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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

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发表于 Post on 2022-9-14 17:01:52 | 只看该作者 Only view this author
yangzaia 发表于 2022-9-14 10:14
请问sob老师,我的蛋白质体系用gromacs跑了50ns,想用RMSD来判断体系是否平衡,在37ns左右开始波动比较稳定 ...

是不是可以看看37ns前后构象之间的区别

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发表于 Post on 2022-9-23 14:52:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-14 16:10
没图没法说
通常怎么判断在当前帖子里已经说得没法更具体了

E:\1.jpg老师,这是我的体系,我现在是结合轨迹动画看37ns后的趋势是否稳定来判断的

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发表于 Post on 2022-9-23 14:54:53 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2022-9-14 17:01
是不是可以看看37ns前后构象之间的区别

我现在是结合轨迹动画看的,谢谢你的回复

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发表于 Post on 2022-9-23 15:01:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-14 16:10
没图没法说
通常怎么判断在当前帖子里已经说得没法更具体了

老师,这是我的体系RMSD,我理解的是图中37ns后基本稳定了,但是我不知道如何判断50ns的模拟时间是否足够

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-24 00:57:53 | 只看该作者 Only view this author
yangzaia 发表于 2022-9-23 15:01
老师,这是我的体系RMSD,我理解的是图中37ns后基本稳定了,但是我不知道如何判断50ns的模拟时间是否足够 ...

得结合具体问题
如果这是个生物分子,再跑个20ns,红线还是平稳的话就可以断定稳定了
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发表于 Post on 2022-9-24 20:16:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-24 00:57
得结合具体问题
如果这是个生物分子,再跑个20ns,红线还是平稳的话就可以断定稳定了

是生物大分子,纤维素酶,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-19 00:04:51 | 只看该作者 Only view this author
社长,如果用的是xtb做动力学,各种属性怎么输出啊。我现在只知道轨迹文件里输出有能量,利用vmd可以统计氢键和RMSD等,其它的属性如密度之类的怎么看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 01:09:11 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-19 00:04
社长,如果用的是xtb做动力学,各种属性怎么输出啊。我现在只知道轨迹文件里输出有能量,利用vmd可以统计氢 ...

xtb本来就不适合做周期性体系的动力学模拟,不是周期性体系也就没有密度一说。GFN1-xTB级别做周期性体系动力学模拟推荐用CP2K
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发表于 Post on 2022-10-19 09:45:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-19 01:09
xtb本来就不适合做周期性体系的动力学模拟,不是周期性体系也就没有密度一说。GFN1-xTB级别做周期性体系 ...

好的,谢谢社长。借楼再问一个问题,就是xtb在做动力学的时候,设定了初始体系的单电子数,后来体系发生了分解形成自由基,此时单电子数会增加,与开始设置的不符,这种情况是不是没法太较真啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 23:57:10 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-19 09:45
好的,谢谢社长。借楼再问一个问题,就是xtb在做动力学的时候,设定了初始体系的单电子数,后来体系发生 ...

xtb程序里的GFN-xTB默认做的是限制性的有限温度计算,你说的情况未必不能描述。比如两个离得很远的甲基自由基,GFN-xTB的这种计算直接能得到两个占据数几乎为1的轨道,都不用设对称破缺初猜。
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发表于 Post on 2023-8-27 16:34:27 | 只看该作者 Only view this author
请问社长如果用了增强采样的话,怎么来判断是否平衡了呢?

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发表于 Post on 2024-6-16 01:32:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qikongwanli 于 2024-6-16 01:36 编辑

社长老师好,我是新手,能帮忙看下我的结果吗,这种还要继续延长模拟时间吗,谢谢。

我模拟的是蛋白质和小分子配体化合物的结合,我看轨迹图,模拟的后期,配体的位置逐渐原理初始的结合位点。

屏幕截图 2024-06-16 010124.png (16.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

屏幕截图 2024-06-16 010124.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 05:32:44 | 只看该作者 Only view this author
qikongwanli 发表于 2024-6-16 01:32
社长老师好,我是新手,能帮忙看下我的结果吗,这种还要继续延长模拟时间吗,谢谢。

我模拟的是蛋白质和 ...

既然肉眼都看出来逐渐远离了,当然没平衡
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发表于 Post on 2024-11-12 11:10:14 | 只看该作者 Only view this author
牛啊 来学习了,刚接触MD时间不长,发现论坛真是好工具

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