CP2K如何计算出图中表面静电势？

madhatter · 发表于 Post on 2023-5-29 08:33:24

论坛里搜绘制静电势的教程里有

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-9-30 18:44:25

本帖最后由 GWQ251 于 2023-9-30 19:35 编辑

此贴已删

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-9-30 18:50:49

老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的分析（http://sobereva.com/196）。但是我发现 negative surface area 是NAN，但是vesta 直观看表面静电势能图出来的还是有 negative surface area 的。
另外我把您给我们的 file.zip 中的例子也试了一下（lycoris2-MOS-1_0.molden），但是看起来negative surface area 也是 NAN，请问我们有什么操作做错了吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-1 06:41:28

GWQ251 发表于 2023-9-30 18:50
老师，请问我参考您推荐的方法用cp2k生成了 Molden 文件，然后送入到 multiwfn 中进行 ESP distribution 的 ...

Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
上文提到的界面里直接就可以选择输出Hartree势（静电势的负值）的cub文件

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-1 10:29:58

sobereva 发表于 2023-10-1 06:41
Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势，应当直接用CP2K产生的静电势cube文件绘图
使用Multiwfn非常便利 ...

非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情况，我该怎么做呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-1 10:35:17

GWQ251 发表于 2023-10-1 10:29
非常感谢sob老师的答疑！但是如果我想做类似于 http://sobereva.com/196 这种不同静电势范围面积的分布情 ...

目前不支持周期性体系，以后会支持

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-1 10:48:04

sobereva 发表于 2023-10-1 10:35
目前不支持周期性体系，以后会支持

好的，谢谢sob老师！

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-5 09:32:35

sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。但是我发现对于含有羟基的cof片段来说，他的最大和最小值在-120 ~ 120 kcal/mol范围内，这个是否合理呢。附件是cof的pdb文件和chg文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-5 10:29:56

GWQ251 发表于 2023-10-5 09:32
sob老师，我又用基于resp电荷的chg文件带入到Multiwfn中进行ESP分析，具体如http://sobereva.com/639所给。 ...

载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-10-5 12:25:55

sobereva 发表于 2023-10-5 10:29
载入chg，进主功能0一看就知道结构明显都是错的，好好检查计算

好的，谢谢sob老师

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