求助：反应力场弛豫过程中模型分子种类变化（发生反应）问题

zd7777777 · 发表于 Post on 2021-12-15 10:47:20

老师您好，我用MS建完的模型导入到Lammps中，使用反应力场先进行弛豫，再进行氧原子轰击模拟。
目标是:底层材料在氧原子轰击之前保持240个C22H12N2O5不变。

老师，我现在有两个问题：
1.MS建模之后，导入到lammps中在反应立场中通过fix species查看，初始模型就不是240个分子。我是通过将周期性模型增大ｚ向尺寸，将分子体系整体上移，将ｚ向变为非周期性的，请问这样做对吗？（直接将周期性模型导入lammps,再增大z向尺寸并改为ppf，会发生上表面与下表面之间同一个分子的键断裂，弛豫时原子飞出。）
２.在lammps中，如何保证在反应力场的弛豫阶段体系分子不变化呢？

Deathaliveone · 发表于 Post on 2022-5-14 09:54:23

朋友，请问你的问题是否解决这个问题呢？

li471761686 · 发表于 Post on 2022-6-6 21:27:48

Deathaliveone 发表于 2022-5-14 09:54
朋友，请问你的问题是否解决这个问题呢？

朋友我最近也在做这个是否可以交流下

。

uranusshi · 发表于 Post on 2023-2-10 15:35:39

MS建模时用confined layer,这样z轴的分子就不会穿过边界了

sy1 · 发表于 Post on 2025-1-11 10:32:08

您好，想问下您解决了吗？我现在也是遇到这种问题了，有个别分子发生散裂和融合了

sy1 · 发表于 Post on 2025-1-11 10:33:20

uranusshi 发表于 2023-2-10 15:35
MS建模时用confined layer,这样z轴的分子就不会穿过边界了

您好，想问下，我现在也是遇到这种问题了，有个别分子发生散裂和融合，但开始的时候并没有楼主的那种问题，是在计算过程中才开始分裂的

sy1 · 发表于 Post on 2025-1-11 10:33:45

Deathaliveone 发表于 2022-5-14 09:54
朋友，请问你的问题是否解决这个问题呢？

您好，想问下您解决了吗？我现在也是遇到这种问题了，有个别分子发生散裂和融合了

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