分子动力学选择Amber or Gromacs ?

naoki · 发表于 Post on 2021-12-22 21:45:04

sobereva 发表于 2021-12-22 21:23
deffnm目前最新正式版里没有删
你平时的蛋白质模拟根本不牵扯到隐式溶剂模型，而且本来gmx的GB模型做得 ...

Sob老师好，想咨询一下您，是gmx2020及以上版本的GPU加速效果更好吗

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-22 21:47:24

snljty 发表于 2021-12-22 21:41
deffnm是开发日志说的，好像是2022版要删...

每个大版本一开始都会bug不断，现在2021.4还是比较稳定的，到22版之后先让子弹飞一会

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-23 04:54:12

本帖最后由喵星大佬于 2021-12-23 04:55 编辑

naoki 发表于 2021-12-22 21:45
Sob老师好，想咨询一下您，是gmx2020及以上版本的GPU加速效果更好吗

同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版本开始，可以算短程非键作用，2018版开始可以算PME部分，2019开始，可以把成键项也放GPU上，不过这个提升不大。2020开始，约束和更新坐标，缓冲区也可以放gpu上，就是export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true，然后mdrun的时候-update gpu，这个大幅减少cpu/gpu交互，提升不小
所以用gpu加速要用新的版本，最好是2020以后的版本，目前的2021.4还算比较稳定，bug也修差不多了

naoki · 发表于 Post on 2021-12-23 09:10:36

喵星大佬发表于 2021-12-23 04:54
同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版 ...

wow！非常感谢大佬的详细解答

牧生 · 发表于 Post on 2021-12-23 11:16:42

喵星大佬发表于 2021-12-23 04:54
同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版 ...

-update gpu好像不支持四点水模型

Program: gmx mdrun, version 2021.4
Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 726)
Function: bool gmx::decideWhetherToUseGpuForUpdate(bool, bool, PmeRunMode, bool, bool, gmx::TaskTarget, bool, const t_inputrec&, const gmx_mtop_t&, bool, bool, bool, bool, bool, const gmx::DevelopmentFeatureFlags&, const gmx::MDLogger&)

Inconsistency in user input:
Update task on the GPU was required,
but the following condition(s) were not satisfied:
Virtual sites are not supported.

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-23 11:58:02

牧生发表于 2021-12-23 11:16
-update gpu好像不支持四点水模型

Program: gmx mdrun, version 2021.4

对，而且目前不支持MTS，并且只能用leap-frog不能用vv
但是不用这些的情况下还是可以的，比如用charmm，Gromos或者FF14SB系列模拟生物分子的情况

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-23 12:30:57

naoki 发表于 2021-12-22 21:45
Sob老师好，想咨询一下您，是gmx2020及以上版本的GPU加速效果更好吗

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-23 13:56:22

喵星大佬发表于 2021-12-23 04:54
同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版 ...

woc离谱！我以前一直以为-update选项缺省值就是gpu，今天才知道还得手动加-update gpu，血亏啊呜呜呜…
是我学艺不精了

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-23 14:08:30

Entropy.S.I 发表于 2021-12-23 13:56
woc离谱！我以前一直以为-update选项缺省值就是gpu，今天才知道还得手动加-update gpu，血亏啊呜呜呜…
...

我上次跟你说吧update放到gpu上快很多，而且对cpu要求会明显降低，你还不信。。。。

update在gpu上是20版本以后的新功能，没注意也正常

牧生 · 发表于 Post on 2021-12-23 14:39:15

本帖最后由牧生于 2021-12-23 14:42 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-23 14:08
我上次跟你说吧update放到gpu上快很多，而且对cpu要求会明显降低，你还不信。。。。

update在gpu上是2 ...

测试了一下2019.6和2021.4，加上-update gpu以后，两个版本的gromacs速度都差不多。
GPU利用率从不到70%提升到84%了。。测试的9万多原子的表面活性剂水溶液体系，速度从180 ns/day提升到了差不多260 ns/day，当事人表示非常开心。。

biogon · 发表于 Post on 2021-12-23 15:14:05

喵星大佬发表于 2021-12-23 04:54
同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版 ...

现在同硬件还是amber快吧

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-23 15:24:09

biogon 发表于 2021-12-23 15:14
现在同硬件还是amber快吧

确实，Nvidia官方的测试还是Amber快，但也就一点

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-23 16:33:27

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-12-23 16:41 编辑

喵星大佬发表于 2021-12-23 14:08
我上次跟你说吧update放到gpu上快很多，而且对cpu要求会明显降低，你还不信。。。。

update在gpu上是2 ...

添加-update gpu测试了我的5950X(PBO) & 3080Ti(Max400W)：
100万原子体系，gmx 2020.6，nstcalcenergy=100，rvdw=1.4，dt=0.002，nt=32，速度18ns/d，GPU利用率~85%，GPU功耗~365W；不加-update gpu，速度8.8ns/d，GPU利用率~53%，GPU功耗~300W。
30万原子体系，gmx 2020.6，nstcalcenergy=50，rvdw=1.4，dt=0.002，nt=32，速度67ns/d，GPU利用率~90%，GPU功耗~395W；不加-update gpu，速度53ns/d，GPU利用率~75%，GPU功耗~355W。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-23 16:37:39

喵星大佬发表于 2021-12-23 04:54
同样的硬件越新的版本速度越快，而且不是一点点

另一方面主要是gpu可以计算的任务类型越来越多。4.6版 ...

但是export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true似乎不是必须的吧？
这似乎是让-update选项缺省值设为gpu，就不用每次mdrun都加-update gpu了？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-23 16:50:11

本帖最后由喵星大佬于 2021-12-23 16:51 编辑

Entropy.S.I 发表于 2021-12-23 16:37
但是export GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU=true似乎不是必须的吧？
这似乎是让-update选项缺省值设为gpu ...

是的，我是看手册有这么个写法，我也发现不是一定要加的。。。。。

不过测试结果很明显，update到GPU之后速度还是有巨幅提升的，尤其是大体系，真·巨幅提升，其实主要就是降低了cpu和gpu的通信，而且这样对cpu的要求也降低了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 分子动力学选择Amber or Gromacs ?

评分 Rate

评分 Rate