公社群聊Q&A整理：2016.02.15 17 ~ 2016.02.20 01 （含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-20 03:04:06

相关概况请阅读：

http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.02.15 17:31:45
Q:
请教各位大神:利用NBO5.0计算键级的方法。我现在已经产生了.47文件，接下来我该怎么进行呢？谢谢
A:
用NBO5执行之，.47是其输入文件
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2016.02.15 17:32:03
Q:
请教一下，formchk的时候会出现Error termination in NtrErr:
网上说是内存不足，有什么好的处理方法吗？我需要看频率
做了其他体系的时候都正常运行了
也没有加路径
还是多谢
A:
把完整的输出贴出来
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2016.02.15 17:55:31
Q:
请问高斯计算RHEL哪一个版本比较稳定？谢谢！
A:
一直都稳定，目前建议用6.5或7
Q:
好的，谢谢，那我下载一个RHEL6.5或7，安装一下
6.X和7.x风格变化挺大
A:
7的界面变烂了
灵活度降低
如今很多程序都是越发展越退步
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2016.02.15 18:50:13
Q:
RHEL,百度云的我下载不下来，每次都是输完验证码后就没有任何反应了，谁有其他的下载地址，谢谢了
A:
RHEL7
http://pan.baidu.com/s/1jGfGRA2
换个浏览器
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2016.02.15 19:49:36
Q:
请问哪位能帮忙下载这篇文献?谢谢http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2012/DT/c2dt11984f#!divAbstract
[表情]
文献已求到，感谢[图片]
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.02.15 20:56:25
Q:
新年好，哪位能帮我下载一篇Taylor & Francis 数据库的文献（已经使用了Sci-Hub，下载不了），万分感谢！
http://www.tandfonline.com.proxy.medlib.uits.iu.edu/doi/full/10.3109/10717544.2014.976892
A:
这篇？
[图片]
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2016.02.15 22:27:56
Q:
[图片]
gaussian计算时，出现link died ，进而报错，出现以上画面，求大神帮解答啊@群主
[图片]
需要输出文件最后几行，是吧，好呢
我是菜鸟
A:
这种报错都是输入文件有问题
关键词用得不对，格式不合理等等
Q:
直接上传输入和输出文件
[图片]
A:
opt=cartesian
Q:
opt=cartesian
我是用gaussianView输入的[表情][表情]，还没有到直接在gaussian输入
大神不要我
6-31G渣的没法用
换6-31G(d)
(⊙o⊙)哦
好的，我立即试试，
[图片]
A:
尽早脱离gview的calculation setup构建输入文件，否则永远是菜鸟
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2016.02.15 23:42:48
Q:
想将分子设置成C3，为什么设置不了呢，为什么higher-order point groups 不能选择呢[图片]
最大化都不反应
[图片]
有没有什么强制性的要求可以定义的？
自己写矩阵？
求详细说明？
A:
先把你的结构在gview里调得基本能看出C3模样再说
Q:
挺像C3的，但是N上的H换成CH3就找不到对称性了
A:
还差得远呢
[图片]
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2016.02.16 12:49:49
Q:
请问sob老师，如果我想计算一个激发态的小分子与基态小分子形成的团簇，在输入文件中如何进行指定呢？
直接在输入文件中输入 #p opt freq td m062x/6-311++g(d,p)
就可以吗？
请问sob老师，为什么我计算分子和团簇，计算了三遍，也修改了初始构型，每次都是计算到20步的时候，出现link 9999的错误？应该怎样修改输入文件呢？
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 20
-- Flag reset to prevent archiving.
求助问题，优化激发态时候，出现link 9999的错误，错误文件如下：
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.046928 0.000450 NO
RMS Force 0.028973 0.000300 NO
Maximum Displacement 0.029353 0.001800 NO
RMS Displacement 0.030579 0.001200 NO
Predicted change in Energy=-2.853111D-02
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 20
-- Flag reset to prevent archiving.
请问NStep是默认设置的吗，如何进行修改？
那请问应如何修改输入文件，能简单解释一下NStep的意思吗？
A:
无法严格实现，电子激发计算是对整个体系而言的。但你可以做跃迁密度矩阵图，比如
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
或者考察电子、空穴分布看看跃迁是否只涉及其中一个分子，如果是的话可以算是能满足你的目的
看优化趋势，如果能量逐渐下降，加大优化步数上限
如果能量已经发生震荡，看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.02.16 12:51:58
Q:
SOB老师，我用tppmktop工具生成的top文件里，Atomtype bmim_cw not found，@Sobereva
就是bm开头的那些在atomtypes.atp里没有找到，咋整？
A:
不怎么用tppmktop那玩意儿，不清楚
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2016.02.16 12:52:39
Q:
谢谢sob老师，那输入文件就直接按照如下： #p opt freq td m062x/6-311++g(d,p) 计算即可是吗？然后看计算结果中跃迁是否在我研究的你某个分子上？
谢谢sob老师，那输入文件就直接按照如下计算就可以是吗？
#p opt freq td m062x/6-311++g(d,p)
A:
是。但注意激发态频率计算极为耗时。弥散通常可省，耗时降低甚巨
Q:
如果是计算氢键作用的团簇，不加弥散计算频率准确性可以吗？
A:
可以
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2016.02.16 12:55:00
Q:
咨询一个问题，我在高斯09中想用m06hf泛函，我查阅高斯手册直接有m06hf，但是，我从网上看到说，高斯09要实现m06hf泛函需要的写法为：[图片]
那我们在实际计算的时候，需要写integral=ultrafine这个关键词吗？这个关键词我也看过了，说是和积分有关？谢谢指点。
A:
那是对老版本g09而言的，现在版本能直接支持就直接用。建议写ultrafine，这是明尼苏达泛函中对积分格点最敏感的
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2016.02.16 13:00:24
Q:
请问专家在centos 6.5里面etc/profile文件与root/bashrc比较，启动服务器后谁先执行？如果我在 etc/profile放了一个gromacs 5.0版本，然后在 root/bashrc放了一个gromacs 4.6版本，请问在root那里运行md，究竟哪个版本？
因为gromacs版本变化很大，有些旧教材没有及时更新，学起来很麻烦。
还有个问题依然不清楚，fftw怎么测试才算安装成功？
A:
fftw编译顺利通过了就算成功了
etc/profile先执行
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2016.02.16 13:00:24
Q:
GAUSSVIEW5.0 打开chk文件时，老是出错？谢谢！
[图片]
A:
检查chk是否放在了奇怪的路径下，包含中文之类
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2016.02.16 13:00:24
Q:
不好意思，问一个技术问题.
在fortran中，写入一行数据时候，可以从第n个位置开始，只需要加入nx就可以空出n个空格。
我想问的是，如果这里的n是个变量，fortran不识别这样的表达式，请问怎样处理这种情况呢？
多谢多谢多谢.
多谢多谢多谢蜗牛老师，还是算了，我改用别的方法.
多谢多谢多谢亚历山大老师.
多谢多谢多谢剑宗老师.
多谢多谢多谢剑宗老师.
我没说明白我的问题，不好意思.
比如，我写一列数据到文件，然后写第二列数据，为了不让第二列数据覆盖第一列数据，在写第二列数据时，需把写入位置跳到第二列的位置. 比如在写数据时候加入5x，那么数据的写入就会从第六个位置开始. 我在想这里的5是否可以换成变量n
不好意思，稍稍有些绕口，如果老师嫌麻烦就算了，我改用另一种方法.
@剑宗学徒
多谢多谢zhou老师，我研究下.
多谢多谢多谢切嗣老师.
多谢多谢多谢!
A:
可以用变量。比如write(10,abc) ...，这里abc是描述格式的字符串，这个字符串的内容你可以用比如write(abc,"('5x,f',i2,'.6')") n写入
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2016.02.16 13:26:29
Q:
sob老师，还有一个问题，opt优化激发态后收敛了，但是能量比初始的能量还要高是怎么回事？
[图片]
[图片]
而且没有虚频
A:
不看输出文件不好说
Q:
那sob老师您能帮我看一下吗？
A:
传群共享
Q:
好的
A:
也许跑到了与初始结构不同的其它极小点上
优化时降低步长上限再试
另外这种体系用CASSCF优化会好点
Q:
高斯中的 casscf 可以吗？
A:
可
Q:
请问降低步长是采用这个关键词吗？ opt=maxstep=N
A:
必须结合notrust才真正有效
Q:
是您的帖子里面的： opt(gdiis,maxstep=x,notrust)，x为3~5 ？
A:
y
那是解决震荡时候用的，你当前情况用不着gdiis，x也不需要那么小，10就可以
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2016.02.16 14:36:28
Q:
请问sob老师，上面您提到的加大步数上限，是否是采用关键词opt=maxcyc=N？我之前的文件的里面出现的错误是：
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 20
[图片]
以前优化的步数经常能到>20步的啊，请问这个是激发态计算默认的步数限制吗？
A:
原子数越少，默认的步数上限越小
Q:
恩恩这样啊
谢谢sob老师，那请问是用 opt=maxcyc=N的关键词吗？
A:
y
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2016.02.16 14:53:41
Q:
你好，soberva, 如何present energy distribution around HOMO and LUMO, and analyze the change of charge distribution after including electric field？
thanks!
A:
1 作态密度图，看Multiwfn手册4.10节的例子
2 有多种方式考察：(1)对加电场前后作密度差图，看这里的例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
(2)计算加电场前后的原子电荷，进行比较
(3)绘制加电场前后的电荷转移曲线，看Multiwfn手册4.13.6节的例子，仅对于某些体系适合
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2016.02.16 15:00:45
Q:
请教：如何用VMD画出两个质心（mass center）之间随帧数的变化
A:
写tcl脚本，不超过10行
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2016.02.16 16:12:02
Q:
在如下任务中
%chk=bzim-Au3AgAu3-S0toSn
%nproc=8
%mem=3000MW
#p PBE1PBE/gen maxdisk=20GB TD(singlet,nstate=40) geom=check Iop(9/40=4)
Au3+AG+AG3 S0toSn in Inorg.Chem. 2000, 39, 3158 3165
1 1
Au Ag 0
Lanl2dz
****
C N H 0
6-31G**
****
Au Ag 0
Lanl2dz
出现了
Consistency failure #1 in FindCO.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l801.exe at Tue Jan 12 04:09:03 2016.
可能是什么原因？
A:
Au Ag 0上面再多空一行
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2016.02.16 16:12:48
Q:
自己写了个循环，可计算某质心（mass）虽帧数的变化，得到结果如图坐标信息[图片]，在此基础上该如何计算它与另一质心之间的距离随帧数的变化呢？（另一质心的坐标信息随帧数的变化同样可以求出）怎么把这个公式[(x2-x1)**2+(y2-y1)**2+(z2-z1)**2]**0.5 给写进脚本呢？
A:
学学tcl的expr命令的使用就会了
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2016.02.16 16:57:22
Q:
怎么确定A...B之间是否有弱相互作用呢？比如有多个其它因素没有充分考虑（泛函是否合适，SOC，相对论...)，另外实验结果和理论计算的体系在很多方面也不能完全一致。所以我觉得不能简单用DFT和 DFT-vdW 哪个与实验接近来判断吧？
AIM 看看有没有BCP；算作用能
比如一般DFT算如果没有，而DFT-vdw算有呢？
一般DFT 算下来是排斥？
A:
作RDG等值面图考察
Q:
nbo 看E2
A:
显然考虑了色散校正更接近于当前模拟体系设定下的弱相互作用的真实情况
E2有极大的误导性
Q:
[图片]
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.02.16 17:00:06
Q:
[图片]
有没有什么办法让这2张图的原子大小看起来一样大
A:
ps里作为不同图层弄到一起，将一个图层设为透明，对之进行缩放直到两个图层原子大小对上
----------------------------------------------------
2016.02.16 17:05:03
Q:
有个想学理论化学，就是纯算法开发之类的自称大二的本科生向我问一些经验（邮件），我跟他说了下经验，然后问他我大二时都不知道有理论化学这么个东西，你是怎么知道的，然后他说，他爸爸说纯化学没有前途，跨学科才有希望blabla
我预想了好多种可能，唯独没有这个[表情]
A:
外行人总是盲目地鼓吹跨学科就怎么怎么样
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2016.02.16 17:58:03
Q:
Sobereva老师，我用gaussian计算预共振拉曼,输出文件应该包含几个拉曼图（输入多个入射波，在输出文件中包含了对应的多个预共振图），但是怎么在Multiwfn软件里显示出多个图来呢？
A:
multiwfn没法绘制多个，gview里可以选择绘制哪个频率的
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2016.02.16 18:22:58
Q:
请教个问题，http://www.dicp.ac.cn/xwzx/kjdt/201405/t20140509_4117546.html这里面的动画用什么软件制作的？
A:
flash
Q:
需要先画出这些分子立体结构吗？
A:
在可视化程序里显示，然后导入图片到flash里，或者flash里照着画
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2016.02.16 20:16:40
Q:
请教一下，关于multiwfn中定义fragment的功能（-3, -4），我不是太明白，manual上说删除了某个原子的贡献后就相当于相应GTF的系数为0，那么总体减少的电子个数是恰好等于该原子的电子个数吗？
A:
不是。
首先，原子在分子环境中本身就不是带整数电荷的，电子会转移
Q:
哦，这样啊~谢谢sob！
那么有没有办法把原子周围和它本身一样多的电子取出来作为fragment的呢?这样有没有意义？
A:
没法这么定义也没意义
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2016.02.16 21:04:51
Q:
来讲一个悲伤的故事。某（很好的）学校有个40多岁的讲师，没有课，也从来不搞科研，甚至根本都不去学校，每月吃空饷，而本人早就移民国外了，每天在国外吃喝玩乐。与此同时，该校招收一个新的讲师，至少已经有12个来自美国top30的博士后递交简历[表情]
A:
有故事的人
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2016.02.16 21:21:46
Q:
我想问大家一个问题，
对于一个非正交基下展开的波函数，我如下方式对角化行不行？
[图片]
[图片]这个矩阵变成非厄米的了
A:
AB一般不等于BA，即便其中一个是对角矩阵也不行。除非一个是I，或者两个都是对角矩阵。
Q:
[表情]
非对称矩阵对角化，C存在左矢右矢的问题了。
S我可以求逆的。不可逆出复数？
lamda是本征值，一个数啊
这块有点蒙啊，非厄米的矩阵对角化，我没见过。我看书上讲本征矢有左右的问题，另外可能有复数的本征值
Hartree-Fock在对角化之前，好像不是把S矩阵的逆直接乘到左边，而是先把把基矢正交化。我不知道这块是为什么
A:
先用Lowdin正交化不就完了，搞那么复杂
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2016.02.16 21:49:31
Q:
http://sobereva.com/33打不开请问sob老师怎么回事
A:
分明能打开
Q:
[图片]
A:
[图片]
Q:
还是打不开啊
[图片]
34和32中间没有33
这是咱回事啊
A:
你的浏览器问题
Q:
我晕
A:
[图片]
Q:
ie也进不去啊
哪位好心人可以把http://sobereva.com/33打印成pdf给我发过来呗
看来不是我一个人啊
A:
忘说了，33被设为私密模式了
因为当年限于水平，写得比较low
Q:
哈哈，不好意思给我们看哇
A:
现在来看没有什么可读的，读那些信息根本没什么价值，Multiwfn解决全部问题
牵扯到的原理、公式在《原子电荷计算方法的对比》里也都介绍了
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2016.02.16 22:01:22
Q:
还想请问一个问题，有式子就打在word里了，问题见下图：[图片]
A:
可以，不过你忽略了XC部分。
建议看看IQA方法，比如J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1096-1109，思路和这差不多
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2016.02.16 22:05:39
Q:
请教大家一下，我编译vasp.5.3.5的时候，编译过程正常，计算的时候就提示这种错误[图片]，从ldd vasp[图片]显示来看是有libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so这个文件的，请问一下是怎么回事，谢谢
A:
把这个文件所在的文件夹加入LD_LIBRARY_PATH环境变量里
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2016.02.16 23:44:01
Q:
请教sob老师在高斯中如何使得NBO的输出简洁
A:
用某些关键词，可以跳过一些分析，输出量就减少了，比如SKIPBO关键词可以跳过分析NBO的过程，只做NAO并计算NPA电荷，或者用pop=NPA
可以看NBO 3.1手册
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2016.02.16 23:44:51
Q:
请问老师，吸收谱如果同时计算多个激发态的话，可不可以对每个激发态采用不同的shift相对于实验谱
A:
这就太狡猾了
Q:
[表情]
A:
整体平移一下，或者统一用某个公式处理一下还好说
Q:
有什么公式可以处理一下，老师可有相关文章什么的推荐一下？谢谢老师
A:
比如a*x+b这类
Q:
嗯，嗯
谢谢老师，这样可以将理论计算的谱峰和实验吻合的更好，但是我的谱的问题是比实验宽出很多
所以想着要是可以采用不同的shift然后就可以变窄了[表情]
A:
调小FWHM就完了
Q:
[表情]
不通激发态可以采用不同的FWHM对不对？
A:
Multiwfn里作图允许对不同跃迁用不同FWHM
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2016.02.16 23:52:03
Q:
gromacs报错，找不到编译器里面的 libmkl_intel_lp64.so
gmx: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory
但是我在bashrc已经输入export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/ lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
但是echo $LD_LIBRARY_PATH，还是找不到mkl/ lib/intel64，而查看libmkl_intel_lp64.so它明明就在/mkl/ lib/intel64那里，请问是什么回事？
A:
输入bash使.bashrc生效
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2016.02.16 23:56:51
Q:
请教sob老师现在的对角化程序都是支持openMP并行的吗
A:
不是
Q:
高斯自带的支持吗？
A:
应该不
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2016.02.17 00:05:29
Q:
老师还有一问题，为什么采用不同的泛函计算的各激发态之间的能量查不一样，我对照了三个泛函，s2与s1以及s3与s2间能量查在pbe0,cam,b3lyp三种泛函下分别为：0.1051，0.3695；0.1351，0.4746；0.1075，0.3671所以加入我用cam,我可不可以说cam给出的能量差大，所以得到的谱图比实验宽是泛函的缘故，如果采用其他泛函就可以搞定这一问题呢?谢谢老师们
A:
不一样很正常
要分清楚是峰宽，还是峰的间距宽，完全两码事。峰宽是作图程序的FWHM影响的，峰的间距的宽度是理论方法影响的
----------------------------------------------------
2016.02.17 03:02:23
Q:
请问用density算激发态的偶极矩，出现在文件中间的值和末尾的值哪个才是，怎么不一致呢
[图片]
[图片]
A:
[图片]
Q:
那Multiwfn里输出的跃迁偶极矩是什么朝向下的
freq计算给出的正则坐标应该是标准朝向下的吧？
A:
你输入的波函数文件里是什么朝向Multiwfn给出就是什么朝向的
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2016.02.17 13:47:23
Q:
sob老师，我用oplsaa力场跑动力学，第一步能量最小化后分子的键都不见了，是我top文件写的不对吗？@Sobereva
[图片]
能量最小化后
变这样了
[图片]
我是不是top文件写的不对啊，算的是有机小分子，我用tppmktop把有机小分子的itp文件给生成，然后在往里加了行include，直接把它改成了top文件，不知道这样行不行？@Sobereva
A:
你量量能量最小化后的化学键长，看是否合理，不合理的话说明力场参数有问题
没必要非死栓在opls力场上
Q:
能量最小化后原子间的距离变长就不成键了，断开了， itp文件里都定义键长了啊，整了一下午还是不知道怎么弄，请教下SOB老师@Sobereva
A:
用antechamber+acpype用gaff
或者用ATB或prodrg用gromos力场
要么自行检查opls的相应原子类型键的bond项的平衡距离
----------------------------------------------------
2016.02.17 13:50:22
Q:
我输入一个朝向，高斯生成一个标准朝向算，得到的chk文件拿去Multiwfn，这样会是哪个朝向
A:
正则坐标是标准朝向的
----------------------------------------------------
2016.02.17 13:50:22
Q:
能不能同时扫几个键让他们同时变化？
就是每一步都增加一样的长度不是对三个键扫描
而是三个键一起增加？
拿甲烷举个例子，就是四个C-H键同步变化…
写脚本，每一步固定那些键长，做优化？（柔性扫描的话
嗯，我知道这样可以，不过分子大了z矩阵不好定义……
存了比较乱…
嗯至少比写脚本方便（。
我试试
A:
没法同步变化，除非是把四个键用同一个变量表示
----------------------------------------------------
2016.02.17 13:50:22
Q:
VMD能不能像gv那样选择原子或者分子，然后删除？
A:
不能删除
----------------------------------------------------
2016.02.17 13:52:13
Q:
铑催化模型用m062x可以吗？
A:
先尝试B3LYP或M06
----------------------------------------------------
2016.02.17 14:02:00
Q:
[图片]
双cpu(14core,28thread)用56线程反而比28线程要慢
正常
但28线程要明显快于14线程
所以主板上不同cpu之间的通信应该弱于CPU不同core之间的通信
测试过，这个因素的影响并不明显
hyperthread在CPU有空的时候才能多榨出资源来，28的时候已经所有core都几乎饱和了，用56个线程的时候没有多得到什么资源，而并行效率又小于100%，当然不如28的时候好。
cpu的核之间共享内存的存取速度有所不同。至于hyperthread做计算还是关掉算了
[图片]
打开Hyperthread，但是只用一半的thread
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2105&extra=
HT技术粗俗化理解：一个物理核心来模拟两个逻辑核心。好比一个人双手分别拉两车棉花，这当然比双手直拉一车效率高。如果一个人双手分别拉辆车煤，结果反而不如分别干。
这个打开了，有人能去节点上插队
节点配置可以限制总线程数
这个关掉照样能插队
HT是靠切换模拟两个核心，任务轻时，单位时间内可以做更多事情，任务重时，切换会影响效率。
关了不能
能
要点小trick
关了，你就发现，多出来的线程都在等
打开，那些线程都是r，亲自测试过
插队的不会善良到用排队软件
直接登陆节点强制提交
刚出的文章有的没有SI
Whatever，[图片]用某些方式是可以的
即使你觉得不行，直接g09也能跑
所以靠关HT限制人插队没意义
总得有点素质
你试过？
试过
无法限制
14线程用时68min，56线程用时56min，28线程用时44min
在关键的502,1110,1002,703上，56线程耗时明显高于28线程
而28线程相较于14线程，在1110上优势很明显
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2232&extra=
这里测过了
建议这样测试，比如14，28,56比较的时候，14跑4个，28跑2个，56跑1个。这样更真实
结果差距蛮大的
过几天，你把你关闭HT，不关闭HT的结果也发上来呗。
你说你关着HT，还能硬往上插，我不太信你的话
[表情]哦，那就不信吧
Sob都说了绝对不要关HT，无条件相信，不打算再测
哦
恩，28线程可能没用到超线程
系统的其他进程可能会跑到超出来的线程里去
那些没有量化计算的thread有个1%之类的占用
2*6核上，测过6线程任务，关掉一个CPU（都在同一个CPU的core上跑），和两个都开着（跨CPU跑），时间差别在误差之内。
不管关不关HT，SGE里限制了最大slots数量之后，如果所有人都用队列提交，是一样的（都能插队 or 按你的理解都不能插队）；如果有人不用队列、直接g09提交也是一样都能立刻开始跑。
A:
PS：又看到盲目污蔑HT技术的，失望
为以正视听，把10年前HT技术的一个flash动画传群共享里了
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2016.02.17 14:09:07
Q:
Sob老师，如果我输入一个朝向，然后高斯生成一个标准朝向算，得到的chk文件拿去Multiwfn算跃迁偶极，这样会是哪个朝向
A:
标准朝向
Q:
好的谢谢
A:
加nosymm输出的fch文件才是输入朝向
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2016.02.17 16:59:40
Q:
请问群里有hyperchem进行构象搜索的教程呢？谢谢
https://www.youtube.com/watch?v=GBlojuz460Q
<HyperChem Automated Conformational Search>
上不了youtube[表情][表情]
[图片]
A:
可以用molclus做构象搜索
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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2016.02.17 19:52:08
Q:
请问sob老师，G09不支持TDDFT解析Hession矩阵是吗？@Sobereva
A:
y
Q:
谢谢请问sob老师这样描述这句话准确吗？
A:
Hessian拼错了，其它无误
Q:
恩恩谢谢sob老师指点
请问sob老师，因为我之前没有用过Q-chem软件，不知道用这个Q-CHEM的TDDFT和G09相比，计算激发态优势很明显吗？如果经常计算激发态的体系，有必要购买这个软件吗，或者有没有其他的更好的方法？谢谢您 @Sobereva
A:
优势主要就是有TDDFT解析Hessian而已。另外支持spin flip TDDFT形式
如果只是为了要解析Hessian，目前没必要买，估计高斯下个大版本就支持了
Q:
恩好的谢谢sob老师！也不知道下个版本什么时候能出来
A:
估计今年
Q:
gaussian09好像刚了E.01，大版本应该没这么快了。
A:
exploring第三版都出了，预示下个大版本不远了
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2016.02.17 20:25:21
Q:
第三版有电子版么？
A:
不可能这么快就有
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2016.02.17 20:43:50
Q:
请问Multiwfn的“Integrate a function in whole space”选项中第12个ESP积出来的那个值是什么意思呀？某个点处的ESP还是啥？
A:
你在这个功能里选ESP就是对整个三维空间内对ESP进行积分
这个功能里选电子密度积出来就是整个体系电子数
Q:
这样子啊~另外我对积分中分母的处理也不是太理解，比如这个ESP中分母|r-R_A|和|r-r'|变成0的地方怎么办呢？
A:
对静电势的全空间积分并没什么意义
积分方法用的是becke的多中心积分，如果恰有某个点落在原子核，那么此处数值就是无限大了，结果会是NaN
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2016.02.17 21:17:26
Q:
[图片]各位大神，请教一下，画初始结构时，加氢，中心金属配位数会影响最终优化结果吗
A:
右边氢位置明显不合理
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2016.02.17 21:37:00
Q:
关于昨天说到的Interacting Quantum Atoms (IQA),不知道multiwfn是否可以实现呢？我本来想先做一个核与电子吸引势的积分来练手，结果并没有找到相关的函数？~~~~(>_<)~~~~[表情]
A:
目前不支持
AIMALL支持，不过速度很慢
Q:
[表情][表情][表情]好伤心呀~那么昨天你推荐的paper中推荐了一个软件叫promolden，它现在还存在么，我好想搜不到了？我也去看看AIMALL
A:
非主流程序
没什么用处
以后Multiwfn会尝试支持基于Hirshfeld或becke划分的IQA，会比AIMALL那种基于AIM盆的效率高得多得多
Q:
赞赞赞！！！强烈支持wultiwfn！！！
不过不是本来就已经支持盆的划分了么？比如我用一个基于电子密度的不能做IQA么？
对不起。。。
multiwfn
这次我确认了三遍
A:
虽然可以基于盆分析或者模糊空间分析功能去算那些分解的项，但比较麻烦，完整把一个分子的所有那些项都算出来需要额外的代码，但并不多麻烦
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2016.02.17 21:48:03
Q:
哦，这样啊，那我就指望AIMALL了~然而我连他的官网都打不开，他真的还活着么？
[图片][图片]
A:
翻了墙AIMALL主页就能打开了
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2016.02.17 22:05:36
Q:
formatted check point file的写法有没问题？还是要写成formatted checkpoint file？？
A:
后者好
Q:
从《高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法》的“3. fch(Formatted check point)文件简介 ”来看，应该写成前者？
A:
无所谓
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2016.02.17 22:55:33
Q:
老师，请问这个命令行对吗？#p PBE1PBE/6-31+g(d,p) opt=tight int=ultrafine symm=(scf,tight) geom=connectivity
为啥一提交任务就死掉，也不知道啥原因，就连输出文件都没有
A:
symm=(scf,tight)毫无意义
Q:
嗯
就是去掉这个吗?
我想控制让他进行C3构型下进行优化，开始我用的是symm=loose，但是输出的对称性很怪，所以想提高对对称性控制，那我该给出什么样的命令行，谢谢老师
A:
去掉弥散函数有助于保持对称性
loose/tight只是影响程序在一开始时对点群的判断而已，没用
Q:
嗯，但是如果我去掉弥散函数，那得到的结果是不是就不能排除基组的影响了？
老师，请问优化激发态和计算激发态的频率同时计算，为什么有时候算的频率可能不是我们想要的激发态的频率，比如同时优化S4以及计算S4的频率，最后可能计算了S3的构型下的频率。
谢谢老师
A:
发生了势能面交叉
Q:
嗯，就是他虽然开始优化S4,但是算频率的时候朝着S3走了？
A:
高斯优化激发态会一直follow你最初结构下的指定的态
你设root=4，就会follow一开始结构下的S4的势能面，优化到最后，在最后结构下，可能这个态按能量排序已经成了S3了
Q:
嗯，就是我虽然设定相要S4，但是我得到的是S3
如果我想要避免这一现象的发生，我需要优化以及频率计算依次序提交计算对吗
A:
看具体情况，分析输出文件
反正你在优化最后结构下用root=4做freq肯定是对最后结构下的第四激发态势能面做振动分析，不过这时的结构未必在这个态的极小点上，因为你之前优化的可能不是这个势能面
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2016.02.18 16:46:11
Q:
请问在计算色散力时，在Gaussian中用什么关键词？
dispersion
b3lyp-d2
请问b3lyp-d2，这种是用何种关键词的？
谢谢剑宗老师，是把 EmpiricalDispersion=GD2
直接放在命令行吗？
A:
把这些都看了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.02.18 16:48:26
Q:
请教大家一个问题，我有一个分子基态是双自由基，看文献上说的是用the unrestricted broken-symmetry UB3LYP(BS) calculations的方法计算，请问一下这个怎么算？是直接加一些关键词还是用翻轨道的方法？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.02.18 16:50:02
Q:
请问点群的不可约表示和分子跃迁有什么样的关系，[图片]单看点群表怎么可以预测不同的态的跃迁所属的不可约表示呢，谢谢各位老师，
如何用对称性来确定光谱的选择定则，谢谢大家，查资料查的脑袋都不想思考了
老师老师，分子的对称性，求指导，我按照您的建议去掉弥散泛函，但是对C3给出的不可约标识还是不对，[图片]我导师认为S3,S4都应该是E而不是A，请问sob老师为什么呢，谢谢老师谢谢老师
是因为是简并态，所以应该是E吗
A:
算出来是什么就是什么
Q:
嗯，那老师如何通过点群表来预测他对应的不可约表示以及跃迁规则呢
A:
你看看科顿的群论书，了解怎么根据i、j两个态的不可约表示判断<i|r|j>是否严格为0，严格为0就是跃迁禁阻
Q:
好，那我去补补[表情]谢谢老师
A:
[图片]
[图片]
Q:
请问老师轨道的不可约表示可以在哪里看到呀[表情]
A:
从末尾往前看，看到诸如(A)(A)(B)...这些就是
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2016.02.18 16:51:43
Q:
请问，目前市面上都有什么商业软件能搜索最低能量路径啊
[图片]
这样的
GRRM？
任务要求是这样的，有人把二维势能面扫出来了，想找反应路径。
A:
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
按里面的算法自己写个程序就完了
没有现成的商业软件能给定二维势能面自动生成路径
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2016.02.18 17:06:06
Q:
SOB，最近想计算一个dimer的BSSE，由两个ethanol分子组成，形成一个氢键，这是我的输入文件%chk=ethanol_tt_mp2_augccpvtz_opt_bsse_x.chk
#p mp2/aug-cc-pvtz opt counterpoise=2 scf=(novaracc, maxcycle=200)
ethanol_trans_trans dimer type 1, the input geometry come from the force field, so, this is new geometry, corrected the BSSE using cp, ready for cluster work
0,1 0,1 0,1
C(Fragment=1) 0.000000 0.000000 0.000000
C(Fragment=1) 0.000000 0.000000 1.525726
O(Fragment=1) 1.344487 0.000000 1.972795
O(Fragment=2) 3.214358 -1.515085 0.380429
C(Fragment=2) 3.875872 -0.549308 -0.411140
C(Fragment=2) 4.792149 -1.269937 -1.395517
H(Fragment=1) -0.524621 0.901530 1.915386
H(Fragment=1) -0.522019 -0.904936 1.911359
H(Fragment=1) 0.523738 -0.895840 -0.404897
H(Fragment=1) -1.037586 -0.009508 -0.401845
H(Fragment=1) 0.508890 0.902471 -0.406654
H(Fragment=1) 1.329376 -0.047098 2.941502
H(Fragment=2) 4.466240 0.129070 0.245231
H(Fragment=2) 3.123501 0.063123 -0.957379
H(Fragment=2) 4.213501 -1.949854 -2.059581
H(Fragment=2) 5.335866 -0.546207 -2.042098
H(Fragment=2) 5.551018 -1.884184 -0.861698
H(Fragment=2) 2.631505 -1.031861 0.989891
高斯能读取结构并进行计算，在l906的时候遇到一个奇怪的错误，，， GetIJB would need an additional 150969963 words of memory to use all 16 processors.
JobTyp=1 Pass 1: I= 13 to 15 NPSUse= 4 ParTrn=F ParDer=T DoDerP=T.
Actual scratch disk usage= 9451834224 words.
Actual scratch disk usage= 9451834224 words.
GetIJB would need an additional 150969963 words of memory to use all 16 processors.
JobTyp=1 Pass 1: I= 23 to 24 NPSUse= 4 ParTrn=F ParDer=T DoDerP=T.
GetIJB would need an additional 150969963 words of memory to use all 16 processors.
JobTyp=1 Pass 1: I= 25 to 26 NPSUse= 4 ParTrn=F ParDer=T DoDerP=T.
PickT4: no shell combinations can fit!
NKLS2p= 35 NKLS2= 35 MaxCom= 29
Error termination via Lnk1e at Wed Feb 17 15:42:00 2016.
failed to open execfile
我试着调整mem的，但是没效果，，，
A:
opt时候不要用counterpoise，对结果既没益处还白费很多时间，算相互作用能的时候再用counterpoise
Q:
这点，是比较，，，
我导师说opt的使用cp,这样高斯在优化结构的时候就能移除BSSE的影响，结构就松散一点，要求我使用opt cp
A:
几何优化氢键的目的cc-pVTZ都足够了
加了aug-后BSSE问题根本对于几何优化已经没有任何影响了
不会变松散什么的
优化时用counterpoise没了解析梯度，慢得要命
Q:
我们之前计算npropanol的时候已经把opt cp一起使用。不过，是在cc pvtz level做的
是的，很慢，，，
对于dimer 的binding energy, 不考虑BSSE的话，MP2/aug-cc-pVTZ算出来的是6.94kcal/mol,我看到ren pengyu的文章说考虑BSSE之后binding energy会下降很多，，，，
然后，我就试着把之前已经优化好的构型跑了一个SP 任务，用了cp，居然发现binding energy 上升到7.85,,,瞬间不淡定了
A:
BSSE问题会导致高估相互作用能，因为会使复合物过度稳定，counterpoise会一定程度消除这个问题，你的情况肯定算得有问题
Q:
这个是我跑SP 任务的输入文件
%chk=ethanol_tt_mp2_augccpvtz_bsse_x.chk
%mem=10GB
#p mp2/aug-cc-pvtz sp counterpoise=2 scf=(novaracc, maxcycle=200)
ethanol_trans_trans dimer type 1, the input geometry come from optimized structure at mp2/aug-cc-pvtz level, so, this is new energy on the old geometry, corrected the BSSE using cp, ready for cluster work
0,1 0,1 0,1
C(Fragment=1) -1.831852 1.318247 0.061085
C(Fragment=1) -2.455622 -0.024845 -0.234074
O(Fragment=1) -1.613888 -1.029612 0.356550
O(Fragment=2) 1.023964 -0.573251 -0.608949
C(Fragment=2) 1.803307 -0.076057 0.471173
C(Fragment=2) 3.138733 0.366778 -0.081967
H(Fragment=1) -3.458045 -0.088794 0.194219
H(Fragment=1) -2.526898 -0.185908 -1.311998
H(Fragment=1) -0.838399 1.377331 -0.380300
H(Fragment=1) -2.447360 2.114728 -0.355109
H(Fragment=1) -1.750700 1.467266 1.136523
H(Fragment=1) -2.000107 -1.894346 0.181661
H(Fragment=2) 1.948224 -0.851746 1.229886
H(Fragment=2) 1.297606 0.767402 0.954134
H(Fragment=2) 2.996439 1.147918 -0.827066
H(Fragment=2) 3.774724 0.753456 0.713993
H(Fragment=2) 3.644071 -0.472366 -0.557182
H(Fragment=2) 0.152439 -0.816781 -0.256866
是啊，我当时就觉得不对劲
但是，我不知道问题出在哪里
A:
[图片]
高斯会输出5个量，仔细检查，搞清楚原因
[图片]
Q:
恩，也就是说我的输入文件是没问题的？sob
是的，我在提取能量计算BSSE的时候注意到这个问题。
A:
sp关键词是多余的。其他没问题
Q:
那我remove sp 在试试看
A:
和这个没关系，只要counterpoise任务正常做了就行了
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2016.02.18 17:31:35
Q:
请问，计算Cu原子体系，用def2-TZVP不需要赝势了吗？没用过这个基组
A:
对于Cu，def2-TZVP是全电子基组
第五周期及之后才是赝势基组
----------------------------------------------------
2016.02.18 17:43:54
Q:
老师，自定义基组如何输出wfx文件呢？我用下面的输入，算完不输出wfx文件
[图片]
[图片]
这是输出文件末尾
A:
.wfx路径前不要空两行
少空一行就完了
----------------------------------------------------
2016.02.18 18:07:56
Q:
老师我用ub3lyp guess=mix对硝酸跟在二氧化铈吸附进行计算，对自旋密度的分析如下图所示。这算不算找到了自旋极化单重态？为什么自旋密度不是位于Ce原子上呢？
[图片]
A:
算
就是不分不在Ce上，实际就是如此
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2016.02.18 20:20:53
Q:
这么干，以后数据库全部开放，然后通过收取版面费赚钱
原本购买数据库是学校出钱，这下子这笔钱都从自己腰包里面掏了
这样有没有可能提高文章水平？
拭目以待吧，好像以后各大数据库open access是趋势了。
出版社的运营模式就难以躲避非法获取文献。他们只能不断提高收费，或者开始收版面费。
A:
以后文章都发arxiv之类的地方，免费发表，免费访问，还不需要被审稿人斧砍，爽哉
Q:
我记得以前有个群友说再加上点赞评论吐槽功能。[表情]
A:
好久以前就构思弄个这种网站，各方面优点无数，不过需要很多资金、人力、时间，尤其是和现有学术评价机制不兼容，所以也就只能想想
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2016.02.18 20:22:20
Q:
sob老师，我用pbe0计算cu配合物的t1态的发射波长。分别用tddft+opt和td+开壳层两种方法，发射波长分别为630，1030.其中630与实验值符合比较好。理论上来讲，两种方法的结果应该相差不大的丫?
A:
看看结构差异多大。原理上来说0 3直接优化T1更好
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2016.02.18 20:41:28
Q:
[图片]
请问用multiwfn计算沿着一根键的电子密度，横坐标表示的长度是什么到什么的距离呢？
A:
你自行设定的两个端点
如果通过两个原子定义，两个端点就是各往两边延长指定的延展距离
Q:
我在操作过程中没有设定啊，只是仿照手册里输入两个bond path
A:
那就是两个键径啊
还以为你说主功能3
横坐标长度不是键径还能是什么
Q:
键径不应该是线吗？
[图片]
这个例子我选的键径是29和30，那曲线的距离表示？
是29和30两端的原子位置吗？
A:
键径绝对不等于两个原子间的连线，很多情况键径是弯的
横坐标就是键径上的点，显然输入29,30就是从一个原子到另一个原子沿着键径的变化
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2016.02.18 23:00:23
Q:
老师您好，想问您一下Molpro程序中CASSCF方法可以加溶剂效应不
A:
忘了，应该可以
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2016.02.19 16:06:36
Q:
请教：用GaussView建好模型后输出如下Z坐标，我要使得其中的参数B1,B2...直接用后面的数值代替（不能一个个去改），应如何做呢？
H
C 1 B1
C 2 B2 1 A1
H 3 B3 2 A2 1 D1 0
H 2 B4 1 A3 3 D2 0
H 2 B5 1 A4 5 D3 0
H 3 B6 2 A5 1 D4 0
C 3 B7 2 A6 1 D5 0
O 8 B8 3 A7 2 D6 0
O 8 B9 3 A8 2 D7 0
C 10 B10 8 A9 3 D8 0
H 11 B11 10 A10 8 D9 0
H 11 B12 10 A11 8 D10 0
H 11 B13 10 A12 8 D11 0
B1 1.07000000
B2 1.54000000
B3 1.07000000
B4 1.07000000
B5 1.07000000
B6 1.07000000
B7 1.54000000
B8 1.22731700
B9 1.43000000
B10 1.43000000
B11 1.07000000
B12 1.07000000
B13 1.07000000
A1 109.47121829
A2 109.47123134
A3 109.47123134
A4 109.47121829
A5 109.47120255
A6 109.47120255
A7 122.22491841
A8 115.55016316
A9 109.50000006
A10 109.47120255
A11 109.47120255
A12 109.47123134
D1 179.88890799
D2 119.99998297
D3 119.99998297
D4 -60.11109940
D5 59.88891539
D6 -179.99815585
D7 -0.00038623
D8 179.97991040
D9 60.00826261
D10 -179.99172259
D11 -59.99172999
这是个方法，但是能否进行一定的设置从程序直接输出呢？
谢谢您！要编程还是不麻烦您了，Excel可以轻松搞定。其实我有点奇怪，有时保存时是这种有参数的形式，有时保存时却是数据直接取代了这些参数
A:
packmol，或者gromacs自带的genbox工具都可以
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2016.02.19 16:12:46
Q:
各位战友，“basin hopping” 中文怎么说？
各位老师：“basin hopping” 翻译成中文怎么说？
A:
盆跳跃
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2016.02.19 16:12:46
Q:
请教一下，群里的各位老师，有没有什么办法使得所计算的分子的偶极矩沿某一个坐标轴的方向，也就是说分子的偶极矩的方向正好和X,Y,Z中的某一个轴是平行的？
A:
先计算一次偶极矩，然后按照偶极矩方向，给体系增加两个原子，然后按此文的方法让这两个原子的连线正好朝着某个坐标轴
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177
然后再删掉那两个原子。然后计算体系，用nosymm关键词。
----------------------------------------------------
2016.02.19 16:27:35
Q:
请问，想仿真density functional-based tight-binding (DFTB)，用于碳纳米管，该怎么选择仿真工具呢？
A:
高斯就支持DFTB（但是得自己去DFTB网站获得参数），MS里也有DFTB+工具
----------------------------------------------------
2016.02.19 16:50:53
Q:
请问大家，下面这个配置在Linux下用G09算260个原子大小的分子怎么样：Haswell I7-4790(VPRO)(CORE I7 3.5G 8M缓存)/4*8G DDRIII1600/1T 硬盘/SATA DVDRW/集成千兆网卡/显卡 GT630 2G 128B/DOS/，是不是需要ECC的内存？
A:
半经验算得动，DFT就别想了
Q:
难道一定要E5吗
A:
什么级别、算什么，这更关键
ECC跟这毛关系也没有
Q:
B3LYP 6-31++G(d,p)，td-cam-b3lyp 6-31++G(d,p) & Lanl2DZ，算
HOMO-LUMO，激发态
A:
没戏
Q:
请sob老师推荐个配置，可以吗？
A:
这样的基组这样的泛函算这么大的体系，主流双路服务器都没戏
Q:
200个原子左右呢
150个
错了
A:
这么大体系，若是算光谱，肯定要算上百个态，是很耗时的。
150个的话6-31G*算激发态，用一般的双路16核还说得过去。
带着弥散耗时暴增，也根本没必要。氢也没必要加极化
Q:
嗯，用Zindo意思一下就好了
A:
嫌ZINDO太low也可以用高斯或orca结合grimme的sTDA，此组合只要基态单点能算得动就能算得动激发态
Q:
，不算光谱，如果体系再小一些，100个原子左右，基态结构优化与频率计算，激发态的S和T各30个，这样的计算需要什么配置呢？最高使用B3LYP 6-31+G(d,p)，td-cam-b3lyp 6-31+G(d,p) & Lanl2DZ计算，B3LYP 6-31G(d,p)更多一些。
A:
6-311G*比6-31+G**强得多，耗时还低。此时最好起码8核，否则4核得且等
Q:
谢谢sob老师，那按照您推荐的水平，Haswell I7-4790(VPRO)(CORE I7 3.5G 8M缓存)/32G DDRIII1600/1T 硬盘/SATA DVDRW/集成千兆网卡/显卡 GT630 2G 128B/DOS/，可以胜任吗？
A:
难
----------------------------------------------------
2016.02.19 17:04:02
Q:
sob老师，计算的频率不乘校正因子与实验的结果吻合更好，这是巧合还是正常情况？是否写文章时可以不乘校正因子？
A:
巧合，可
Q:
看您推荐的几个文献，对同一计算级别的校正因子很多都不同，甚至差别比较大，如b3lyp/6-31G*,可以是0.991和0.9614，这是拟合时用的测试集造成的吧？具体用时，哪个效果好用那个就行吧？
A:
要确认都是对基频的校正因子。B3LYP对基频的校正因子肯定不会是0.991这么接近于1。
对于这样大体系，激发态用弥散根本没什么用处，非要比6-31G*有所改进就用6-311G*，但也不会有定性的改变。
Q:
[图片]
看错了，是0.952[表情]
如果没有b3lyp/6-311G**的校正因子，用b3lyp/6-311+G**的校正因子可以吗？是不是弥散函数对频率影响不大？
A:
可以，是
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2016.02.19 17:13:02
Q:
sob老实说，!blyp D3 GCP(DFT/svp) def2-SVP def2-SVP/J OPT grid4 tightscf freq 要不要加RI
把字打错了，不好意思啊，sob老师我想问下在orca中 !blyp D3 GCP(DFT/svp) def2-SVP def2-SVP/J OPT grid4 tightscf freq 前要不要加RI？
A:
RI对当前是默认的
----------------------------------------------------
2016.02.19 17:40:33
Q:
4790有核显
可以干脆不要显卡了吧
A:
可以不要
----------------------------------------------------
2016.02.19 17:40:33
Q:
单电子数目为0，三线态的自旋多重度是多少？
A:
三线态=三重态=自旋多重度为3
x线态是老词，现在都叫x重态
Q:
那么单线态呢？
是2？
就是这个问题困扰我很久
三线态是3，单线态是1，如果是基态它的自旋多重度又是多少？
其实我关心 S0=？ S1=？ T1=？
可能大家理解有差异，距离把乙醛的 S0=？ S1=？ T1=？
可能大家理解有差异，举例，乙醛的 S0=？ S1=？ T1=？
A:
多看书+1
Q:
[图片] [图片]
举例，乙醛的 S0=？ S1=？ T1=？
请教这里的自旋多重度 S0=？ S1=？ T1=？
这里不是不清楚单线态与三线态，而是不清它们的自旋多重度 S0=？ S1=？ T1=？根据“singlet 自旋多重度1 T代表triplet 自旋多重度3”现在还缺 S0=？
如果S0=1，T1=3，那么S1又是多少？
如果S0=1，S1=3，那么T1又是多少？
A:
S开头的自旋多重度都是1
T开头的自旋多重度都是3
that's all
这种体系不用交换。只要自旋多重度设对了通常就没问题
Q:
[图片]
根据刚才大家讨论，上图S0=1, T1=3，但是S1的情况缺了，它的alpha电子数和beta电子数相等，按理应该是1，但是它又是自旋相反的两个电子，那么它的自旋多重度又是多少？难道是2 ？
但是S0=1，两个重叠，
S0=1，S1=1，在g09里面设置都是 0（电荷） 1（多重度），计算能量都是一样，而事实它们一个是基态，一个激发态，明显能量不同
我们需要研究三重态的A与基态的H-B发生提氢反应，
反应式： A + H-B = A-H + B 这个反应Gaussian能不能做？如果能，怎么做？
三重态基态不清楚自由基
怎么设置？
没有金属
其实很简单，举例：
乙醛（T1）+ 甲醇（S0） = 乙醛加氢 + 甲醇去氢（自由基）
g09能否做？如果有过渡态，怎么设置乙醛？如果没有过渡态，怎么办？
有个想法请教，例如乙醛，在g09的时候，
可以用 0 1 计算得到能量（估计是S0），
可以用0 3 计算得到能量（估计是T1） ;
同时，也可以从TDDFT 得到S1与T1，例如 Total Energy, E(RPA) = -1914.16561471
（ Excited State 1: Triplet-A 1.5148 eV 818.46 nm f=0.0000）
那么这两个方法得到三重态能量，是否一致？
如果不一致，原因是什么？
A:
不一致
原理不一样
懂了理论自然就明白了
Q:
垂直激发能？绝热激发能？
A:
这里都说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
跟着无关
跟这无关
Q:
正在看群主的博客，“T1用不着TDDFT，直接用0 3计算，方便高效”
”TDDFT的绝热近似和TDDFT计算的垂直激发能“
请问怎么计算TDDFT的绝热近似？
A:
根本没这个说法
不同基组下激发态顺序可能不一样
Q:
TDDFT能否得到绝热激发能？
A:
sure
博文里都写了
----------------------------------------------------
2016.02.19 19:10:45
Q:
请问各位，T1到S0的跃迁可以计算吗？比如说T1的寿命
用什么软件可以算T1到S0的辐射跃迁的贞子强度？
A:
GAMESS-US、Dalton、ADF, etc.
Q:
最近遇到一个奇怪的问题，不知道怎么解决。优化了一个反应的过渡态，对应的反应物和产物均为单重态，但是，后来发现过渡态波函数不稳定，应该是3重态稳定。有没有可能化学反应过程，即包含了系间窜越？
振子强度。@虎王
以前没有遇到过这种现象，或者没有注意过检查过渡态的波函数稳定性
是我打错了在先
汉语的同分异构
A:
可以先走出来单重态势能面的IRC，然后算算这一系列点上三重态的能量。如果单重态和三重态能量曲线发生交叉就说明可能存在系间窜越
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2016.02.19 19:25:09
Q:
[图片]
sob老师，我看了您写的各种元素计算实例，有的元素后面加了轨道交换。请问为什么要加呀？这些数字又如何日确定呢？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.02.19 20:40:09
Q:
请问sob老师，优化H-F分子的的激发态，发现优化后的构型H-F距离很远已经不能成键了这个怎么造成的呢？是不是激发态是个不稳定态？谢谢
A:
很有可能
一个电子激发到sigma反键轨道上，键级就是0了
Q:
那意思是说激发态是个排斥态是吗？
A:
不一定排斥，但至少是不成键
Q:
那如果H-F与另外一个分子B结合形成团簇的时候，计算这个团簇的激发态，如果获得了稳定构型，那是不是可以肯定激发的的是B分子上的电子？
A:
那也不好说，你得看跃迁密度矩阵图，或者分子轨道图/自然跃迁轨道图，或者作密度差之类，看看激发涉及到了哪些原子
Q:
好的谢谢 @Sobereva
用Multiwfn可以做类图吗？
A:
可
手册4.18节有例子，以及
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.02.19 20:41:19
Q:
老师，您好，请问在linux系统下计算停止后接着算的输入文件对吗？
%chk=td-f.chk
%rwf=td-f.rwf
%mem=200MW
%nprocshare=12
# freq=restart b3lyp/6-31g(d) guess=read geom=check
Title Card Required
0 1
C -4.46294861 -2.55337601 -0.71403223
C -3.08426500 -2.35256130 -0.61204693
C -2.56620605 -1.09418419 -0.57285179
C -3.30844673 0.03551414 -0.62684434
C -4.70307745 -0.09276885 -0.72995477
C -5.28963137 -1.39416433 -0.77424190
H -4.88129083 -3.53769790 -0.74565846
A:
写geom=check就不能写坐标，要么写allcheck
----------------------------------------------------
2016.02.19 21:37:31
Q:
请教一下大家VMD中transparent可不可以调整百分比？
[图片]
A:
graphics-material里面调
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2016.02.19 21:42:51
Q:
请问
Lowdin symmetric orthogonatlization.
这个Lowdin正交化方法就是HF里面常用的那个正交化方法吧？
[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.02.19 23:36:52
Q:
请教一个量子力学/线性代数的问题，是不是必须在正交归一基下才可以求解本征值方程啊？
Hartree-Fock矩阵转来转去，就是把非正交基空间转化到正交基空间下做啊。
A:
没这个限制。但在非正交基下是FC=SCE，多了个S，实际求解时还是先得正交化
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2016.02.19 23:42:29
Q:
请问一下大家，做完TDDFT计算后拿到chk文件后想做NTO分析一下，试了一下读入chk文件进行pop（saveNTO,NTO）和density=transition=1时发现一直提示错误，是不是必须重新计算才可以？有没有什么便捷的方法？
A:
必须重算，因为此时跃迁密度矩阵并没有保存到chk
Q:
好的，明白了，谢谢~
A:
快速重算就用guess=read TD里也写read
Q:
请问TD（read）的含义是？我看到帖子里有这样一句[图片]如果是TDDFT是这样写吗？（td(read) m062x/6-31G* guess=read）
A:
是
从chk里读取组态系数
----------------------------------------------------
2016.02.20 01:26:56
Q:
我用高斯ONIOM计算300个原子的体系，计算中会产生超过500G的rwf文件，这正常吗？有没有办法可以不生成rwf或者减小它？谢谢帮助！
A:
得看具体设定、关键词
Q:
有办法可以减小rwf的大小吗？或者不生成
A:
需要调整关键词，有些情况注定避免不了，比如做振动分析
不生成不可能
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.02.15 17 ~ 2016.02.20 01 （含既往全文）

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