相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
暂无全文附件（全文附件是手动拼的，好麻烦，多几次一起更新）
本次附件（附件内容与下文一致）：
- 2016.02.05 11:22:17
- Q:
- 有没有写的好的CDA的文章，推荐两篇看看
- A:
- J Mol Model (2015) 21:316
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 11:42:23
- Q:
- sob老师，我记得您有一个计算各种能带的帖子，如HOMO-LUMO,光学带等等，我咋都找不见。
- A:
- 没写过
- 倒是可以看看mind the gap这篇文章，讨论了这些：Mater. Horiz., 2014, 1, 17–19
- Q:
- 我咋印象里面有过呢，可能是您讨论稳定性的帖子里面有
- 好的，谢谢
- 我记得您那儿也有讨论各种稳定性的帖子，我咋也找不见了
- A:
- 内部论坛到是贴过一个关于gap的帖子
- 那是论坛里的讨论，不是我写的
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
- http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 12:56:23
- Q:
- sob老师，文献中经常提到Total Electronic energy density，在multiwfn中指的是不是Energy Density E(r) or H(r)？
- A:
- 是
- Q:
- 它有可能是负值吗
- A:
- 可能
- Q:
- sob文献中说的关于用电子密度、拉普拉斯算符和刚才说的那个能密度三个因素来判断共价键、离子键的类型，这个靠谱不？
- [图片]
- A:
- 文中叙述不完全合理，极性共价键BCP处电子密度拉普拉斯值大于0司空见惯
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 15:19:33
- Q:
- sob老师在吗
- sob老师，我用multiwfn计算了我的体系的电子密度、拉普拉斯值
- 电子密度 a.u. ▽2 r(r) a.u.
- 0.042 < 0.10 0.166 > 0
- 0.053 < 0.10 0.131 > 0
- 0.036 < 0.10 0.0640 >0
- 通过判据可以看到属于明显的离子键。对于您在http://sobereva.com/161所说的这种判定方式不适用于极性共价键。
- 那请问，这个判定标准是否适用于我的离子键体系？是否还需要其他的什么判据？谢谢老师。
- 说了
- A:
- 结合能量密度判断啊
- Q:
- 但是能量密度有正有负，绝对值都很小
- 接近于0
- E-3 E-4量级
- A:
- 再结合化学直觉、原子电荷
- Q:
- 你是说NBO？
- NBO结果显示都是离子键
- A:
- 原子电荷是原子电荷，没说NBO
- Q:
- 其中一个原子参与在80~90%
- NAO
- ?
- A:
- 什么叫原子电荷看群共享 原子电荷计算方法的对比
- 不要光靠各种量来讨论，要结合化学直觉 化学直觉
- Q:
- 哦，你是说类似于mulliken电荷的那个natural atomic charges
- 是不是
- A:
- 老夫绝不做出光看几个数，连是什么分子什么键都不知道就对属于什么键做出判断这种事
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 16:44:06
- Q:
- http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/la0610147
- 求片文献
- A:
- 求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 18:36:30
- Q:
- [图片]
- 请问像这样的跃迁电偶极矩怎么来的？
- A:
- <基态波函数|-r|激发态波函数>
- Q:
- Multiwfn中如何得到S0到Sn的跃迁偶极矩？
- A:
- 量化程序做电子激发计算直接就输出了
- 用Multiwfn的话用主功能18的子功能1也可以得到，而且可以把跃迁偶极矩分解为轨道对儿跃迁的贡献
- Q:
- 噢噢，谢谢。我还以为只会直接输出振子强度…
- 一般来说跃迁偶极矩的模越大吸收就越强吧？
- A:
- y
- Q:
- 如果只是比较吸收强度，用振子强度就可以吧？那跃迁偶极矩可以用来讨论什么更深入的东西吗？
- A:
- 算跃迁偶极矩主要目的就是算振子强度，振子强度正比于吸收峰的积分面积
- [图片]
- Q:
- Sob前辈，前天向您问到关于跃迁密度的问题. 比如，在C.I计算中，基态有一个激发态行列式A，激发态中也有一个激发态行列式A。
- 现在的问题是，在计算跃迁密度的时候，应不应该考虑<A|A>这个约化密度（这里的<A|A>是指约化密度）？
- 作者的回复是这样的：
- this problem took a while for me to see. The terms you discuss indeed don't automatically evaluate to zero. They actually make a giant, entirely positive contribution to the monopoles. I puzzled over this for ages until I had a conversation with james stewart. Terms such as the one below do not actually represent transition densities but static charge densities.
- ,Sob前辈，不好意思圈您了. 不过还是有困惑，如果前辈有启发，还请给些启示.
- A:
- 肯定得考虑
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 21:24:39
- Q:
- 明天小年夜了，大家还在学术啊
- A:
- 不如说过年杂事少才能更静心搞点研究
- Q:
- 不过也是。。。太喧嚣。。不如静静……
- A:
- 怀念去年春节能悠然自得读书的一阵子
- Q:
- 回老家那一大家子人围着说话烦的不行。。。
- 不断的听到大家讨论“哪种洗发水化学物质少”之类的问题，还懒得说
- 给他们解释几句，totally blow their mind 之后因为智商打击直接进入 denial 状态，以一种十分同情的眼神看着你不说话。
- 唯一有趣的活动是教下一代玩宇宙模拟，让体会宇宙有多空，这是整屋里唯一有 open mind 和 capable of reasoning 的一群人
- A:
- 一些没文化的人聊到涉及科学的时候最不能忍，比如聊到吃味精不好什么的。所以对于洗发液这事我很理解
- Q:
- 完全忍不住[表情]憋得岔气
- A:
- 都不知道味精是什么成分，在饭馆吃饭时就有人信口开河说吃味精不好，每次一听到这里就火冒三丈
- Q:
- ”吃味精不好“算是很老的都市传说了
- 他们朋友圈上那些东西。。。整个世界都有毒
- 然而同时整个自然界的东西都能养生。。。
- A:
- [图片]
- Q:
- 我觉得这些个事情啊，得淡定~~管他们说啥，笑笑就好了，毕竟他们不是搞科学的啊。
- science也是一种宗教
- No，Science是一种approach
- A:
- 搞科研的要捍卫科学的尊严
- Q:
- 这和宗教信徒的观念很类似，捍卫宗教的尊严
- （绝大部分，主流的）宗教的基础是一些不变的（改变极为困难而缓慢的）facts，而科学研究过程是基于一个基本广泛接受的approach，其facts是不断变化的。
- 这是一本科哲的书里提到的观点，深以为然
- 基础（科学）教育和科普，尤其是关于“如何获得尽可能正确的知识”，而不仅仅是关于知识本身，着实是一个值得关注的事情。i.e. 可以不信，但要尊重。不然真的政治现代化之后或许会有问题。
- 有一个Youtube频道，认为应该在高中阶段系统的讲相对论和量子
- 感觉很多狭义相对论和一部分广相都能简化到初等数学，量子着实不知道如何绕开数学问题
- 国外中学讲微积分初步
- 国内以前也讲
- 我高中讲啊[表情]这几年不讲了？
- 拿着这个给学生讲量子 累死宝宝了好嘛
- 几何尤其多
- [图片]圆锥曲线
- A:
- 高中应当降低试题难度，扩充知识广度，要么就干脆减少到2年
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 22:21:16
- Q:
- 在《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图》
- 有“-2 Export transition data to plain text file：把跃迁数据导出到当前目录下的transinfo.txt，格式和3.2节介绍的格式一样，因此用户可以自行修改里面的数值然后直接作为Multiwfn的输入文件。”
- 但是，3.2节似乎没有提到格式
- [图片]
- A:
- 应该是3.3节
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.05 22:52:42
- Q:
- 用Multiwfn功能11得到光谱线，导出的数据在Origin作图，下面红色曲线为何如此异常？
- [图片]
- 以下是设置参数
- [图片]
- 而且在Multiwfn里的图是正常的，如下：
- [图片]
- A:
- 没有你的输入文件不好说
- Q:
- 命令行是#p PBE1PBE/gen pseudo=read td(singlet,nstate=60) guess=read geom=check
- [图片]
- 单独作图也是这样
- A:
- 直接给我高斯输出文件
- Q:
- 好的，请接收
- A:
- 和Multiwfn里一样啊
- [图片]
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.06 19:38:12
- Q:
- 老师:您好！在CDA的分析中，对于说A向B贡献电子时，结合分析轨道分析时。我们是主要看净贡献(d-b)为正的分子轨道呢？还是就只看d为正值最大所对应的分子轨道好呢？谢谢！
- A:
- d数值较大的都要关注
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.06 22:04:29
- Q:
- 请问用multiwfn对Pd配合物进行basin分析，算出来的电荷分布如下截图，似乎不太合理。请问是不是软件不适合算过渡金属体系呢？
- A:
- 完全能用于过渡金属，没任何限制
- 屏幕上已经提示怎么做了，手册有更详细的说明
- 如果你不想手动处理这个问题，用.wfx文件就完了
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.06 22:36:33
- Q:
- 高斯如何输出wfx呢？我只会输出wfn
- A:
- out=wfx
- 在赝势下做波函数分析的一些说明
- http://sobereva.com/156
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.06 22:37:23
- Q:
- 現在的ubuntu好用嗎
- A:
- ubuntu难用
- 走傻瓜化路线越来越严重
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.07 13:50:50
- Q:
- 被一个问题困扰很久了，请各位老师给些建议。
- 假如某分子的基态为一单行列式，记为a；激发态为组态相互作用，记为a+b，这里行列式b为某个占据轨道激发到虚轨道。
- 跃迁密度的定义是：[图片]
- 我的问题是，在计算上边那个例子的时候，应不应该计算基态行列式a和激发态中行列式a之间的积分？
- 请问 哪位老师可以给些建议，跪谢跪谢跪谢.
- 之所以有这个困惑，是因为按照一般观念，对跃迁密度进行全空间积分应为0.
- 但是在我刚才举的例子中，若是对基态行列式a和激发态中的行列式a进行积分，显然不会给出零，而是给出电子数目，这和传统的跃迁密度不符。所以才会困惑。
- A:
- 如果你是做CIS，那么激发态波函数里就没有基态行列式了
- CIS里激发态波函数只用单激发行列式展开
- Q:
- 跪谢跪谢跪谢Sob前辈. 刚刚那个例子不恰当，抱歉抱歉.
- 假设我用的方法是MOPAC里的C.I的方法，然后得到基态的矢是：[图片]
- 这里第二行多了一个等号。
- 激发态的行列式是：
- [图片]
- 在基态和激发态中都有行列式3beta->5beta.
- 所以，按照定义，需要计算基态和激发态中这个行列式的跃迁密度。
- 作者说这种行列式对跃迁密度没有贡献，作者给出的理由是：
- [图片]
- 但是根据跃迁密度的定义，应该不为零才对，因为若两个行列式相等，则变成密度矩阵了.
- 按照定义，若两个行列式相等，则得到的是约化密度；若两个行列式不相等，则得到的是跃迁密度。
- 若两个行列式相等，得到的约化密度应该不为零. 我就是被卡在这里，不能理解作者的意思。
- A:
- 把跃迁密度再做积分，就相当于计算基态和激发态的重叠积分。CI计算出来的不同的根显然是正交的，重叠积分为0
- 把波函数展开的话，基态与激发态的跃迁密度就转化为一大堆你所谓的行列式的约化密度（根据slater-condon规则就相当于所含轨道的密度加和，数值为正），以及一大堆行列式之间的跃迁密度（根据slater-condon规则就相当于相差的那两个轨道波函数的乘积，不同空间区域有正有负）。将这些叠加起来，三维空间中不同地方互有抵消，全空间积分恰为0。
- Q:
- 跪谢跪谢跪谢Sob前辈.
- 我比较笨，不好意思。
- 比如基态矢有一个行列式，如前边提到的3beta->5beta激发态行列式，简记为c，因为这个行列式在基态和激发态中都存在，所以我的困惑是，在计算跃迁密度的时候，需不需要考虑<c|c>这个积分呢？（不好意思，这里的<c|c>应该指约化密度，也就是积分的时候对电子1的坐标不积分）。
- 但是作者认为约化密度部分为零，并且作者在 后续的计算中都没有考虑约化密度的部分，这让我很困惑。
- 再次跪谢跪谢跪谢Sob前辈的指点..
- A:
- 需要考虑，显然不是0
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.07 20:16:38
- Q:
- Sob有对象了吗？
- A:
- 当然有
- Q:
- 应该是Sob有二次元女票吗？
- 应该问 有多少个 才对吧w
- 你们都不关注Sob酱 ╮(╯▽╰)╭
- A:
- 秋山澪、梓喵、黑猫、八云蓝、冈本未夕、御门玛莉娅、奈亚子、千秋（暴力宇宙海贼）、和美（极黑的布伦希尔德）、橘美也、夏娜、赤座灯里、优香（夏色奇迹）、矢泽にこ、初音未来、菊地真、中原岬、黑木智子、岛风&金刚（舰colle）、东条希、理欧罗伦斯、更衣小夜、绫波丽、晓美焰、竹井久、源千华留、小阪千寻、纽绪结奈、NAJICA（七虹香电击大作战）、MADLAX、千光寺荻乃、西装Saber、木下秀吉、波户贤二郎、Dio（最终流放）、桐人（GGO）、先生（电器街的漫画店）、艾拉（可塑性记忆）、九条樱子（樱子小姐的脚下埋着尸体）、高坂丽奈（吹响！上低音号）
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.07 23:45:59
- Q:
- Sob前辈，真心不好意思，又麻烦您了.
- 我准备写关于slater轨道的积分代码，我准备参考cook的书，请问还有没有其它的资料可参考?
- 跪谢跪谢跪谢.
- A:
- cook的应该都是高斯函数的积分代码，没有slater的。slater的积分可以看徐光宪的那本书，给出了积分公式，不过注意一些公式有误
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.08 00:15:15
- Q:
- [图片]
- A:
- [图片]
- Q:
- 大神终于出了
- [图片]
- A:
- [图片]
- Q:
- 自己设计的
- 一大波美女
- A:
- [图片]
- Q:
- [表情] 真漂亮
- A:
- 还是二次元好
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.08 01:01:01
- Q:
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- bioMS群里好多low 13
- A:
- 大家春节不要惹是生非
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.08 01:26:03
- Q:
- 老师，暑期有培训班吗
- 5月
- A:
- 预计5月份和秋季（可能10月或11月）
- Q:
- 支持
- 都在北京吧？
- A:
- 五月的会在北京，秋季的可能在外地
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.08 12:38:54
- Q:
- --------Markdown Markdown--------
- A:
- --------Markdown Markdown--------
- COMPASS II力场出了
- http://link.springer.com/article/10.1007/s00894-016-2909-0?wt_mc=alerts.TOCjournals
- ----------------------------------------------------
- 2016.02.08 15:06:37
- Q:
- 各位老师过年好！高斯公司给我的回信，是什么意思？[图片]谢谢各位了！
- "SCF=XQC". Turns on the QC SCF procedure after the maximum number of regular SCF cycles have been done without convergence (if the SCF is converged in fewer cycles with the regular SCF procedure, then the QC step is skipped). The maximum number of regular SCF cycles by default is 64, and this can be controlled by "SCF=(MaxConventionalCyc=N)". The QC procedure is much slower than the regular SCF procedure but it is very robust and almost guaranteed to converge to an SCF solution. The "SCF=XQC" option thus provides a fall-back solution when the regular SCF procedure fails to converge. It also has higher chance to converge to the nearest SCF solution (which could be an unstable solution) than the regular SCF procedure, so it is strongly recommended to check for instabilities with a "Stable=Opt" calculation.
- 我有的分子收敛不了，想用xqc收敛，但是使用xqc好像有时候找到的不是能量最低点，所以我想问问该怎么解决这个问题
- 确实存在收敛困难，我也是没办法了
- 比如说我有一个分子之前一直不收敛，我用了xqc，然后同时用正常方法收敛了一下，成功了，对比这两个结果的能量，差很多，这不就说明xqc计算出的结果有待考量吗
- 对不起，我也不知道该怎么表达
- 请您帮帮忙
- 对不起，我说话了，请原谅
- 好，谢谢
- A:
- 如果能用其它方法解决不收敛就甭用qc
- Q:
- 我读过Sobereva老师的博客，用过sc
- f=(Vshift=500,noincfock,novaracc,conver=8,maxcycle=500) integral=ultra
- fine这几个关键字，有几个顽固分子都不能收敛
- A:
- conver=8毫无意义，本来就是默认的
- 博文里专门批maxcycle=几百
- 明显没有仔细阅读领会博文
- [图片]
- Q:
- 嗯，这个maxcycle=500方法也是老师告诉的，我之前用还可以，就一直用着来着。谢谢Soberva老师的指导。
- A:
- [图片]
- Q:
- 嗯，我看到您的博客里是这么写的了
- 那您看，我想比较一系列分子的能量，用conver=7可以吗？
- A:
- 可
- Q:
- 因为我现在的分子就是conver=7收敛了，再提高到conver-8就不行了
- 原来默认的就是conver=8呀，我以前真的不知道，我老师说默认是10，我就也是这么认为的了。
- A:
- [图片]
- Q:
- 谢谢Soberva，Elaine两位老师
- 我就是要得到这样的反应的反应能，Am(H2O)9+L[图片]AmL(H2O)8+H2O,conver=7 的收敛标准没问题吗，老师？
- 对不起，老师们，我也不知道，也是导师说过的。
- A:
- 可
- ----------------------------------------------------
| 
发表于 Post on 2016-2-10 19:12:32
收藏 Add to favorites