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[GROMACS] 求助如果两个分子在动力学过程中超出盒子,如何处理周期性来计算他们之间的距离?

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楼主
求助如果两个分子在动力学过程中超出盒子,如何处理周期性来计算他们之间的距离?
我分别用 -pbc whole   -pbc nojump处理了轨迹,不过还是感觉超出盒子时计算的不是实际质心的距离,而是跨过盒子后的距离。

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发表于 Post on 2021-12-16 15:37:44 | 只看该作者 Only view this author
如果你是想计算考虑了PBC情况下的距离,直接在VMD里标记上bond标签,在Graphics - Labels里直接看其距离变化就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 16:52:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 15:37
如果你是想计算考虑了PBC情况下的距离,直接在VMD里标记上bond标签,在Graphics - Labels里直接看其距离变 ...

我是想考察这两个分子的实际距离,是不是需要去掉周期性PBC后,然后计算他们之间的距离?

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发表于 Post on 2021-12-16 16:57:34 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-12-16 16:52
我是想考察这两个分子的实际距离,是不是需要去掉周期性PBC后,然后计算他们之间的距离?

我不知道你所谓的实际距离是怎么定义的
如果你认为不考虑PBC就是实际距离,就处理轨迹不按照PBC记录轨迹然后计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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