本帖最后由 tomwong4253 于 2021-12-21 12:01 编辑
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大家好呀！上一贴提到过的MD端的配置在这一贴给各位奉上，希望能给做MD的大家一点参考。
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1. 硬件选择和购买
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首先还是确认预算：这次的采购是实验室层面的，审批流程相对简单一点，预算也是宽泛到30000以内。然后确认一下需求：这台机器主要跑蛋白质的MD，没有跑QM的需求，而且由于超微板子以及RECC内存之类的在南叔这中小城市里订货到货略慢，考虑到目前我做的MD没有辣么长的时间尺度（比如到ms之类的），模型也没那么复杂，干脆不用服务器硬件而全改用消费级硬件了。这次预算多点，考虑配个两台“双子星”，以后显卡便宜了可以通过加显卡的形式扩充算力。最终我敲定了以下配置单：
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【CPU】I5-11400
【散热】九州风神。
【主板】微星Z590 A PRO。
【内存】金士顿 DDR4 3200MHz 8G*2。
【固态】三星250G NVME协议
【机械】希捷4T 企业级硬盘
【显卡】耕升3060
【机箱】先马坦克
【电源】长城巨龙1250W
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【单台小计】14650元
【两台总计】29300元
关于选用以上配置的一点说明：
1. 11400虽然低端了一点，但好歹货比较多。而且牙膏厂的U嘛，mkl fftw等自家各类库的支持比农企的肯定要好，避免了曾经曝出的个别厂商偷改环境变量导致的AMD的U做科学计算时性能下降问题。
2. 显卡估计未来超长时间内都是高点，目前个人感觉预算不足时最好用的还是3060不带Ti，相对来说12G的显存也够折腾不少蛋白质核酸模型了。这种以消费硬件改做计算的设备，建议单台机器暂时只用一块显卡，否则不光电源带着吃力，消费级CPU的PCIE带宽也被吃的厉害。
3. 这个配置将来有一定的再利用空间，未来如果有了更好的计算设备，这两台机器可以挪给实验室其他同事做个高档一点的办公机什么的。
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2. 硬件安装
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消费级硬件安装起来非常容易，大部分朋友想必都会，我这里就随便记了点流水账：
放置位置当然不能太潮，最好有UPS支持。首先还是拆拆拆and装装装。。。消费级硬件装起来并不困难，新手注意内存不要插错槽就行了，别出现内存没开出来双通道这种低级失误（别问我咋知道的。。。）
意外：装机之日常被散热器“滴血认亲”。。。
下图是板子的特写，可以看到微星的板子用料还是不错的，特别Z590这种，NVME固态都在散热装甲的下面。PCIE插槽考虑到了双显卡的距离，但是其他短PCIE的插槽的位置则直接和上个显卡贴贴这点有些迷，如果有后背稍厚的显卡，这个PCIE就没法用了。
散热风扇的3pin插头的位置我觉得也有点迷，不如超微的板子好触及，被CPU供电装甲+显卡给档的严严实实，无奈只能拆了显卡再插。
显卡特写，耕升的显卡据说一直是社长比较推荐的，我自己也买过几块，确实用料方面还是不错的。 （更新：个别朋友提醒说耕升在消费级产品中也算丐，我上面说的“用料不错”主要相对于一些名字叫不上的杂牌卡来说的。况且用于计算的显卡重点并不在显示方面，很多所谓的“丐”的标准，如果是在类似显示信号输出电路等等方面的缩水，对计算方面丐点就丐点也不影响。何况按照现在的市场价，用料太好的卡恐怕价钱就不仅仅是加个百分之几那么简单了。各位如果现在急着用显卡，主要注意一些评测里说的比如核心供电、显存供电、散热这几块大头不能缩水太狠就可以了）
重点说一下这个：我手上这个小玩意是“显卡欺骗器”，某宝上一搜一大堆。是30系显卡的驱动在做高速运算时，如果显示端检测不到负载，显卡会认为自己是在“挖矿”而自动降频，从而拖慢计算速度。这个小东东插在显卡上之后可以“骗”显卡让它以为有显示负载，从而维持住自己的主频不掉。用30系显卡做计算的朋友们注意备一下这个东东。
装好以后感觉还是不错哒~~~
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3. 计算软件简单测试
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软件部分的安装就不赘述了，社长及其他兄弟们的帖子里都很多，我自己用的是ubuntu的衍生版lubuntu18.04，配3060适合的NVIDIA驱动（好像官网推荐是475而不是最新的495），CUDA是单独安装的11.5，安装的Amber20。Amber20用的编译方式变成cmake了，一开始我还有点不适应。。。
这里也出现了一点小意外，这次的固态用的nvme协议的，在分区的时候不能像之前SATA协议的固态那么简单暴力只分/，/boot和swap，而必须先有一个类似Windows里边“保留分区”一样的分区，否则下一步系统安装的时候会直接报错。各位兄弟们可以注意下。
计算测试的时候忘记截图了，大致说一下吧。之前第一篇帖子提到我用Amber18搭配1080Ti的体系大约每天50ns左右，同样的体系用Amber20搭配3060每天能达到77ns，可见虽然1080Ti号称极限算力和3060接近，但在软件版本更新后面对具体的任务，新的架构还是有很大的优势的。
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4. 总结
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目前南叔的机器升级工作已经告一段落了，回顾一下。从2018年开始在新单位工作以来，通过不懈地争（dang）上（nu）游（li），总算是hao到了经费，前前后后购入了两大两小总共四台专门用于计算的设备，这下身边的机器更多了，后面肯定有的忙了。有机会开贴跟兄弟们分享一下吧。bye~~~
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发表于 Post on 2021-12-20 23:13:08
楼主 Author
发表于 Post on 2021-12-21 12:22:32
说多了都是泪啊，你要是能按照更便宜的价钱帮忙买到机器还不会被学校审计的追着刁难，这钱我可以给你挣了。