公社群聊Q&A整理：2016.02.22 10 ~ 2016.02.27 21

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-28 15:53:37

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.02.22 10:08:42
Q:
谢谢Sob老师，那么3MC几何结构怎么获得呢？
如何在采用TD计算之后获得前8个跃迁的三重激发态的，如3MLCT，3LLCT，3MC 这些几何结构，计算时需要怎么操作
@caesar，计算一部分前线轨道，高斯手册里面有，这样可以降低rwf文件大小
就是不知道文献中怎么算的，比如3MC，3MLCT，3LLCT，这些结构，是怎么得出来的
比如你发表的帖子《使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点》，但是首先要知道3MC几何结构，然后才能用MECP程序求取GS 与 3MC的几何交叉点
但是目前不知道3MC 几何结构如何获得
A:
猜
实际算算各种结构试试，除非已经有已知的文献计算过类似的体系，否则没法预先得知
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2016.02.22 10:10:10
Q:
请教个问题，最近算高斯，rwf文件特别大（500多G），磁盘空间不够，作业直接停掉了。体系有200多个原子，1个Cu原子。想请问下，有什么办法压缩rwf文件的大小吗？
gjf文件是这样的
%nprocshared=24
%mem=24GB
%chk=FAU-F-opt-PM6-Cu-LF-4.chk
# opt=(modredundant, calcfc, maxstep=10) oniom(b3lyp/genecp:pm6) scrf=(iefpcm,solvent=water,oniompcm=x)
nosymm geom=connectivity SCF=(Maxconventionalcycles=120,XQC, maxcyc=300)
A:
精确计算Hessian对大体系很占硬盘
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2016.02.22 10:12:40
Q:
老师，我按照您推荐的tppmktop，http://erg.biophys.msu.ru/tpp/，来获取草酸的oplsaa力场参数，但是结果不完整，缺少angle和dihe参数，麻烦您帮我看一下怎么办
[图片]
[图片]
A:
不缺参数啊，开头define定义了
Q:
ang_4和ang_7
dih_5
这几个参数没有
就是草酸中的c-c键
这个是草酸的pdb文件，麻烦您看一下
老师，如果把缺少的参数直接省略可以吗
A:
显然不能直接忽略参数
tppmktop本身有时有点毛病
Q:
那应该怎么办呢
我查了gromacs自带的oplsaa参数库，找不到对应的参数
A:
用ATB（gromos力场）、antechamber+acpype（gaff力场）产生拓扑文件
或者尝试MKTOP（http://www.aribeiro.net.br/mktop/）
Q:
我是想找到力场参数，然后用lammps计算
所以现在就差那几个参数找不到
MKTOP我也用了，产生的结果中对于未知的角参数它默认为200kj/mol
而且其中没有dihe参数输出
A:
那就甭用OPLS-AA
Q:
但是我看到文献中有用oplsaa模拟草酸的，但是没有直接给出参数
可不可以找相近的参数替换呢
A:
缺的键长键角二面角参数自己凑一个对付一下就完了，能维持分子结构形态足矣，用不着精确。分子间相互作用才是关键
Q:
那写文章的时候应该怎样说明呢
A:
就说，缺参数，但不重要，于是找参数凑合，是合理的处理
Q:
好的，谢谢Sobereva老师，那我就凑合一个试试，然后换个力场形式再算算
dreiding没接触过，也是力场类型吗
用什么软件可以产生这种形式的力场参数
或者说dreiding的力场参数库在哪有，我在里面找找
A:
与其用dreiding还不如用atb/antechamber产生GAFF、gromos的参数借过去用。
dreiding属于实在没辙的时候才随便对付一下
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2016.02.22 11:45:43
Q:
请问下这个图形的color bar 怎么画出来的[图片]
A:
把vmd的color bar拷到ps里处理一下就完了
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2016.02.22 12:33:32
Q:
老师求指导~之前做过蛋白的，对材料的模拟不熟悉
如果要做MOFs材料的动力学模拟，是先用结构的cif文件把一个晶胞转化为pdb格式，然后再用gromacs或namd计算吗？？谢谢！
A:
前提是有参数能用，有参数就能在gmx/namd里模拟
比较省事的是在MS里模拟
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2016.02.22 17:54:53
Q:
请问老师，multiwfn能做能量分解分析？有没有相关的说明
A:
手册4.100.8节
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2016.02.22 17:55:14
Q:
[图片]老师：您好！要导出分子轨道图的这的阈值一般设置多少合适？
A:
不用改它
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2016.02.22 17:56:21
Q:
请问用castep结构优化时，优化得到的晶胞参数与实验值的误差在百分之2与百分三之间可以吗？
[图片]
这个问题，我试着在网上找寻答案，可是还是没有找到，望能得到帮助，万分感谢！
A:
可以换个泛函试试，并且考虑k点和平面波截断能是否足够大。如果能改善最好，改善不了就只能这样了
Q:
我之前用400ev截断能优化的参数是在误差范围内的，然后用430ev得到的就超出了2%，430ev是我做了收敛性测试后确定下来的截断能，所以我现在不确定这个参数还能不能用？
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2016.02.22 18:21:56
Q:
请问一下，运用高斯出现出现这样子 Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000000261e, rsp 00007fffaba2dde8, rbp 00007fffaba2e3c0
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000261e, r8 00002b2052840160
r9 0000000000000000, r10 00007fffaba2db70, r11 0000000000000206
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffaba2e408
r15 0000000000000000
--- traceback not available
这说明有什么问题呢
A:
无法判断，看输出文件
Q:
这是log文件
[图片] 幸福分享文件 18:25:33
"bingji.log" 下载
老师，请帮我看看哪里出了问题呢
A:
提示很清楚
The combination of multiplicity 2 and 24 electrons is impossible.
你这体系带+1电荷自旋多重度不可能为2，不带电荷时才为2
Q:
因为我算自由基，把体系电荷和自由度分别设了1和2
A:
所以说是明显不对的
Q:
那我怎么自由度设体系电荷和自由度呢
0 2
A:
那叫自旋多重度不叫自由度
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2016.02.22 19:11:28
Q:
请教：vmd>extension>analysis>timeline中的计算二级结构得到的secondary_structure.dat文件，如图[图片]，最后一列的C T E 是什么意思呀？
A:
help里写着
[图片]
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2016.02.22 20:10:20
Q:
大家好
A:
/再见
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2016.02.22 21:50:30
Q:
假如用M06-2X计算出来两个原子间没有BCP，可以再用什么能考虑色散力的方法（未必是DFT）验证？
A:
RDG
有弱相互作用不一定有BCP，但此时RDG等值面可以显现出来
Q:
RDG显示确实有作用存在
A:
那就行了
Q:
不用换个方法验证一下？
A:
不用
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2016.02.22 23:43:53
Q:
老师求助，我的分子构型是C3，我用优化好的结构提交频率和td的计算，但是我如果用gaussianview打开out文件，查看点群是C3,但是我如果直接打开out文件，搜Full point group，他却归为C1，这是怎么回事好乱好乱
A:
看一开始认出来的是什么点群，如果也是C1，用symm=loose关键词放宽判断标准
Q:
我优化的时候加了symm=loose，但是计算td和频率的时候没有加，td和freq计算也需要加上symm=loose吗？
A:
加
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2016.02.22 23:43:53
Q:
sob，我试了很多，，，我发现高斯要么读取ECP，，，要么读取grid points，，，好像无法同时读取ECP and grid points
A:
grid points是什么？静电势要算的点的位置？
Q:
恩，对，我们是想高斯计算这些点的ESP
[图片]这是我们生产grid point的输入文件，，，
A:
同时读取肯定能实现。确认grid point是写在ECP的后头，反复尝试不同空行数，肯定有一种能行
Q:
这是输出文件[图片]，就是这些grid,我们提取这些grid points放在[图片]输入文件的后面，希望高斯读取这些grid points并计算对应的ESP
那我试试把grid points放在ECP后面，并空2行
SOB，你们之前遇到我这样的情况吗？空1行和空2行都不行，我试了不空行也不行。空3行的话，也不行，，，空四行呢，还是不行，，，高斯只能读取ECP的内容，无法读取grid point。
A:
并无问题
[图片]
[图片]
把你用的关键词返璞归真，多尝试总会明白的
Q:
no，，，这样的计算，我的也是能正常结束。可是，我们想要这样的结果，[图片]
A:
意义不明
Q:
SOB,我把基态的grid point 的输出文件上传了，你有空看看，我们是希望计算到每一个grid point的ESP，而不仅仅是每个原子的ESP。
A:
不是已经计算并给出了？
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2016.02.23 15:05:21
Q:
轨道系数与分子坐标轴有关，如果解决这个问题？
A:
必然是相关的，没法解决。因为基函数是和坐标轴绑定的。
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2016.02.23 15:05:21
Q:
请问Sob老师，GAMESS-US 2014做LMO-EDA能量分解时，能用DFT-D3方法吗？
A:
能
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2016.02.23 15:05:21
Q:
请问，我想用Antechamber生成小分子有机物力场参数文件，安装它之前需要安装amber吗？
直接下载ambertool就行了？
A:
编译完了ambertools就能直接用antechamber了
Q:
老师，我看到ANTECHAMBER产生的力场参数文件（.mol）中并没有具体参数，我现在想看到具体参数应该怎么办呢
A:
你用acpype调用antechamber，才能直接产生gromacs格式的拓扑文件
Q:
产生的gromacs格式的拓扑文件中包含所有力场参数吗？bond和nonbond?
A:
直接用antechamber弄完了只是把每个原子赋上gaff原子类型，并且设置好电荷，有时自动补全缺失的参数。gaff的参数在gaff.dat里面
Q:
因为我想把所有参数提取出来，
A:
都包括
Q:
[图片]mktop产生的top文件时这样的，dihe部分并没有参数
如果antechamber最终产生的top文件中也没有dihe参数的话，我就又白忙活了[表情]
A:
有
算
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2016.02.23 15:05:21
Q:
sob老师，我的体系大小有250原子左右，我用!blyp D3 GCP(DFT/svp) def2-SVP def2-SVP/J OPT grid4 tightscf freq 优化得到了二聚体的结构，要发文章有没有必要用其他方法再优化下，做个比较，如果有必要用什么方法和基组哪？谢谢了
A:
没有更合适的方法了。ORCA里倒是有个HF-3c，也是低级别下进行组合的方法，但原理上并不比你当前级别更好。后来grimme有个PBEh-3c，比HF-3c强，可惜目前ORCA里还没有
Q:
SOB老师PBE0 D3算弱相互作用是不是要比blyp D3快
A:
显然会更慢，前者是杂化泛函
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2016.02.23 16:32:56
Q:
[图片]老师，对于做出的电子密度分布图，可以看出来质子吸附的位点吗？
A:
这种图没用。应该考察分子表面静电势，找最负的地方
Q:
哦，原来这样。多谢
我再查查怎么考察分子表面静电势
多谢老师
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2016.02.23 16:51:39
Q:
[图片]老师，再请问一下。这种图是用什么软件做出来的?
excel
啊？用了这么多年还不知道呢，谢谢咯，我试试
origin更好一些
A:
图像效果和origin的一样
如果想效果更好可以用sigmaplot
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2016.02.23 17:21:49
Q:
请教一下各位老师，在gaussian中能不能对电场进行扫描？
A:
不能，自己写脚本实现
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2016.02.23 18:43:27
Q:
请问：什么软件可以提高截图的分辨率？
用个大屏
提高屏幕分辨不用谢
屏幕分辨率已经是最高的了
还有什么办法提高图片的质量？
A:
质量!=分辨率
Q:
有什么有什么区别吗？
科学做图没有截屏的
软件不能自动保存为图片格式
所以只有截图了
什么软件
A:
分辨率只是衡量图片质量的要素之一
描述得太不确切
Q:
谢谢
万一要分辨率截完ps一下要多大有多大
A:
如果要提高截出来的图的像素，找个屏幕分辨率高的机子显示出来再截图，1920为宜
Q:
好的，谢谢
A:
PS：我特鄙夷低分屏
已完全不能看<1920*1080屏幕
Q:
5k imac
保存个pdf也可以呀
[图片]
虽然sob讨厌mac
A:
特讨厌
Q:
质量=什么？
A:
5k并无卵用
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2016.02.23 19:41:26
Q:
老师，两个计算频率的，一个正常结束，一个出现数值错误，现在要增加格点精度，正常结束的要重算吗
A:
未必是积分格点精度的是
若其中一个opt freq时必须提高积分格点精度，，还要和另外一个比较，严格来说另外一个也要相应地提升
Q:
老师，如果是计算光谱，不同构型的格点精度可以不同吗
A:
横向比较最好还是弄相同
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2016.02.23 19:46:51
Q:
娃娃，感觉吉大理论所的确没落了
哎，今天看发的论文，全部都是 RSC,DALTON,国际量化，难怪被上面的人K了
今天邹恒蒲还是输了，一己之力无法与这个科研机器抗衡
我是感觉如果做应用，就多与实验结合，如果做纯理论，就做个gaussian软件
计算发低IF的本科硕士混个毕业就好，如果一个研究所也这么干就没啥意思
现在很多做理论的大牛，最发愁的就是怎么推广自己的代码。放到商业软件里心有不甘，开源软件里又没法管理
实验有时候也没啥意思，像我们光催化，都是拿两种光催化材料复合下，就性能提高了，成堆的灌水
自己从头搞一个平台，也不是那么容易的事
起码要让大家用你的吧，就像multiwfn，真的好用
A:
起码把程序放在一个公开的地方让大家能下载，有几个例子，有像样的手册。
感觉很多搞理论的，在推广上完全没打算有任何努力
往往还让人感觉刻意藏着掖着
Q:
我是实用主义，你做了软件也罢，做了实验也罢，转化不成经济，都麻烦，multiwfn转化为经济效益也是很多的
大家可以不用去买AIM了
A:
Grimme的DFT-D3可谓是推广的优秀范例
Q:
省下大笔的钱，可以购买集群，工作站，对中国科学本身有好处，现在是又要科研的懂编程，又要懂应用，一个人只有一个大脑
A:
理论意义大，实际意义大，而且出来几年后大家就都普遍用上了
Q:
sob的Multiwfn是让做应用的专心做应用，很好
波函数从结构化学就讲，但是大部分人都觉得没啥可挖掘的
DFT-D3毕竟规模小，而且不用调用分子积分等内部程序，推广容易的多。
像某些做多体的，得为调用Gamess，Gaussian，Turbomol的积分，每个重写一次代码，简直崩溃
甚至我们学校一些所谓的量化教授都对波函数呲之以鼻，哎
所以，很多人说难以想象Neese是怎么在短短的时间内自己高出Orca的
不是sob科普，我是真不知道波函数还有这么多万一
A:
Grimme的sTDA，虽然也需要利用波函数数据做TDDFT计算，但也直接给出了可用的程序，直接读取量化程序输出的波函数文件，用起来还挺方便
Q:
我们学校的老师也开发了团簇搜索算法，但是藏着掖着，哎
分享精神一个天一个地，跟张老师
A:
那些需要调用积分的算法，起码给出个外接GAMESS之类程序的补丁包，打上之后，一编译，就能用，这也能推广。AICD程序就是这样，提供了高斯源代码的补丁
Q:
我还是觉得量化里，做应用专心做应用，做方法的专心做方法，现在是逼着自己两个方面都要高
当然，有些确实是能力问题，比如一堆破代码，每次运行得直接在里面改参数，搞不出能给人黑箱应用的程序而已。
A:
我觉得，哪怕在网上放出来难用的代码，不那么好用，也比完全不放出来强
Q:
估计是看透了政治吧
我现在遇到不平事，内心都是千万只草泥马，在狂奔
放网上？有的连组内都不愿意跟组员分享代码～
赞
A:
所以嘛，这样的理论就不可能推广，都没看出来作者有推广的意图
Q:
只能自己得，绝不失去，其实哪里知道最后都会失去
不就是一个代码嘛，哎
A:
有个量化程序，要用它，还得花钱让开发者方面派人上门装个USB密码认证设备才能用
Q:
我不用可以吧，这么麻烦
毕业了码人一起干
sob你在一起奔前程里设想的制作中国的gaussian很可行
A:
[emoji]
Q:
sheltxl中的解析晶体软件？
到时候中国也有自己的高斯了
剩下来就是找风险投资人
A:
开发那种程序，有两三千万闲钱再打算...
Q:
用win比较爽，
苹果手机买过后，觉得不好用,IOS也很垃圾
还不如华为呢
A:
+1
Q:
估计微软都劝你别用windows
现在国家公开IOP制度，现在积累，如果以后科音赶上好机会上市了，估计可以大赚一笔
A:
兴趣不在钱上
Q:
除非捣鼓gromacs
这样就有2~3000万闲钱，开发更好的软件了
A:
担太多精力，束缚思维
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2016.02.23 20:02:52
Q:
[图片]跟各位老师请教一下这个侧面craft 做出的图能改原子的颜色吗，谢谢
你这个是 ortep图？
A:
当前是黑白风格，只能黑白灰
改颜色也可以，chemcraft可调选项很多
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2016.02.23 21:25:31
Q:
linux版multiwfn修改了settings.ini, nthreads=6之后,再运行还是使用原来的4个核,是什么情况
A:
看刚启动后的屏幕是否出现没找到settings.ini的警告
Q:
确实是提示没有找到, 怎么设定呢
A:
看手册2.1.2节关于linux下的配置方式的说明
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2016.02.23 21:38:49
Q:
老师，有没有什么办法看看轨道跃迁后的分子轨道，我的意思是比如HOMO到LOMO的跃迁，跃迁完了之后，轨道的密度图会是个什么样的，有没有办法看看
A:
看LUMO不就完了
Q:
但是有的是H-1或者H-2到L的跃迁，等等，那这样的话就不能只看一个轨道对不对，我懂的太少，谢谢老师
A:
看此文
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.02.23 23:19:10
Q:
请问orca没有例子库吗
A:
有
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=152
Q:
sob老师例子在主页怎么找不到啊
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2150
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2016.02.23 23:23:54
Q:
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
这个程序做的bader charge analysis, 和 multifwn里的AIM Charge是一回事吗
A:
是
Multiwfn用的算法更精确
尤其是存在重原子的情况
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2016.02.23 23:43:29
Q:
请教sob老师如何让gaussian只优化特定的步数就结束？
A:
设定maxcyc
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2016.02.23 23:52:38
Q:
Using COSMO in DFT optimizations is straightforward. Note
that if one is interested in computing free energies of solvation
that gas phase vs. COSMO geometries tend to be rather similar
so often a single-point COSMO calculation on a gasphase
optimized geometry may be sufficient. sob老师这是不是说在orca中，如果想考虑溶剂效应一般在真空得到的结构做个sp就好了
A:
所有量化程序都这样。
绝大多数情况溶剂和真空下优化的结构没多大差别
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2016.02.24 02:07:03
Q:
请问各位老师一个问题。
我用组态相互作用方法计算一个分子的基态波函数，和已发表的结果不一样，自己找不出原因来，请老师们给些建议，多谢多谢。
已发表的结果给出的基态波函数是：
[图片]
3是homo-1, 也就是低于homo的那个轨道。
5是lumo+1，也就是高于lumo的那个轨道。
我自己计算出来的结果是：
[图片]
请问各位老师有没有一种方法可以判断哪一个波函数是对的？（这里省略了行列式前边的系数，只保留了符号）。
请问各位老师一个问题。
我用组态相互作用方法计算一个分子的基态波函数，和已发表的结果不一样，自己找不出原因来，请老师们给些建议，多谢多谢。
已发表的结果给出的基态波函数是：
[图片]
3是homo-1, 也就是低于homo的那个轨道。
5是lumo+1，也就是高于lumo的那个轨道。
我自己计算出来的结果是：
[图片]
请问各位老师有没有一种方法可以判断哪一个波函数是对的？（这里省略了行列式前边的系数，只保留了符号）。
我觉得从能量上可以计算出哪种态更低，但请问有没有更直观的方法呢？
A:
CISD级别么？
Q:
多谢多谢多谢Sob前辈.
就是mopac里边的方法.
关键词：
am1 1SCF CHARGE=-2 MECI LARGE AUX(MOS) FMAT VECTORS open(6,6) root=1 PL
作者也是用的这个关键词.
open(6,6)选用了六个轨道，六个电子. am1是方法.
不但基态如此，激发态也都如此，我计算得到的beta电子激发行列式与作者的总是差了一个符号，所以我不知道是我的计算问题，还是作者写错了呢？
上周四问作者，现在还没有回复，所以才在这里打扰老师们.
A:
没用过MOPAC算CI，不过按说是前者正确，因为那两个激发态行列式符号相同才对应的是单重态组态函数，参见szabo的书：
[图片]
----------------------------------------------------
2016.02.24 16:32:26
Q:
请问用ccsd(t) avqz 算单点能总是报错 Transformation cannot fit in the specified MaxDisk. 我加大了 default的maxdisk还是一直报错怎么破？我就算了一个只有四个原子的单电能
*单点能
win跑的 linux的还没整好。
我又分了10个rwf重新算了现在大概9g了
[图片]
A:
硬盘剩多大maxdisk就设多大
这么大基组死活算不了就别愣算，可以E(CCSD(T)/cc-pVQZ)可以用E(MP2/cc-pVQZ)-E(MP2/cc-pVTZ)+E(CCSD(T)/cc-pVTZ)这样近似得到
----------------------------------------------------
2016.02.24 16:32:26
Q:
请教一个有关基组使用的问题，我这个体系中有 C H O S Mo Pt 这几种元素，用高斯做优化的话，用什么样的基组合适呢？谢谢指教！
A:
低级别：Mo Pt用Lanl2DZ，其它用6-31G*。好点的级别Mo Pt用lanl2TZ，其它用6-311G**
Q:
请教一下，遇到这样的不收敛问题，怎样解决较为有效啊？体系中有Mo Pt S C H O 等元素
[图片]
自旋多重度为2的体系
还是初始结构，还没优化完一步呢，估计
您好，我在opt后面写上int=ultrafine scf=xqc对吧
这是Sob老师关于弱相互作用计算写的
哦哦，那我就不知道啦，嘿嘿，不过我觉得你还是先解决收敛试试
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不推荐一上来就用xqc。opt=tight/int=ultrafine和scf=xqc根本没有二选一的关系，不要被误导
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2016.02.24 16:32:35
Q:
老师：您好！优化好的文件进行单点计算输出形式为wfn文件时出现9999的错误该怎样解决？谢谢
A:
看报错提示
----------------------------------------------------
2016.02.24 16:34:59
Q:
请问在orca中用DFT-NL dispersion correction计算氩二聚体的例子，计算得到的结果Total Energy的components 有Nuclear Repulsion，Electronic Energy，NL Energy，[图片]，这里的数值的正负值代表什么意思，是不是二聚体稳定的主要是由静电相互作用。
审稿人提出这样的问题，鄙人小白，还请各位多多指教
1、Since many radicals are involved in this reaction, related discussion about if they are the ground-state radical is helpful.
我应该怎样确认我用的是不是基态自由基呢？
A:
Ar之间二聚体稳定化显然是色散相互作用，完全没有静电作用的事。
用stable关键词检验你当前算出来的是否是基态波函数
Q:
老师，是直接用stable关键词再计算一下我优化好的物质吗？不用加其他的吗？
判断自由基稳定性的话，我的输入文件这样写对吗[图片]
A:
在你原先算单点任务的后面加上stable关键词
Q:
涉及色散力的，如果要做能量分解，明确色散力在其中的贡献，那Multiwfn的CDA是否不太合适？
A:
CDA考察的是片段轨道间相互作用，不是用于能量分解目的
Q:
[图片]
A:
这里面很多步骤是多余的
Q:
我用优化好的结构直接这样做stable可以吗老师？[图片]
A:
可
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2016.02.24 17:51:51
Q:
老师：您好！我计算按照您的例子上计算了phenol的Hirshfeld电荷，如下：[图片]但是和您在福井函数的那的电荷有一些差异[图片]请问是怎么回事呢？谢谢
A:
表格里那是基于原子.wfn文件算的，你得到的大抵是基于自带的原子球对称密度算的，会有微小差别，但定性一致
Q:
我的Hirshfeld电荷是根据您的[图片]这里计算的，我按照您的这个步骤计算所得的Hirshfeld电荷可以用于福井函数的计算吗？谢谢！
A:
可
Q:
老师：您好！请问这里用局部软度来定义的反应性能[图片]，请问这里的r表示的是什么呢？我第50号文献[图片]看不了。谢谢！
A:
三维空间中的坐标
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2016.02.24 18:45:34
Q:
[图片]
我想问下这是什么原因造成的？环境变量么？
A:
在root下给g09目录下所有文件都添加可读可执行权限就完了
Q:
用chmod 750 g09么？
是chmod 750 -R g09吧？我加了这个也没起到作用
[图片]
A:
进入g09目录，输入chmod 750 -R *
Q:
[图片]
A:
空格啊！
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2016.02.24 19:35:40
Q:
[图片]请教老师一下，在上边这个图中常温下只有短波段的荧光峰，低温下却出现了长波的的发射峰，而且长波段强度远远超过短波段的峰。我怀疑长波段的那个是三线态，就用了两种方法计算，一种是直接优化三线态的方法，一种是用td的方法，结果前面得到三线态的波长与长波段的相近，而用td的到的结果是700多，请问直接优化三线态的方法得到的结果能否说明光谱中长波段的发射峰是三线态呢？
A:
TD方法指什么？TDDFT优化T1？
Q:
是的，老师
A:
就用0 3来优化就完了，不用TDDFT优化
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2016.02.24 21:28:47
Q:
请教一个问题、用高斯09D版本、m06l方法算的输出文件出现l103错误，加了关键词cartesian，再算，得到正常收敛的输出文件。但是搜索频率freq的时候全部都是NaN、有人遇到过这种情况吗？
A:
最好传上来输出文件，否则不好确认
Q:
好的、
这个是搜索频率的框图、全部都是NaN\
A:
根本看不清楚
直接把输出文件传群共享里
Q:
第二个图片是输出文件的最后，本来正常的应该是一堆坐标，但是出现了很多0
8-3是出现了l103错误的输出文件、我加了关键词cartesian之后，得到的输出文件是t8-3.但是频率搜索不到，输出文件最后的坐标也有问题
A:
用的什么基组？
Q:
在8-3的输出文件中频率就找不到，但是查找converged，是三个YES，表示已经收敛了，而且 scf done 也是从大到小地变化。我加了关键词cartesian之后，虽然正常结束了，但是频率还是NaN
TZP
TZP基组。
用的是高斯09的D版本算的。
A:
原因不好说，尝试3点：
1 尝试其它基组，诸如6-311G*结合lanl2TZ
2 你既然用了opt=tight，就应该同时加int=ultrafine，否则起不到效果，尤其对于明尼苏达泛函来说
3 对当前体系用色散校正毫无用处，尝试建议去掉
PS：=noraman是多余的，DFT默认不算拉曼
Q:
好的、谢谢老师！请问老师：int=ultrafine 是直接加在命令行里吗？还是加在opt(tight,int=ultrafine)这里呢？
A:
直接加
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2016.02.24 21:31:42
Q:
【题外话】我加了几个群，都看到“梁咪兔”在问同一个问题，他是退群了，还是被群主踢了？他以前很活跃的
A:
自己退了
Q:
/发呆
我说怎么感觉最近少了点什么
A:
他经常说一些奇怪的话
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2016.02.24 22:05:42
Q:
请问：antechamber安装好以后，使用时出现AMBERHOME is not set!，应该怎样处理呢
A:
此文提到了
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
Q:
sob老师，我刚看了一下，是不是加上[图片]就可以了？
A:
y
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2016.02.24 23:07:29
Q:
请问，安装acpype,[图片],应该下载并编译哪个文件呢？
A:
acpype.py，直接运行不用编译
Q:
把acpype.py放到哪呢？
老师，acpype.py的放置路径有什么特殊要求吗@Sobereva
A:
没要求
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2016.02.25 00:09:38
Q:
教学做的再好，用处没用
天才学生不用你教
愚蠢学生你上的再好都等于零
中间的人，就是混日子，考试，毕业，没有任何创新
A:
我很赞同
Q:
说实话，我觉得大学老师稍微指导下就可以了，主要还是靠自学
A:
那些不动脑又笨的学生，花很大精力指导，好不容易才入了点门，然后又毕业了，做和计算化学无关的工作，指导花的精力都白费了
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2016.02.25 15:40:37
Q:
[图片]模拟一个大分子和阴离子之间的相互作用能时，二个分子之间老是自动成键怎么办？
A:
先确认你的计算级别和关键词合理，如果关键词没问题，说明实际就是这种情况。原子间距离足够近就会自动判断为成键
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2016.02.25 15:40:37
Q:
群主好，请教一个问题。体系带负电，加弥散又难收敛。因此采用混合基组，只对带负电的原子的基组加弥散，这样做是否能加快速度？加快收敛？
A:
可以，能。也推荐这样。
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2016.02.25 15:40:37
Q:
老师好，在用castep优化晶胞时，去掉了晶体中的模板剂，是否就不用勾选optimize cell？
A:
不选optimize cell就不是优化晶胞了啊
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2016.02.25 16:11:41
Q:
[图片] 各位朋友，像这样的体系，用什么算法和基组好些？
是的。[图片]是个强氢键，
牛牛能给个提示吗？
这个体系里是有2个阳离子构成的氢键。
我看过这个，不过我用了[图片]，收敛很困难。/流泪。要么我解决收敛的问题，要么我换算法。
不知啊。我用B3LYP-D3算的，
A:
M062X/6-311G**优化，算单点可以提高点级别，比如双杂化结合may-cc-pVTZ
弥散不是很必要的时候别加，又难收敛又很耗时间。尤其是6-31++G**很不推荐，对弱相互作用计算氢的弥散几乎完全没用
Q:
我看过这个，不过我用了[图片]，收敛很困难。[表情] 。要么我解决收敛的问题，要么我换算法。
老是不收敛，怎么也解决不掉。
maug-cc-pvt(+d)z
我计算资源有限啊。
M06-2X/6-311++G(2d,2p) 这个我跑个看看
6-31++g** 这个我现在在用，老是不收敛。我想办法解决收敛的问题吧！
谢谢SOB提示，只是我的体系并不是2个中性分子之间的，而是一个阳离子体系，一个两性分子形成的强氢键，不加弥散是不是也没啥影响啊？
A:
用不着弥散。
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2016.02.25 16:11:41
Q:
大家好，我用B3LYP/CC-pVTZ模拟P=Se时，基态优化正常结束，他们之间的键长为2.1，但是三线态的优化结构他们之间的距离达到3，请大家赐教好的解决办法，谢谢。
计算弱相互作用一定要加弥散吗
CC-pVTZ基组会被质疑吗
我用的是M062X
A:
看具体是什么类型弱相互作用。色散主导的必须加。静电主导的，诸如氢键，几何优化时不加也没问题，只要用了3-zeta级别基组的话。
Q:
氢键距离较远，为什么不用弥散呢？
A:
因为是强氢键，静电+共价主导，这种情况几何优化完全不需要弥散，用3-zeta够了。算单点的时候可以给重原子加弥散
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2016.02.25 16:17:02
Q:
请问什么是经典的密度泛函理论？和DFT有什么区别？
A:
那种密度泛函理论的“密度”不是电子密度，而是模拟体系的粒子密度
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2016.02.25 16:17:02
Q:
老师：您好！我按照您的帖子计算了简缩福井函数，出现了负值，您之前说简缩福井函数出现负值可能是计算原子电荷的方法不合适，但也有可能有一定的物理意义，请问这个物理意义是？谢谢！
老师：您好！计算出的福井函数是f+是正值越大表示越容易发生亲核反应，是吗?同理：f-:f-正值越大表示越易发生亲电反应，f0:正值越大表示越易发生自由基反应，如果同一种元素的f+和f-都是正值，是否就比较△f.△f>0,容易发生亲核反应，△f<0,容易发生亲电和反应，老师：我这样说对么？谢谢！[表情]
老师：您好！计算出的福井函数是f+是正值越大表示越容易发生亲核反应，是吗?同理：f-:f-正值越大表示越易发生亲电反应，f0:正值越大表示越易发生自由基反应，如果同一种元素的f+和f-都是正值，是否就比较△f.△f>0,容易发生亲核反应，△f<0,容易发生亲电和反应，老师：我这样说对么？谢谢！/抱拳
老师：可以麻烦您推荐几篇用福井函数预测反应性的文章吗？谢谢
A:
看这里的文章，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
出现负值不一定是原子电荷计算方法不合适，负值本身也是可以出现的，毕竟你做N+1态和N态的密度差，并不是所有地方都为正。这体现了电子态改变时轨道的弛豫效应。
福井函数和双描述符的说法没错，但不是非得f+或f-不适用的时候才算双描述符。多数情况双描述符的预测结果总是比单纯用福井函数更好。
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2016.02.25 16:17:38
Q:
老师 LC-PBE ；LC-PBE0； LC-wPBE 是三个不同的泛函吗？
A:
没有LC-PBE0这东西，LC只能用在纯泛函上。LC-PBE和LC-wPBE不同。
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2016.02.25 16:18:56
Q:
sob老师我orca用 blyp-d3 GCP(DFT/SVP)def2-TZVP def2-TZVP/j做的单点能和!blyp D3 GCP(DFT/svp) def2-SVP def2-SVP/J OPT grid4 tightscf 优化的能量相差1.88EH,
是不是太大了那
A:
基组不同，能量绝对值没有可比性
确认几何优化之前已经做过，收敛限足够高，用的结构就是之前优化好的结构，并且截断能和k点设定和几何优化时完全一样
这些都确认无误，那也貌似没别的可能了
Q:
谢谢sob老师，那是不是单点算完之后，我算二聚体的结合能差和opt之后符合的好，就ok了
A:
不明其意
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2016.02.25 16:22:04
Q:
请问，acpype处理mol2文件产生的文件中，[图片]，图示文件应该是gaff力场参数文件吗？为什么我打开后缀有OPLSAA的ITP文件[图片]，两者内部的力场参数是一样的呢？
[图片]，sob老师，这两个文件中包含的应该是两种不同形式的力场，为什么是一样的呢？@Sobereva
A:
acpype既会产生gaff的也会产生opls的itp文件，opls的据说没经过充分测试，不建议用它
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2016.02.25 16:22:04
Q:
请问有查化合物的红外光谱（IR）的数据库或者网站链接吗？谢谢
A:
这些都有红外谱
SDBS光谱数据库：http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
NIST化学数据库：http://webbook.nist.gov/chemistry
上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm
chemspider上也能查到一些
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2016.02.25 16:25:50
Q:
请问您一下:
使用
opt=modredundant pm6
分子说明
B 82 38 1.75 F
这是把82-38原子间的距离设定为1.75,并在优化过程中固定住,是吗?
A:
目前的D.01版本已经没法直接像你这样设初值为1.75了，而是你输入的坐标里是多长，就固定在多长。C.01以前版本可以这么设
最好还是一开始就设为1.75，然后直接写
82 38 F
就完了
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2016.02.25 16:52:29
Q:
Density functional calculations were
performed using the M06-2X method39 and the 6-311++G(d,p)
basis set with full geometry optimization and frequency calculations,
assuming the harmonic oscillator approximation and thermal
corrections at 873 K, using the ultrafine integration grid with 99
radial shells and 590 angular points per shell，请问1.这里的harmonic oscillator近似和热校正是什么意思，怎么实现的，这个温度选取有章法么？2.后面的ultrafine integration..又是什么意思，怎么实现的？
恩恩，那这里的99个和590又怎么设置呢
A:
int=ultrafine就相当于(99,590)积分格点，默认的是(75,302)格点
默认就是谐振近似
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2016.02.25 17:00:42
Q:
@Sobereva，是的，是一样的，只是赝势不一样，优化用的是ultrasoft,计算性质时用的是norm-conserving,因为计算红外性质要用norm-conserving
A:
必须一样
Q:
赝势必须一样？
可是我用另外一个小体系测试时，优化和性质的赝势不一样也能计算出来
A:
凡是影响势能面的都必须一样
你那个是巧合
不一样则会造成红外计算时候发现当前结构下受力不够接近于0而报错
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2016.02.25 17:36:08
Q:
[图片]
质子化的组氨酸带正电还是带负电？注意右下角C。
A:
正电
Q:
右下角的C上只有一个H呀，不饱和呢。。
A:
C和左边的N形式上可写成双键
这是lewis式
[图片]
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2016.02.25 17:49:05
Q:
求助，AMD处理器如何开启turbo core
A:
BIOS里找相关选项，默认应该是开的
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2016.02.25 17:56:21
Q:
老师，请教以下，刚看到一篇文献中有external electric field (EF)，这个EF是个啥概念，怎么做的呢
A:
就是加个外场
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2016.02.25 18:58:42
Q:
请问，由正则分子轨道（CMO）经过酉变换形成的定域化分子轨道（LMO），和gaussian中的分子轨道是什么关系？
A:
高斯直接给出的分子轨道就是CMO
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2016.02.25 19:33:13
Q:
sob老师好，柔性扫描opt=modredundant，D 12 11 13 23 S 20 18.000000 有人说不需要这个D，有什么区别吗
A:
不用写
Q:
写完有什么影响吗，发现写上也可以计算
A:
写不写都一样
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2016.02.25 19:37:14
Q:
老师您好，最近在用gaussian优化一个氨基酸八聚物（自己搭建的），#opt=cartesian M062X/3-21G
可是一直出现下面这样的错误，修改了几次结构一直还是这样，老师您能给点建议吗？
[图片]
A:
看结构变化考查原因。
这种基组优化烂到不可接受
与其用这么烂的基组，还不如先用PM7或PM6-D3H4优化呢，见
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
老师，如何看结构变化考查原因？可不可以说的详细一点
A:
看结构变化过程，以及最后的结构是否有异常
Q:
恩，有的键断掉了
老师，这是不是意味着用gaussian计算150个左右原子的大体系弱相互作用不太可行啊？（量化初学者，比较小白）
A:
非要在高斯里优化，建议M062X/6-311G**。3-21G是绝对无意义的
Q:
八聚体用M062X/6-311+G**已做过opt，已经收敛了，只是十聚体一直出现错误
A:
具体问题具体分析，反复尝试
Q:
老师，这是不是意味着用gaussian计算150个左右原子的大体系弱相互作用不太可行啊？（量化初学者，比较小白）
若嫌计算慢完全可以在优化时去掉弥散
A:
如果有个16核服务器，可行，但有更好的做法，就是博文里提到的
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2016.02.25 19:59:06
Q:
sob老师，我是计算化学菜鸟，最近在搜索资料时，发现用gaussian计算天然产物旋光，ECD,VCD的资料比较少，很多都是一带而过，不是专门搞计算的，想入门确实难，老师可以推荐一点资料嘛？谢谢
A:
[图片]
[图片]
[图片]
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2016.02.25 20:00:11
A:
[图片]
[图片]
Q:
哦哦，我看到说5月有培训班，到时候可以来了还会讲嘛？
A:
[图片]
显然会
培训班内容极为全面
Q:
[表情][表情][表情][表情]
/强/强/强/强
好的，谢谢sob老师啦
好的，谢谢sob老师啦
A:
[图片]
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2016.02.25 20:24:15
Q:
求教：一个分子拿掉一个电子后，整体的分子轨道能量降低，而加上一个电子后，整体的分子轨道能量升高，如何理解？
A:
少一个电子，对核吸引势屏蔽减弱，或者说电子间静电互斥减弱，导致轨道稳定化，能量降低。反之亦然
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2016.02.25 20:27:12
Q:
是不是能解释电离能和亲和势的正负问题了咯？
A:
电离能和亲和势涉及的是整体的能量，是正是负都有可能，和体系相关，不宜和轨道能搀和一起
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2016.02.25 21:03:47
Q:
大家好，我这个体系中在优化的过程，有个原子越跑越远了，这是为什么呢？在输出文件中出现了这样子的错误[图片]
这是log文件
A:
体系电荷设定问题。
从输出文件看，跑远了之后Li带+1电荷，另外部分也带+1电荷，显然静电互斥会导致它们越跑越远
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2016.02.25 21:40:06
Q:
请问群里有人用过DZVP基组计算的吗？我搜资料然后自己编了一个，出现错误[图片]
如果有人用过的能否发DZVP基组的正确描述给我？多谢了
这不是你基组的问题，是SCF不收敛
请问应该怎么办？
http://sobereva.com/61
安这个帖子的做
A:
不是SCF不收敛
Q:
sorry，只看那个502了
A:
[图片]
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2016.02.25 22:05:02
Q:
sob老师，acpype产生的文件中，[图片]，红框中是gaff力场参数文件吗？我直接用./acpype.py -i xxx.mol2命令
A:
是
Q:
我的疑问是为什么[图片]这两个文件中的参数是一样的呢？
A:
甭管OPLS那个
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2016.02.25 22:24:18
Q:
[图片]请问我选定Categries和Gralphical Representations里的Cloring Method都是Element后我选O为red,为何选定的group的O不显示红色呢
A:
按数字键1，点击你的原子，看看原子的element是否被VMD认成了O
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2016.02.25 23:17:16
Q:
对于一个优化任务，gview能够从log文件中输出能量-步数图吗？
A:
[图片]
Q:
[表情]
gview 只能打开正常结束的log文件，还没结束的log文件不能打开。有的既使能打开，也没有弹出[图片]这个勾选框。。。
A:
和你输出文件没关系，这个总是能选的
没正常结束的，跑了多少步就能看到多少步
Q:
[图片]这个版本的有[图片]吗？
找不到这个勾选框呀
A:
有
就在打开文件的界面
[图片]
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2016.02.26 00:35:27
Q:
优化激发态都算了3天左右了，到现在还没有Converged，[图片]老师们有没有什么办法，让他快点进行/呲牙
A:
别用tight收敛限
Q:
嗯，任务已经提交的情况下可以改么
就是让任务继续算
A:
收敛限总得有啊。收敛限数值可以自己调。
高斯里能量没法作为几何优化收敛标准
断了任务，改关键词，继续最后一个结构接着跑
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2016.02.26 02:32:51
Q:
Electron-Transfer Hamiltonian 研究从分子到表面的电荷注入问题f现在用multiwfn能实现么
A:
不能
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2016.02.26 13:36:13
Q:
有一个问题，平面波基组怎么做BSSE矫正啊
A:
平面波不需要BSSE校正
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2016.02.26 13:36:29
Q:
老师，B3LYP/6-31+G(d)的频率校正因子是这个吗
[图片]
A:
是
Q:
可是，老师这里没有6-31+G(d)这个基组啊
A:
用6-31G*的
弥散基本不影响校正因子
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2016.02.26 13:38:10
Q:
sob老师，genmer, gentor，molclus这几个软件的名字我没有写错吧？
孩子写日记 : " 夜深了，妈妈在打麻将，爸爸在上网……"
爸爸看到了，不满这样写，就说 : " 日记要源于生活，高于生活！"
孩子马上修改为 : " 夜深了，妈妈在赌钱，爸爸在网恋……"
爸爸更不满了，说 : " 要正面宣传为主，要正能量！你去看看人家中央电视台、官方报纸是咋写的！"
孩子再修改为 : " 夜深了，妈妈在研究经济，爸爸在研究互联网+生活……"
爸爸说，还不够，以后你长大了申报国家自然科学基金，你就知道应该这么写了：“妈妈在研究信息不对称状态下的动态零和博弈，爸爸研究人工智能与情感供给侧的新兴组合。爸爸接着说，要是你打算申报国家自然科学基金重点项目时，得这样写：妈妈在研究复杂群体中多因素干扰信息不对称状态下的新型“囚徒困境”博弈；爸爸在研究大数据视角下的六度空间理论在情感供给侧匹配中的创新算法与实践。
A:
没错
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2016.02.26 13:38:10
Q:
在不，请教你psi4
请教个问题，我用orca优化二聚体时使用了blyp-D3，在psi4中作能量分解是不是也得用blyp-D3.
A:
psi4能量分解用的是SAPT，没法基于DFT
Q:
谢谢sob老师，我还想问下我的体系是用!blyp D3 GCP(DFT/svp) def2-SVP def2-SVP/J OPT grid4 tightscf，我想做个二聚体的能量分解，那个免费的软件能做？直接用psi4的sapt可以吗？
A:
看样子你的体系不小，SAPT会很花时间
Q:
我的体系256个原子
A:
这种级别还是用分子力场方式分解能量相对可行
Q:
谢谢老师了，我先找找老师说的分子力场方式分解能量，没接触过这个，sob老师能推荐资料我学学吗
A:
LJ势里面-1/r^12部分作为色散，原子电荷算的静电作用能就当成静电贡献
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2016.02.26 13:38:10
Q:
请问，gromacs4版本的里面有没有gromos96力场呢
A:
有
----------------------------------------------------
2016.02.26 13:38:10
Q:
请问sob老师，在M062X/6～311+G（d，p）水平下，寻找羟基自由基加成反应后的过渡态，出现电子自旋污染，输出out文件报错，我该如何调整修正呢？
A:
甭管自旋污染
----------------------------------------------------
2016.02.26 13:42:53
Q:
oniom计算中S-Values测试所得的值比较的标准是什么？多少是表示分层合理？
A:
不必太在意那个，凭直觉觉得划分合理就行，数值上也没有绝对标准
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2016.02.26 13:42:53
Q:
用高斯中amber分子力场方法，算蛋白的单点，能正常结束。但是做优化，却算不动，也不报错，这是为何？
A:
看那么多星号，貌似高斯遇到了数值巧合，导致基于力场的几何优化不收敛之类
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2016.02.26 13:59:37
Q:
请问multiwfn中图像尺寸大小是默认和窗口大小一致吗？@Sobereva
A:
不是，在settings.ini里调输出的图像像素尺寸
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2016.02.26 13:59:56
Q:
，老师，可是在找过渡态，输出文档报错了，报错信息是因为这个
[图片]
该如何调整输入文件寻找想要的过渡态？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.02.26 14:00:36
Q:
请教sob老师，分子团簇的本身是趋于一个线性的结构，当加了一个沿偶极矩方向的电场或者垂直于偶极矩的电场时，体系的偶极矩加大。但是当加了一个与偶极矩成一个小角度时，体系的偶极矩又减小了，这是怎么回事呀？
A:
看具体体系，可做加电场前后的密度差图分析
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2016.02.26 14:06:08
Q:
[图片]是这个参数吗，我改变了之后图片的尺寸还是没发生改变，这是为什么？
A:
输出的算哪种图？
输出的是哪种图？
Q:
png
png格式的图片
A:
没这要求，取决于自己
不是图像格式
[图片]
Q:
那要是使用什么格式的才可以调节尺寸大小？
曲线图？
A:
都行
作什么类型的图就调哪个，跟格式无关
Q:
TDOS图不是应该修改 “graph1Dsize”中的参数吗？
A:
是
改完了之后重启multiwfn
Q:
重启才有用
A:
显然啊
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2016.02.26 14:36:12
Q:
请问一下有没有什么关键词让Gaussian的每一个SCF的cycle都显示当下的波函数收敛情况？
A:
#P时每一步都会显示密度矩阵收敛情况
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2016.02.26 14:36:29
Q:
请问Chemcraft怎么看cube文件？
A:
打开，显示等值面
Q:
[图片]
好像没用
A:
点show isosurface就完了，如果没出现，说明你cube文件有问题
要么就是等值面数值不适合当前情况
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2016.02.26 14:49:52
Q:
nonseparable gradient approximation 是指交换和相关non-sperarable吗？
A:
是
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2016.02.26 14:55:10
Q:
大家好！我想请教一下，有没人会算空穴转移积分啊？
A:
参看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1142
nwchem、ADF也可以直接算
Q:
我之前是用octave计算的，可是分子大的话，出来的结果不是纯数字
A:
GAMESS-US
Q:
我之前是用octave计算的，可是分子大的话，出来的结果不是纯数字
这是我的计算结果
A:
那么点的虚数可以忽略掉，可能数值精度导致的
Q:
[图片]老师，请问是把后面这一项都忽略掉吗，这结果我看不懂
A:
那就是科学计数法。
如果对此有疑问，那你就调试调试脚本，看那个虚数是怎么冒出来的，这样心里更有数
Q:
直接忽略后面这一项吗
怎么还有符号呢
A:
虚部和实部相比非常小的时候忽略了还成，可能是数值精度问题导致的。但是如果不太小，你还是调试脚本搞明白是怎么来的，有无物理意义，否则贸然忽略可能结果不合理
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2016.02.26 15:00:56
Q:
请问老师，我想算化合物在溶剂存在下的分子体积，看到过您说的Onsager模型，请问怎么用呢？PS本人刚接触分子模拟，特别白的小白，请见谅！
A:
一般建议用电子密度等值面来定义体积，详见
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
Q:
已经拜读过您的这篇帖子了，无奈本人太笨拙
A:
就用Multiwfn算就完了
用第三节的做法
Q:
好的，这个可以算化合物在不同溶剂中的分子体积吧？
A:
靠电子密度等值面体现不了不同溶剂。一般算分子体积都不考虑溶剂。
如果非要考虑，那就只能用溶剂可及表面来定义分子表面了
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2016.02.26 15:41:19
Q:
老师，有人说，
gaussian中的amber力场用于优化问题还是不少，体系太大估计很难实现，一般需要固定住大部分原子。
您觉得他说的中肯吗？
A:
高斯里别用整个蛋白，就把反应位点附近的抠出来就完了
固定大部分原子这就太夸张了
但很大体系，像整个蛋白，最好还是用gmx或者amber程序来优化，更可靠效率也更高
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2016.02.26 15:25:27
Q:
怎么参与CCL的讨论呢？感觉回信发不出去
[图片]
A:
有些邮件系统是被CCL列入黑名单的（大抵是给CCL发过垃圾邮件），你在CCL主页上选择发信息，在那里回复就行了
Q:
主页从哪里回复？没找到，是不是回复给administrator?
[图片]?
A:
[图片]
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2016.02.26 15:39:36
Q:
老师：可以麻烦您推荐几篇好的平均电离势（Average local ionization energy analysis）分析的文章吗？想用来结合福井函数来分析反应性，谢谢！[表情]
A:
群共享Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction、亲电取代反应中活性位点预测方法的比较，以及http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
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2016.02.26 15:42:56
Q:
[图片]一个错别字
呀哈哈，找别人写的文章的错别字你不知道对我来说有多爽
A:
错字已改
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2016.02.26 15:45:28
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
电荷转移路径这个词很含糊，一般没有这么说的
可以作原子电荷-反应坐标的曲线图试图考察
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2016.02.26 16:07:57
Q:
sob老师，请问DOS图形中的曲线怎么加粗呢？
A:
导出曲线数据，在origin里作图时能设粗细
Q:
谢谢，sob老师，请问怎样导出曲线数据呢？
A:
作完图，关掉图，在后处理菜单中能看到选项
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2016.02.26 16:13:21
Q:
sob老师[图片](η=0.70)具体表示什么意思呢？还有进行AIM分析是不是就是用bcp处的ρ(bcp) 和∇2ρ(bcp)的值判断键的的变化和特性呢
A:
就是ELF=0.7的等值面
光靠那两个判断明显不合理，看此文
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2016.02.26 16:15:09
Q:
请问为何，VMD里有的氨基酸Coloring Method选择NewCartoon时就不显示了呢？有的却能显示
打开一个PDB后
A:
可能没认出那些残基的二级结构，检查是否缺原子或者原子名不合理
Q:
我初始的PDB是可以的。现在这个有的能显示，有的不能显示是做过一段QM/MM计算后产生的PDB
初始的能全部显示出来
A:
看就是程序输出时有些地方不标准，和原始的pdb对比分析
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2016.02.26 16:19:32
Q:
老师，一般考虑ELF>0.5的区域，但具体到某一个体系，如何判断ELF具体用几呢
A:
一般没有什么标准，调调等值面数值，找个从图形上最能展现电子结构特征的值
Q:
明白了，还有老师，AIM分析是不是比较适合分析带电荷的体系呢
A:
没有这说
Q:
恩，谢谢sob老师[表情]
请教一下，这种图是怎么做出来的呢[图片]
A:
Multiwfn直接做的，看手册4.5节做等值面图的例子
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2016.02.26 18:51:53
Q:
体系带12个电荷，有没有什么办法，把它中和掉，再用高斯去计算？
体系带12个负电荷，有没有什么办法，把它中和掉，再用高斯去计算？
A:
不用中和。非要中和就加抗衡离子
Q:
抗衡离子的位置？
加到哪里？
A:
在带着基团的残基附近
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2016.02.26 18:55:18
Q:
sob老师，我跑完动力学后想用gromacs分析下二面角随时间的变化，步骤是先gmx mk_angndx -s npt.tpr -type dihedral -hyd no -n dihedral.ndx建立索引文件，然后gmx angle -f npt.trr -n dihedral.ndx -of dihfrac.xvg -b 0 -e 2000 -dt 100 -xvg none -type dihedral，但是出来的并不是二面角随时间的变化，不知道哪里出问题了@Sobereva
A:
这样比较麻烦，VMD里直接就能给出二面角随时间变化曲线。选4，然后点击四个原子，然后graphics-labels，选dihedral，然后在graph标签页里可以看
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2016.02.26 18:59:21
Q:
老师我算的思重态的Nb的静电势极大值怎么这么大，会不是是算错了
A:
你看看那个点出现在什么位置，是不是原子核附近
Q:
[图片]
[图片]
A:
这是由于用了赝势导致的，甭管它就行了
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2016.02.26 18:59:00
Q:
sob老师，我用Multiwfn算电子密度ρ的结果是这样，那具体的电子密度值是哪个呢[图片]
A:
你这里是作曲线图，密度值就在图中体现了
Q:
那我想得到具体的电子密度值，应该怎么做呢
A:
主功能1，输入要算的点的坐标
Q:
恩，我先试试，谢谢老师
A:
在后处理界面可以删除数值在指定范围的极值点，你把那个删了就完了
Q:
sob老师，要想得到CH3CN分子中两个C-C键的电子密度ρ值，Multiwfn过程，3,1,1之后就是两个C原子的编号，或者是两个C原子的坐标，结果显示不出电子密度的具体值呀，那怎样才能得到两个C-C键的电子密度值呢
A:
这种表述是不确切的，成键的是一个区域，你要的是哪个位置的值？
主功能3给你了连线上的密度值，主功能2拓扑分析能给你键临界点的密度值，主功能4能给你成键的某个截面上的密度分布
Q:
[图片]老师，像这种表格的数值是怎么得到呢
A:
做AIM拓扑分析得到
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
Q:
老师，您的这个博文我看了，但是没有说怎么得到[图片]对应的值怎么算呀
A:
仔细理解
文中告诉了你怎么做拓扑分析找到各种临界点，也说了用选项7可以得到指定临界点的性质，自然而然就能得到这些
写得很明确了
[图片]
Q:
那我再看看，谢谢sob老师
A:
把第二节的例子仔细重复一遍就都明白了
Q:
恩，我再看看[表情]
A:
不熟悉AIM分析的话，先看看这里的基础资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2016.02.26 21:40:42
Q:
老师：您好！在算ESP这[图片]间隔的原子锁设置的依据是？
A:
凭直觉，你想让统计间隔大就设大。试试就知道
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2016.02.26 21:40:42
Q:
老师：您好！我在计算NICS（zz)时，[图片]我输入组成环的原子序号后出现闪退，请问是怎么回事呢？[图片][图片]，谢谢！
我这里采用的优化好的gif文件，不知道是不是这个原因造成的？如果是请问怎样把gif文件转换成pdb文件呢？
可我用out文件也不行
恩。是的必须用fch文件，谢谢 [表情]
A:
你必须用记录了结构信息的文件作为输入文件，看手册2.5节。pdb、xyz格式也都可以，绝对不是必须用fch格式
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2016.02.26 21:41:06
Q:
vi -d file1 file2，可以编辑file1, 怎样切换去编辑file2
A:
怎么选择输入文件在此文提了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.02.26 23:16:04
Q:
我有一个关于反应速度的疑惑，有两篇文献的实验结果不同：第1篇中计算得到某反应的活化能是25.2kcal/mol，文中说此反应活化能与实验的t1/2=6天一致；而第2篇文献中说，活化能为23 kcal/mol的反应，t1/2=1天。两个能量差不多，怎么时间相差这么大，到底这个时间是怎么得到的？
如果相差这么大的话，为啥只是6天和1天的差别，而不是1天和3个月呢
A:
[图片]
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2016.02.26 23:28:55
Q:
sob老师的讲义我好眼红。。真想买一套
Sob只卖身（上课）.
我也想要，啥时候再开课，一定得去
A:
最近一次是今年五月
Q:
。。。。看multiwfn说明书
一定得参加呀
还是在北京吗？
A:
在
Q:
北京好远啊。。。下半年来长三角吧
A:
下半年可能会在南方开一次，但说不准
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2016.02.26 23:29:35
Q:
我想请教大神们，multiwfn中怎么使用复制粘贴？
A:
看手册5.4节
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2016.02.26 23:49:58
Q:
请问各位老师一个问题，我用gaussian优化了一分子，请问在优化过程中，原子的顺序是不发生改变的吧。比如1号原子在优化结束后，仍然是1号原子。
A:
对
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2016.02.27 00:51:05
Q:
高斯中的UFF力场，精度是不是不可忍受？
A:
没辙的时候才凑合用它，能有专用的力场的时候都不考虑它
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2016.02.27 01:00:19
Q:
什么格式的分区，linux和windows都识别它？
A:
NTFS
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2016.02.27 01:49:54
Q:
也有文献中用oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) 的，算蛋白。老师您觉得这个文章，计算结果可靠不？
A:
模型设定得合适就行
----------------------------------------------------
2016.02.27 02:08:18
Q:
请教您一下: 我们知道,酶促反应中,蛋白环境能降低过渡态的能量,从而降低能垒,使得反应容易进行。那么，蛋白环境降低过渡态能量的同时，还会显著改变过渡态时两个（欲成键）原子之间的距离吗？
A:
催化是改变反应机理，走势垒低的过程，从而降低表观的反应势垒，机理都变了，就没法说是否改变原有过渡态的原子间距离了
----------------------------------------------------
2016.02.27 16:50:00
Q:
Multiwfn 有没有 Pipek-Mezey 分子轨道定域化功能
A:
没有
我建议用NBO做NLMO定域化
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2016.02.27 16:50:00
Q:
请教各位老师怎样计算一个分子的氧化或还原电位？分子的氧化还原电位和电子亲和势以及电离势有密切的关联吗？谢谢。@Sobereva
A:
算氧化、还原过程的自由能变，然后折算
[图片]
----------------------------------------------------
2016.02.27 16:51:43
Q:
sob老师，我算得体系有250多个原子，用orca做freq太慢，主要考虑结合能，能不能不做freq了
就是啊，是个问题！
A:
只要化学直觉比较好，可以不做
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2016.02.27 19:48:09
Q:
[图片]老师，这个单位是A^4/a mu吗
A:
埃^4/(amu)
Q:
Å是这个吧
A:
y
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2016.02.27 19:49:57
Q:
老师，我用磷原子搭建了一个层状结构，边界用氢原子处理，优化正常结束，但是原来的层装结构走了微变形，而且磷原子之间的键都没有了，这是不是其他老师说的跑散了？怎么解决呢？@Sobereva
A:
毕竟不是周期性体系了，边界又处理了一下，有点变形很正常
不要管键有没有，要看距离怎么变
Q:
[图片][图片]本来两种键分别为2.24 和2.28
现在虽然还在这附近但是最大误差在0.25左右
A:
这和实际晶体结构已经查了挺远了
这和实际晶体结构已经差了挺远了
计算模型问题
Q:
模型选的不合适？
A:
和晶体实际环境相差太远，自然得不到晶体下的结构
Q:
那老师们都是如何选模型的呢？
我取了两个模型原子数目分别是28和72 单层的Set老师
磷烯单层就是这样的
[图片]
他不像石墨烯全在一个平面
5挨
是的，黒磷
A:
边界简单用氢饱和够呛。用周期性方式算算
----------------------------------------------------
2016.02.27 20:30:52
Q:
各位亲们，gaussian09模拟结果是不是跟电脑也有关系呀？不同的电脑结果会略有差异的。
额，，，我是不是口出狂言了set老师
摆摆看
一个是windows版，一个是linux版的Gaussian，结果不相同
这么处理很合适
win 是 32位版本吧
A:
相同版本（包括修订版也相同）在相同架构CPU下跑出来结果差异可忽略不计，导致差异的来源参见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
Q:
64位的呀
谢谢sob老师
li 你有64位win版本？
赶紧赏个给俺 [表情]
一直在用啊
A:
应当贴个输出文件验证真伪
----------------------------------------------------
2016.02.27 20:37:28
Q:
请问一下，Gaussian09 里 temperature 只针对于 opt 吗？
freq 有没有影响？
那 temperature 是加在哪里？
opt(calcfc, temperature=300) 还是 freq(temperature=300) ?
A:
opt与温度无关
加在外面，作为独立关键词
Q:
谢谢 Sob 老师，那温度对于 freq 呢？
如果gaussian能按照自由能优化，那不也很棒吗？
A:
temperature只影响freq输出的热力学量
Q:
Sob老师这是可能的吗？按照自由能优化
A:
原理上可行，但是得靠做有限差分算梯度，而且每个点都做freq，会很慢很慢
Q:
嗯。[表情] 不知道在现在基础上能不能实现？
我觉得有时候还是挺有用的
A:
像变分过渡态理论都是仅仅在电子势能面上定义的IRC这个一维空间上找自由能最高点，也并不是用优化算法直接找3N-6维自由能面上的TS，这样吃不消
原则上可以实现，类似MECP程序那样，自行写一个外部程序做优化，调用高斯计算指定的点的自由能值就行
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2016.02.27 21:41:12
Q:
请教一下各位老师，对于RMSD值来说，是不是这个值越大就代表结构差别较大？另外，RMSD值最大是不是会是无穷大？
A:
对（但前提是先对两个结构做了align）
对
RMSD值不会是无穷大
Q:
嗯嗯，已经做了align
是会大于1的吧
A:
对
Q:
嗯嗯，那就没错了，我算出来一个是2点多，还以为是错的呢
那一般这个值为多少时，才说两种结构间的差别是比较大的呀？
A:
叠合在一起，从图上直觉上判断
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