求助如何确定LAMMPS中ReaxFF反应力场产物的分子结构

Ymw2021 · 发表于 Post on 2022-1-21 01:12:29

背景：LAMMPS反应力场ReaxFF反应生成含氧化合物，包括醛、醇、醚、酮类等，求各类产物随时间的变化。问题：已知产物的分子式，原子坐标，成键信息以及bond order，如何确定该分子的分子结构？成键信息只包含相连的原子序号，但是以单键相连还是以双键相连未知。如：已知分子式为C6H10O4，如何确定碳氧之间、碳碳之间以双键相连还是以单键相连。谢谢大家。

chema · 发表于 Post on 2022-1-21 14:50:03

提供个思路，找到这个分子式的原子序号，然后去可视化软件中直接看

Ymw2021 · 发表于 Post on 2022-1-21 19:51:19

chema 发表于 2022-1-21 14:50
提供个思路，找到这个分子式的原子序号，然后去可视化软件中直接看

谢谢你的回复，分子的原子序号是能够确定的。但是这样只能逐个查看，无法大批量处理多个时间步，很多种成分。得找到一种方法能在MATLAB或其他软件中自行判断。

独舞的印迹 · 发表于 Post on 2022-1-22 09:34:38

VARxMD应该是可以，但是是收费的。

Ymw2021 · 发表于 Post on 2022-1-23 05:22:42

独舞的印迹发表于 2022-1-22 09:34
VARxMD应该是可以，但是是收费的。

谢谢你的回复，VARxMD目前还没有资源，得找到一个新的方法。

Ymw2021 · 发表于 Post on 2022-1-26 19:46:41

有没有人知道怎么解决这个问题呢

LGX · 发表于 Post on 2022-3-18 20:34:50

MS也是可以看的

Ymw2021 · 发表于 Post on 2022-4-11 00:34:00

LGX 发表于 2022-3-18 20:34
MS也是可以看的

谢谢~

bowen111 · 发表于 Post on 2022-7-19 16:20:40

您好，请问如何确定产物相连原子序号的啊？感谢！

懒羊羊当大厨 · 发表于 Post on 2024-11-12 09:25:41

Ymw2021 发表于 2022-1-26 19:46
有没有人知道怎么解决这个问题呢

请问通过MS查看分子结构

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