本帖最后由 tomwong4253 于 2021-12-21 12:01 编辑
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大家好呀!上一贴提到过的MD端的配置在这一贴给各位奉上,希望能给做MD的大家一点参考。
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1. 硬件选择和购买
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首先还是确认预算:这次的采购是实验室层面的,审批流程相对简单一点,预算也是宽泛到30000以内。然后确认一下需求:这台机器主要跑蛋白质的MD,没有跑QM的需求,而且由于超微板子以及RECC内存之类的在南叔这中小城市里订货到货略慢,考虑到目前我做的MD没有辣么长的时间尺度(比如到ms之类的),模型也没那么复杂,干脆不用服务器硬件而全改用消费级硬件了。这次预算多点,考虑配个两台“双子星”,以后显卡便宜了可以通过加显卡的形式扩充算力。最终我敲定了以下配置单:
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【CPU】I5-11400
【散热】九州风神。
【主板】微星Z590 A PRO。
【内存】金士顿 DDR4 3200MHz 8G*2。
【固态】三星250G NVME协议
【机械】希捷4T 企业级硬盘
【显卡】耕升3060
【机箱】先马坦克
【电源】长城巨龙1250W
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【单台小计】14650元
【两台总计】29300元
关于选用以上配置的一点说明:
1. 11400虽然低端了一点,但好歹货比较多。而且牙膏厂的U嘛,mkl fftw等自家各类库的支持比农企的肯定要好,避免了曾经曝出的个别厂商偷改环境变量导致的AMD的U做科学计算时性能下降问题。
2. 显卡估计未来超长时间内都是高点,目前个人感觉预算不足时最好用的还是3060不带Ti,相对来说12G的显存也够折腾不少蛋白质核酸模型了。这种以消费硬件改做计算的设备,建议单台机器暂时只用一块显卡,否则不光电源带着吃力,消费级CPU的PCIE带宽也被吃的厉害。
3. 这个配置将来有一定的再利用空间,未来如果有了更好的计算设备,这两台机器可以挪给实验室其他同事做个高档一点的办公机什么的。
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2. 硬件安装
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消费级硬件安装起来非常容易,大部分朋友想必都会,我这里就随便记了点流水账:
放置位置当然不能太潮,最好有UPS支持。首先还是拆拆拆and装装装。。。消费级硬件装起来并不困难,新手注意内存不要插错槽就行了,别出现内存没开出来双通道这种低级失误(别问我咋知道的。。。)
意外:装机之日常被散热器“滴血认亲”。。。
下图是板子的特写,可以看到微星的板子用料还是不错的,特别Z590这种,NVME固态都在散热装甲的下面。PCIE插槽考虑到了双显卡的距离,但是其他短PCIE的插槽的位置则直接和上个显卡贴贴这点有些迷,如果有后背稍厚的显卡,这个PCIE就没法用了。
散热风扇的3pin插头的位置我觉得也有点迷,不如超微的板子好触及,被CPU供电装甲+显卡给档的严严实实,无奈只能拆了显卡再插。
显卡特写,耕升的显卡据说一直是社长比较推荐的,我自己也买过几块,确实用料方面还是不错的。 (更新:个别朋友提醒说耕升在消费级产品中也算丐,我上面说的“用料不错”主要相对于一些名字叫不上的杂牌卡来说的。况且用于计算的显卡重点并不在显示方面,很多所谓的“丐”的标准,如果是在类似显示信号输出电路等等方面的缩水,对计算方面丐点就丐点也不影响。何况按照现在的市场价,用料太好的卡恐怕价钱就不仅仅是加个百分之几那么简单了。各位如果现在急着用显卡,主要注意一些评测里说的比如核心供电、显存供电、散热这几块大头不能缩水太狠就可以了)
重点说一下这个:我手上这个小玩意是“显卡欺骗器”,某宝上一搜一大堆。是30系显卡的驱动在做高速运算时,如果显示端检测不到负载,显卡会认为自己是在“挖矿”而自动降频,从而拖慢计算速度。这个小东东插在显卡上之后可以“骗”显卡让它以为有显示负载,从而维持住自己的主频不掉。用30系显卡做计算的朋友们注意备一下这个东东。
装好以后感觉还是不错哒~~~
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3. 计算软件简单测试
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软件部分的安装就不赘述了,社长及其他兄弟们的帖子里都很多,我自己用的是ubuntu的衍生版lubuntu18.04,配3060适合的NVIDIA驱动(好像官网推荐是475而不是最新的495),CUDA是单独安装的11.5,安装的Amber20。Amber20用的编译方式变成cmake了,一开始我还有点不适应。。。
这里也出现了一点小意外,这次的固态用的nvme协议的,在分区的时候不能像之前SATA协议的固态那么简单暴力只分/,/boot和swap,而必须先有一个类似Windows里边“保留分区”一样的分区,否则下一步系统安装的时候会直接报错。各位兄弟们可以注意下。
计算测试的时候忘记截图了,大致说一下吧。之前第一篇帖子提到我用Amber18搭配1080Ti的体系大约每天50ns左右,同样的体系用Amber20搭配3060每天能达到77ns,可见虽然1080Ti号称极限算力和3060接近,但在软件版本更新后面对具体的任务,新的架构还是有很大的优势的。
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4. 总结
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目前南叔的机器升级工作已经告一段落了,回顾一下。从2018年开始在新单位工作以来,通过不懈地争(dang)上(nu)游(li),总算是hao到了经费,前前后后购入了两大两小总共四台专门用于计算的设备,这下身边的机器更多了,后面肯定有的忙了。有机会开贴跟兄弟们分享一下吧。bye~~~
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