模拟氮、氧掺杂石墨烯时，能量极小化报错

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-20 11:39
非常感谢您的提醒，gfn-ff计算速度很慢，想请教一下OPLS-AA能不能做这种体系，有文献是OPLS-AA做的氧化石 ...

去看原文有没有相应的原子类型，有就可以没有就不行


gfn-ff确实速度很慢，不过还是跟你模拟的目的有关系，就是你想看这种结构的什么特征


速度来说其实用gfn-ff/alpb跑个几百ps甚至更长倒也是说不行，主要不用担心有没有参数的问题，这种体系显然是有参数的，不放心稍微跑几步也能看出来了

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-20 11:50
去看原文有没有相应的原子类型，有就可以没有就不行

非常感谢您的建议，刚才做了计算，证明：六元环，特别是有环氧基的六元环扭曲，是力场造成的——我是把所有原子电荷设置成0，然后跑的模拟，这是模拟3纳秒之后的结构。这时候六元环的扭曲也是很明显的，这并不是电荷造成的。您说的完全正确。但事实证明，如果不加电荷做模拟，是没有任何报错的，我能否认为，没有报错的模拟结果就是可以用的呢？这种六元环有点扭曲也正常吧，因为它不像苯环那样是共面的结构。现在已经证明，模拟中途崩溃报错，完全是电荷的问题，没加电荷就不会报错

喵星大佬

当然不能用，怎么可能会有这种结构。。。。

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-20 15:19
当然不能用，怎么可能会有这种结构。。。。

老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质量比占30%，他之前一直以为是摩尔比占30%，这大大高估了实验方面所得材料的O含量，事实上这种高O比例的材料可能根本就不存在，所以sob老师之前回复说GAFF模拟氧化石墨烯没问题是对的，是我们高估了O含量，做了个实际中可能完全不存在的体系，我估计gaff力场开发的时候就没考虑这种不可能存在的体系
然后也体现了计算的优越性，他能帮我们检验并发现实验中存在的一些问题

PS：gfn-ff/alpb有空了倒是可以试试，毕竟这个可能完全不存在的模型倒也有点意思，如果能用这个模型，把模拟正常跑起来会很有成就感


另外，真不能小看M$,虽然我不喜欢M$，但universal力场下做这个材料的计算居然那个六元环没变形，说明精度还可以的哦（如图）

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

其实UFF可以用瓜丝跑，MS里面的Focite模块能跑，免费的GULP程序和Lammps也是可以跑的。UFF结构合理是很正常的，因为里面有这种原子类型，而且UFF的键角项针对不同的结构有专门优化，实际上有平面三角形、四面体(通常用的)、平面四边形和pentagonal bipyramidal总共4中键角函数，可以描述各种奇奇怪怪的体系，对于环氧有inversion项(和一般说的improper项类似，定义用的原子顺序不同)限制所有原子不指向同一个半球，所以是OK的
其他的比如Tripos力场，MM2/3力场和MMFF94都是有相应的原子类型和参数的

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-20 15:22
老师，有重大进展了，我刚才问了同学（因为是跟他合作做这个文章的），他实验那边数据搞错了，本来是氧质 ...

然后还有个问题，GAFF力场用的键角和二面角项可能是借用的一般醚类的，但是这个时候就有个要求，如果初始的结构不够合理(实际上就是说4跟键偏向于一个半球)，那么由于平衡键角设定的问题，所有键角都会往一起收缩(见下面画的灵魂示意图)导致出现你那个情况，粉色表示当前键角大于平衡键角力是收缩的，绿色表示小于平衡键角力是扩张的，当所有和中心C相连的原子在同一个半球而又没有其他额外限制势的情况下就会出现圆锥角越收越小的情况，也就是你碰到的情况
但在结构合理的情况下一般模拟条件这个角是翻不过来的所以也不算完全不能用

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-20 18:13
其实UFF可以用瓜丝跑，MS里面的Focite模块能跑，免费的GULP程序和Lammps也是可以跑的。UFF结构合理是很正 ...

太生动了大佬，我明白了因为那个gromacs是要用OBGMX才能产生uff的拓扑，社长帖子《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》说OBGMX程序给出的参数实际上是对原UFF力场的近似。个别原子类型识别可能有误。所以我心里面感觉M$内置的uff力场可能准一点，相比起gromacs用uff而言，出错概率可能低一点吧，您怎么看

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-20 23:00
太生动了大佬，我明白了因为那个gromacs是要用OBGMX才能产生uff的拓扑，社长帖子《几种生成有 ...

看OBGMX的原文就知道了，对于主要近似的就是键角项，总的来说就是用Gromos96形式的键角项代替原版的键角项(gmx不支持)，基本上当差不差，你这个体系原子类型很少，对着原文检查一下有没有判断错基本就OK。原版UFF用的就是QEq电荷，但是我不记得是动态更新的还是定死的，不过Gromacs不支持动态更新QEq电荷就是了(lammps似乎可也)。
还有就是你这个模型为啥中间要掏个洞啊

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-21 04:39
看OBGMX的原文就知道了，对于主要近似的就是键角项，总的来说就是用Gromos96形式的键角项代替原版的键角 ...

这是多孔生物炭，布置孔洞模型的。
太详细了大佬，我学到很多您觉得QEq换成RESP，搭配UFF力场以后准确度能提高吗，sob老师说RESP描述静电势比QEq准，但QEq确实是UFF的原配啊
我下一步打算试试oplsaa配RESP2电荷，uff力场配RESP电荷模拟这个体系，还有就是ztop拟合力场参数以后模拟，看看哪种更好

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-21 16:08
这是多孔生物炭，布置孔洞模型的。
太详细了大佬，我学到很多您觉得QEq换成RESP，搭配UFF力场 ...

用什么电荷主要看你要模拟的过程和模拟的目的

如果就以结构来说，只看着一个结构的稳定性啊之类的目的，用什么电荷区别倒是不大。这个体系的结构相对刚性，长程静电作用影响有限。所以其实在有些有机力场比如Tripos力场里面直接就没有静电项。但你要是模拟这个结构的吸附过程啊什么的电荷就有影响了，但具体多大不好说

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-21 16:43
用什么电荷主要看你要模拟的过程和模拟的目的

如果就以结构来说，只看着一个结构的稳定性啊之类的目的 ...

嗯嗯  我是做吸附的  静电势对静电吸附力影响很大的

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-21 17:13
嗯嗯  我是做吸附的  静电势对静电吸附力影响很大的

那你用resp电荷就好了，你这个体系还不涉及什么包埋原子之类的，也没很多构象，各种ESP电荷应该都差不多

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-21 17:28
那你用resp电荷就好了，你这个体系还不涉及什么包埋原子之类的，也没很多构象，各种ESP电荷应该都差不多
...

谢谢老师，想请教一下对于opls-aa力场，resp2电荷可以跟1.2×CM5在同一体系里混用吗，我的体系有不带电小分子，给它们分配1.2×CM5电荷，此外，sob老师曾经说过，opls-aa下带电分子用RESP2较好。但我查文献没看到这么混合使用电荷的。会有一些不合理么

喵星大佬

a9471163 发表于 2021-12-22 09:53
谢谢老师，想请教一下对于opls-aa力场，resp2电荷可以跟1.2×CM5在同一体系里混用吗，我的体系有不带电小 ...

当然是不能混用

a9471163

喵星大佬 发表于 2021-12-22 09:55
当然是不能混用

嗯嗯，sob老师刚回复了，说都用resp2就行，我开始算了，这个体系用opls-aa效果很好，配个resp2，初步用opls-aa试算（没加电荷的时候），没发现像gaff力场下面的那种环氧基多的区域变形成四面体的问题