评了
- Sob 我觉得你在gromacs 班级里可以吧分子动力学的书点评下
- 模拟的书也是铺天盖地
- A:
- 嗯
- Q:
- 老师肯定推荐那本分子模拟的圣经
- 那本圣经是不错
- 但是那是适合编程的人用的
- 有人做应用，不用了解模拟细节吧
- 哪本圣经
- 求传一份
- 我们学分子动力学的时候，听说过一个日本教授花了五六年的时间模拟了水结冰的过程
- Understanding molecular simulation
- 发了自然
- Smit 写的
- 第二版的最经典
- 弱弱的问一句
- 挺好的一本书
- 有木的中文版的
- 有，但是老师肯定不推荐
- 第一版有中文
- 群里有资源吗
- 有
- 中文看 陈正隆的 扫盲专用
- A:
- 公社邮箱里全有
- Q:
- thank you very much
- A:
- 直接看leach的就好，写得很清楚
- Q:
- 做着打字
- A:
- 陈正隆的书好多都是从leach书上直接抄来的，图都不带改的
- 抄得还不完整，还没看原书容易理解
- Q:
- 好处是中文，看看专有名词，混个眼熟，真正做还是看英文的好
- A:
- 中文的，就适合给本科生看看
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:32:27
- Q:
- 老师，明年的动力学培训班可不可以多给印一份讲义，我想买
- A:
- 暂不打算多印。有人没来才会零星出售余下的几本
- Q:
- 就多一本而已，四月份我实在是没办法走，要不然老板会吃了我
- A:
- 待定
- 肯定在春季开学以后
- Q:
- 培训班主要讲些啥
- 老师，可不可以动力学也开一个暑假班呢？
- 讲原理还是讲应用
- A:
- 没这个打算
- 都有
- Q:
- 多少节课
- A:
- 三四天，具体待定
- 科音官网上都写了
- Q:
- 三四天，怎么够
- A:
- 够
- Q:
- 有视频资料之类的吗
- A:
- 没有
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:36:10
- Q:
- CHARMM，可以单机使用吗，刚从文章里看到，网上下了个，好像没有可安装程序，什么都不懂
- A:
- 自行编译，编译完就能用了
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:39:56
- Q:
- 请问CCSD方法可以做IRC吗？如果有，请顺带附上输入文件，谢谢
- Sobereva老师，请问CCSD方法可以做IRC吗？
- A:
- 可
- [图片]
- Q:
- [图片]
- 老师，你看我的问题出在哪里？
- 是路径写得不对吧？
- A:
- CCSD和CCSD(T)不是一码事，你问的是CCSD
- Q:
- 哦哦
- A:
- CCSD(T)连解析梯度都没有
- Q:
- 就不能做IRC喽
- A:
- 用CCSD(T)产生IRC原理上可行，但是白耽误工夫
- IRC对计算级别根本没那么敏感
- 老实用DFT就够了
- Q:
- 嗯，好的
- 哦，是这样的，我用CCSD（T）找了个过渡态，想用IRC来验证，听老师的话，这样我用DFT验证也是可以的
- Sobereva(190258442) 11:51:59
- 用CCSD(T)产生IRC原理上可行，但是白耽误工夫
- IRC对计算级别根本没那么敏感
- 老实用DFT就够了
-
- A:
- 什么级别找的TS，就得什么级别产生IRC
- Q:
- 嗯，以前都是这样的找的，但是这个CCSD（T）都跑不出来IRC
- 这个问题怎么解决呢？
- A:
- 你用CCSD(T)找过渡态关键词是怎么写的？
- Q:
- [图片]
- 是这样的哈，老师
- A:
- 拿当前已经得到的TS结构，改成CCSD重新找TS，再用CCSD产生IRC
- (T)主要影响的是能量，对于几何结构、IRC轨迹影响微乎其微，加了它还导致没了解析梯度，找TS耗时大大增加
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 11:43:42
- Q:
- 请问SOB，LOG文件能否用WULTWFN计算RDG
- A:
- 不能
- 怎么选择输入文件这里介绍了
- Multiwfn入门tips
- http://sobereva.com/167
- Q:
- 那只能用WFN文件，是吗？
- A:
- 此目得用wfn/wfx/fch/molden
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 13:35:48
- Q:
- [图片]各位老师好，我在过渡态结构优化后计算频率，得到两个虚频（如图），只有第一个是我想要的。根据sob老师的帖子，我可能需要用calcall来优化算法，各位有更快速便捷的方法吗？
-
- 谢谢！
- A:
- tight + int=ultrafine
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 13:40:48
- Q:
- multiwfn导出的DOS图分辨率不够，怎么解决呢？
- 感觉不是很清晰，。在软件里看，就很清晰
- 导出来就不行了
- A:
- 如果是像素不够，settings.ini里加大graph2Dsize
- “清晰”这个词太含糊
- Q:
- 老师，他应该是想说，曲线不够圆滑
- A:
- 不圆滑就放到ps里缩小图像，重采样之后就等效有了抗锯齿的效果
- 很清晰嘛
- Q:
- 我还是喜欢把数据导出来用origin来话，老板很喜欢
- A:
- 不清晰=模糊，默认输出图像格式是png，本身是无损的，不可能模糊
- Q:
- 像素的颜色感觉不是特别的饱和
- A:
- 分辨率根本没有意义
- 电子图片只有像素尺寸有意义，怎么设置前面已经说了，默认值已经足够大了
- 不饱和是因为QQ截图导致重新压成了jpg，默认的压缩质量太低
- Q:
- 而且觉得线条有点儿细
- 注释有点儿不可调
- A:
- 想调就用origin
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- 请问有没有高斯教程视频啊？想学计算又没有人指导，自学又不会，我该怎么办[Emoticon][Emoticon]
- 求高手点拨
- 正在看
- 有学量子化学那门课
- 好像高斯软件的使用和理论联系不是特别大哎
- 关键是不知道从何入手
- 有呀
- 老师能指导一下怎么入门吗？
- 直接计算
- [Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon]
- 这个会了
- 会编辑分子
- 关键词，基组，算法都不太理解
- 关键是计算之后的数据不知道怎么分析
- 老师有没有相关资料啊？
- 能不能给小弟一些资料，我可以下去自己看看
- 我都没有入门[Emoticon][Emoticon]
- 我想对学点东西
- 不想混毕业
- 好
- 我会关注的
- A:
- 没有视频教程。最完美的是参加科音的基础量化培训班，可速成，理论和操作都能学明白
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- [图片]请教各位 Sb 0 / S 4 1.00表示什么意思呢？？
- 过渡金属的赝势基组
- A:
- 赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
- http://sobereva.com/188
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- 请教各位大牛: 我在用CCSD(T)方法计算BSSE修正时，得到以下结果，但是（E_A-E_A,bAB）+（E_B-E_B,bAB）不等于BSSE energy，这是怎么回事？
- A:
- 数据算得不对
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- 请问《AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析》中，电子势能密度是否就是“potential-energy density”，电子正定动能密度是否就是“kinetic-energy density”？以及以下是否正确？
- [图片]
- 无法理解的语言
- E神实乃人型翻译机
- 不是pi-pi跃迁的跃迁类型太多了
- A:
- 势能密度显然是potential-energy density。动能密度有正定动能密度（或称拉格朗日动能密度）G和哈密顿动能密度K
- 判断标准很多，包括你图中的，但没有一个是普适的
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- [图片] 我的激发态计算中，f=0.0005是否符合常理，是不是<0.003时属于跃迁禁阻？
- A:
- 很正常的大小。属于禁阻了
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:01:43
- Q:
- 有谁试过用gaussian的非标准化输出，实现打印IRC、scan每一步的轨道，然后看波函数演化
- A:
-
- 制作动画分析电子结构特征
- http://sobereva.com/86
- 通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
- http://sobereva.com/200
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:03:21
- Q:
- http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2012/NR/c2nr31644g求文献一篇 谢谢大家
- A:
-
- [图片]
-
- 违规一次，已记录
- 好哇，刚一看，原来765744745已经触犯群规两次了，现在踢出
- Q:
- [图片]
- 这是穿越来回来吧。。。
- A:
- 这不是重点
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:08:32
- Q:
- https://www.jstage.jst.go.jp/article/cl/26/11/26_11_1187/_article求文献一篇，sci-hub没有权限。
- 但求我没违[Emoticon]
- 但求我没违[表情]
- A:
- 你显然没违规，那个是scihub下不了的。
- 绝不会冤枉无辜
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:31:44
- Q:
- 做NPT温度升到一个极限上不去了是怎么回事？
- A:
- 看看盒子尺寸变化有没有显著膨胀，或者尝试NVT，或者尝试修改热浴设定
- ----------------------------------------------------
- 2015.09.30 23:37:36
- Q:
- @sob.我想请问下，怎么解决自旋污染的问题，我换用hf.rohf.mp2.ccsd方法，自旋污染都达到1.8.
- A:
- ROHF本来就没自旋污染
- DFT也不用管自旋污染
- MP2也可以用自旋投影的版本PMP2
- Q:
- 谢谢！可是我用rohf.dft方法都有自旋污染，都有1.8
- A:
- ROHF原理上就不可能有自旋污染，轨道都是配对儿的
- Q:
- 我的体系是和o2反应的，用rohf它也有自旋污染
- A:
- 绝对是你看错了
- Q:
- 我真没看错
- A:
- 那你把关键词贴出来，输出文件里<S**2>部分贴出来
- Q:
- 好！谢谢你。宿舍十一点就关灯了，等我去了实验室就贴出来。
- A:
- 可以100%确定，ROHF要么关键词你没写对，要么<S**2>没读对
-
- Q:
- 这是上次提到的自旋污染问题，我贴出来了，谢谢解答！
- # opt freq=noraman 6-311g(d,p) rohf
- [图片]
- A:
- 你就用最后一个结构用rohf/6-311g(d,p)算单点，看看输出什么
- Q:
- 好！
- A:
- [图片]
- 明显，这里偷偷给你替换成UHF了
- 如果你关键词确认无疑就是# opt freq=noraman 6-311g(d,p) rohf这么写的，很有可能做freq的时候又自动换回开壳层默认的UHF了
- Q:
- [图片]
- 那怎么让它保持是rohf，而不是自己变成UHF呢？
- A:
- 手动做freq，甭opt freq
- Q:
- 好！谢谢
- [图片]
- 这是刚才做的单点的中间部分的计算情况
- 那优化过程中自动变成了UHF，改如何处理呢？
- A:
- 优化时不会自动改成UHF，肯定是freq时候改的。手动单独做freq
- Q:
- 我看到自己的优化过程的第一步计算能量就是UHF
- [图片]
- 不要opt freq?
- A:
- 刚试了，rohf opt freq，在g09 D.01始终都是ROHF
- 如果不是D.01，可能是你用的版本的bug
- Q:
- 对于自旋污染比较大的，如果想得到高水平下的能量比如DFT+大基组或者组合方法CBS，而又想没有自旋污染问题，应该怎么处理比较好呢？谢谢！
- A:
- DFT不用考虑自旋污染
-
- 或者用耦合簇，自旋污染小。
-
- 基于MCSCF波函数的方法完全没有自旋污染
- 很多人对自旋污染这玩意太过于敏感
- [图片]
- [图片]
- Q:
- 请教sob老师，为何DFT不用考虑自旋污染呢
- A:
- 看图
- Q:
- 看了没能理解
- 有没有文献作为支撑呢
- A:
- 多看书，自然就明白了
-
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 09:57:01
- Q:
- Gaussian 如果win 下可以并行就好了
- 感觉给学生用，linux 维护起来好麻烦
- 我觉得做化学的要多关注化学问题，结果每天只捣鼓环境变量了
- A:
- 32bit windows版本可以4核并行
- Q:
- 我觉得gaussian 公司太不来事了
- 哪里下载？sob
- A:
- 下what？
- Q:
- 那个并行版的
- 但是以前有过一个，只是不知道从哪里看这个高斯版本可以并行？
- A:
- Windows版从G03大概D01开始就都支持SMP并行了，g09全都支持
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 10:01:32
- Q:
- Sob老师，Mulliken布局数到底怎么计算出来的啊？我看到文献中经常会用这个分析键的强弱，[图片]。但是自己弄了半天没整明白，希望老师指点一下
- A:
- “键布居数”不是个什么正经词，多半就是指重叠布居，也叫Mulliken键级，Multiwfn计算键级功能里面选计算Mullien键级就完了。这和键的强弱的相关性很烂.
- 用拉普拉斯键级、Mayer键级等等都比用这个量强得多
- Q:
- 老师我得到的是[图片]，不是原子之间的键级，请问应该怎么做呢？
- A:
- Multiwfn计算键级功能里面选计算Mullien键级
- Q:
- 谢谢Sob老师的指点，我找到了Mayer键级[图片]这个对吧?
- A:
- 对。
- 手册4.9节有一堆例子
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 10:33:38
- Q:
- 请教sob老师和各位老师 readoptimize和gen的extra input的排列顺序有规定吗？
- A:
- 肯定有，弄反了就会报错
- Q:
- ok 多谢 sob老师
- [图片]
- 我的混合基组那部分可以这么写吗
- A:
- 可以
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 10:38:13
- Q:
- 老师，我算氧气参与的反应，过程中氧气分子要断键，反应复合物体系自旋多重度设为3,那计算过渡态以及做IRC计算时，多重度都怎么设呢？
- A:
- 还是设成3
- Q:
- 氧气断裂成氧原子与其他分子分别结合成新的分子，这时不应该是单重态结构的能量最低吗？
- A:
- 分三种情况
- 1 O2以单重态激发态的情况和体系发生反应，过来的时候就已经是单重态了
- 2 反应过程中，发生三-单重态自旋翻转，但这种情况一般得有重金属原子参与
- 3 从头到为都是三重态，即透热过程，此时反应产物并不是处在基态
- Q:
- 老师，我算的是氧气在石墨烯等固体表面首先分解为环氧官能团，然后从官能团再氧化别的分子，体系不含重金属原子，应该不算您说的第二种情况，具体算第一种还是第三种情况呢？
- A:
- 可以单重态和三重态都算算，相对来说按1的情况可能好点
- Q:
- 如果按第一种情况算，那反应复合物优化时就把多重度设成1吗？
- 是按照体系初始结构就已经是激发态处理？
- A:
- 是
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 12:18:32
- Q:
- [图片]
- 各位老师，我的irc结果如图最后有两个坏点，正常结束，没走到最后产物，但趋势是对的。 过渡态应该没有问题，虚频也是对的。irc关键词是# irc=(maxpoints=50,recorrect=never,calcfc,step=25) b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity。 请大家给我提点建议吧。[Emoticon]
- A:
- 坏就坏呗，除非你非要得到看着漂亮的IRC曲线
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 12:41:54
- Q:
- 求片paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pen.760120308/abstract 谢了
- A:
- [图片]
- 违规一次，已记录
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 13:56:38
- Q:
- 请问有没有人听说过涉及到自由基反应的“自由价”这个词啊？对应英文是啥啊
- A:
- free valence
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.01 14:31:10
- Q:
- 高斯可以算分子体积和表面积吗？
- A:
- 谈谈分子体积的计算
- http://sobereva.com/102
-
- 表面积没法算，需结合Multiwfn来算
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 00:22:51
- Q:
- 请问fchk=all放在哪里？ opt那里么？ 能否给个模板看看么？
- A:
- 就写在#里面
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 00:22:51
- Q:
- mopac的output文件，可以用什么软件打开？
- A:
- gabedit
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 00:59:39
- Q:
- 高斯优化出的scf done对应的能量单位是什么？
- 是hartee?
- 是tree....
- A:
- hartree
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 10:20:08
- Q:
- [图片]
- A:
- eternity又淘气了
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 11:36:21
- Q:
- 请问老师 通过multiwfn程序 12 0 10 步骤计算得到的原子范德华半径是通过什么方式怎么定义的呢？谢谢老师
- A:
- 取决于你这里的设定
- [图片]
- 默认是电子密度0.001等值面
- [图片]
- Q:
- 我分别计算了甲苯和氯苯中H原子的范德华半径，为什么数值不一样呢？都是H原子范德华半径应该相同呢，谢谢老师
- A:
- 不同化学环境下当然不一样，电子密度和体系电子结构有关
- 这正体现了这种定义的优势
- Q:
- 按照这种定义，比如计算水分子中H原子和O原子的范德华半径，两个原子的范德华半径之和应该等于H-O键的键长吗？
- A:
- 当然不等于了
- 原子的共价半径加和才近似等于化学键键长
-
- 如果你是指H---O氢键键长，也不等于，因为形成弱相互作用会彼此穿透，此文末尾示例了：
- 使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
- http://sobereva.com/196
- [图片]
- Q:
- H---O氢键键 在氢键上电子密度为0.001等值面是一样的吧，在这个键上只有一个0.001等值面吗
- A:
- 不明白你的意思
- Q:
- 比如H...O氢键，[图片]其中曲线表示电子密度为0.001的等值面，从图中看H和O原子的范德华半径正好等于键长，不知道这样理解的不合理之处在哪里？谢谢老师
- A:
- 不等于啊
- 前面贴的图显示了两个水分子各自的0.001等值面，明显看到互相穿透了1.12埃
- 对同类作用，穿透值越大，相互作用越强
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 12:17:44
- Q:
- [图片]
- 群里有人计算过cosmo吗
- 我想问一下，这个sigma profile到底代表什么意思？
- 从作用范围内，可以看出是否存在氢键？
- A:
- 这篇综述有介绍DOI: 10.1002/wcms.56
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 12:32:03
- Q:
- 大神，计算能量是用sp计算的单点能量还是freq计算的零点能？[Emoticon][Emoticon]sob国庆快乐
- A:
- 取决于你想算什么
- Q:
- 就想算算分子的一般能量
- [Emoticon][Emoticon]
- 算算分子基态，激发态S1和T1的能量
- A:
- 不用做freq
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 12:56:22
- Q:
- 那个MIC计算服务是啥意思
- 和普通节点有啥区别呢
- A:
- 大抵是指Xeon Phi
- Q:
- 可以抵一个志强 phi吗[Emoticon]
- 这两个的区别就是MIC的核心多一点是吗 sob老师是
- A:
- 是，但是如果你的程序不支持XEON phi就一点用也没有
- Q:
- 怎么程序支不支持呢 这个和mpi有区别是吗
- A:
- XEON phi不是普通的CPU，一般程序没法直接在上面跑
- 就跟GPU上跑程序一样你得专门去写相应的代码才行
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 13:55:20
- Q:
- [图片]娃娃来卖萌啦
- 老师，我已经用一种泛函优化出了构型，想用另外一种构型计算加电场的波函数，最后计算出的wfx是另一种泛函的波函数吗
- A:
- 你只提到了一种泛函
- Q:
- 比如我用b3lyp优化构型，想用bhandhlyp计算加电场的波函数，上面那么做可以吗
- 利用读取chk文件，计算加电场的波函数文件
- A:
- 可以
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:49:34
- Q:
- nbo可以在最后一次结构优化之后计算吗？加了pop=nbo每个结构优化的过程好像都进行了nbo计算
- A:
- 自己修改非标准路径实现
-
- Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
- http://sobereva.com/57
- Q:
- [表情]
- A:
- [图片]
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:49:34
- Q:
- 请问一下各位老师，怎样在out文件中查看“bond order”和查看“Natural charges”呢？是直接用文本打开out，然后搜索关键词“bond order”和“Natural charges”吗？
- 老师，我在out文件中搜索“bond index”，但是因为我算的时候加的是这个关键词#P B3LYP/GE
- N POP=(NBOREAD) SCF=(TIGHT,MAXCYC=300)和$nbo bndidx 3cbond $end，所以用“bond index”搜索的话只能搜到“ Wiberg bond index”
- 老师，不能找到正常金属之间的“bond order”
- 老师，那我请问一下，Mulliken atomic charges和Natural charges不是一样的吧？
- 老师，我在out里面只搜到Mulliken atomic charges
- 我之前在实验室看到一本书有讲解这个的，但是现在找不到了，我们实验室会这些的师兄师姐全部毕业了，只有两个人在做这个，所以挺麻烦的
- 老师，那我想请问一下，为什么在金属原子中这个Natural charges会有正有负的，这个是代表的什么意思？
- 我看此类过渡金属的体系的文章，很少看到有正的，很大部分都是负的？
- 老师，我看此类过渡金属的体系的文章，很少看到有正的，很大部分都是负的。
- ，而我算出来的是正的
- [图片]
- 老师，就是有正有负
- 老师，就是在Co原子的配位数不同，那Natural charges可以从正变到负
- 老师，我就是不太明白这个自然键轨道是什么意思，所以才不知道为何会有正有负
- 老师，零价
- 老师，我优化的分子全都是电中性的
- 您上面说的是Natural charges为正的情况，是吧？
- 老师，那bond order呢？代表的是键级吗？
- 老师，Formal bond order和Wiberg bond indices有什么区别呢？
- 那我去看看吧
- 在out里面查出来应该是这个吧？
- 就是这个分子的formal bond index是1
- A:
-
- 用Multiwfn算Mayer键级，看Multiwfn手册4.9节
-
- 两种电荷显然不一样，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
-
- Formal bond order就是lewis式表达的那种键级，有很强主观和臆测的成份，没法合理描离域体系除非引入共振的概念。Wiberg是实际根据波函数算出来的键级
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:49:34
- Q:
- 老师，想请教您一个关于高斯的问题：
- 要计算化合物AB（中性），但是想要设定A为+1价，B为-1价，不知道这个在高斯中可以设定么？如果可以，那要怎么设定？谢谢！
- ，您说的“用fragment关键词或counterpoise关键词”是和BSSE校正类似的的吧？
- A:
- 设这个没意义。非要这么约束电荷用Q-Chem或NWChem的CDFT
- 谈谈约束性DFT (CDFT)
- http://sobereva.com/271
- fragment、counterpoise关键词都跟这个无关
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:54:12
- Q:
- 请教sob老师 Wiberg的键级 的定义的文章有吗？
- A:
- 没任何关系
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:56:45
- Q:
- 老师，我想做能级图，除了整个体系的单点能，我还要分别做金属和小分子的单点能，这个单点能金属单独relax
- 的坐标做单点能
- 我的描述不对，我的问题是这样的，我做了AgAu团簇吸附S的优化结构，我想画能级图，是用之前优化结构取其中的AgAu坐标直接做单点能，还是要把AgAu单独优化以后做单点能计算呢
- A:
- 如果你用Multiwfn的CDA模块绘制轨道相互作用图，不能单独优化
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:58:09
- Q:
- 用正B(+3价)和H3(-3价)做了个合成BH3过程中的轨道相互作用图。发现图中右上方成分有个191%和153%，感觉很奇怪。求Sob老师或其他在线的老师解释一下
- [图片]
- A:
- 那是Mulliken划分的弊端，对于空轨可能出现贡献为负或者大于100%的情况
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:59:00
- Q:
- Sob dmol的结果要multiwfn怎么看？
- 导入什么文件？
- A:
- 看不了，能读取的也就是dmol3产生的.grd文件
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 22:59:59
- Q:
- http://www.sciencemag.org/content/272/5258/90
- A:
- [图片]
- [图片]
- 违规一次，已记录
- 违规两次会被踢出
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 23:13:17
- Q:
- 原子数为113，分子量为800多的分子用什么软件可以模拟呀？
- 请教各位
- A:
- 看你算什么问题，什么级别算
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.02 23:32:32
- Q:
- [图片]
- Multiwfn算出的一阶超极化率有10项，为什么βtot计算只使用了9项，未使用βxyz这一项
-
- A:
- 就是那么定义的
-
- Q:
- 内否给出定义的一些原始文献或图书
- 能否
- A:
- 没有原始文献
- 用到这个公式的文章很多，如Journal of Molecular Structure (Theochem) 617 (2002) 169–175
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 12:16:33
- A:
- 哈特曼[图片]
- Q:
- 群主对二次元没有抵抗力啊[表情]
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 12:26:44
- Q:
- [图片][图片]
- s=0.5等值面，填色范围-0.04~0.02，请问这里右图中-0.01左右的两个spike对应的是左图中SO2和内酯之间的等值面上绿色的两个部分嘛？这种作用是不是dipole-dipole interactions,谢谢。
- A:
- 怎么判断对应关系这里写了
- 用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
- http://sobereva.com/291
-
- 偶极-偶极这种描述模型太粗糙，不要用这种概念。
- 就说是范德华作用掺杂着点静电作用就行了。
- 下限建议用-0.03
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 16:19:36
- Q:
- http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adom.201400562/abstract;jsessionid=C400898854DBAC880A35FBD552190AF0.f03t03?userIsAuthenticated=false&deniedAccessCustomisedMessage= 大家过节好，能否帮我查一篇文献，多谢了！
- A:
- 自行用scihub解决，不要求scihub能下载的文献
- http://onlinelibrary.wiley.com.sci-hub.org/doi/10.1002/adom.201400562/abstract
- Q:
- 多谢【传说】Sobereva
- A:
- 因为我考虑到没准是因为没有去掉后面那一串而直接加sci-hub导致依然没法访问，姑且宽松一次
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 16:25:56
- Q:
- [图片]
- 老师今天没出去玩？
- A:
- 非现充，外面有什么好玩的
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 16:59:47
- Q:
- FUKUI函数可以翻译为差分电荷密度吗
- A:
- 福井函数就是福井函数，是电子密度差中的一种
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 17:05:10
- Q:
- 请教sob老师，怎么理解这句话：the size of the residual forces on atoms
- A:
- 原子残留受力的大小
-
- 势能面上驻点处原子受力都为0，但是实际几何优化等过程中，原子肯定受力不会精确为0
- Q:
- 谢谢，再请教两个问题：
- 1.原子残留受力的大小有什么意义呢，
- 2.每个原子的残留受力大小怎么算呢，在gauss输出文件里有吗，
- A:
- 1 恒量优化是否彻底
- 2 优化的每一步都输出原子的受力
- Q:
- 谢谢sob，原子受力多少范围算是优化合理呢，比如下图情况算是优化彻底了吗：
- [图片]
- A:
- 看是否满足收敛限，甭看这个
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.03 18:25:29
- Q:
- 老师好...学生这些天一直遇到同样的一个问题，就是[图片]，请问学生应该怎么去修正呢...
- A:
- 硬盘没剩余空间了
- Q:
- 是的是的
- 老师，这是我的输入文件[图片]
- 事实上我的账号有50G的空间，我只用了8.1G，应该是有空间的 老师，给您添麻烦了
- A:
- 确认scratch目录下有足够的空间，不是看账号总共能有多少空间
- 若能确认目录下有足够的空间，直接用maxdisk关键词指定清楚还剩多少空间。
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 04:28:53
- Q:
- 请问在Multiwfn3.3.7做AIM分析时，有没有方便的方法读取BCP的编号。我总感觉容易被挡住。而且图形界面中分子转动比较受限。
- 那就都放大了
- 我是想专门看分子间的BCP
- 以及看清楚BCP连接的两个原子
- A:
- 只看分子间BCP，你在临界点搜索选项的界面里选择只保留电子密度在某一数值以下的就完了
- 最新版本支持此选项
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 04:31:53
- Q:
- 请问老师：在hf...h2o的氢键体系中，想看hf处于复合物状态下的偶极矩方向的时候，直接用hf在复合物中的结构坐标做单点能得到的输出文件看偶极矩方向，此时需要加nosymm吗？谢谢老师
- A:
- 在复合物状态下首先就没法严格定义它的偶极矩。要算只能在单体下计算，把H2O删掉或者用背景电荷或者用GAMESS-US支持的FEP表现，要么就通过原子电荷之类从复合物中来划分出片段，但这时候结果也没什么意义，因为由于电荷转移，HF的净电荷不会为0，偶极矩将是依赖于原点的选择的。
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 08:51:16
- Q:
- 大家觉得科研什么时候最快乐呢
- 可惜好久没有文章接收了。
- 那种心情不可言表。
- A:
- 最快乐的是，解决一个特别困扰的大问题、把一个复杂问题彻底想通、经过努力实现一个大目的
- Q:
- 这是更好的境界
- 比如哪个问题?
- 老师常驻本群是假日福利吗
- [图片]
- A:
- 比如很久很久以前，gsgrid程序里有功能有bug，调试了好几天也没搞清楚，后来终于发现原来是一个变量名写错了，问题立刻解决，瞬间感觉死而无憾
- Q:
- [Emoticon]
- A:
- 中CNS也换不来那种喜悦
- Q:
- 我等小人物，没有这么高的追求。
- 这种感觉大概是：知道自己喜欢的人也恰好喜欢自己....
- A:
- 这种经历还有很多，比如写一个函数的高阶解析导数的代码，老是和有限差分的对不上，终于经过艰苦卓绝的调试对上了，特兴奋
- 对，这也极乐的事情
- Q:
- [图片]
- 幸福的事情有很多，内容相同，就是表现的形式不同而已
- A:
- 对，“原来如此”的感觉很快乐
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 09:13:50
- Q:
- 你最好[url=home.php?mod=space&uid=1]@sobereva[/url] 否则他没有提示是看不到的
- A:
- 看得到，不要老at
- Q:
- [图片]
- A:
- 很不喜欢有事没事就被at
- Q:
- 自从加了这群，我几乎每天好几问，不敢at了
- A:
- 反倒是回复很多问题，at了别人，好多人也看不到，以为没人回复
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 09:15:47
- Q:
- 请问各位老师，Steven和Stuttgart这两个赝势基组在Gaussian中怎么输入，Lanl2dz和SDD这两个我会，但是那两个s的我不会，老师们能给说一下嘛？sob老师的帖子我看过了，但是还是不会写。[Emoticon]
- A:
- SDD就是Stuttgart赝势结合标准其赝势基组的用法
- cc-pVnZ-PP、def2系列用的也是stuttgart赝势
- steven就是SBKJC，高斯里写成CEP-4G、CEP-31G、CEP-121G
- 不怎么建议用SBKJC
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 09:22:20
- Q:
- 想请教大家一个问题 单节点进程数目应该怎么计算呢
- A:
- 看你跑的什么程序。
- openmp并行的程序，比如Multiwfn，不管调用几核，算一个任务就一个进程
- MPI并行的程序，比如ORCA，你几核并行就有多少进程
- Q:
- 明白了 谢谢sob老师
- 最大进程数量应该是单节点的CPU核数把
- 如果是MPI程序
- A:
- 可以超过核数，但效率不会有任何提高，还会造成并行效率下降、资源竞争
- Q:
- 那像intel之类的有超线程运算 一个核有两个线程 是不是这时候进程数目可以是CPU的两倍呢[Emoticon]
- A:
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 10:02:03
- Q:
- 还有个问题，你刚才让我单独算频率，结构出现了一个小的虚频，它原来是个复合物结构
- A:
- Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
- http://sobereva.com/278
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 10:02:31
- Q:
- 电脑自动关机是什么原因？我换了cpu风扇了，不是cpu问题，貌似也不是别的硬件问题，估计是软件问题，应该哪里找问题？事件？
- A:
- 是直接断电那种关机？
- Q:
- 是的
- 我看到事件里lmgrd 出问题了
- 风扇没问题
- 以前是温度高
- 后来换了水冷风扇，基本保持在40度
- 涂了
- A:
- 一般就是主板或者电源的问题
- 先找别的电源替换试试
- Q:
- 收到，电源不贵吧
- A:
- 恩，就算到时候不是电源的事，备一个也没坏处，早晚用得上
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 10:19:54
- Q:
- sob您好，已经用LC-wPBE优化过几何结构，现在想求一下dispersion energy，应如何做比较方便合理呢，谢谢
- A:
- DFT-D色散校正的使用
- http://sobereva.com/210
-
- 里面说了怎么用得到DFT-D3色散校正量，对于完全不能表现弱相互作用的方法，色散校正值就可以当成色散作用能。LC-wPBE是可以表现轻微的色散作用的。
- ----------------------------------------------------
- 2015.10.04 10:23:48
- Q:
- 老师，利用Multiwfn来绘画DOS时，需要在计算高斯的Fchk文件添加什么关键词呢？guess=only吗？
- A:
- 不需要，就用普通的fch
- 如果需要加什么其它的，手册里一定会说
- ----------------------------------------------------
| 
发表于 Post on 2016-2-10 19:12:15
收藏 Add to favorites