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[GROMACS] 带苯环分子charmm力场生成问题

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楼主
我在处理EDTA(四个羧基都脱掉H)的时候,使用 CGenFF(https://cgenff.paramchem.org/),但是一直报错:readmol2 warning: unknown bond type; skipped molecule Molecule .不知道该如何处理。mol2文件是gview构建,文件在附件,请老师指点。
另外想问一下• SwissParam(http://swissparam.ch• CGenFF(https://cgenff.paramchem.org/)这两个在线网站生成的力场有何区别,由于CGenFF有一段时间维护因此用了 SwissParam,这样还能与CGenFF产生力场的其他模拟比较吗。

4ac4-.mol2

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发表于 Post on 2021-12-22 01:01:50 | 只看该作者 Only view this author
SwissParam是基于MMFF94力场的,此文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 01:17:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-22 01:01
SwissParam是基于MMFF94力场的,此文说了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/2 ...

谢谢老师,EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢,请老师指点

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发表于 Post on 2021-12-22 01:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-12-22 01:17
谢谢老师,EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢,请老师指点

我不用CGenFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-12-22 02:09:06 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-12-22 01:17
谢谢老师,EDTA生成力场参数时一直报错是什么问题呢,请老师指点

用Charmm-GUI的配体模块生成小分子的CGenFF,比CGenFF好用多了,那个鬼玩意的脚本还要python2,直接用charmm-gui就完事了

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发表于 Post on 2025-4-14 15:03:56 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-12-22 02:09
用Charmm-GUI的配体模块生成小分子的CGenFF,比CGenFF好用多了,那个鬼玩意的脚本还要python2,直接用cha ...

大佬请教一下,就是Ligand Reader & Modeler 页面上传配体mol2,然后下载下一步完成后下载download.tgz得到的配体itp文件这样就可以用于gromacs是吗?

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