求助：gromacs中NVE系综该怎么设置；NVE和NPT可以在一个体系中同时使用吗？

lnz · 发表于 Post on 2022-2-15 16:26:31

要做一个非平衡动力学体系的模拟。在体系中存在两个热源，对于这两个部分想使用温度耦合，应该是用一个NPT系综。体系中剩余其他部分不使用温度耦合，用NVE。在gromacs可以做这样的操作么？或者有其他软件可以做到么？另一个问题是gromacs中用NVE系综的mdp设置应该是什么样的？感谢各位大佬的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-16 10:49:17

不控温的组的tau-t设为-1就完了

lnz · 发表于 Post on 2022-2-16 14:45:14

本帖最后由 lnz 于 2022-2-16 14:59 编辑

sobereva 发表于 2022-2-16 10:49
不控温的组的tau-t设为-1就完了

非常感谢sob老师的解答。之后我还有一些其他的问题。需要控温的组正常设定，不控温设为-1，设为-1的这个组的ref-t该怎么设置呢？压力耦合还需要用吗？然后我去试了一下将其中一个组的tau-t设为-1，其他设置没有改。发现整个体系的能量下降的很快，之后体系冻住了。在我的理解里在这种情况下，一个组有控温，其他部分没有，整体的能量是不是应该是上升的呢？我用的力场是martini。是还有其他mdp选项要改还是要使用双精度版本的gmx？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-17 08:20:24

lnz 发表于 2022-2-16 14:45
非常感谢sob老师的解答。之后我还有一些其他的问题。需要控温的组正常设定，不控温设为-1，设为-1的这个 ...

ref-t不用设

控温和控压没直接联系。该控压控压

没双精度的事

lnz · 发表于 Post on 2022-2-17 15:10:17

sobereva 发表于 2022-2-17 08:20
ref-t不用设

控温和控压没直接联系。该控压控压

那在这种情况下算是什么系综呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-17 15:22:45

lnz 发表于 2022-2-17 15:10
那在这种情况下算是什么系综呢？

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