铜簇800+原子几何优化结果离谱

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-15 18:34:16

本帖最后由不是兔纸不是猫于 2022-3-24 14:21 编辑

想请教社长和大家，我用CP2K跑几何优化，铜簇800+原子，初始结构是已经通过单晶xrd得到，跑后结果非常离谱，竟然连苯环都跑乱了，不知道是不是我输入文件哪里设置有问题，我将输入文件贴上来，烦请社长及大家赐教，非常感激！

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-2-15 19:11:05

初始结构直接上传 .inp 文件啊，你这个直接看看不出来

Cu边缘做饱和了吗

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-15 19:13:33

Eudaimonia 发表于 2022-2-15 19:11
初始结构直接上传 .inp 文件啊，你这个直接看看不出来

Cu边缘做饱和了吗

我只是删除了坐标部分，其他都截图了，弱弱的问句Cu边缘做饱和是什么意思，应该是没有

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-2-15 19:43:03

使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
用簇模型的弊端在于：
• 需要合理考虑边界效应。边界效应此处指的是使用有限的簇模型作为周期性体系的近似导致的对被研究问题的计算精度的影响。边界效应取决于两点：(1)簇的尺寸 (2)对边界的处理。簇的尺寸越大、让边界原子所处的环境越像体相，则边界效应越小。
簇的大小选取有很大任意性。固体部分截的原子太少的话边界效应太强，结果不准；而截得大的话，则计算耗时太高。除非团簇截得极大，否则都要考虑怎么恰当处理边界。比如有机体系（如石墨烯），边界往往用氢饱和，见比如《18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例》（http://sobereva.com/615）；如果是无机晶体，有用赝氢、capped ECP、用大量背景电荷表现更长程区域原子的静电势等做法；如果是纯金属的话倒是不需要做特别的考虑。

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-15 20:00:10

Eudaimonia 发表于 2022-2-15 19:43
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
用簇模型的弊端在于：
• 需要合理考虑边界效应。 ...

感谢回复，但是我的这个感觉好像跟社长文章中描述还不是一类体系，可能我比较菜，理解有问题，我的铜簇是总共800多个原子，只有几十个铜原子在中心部分，周围一圈全是小分子配体，所以您说的这个给铜做饱和的问题处理方式跟社长这篇文章相似么？是类似体系么？

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-2-15 20:08:01

不是兔纸不是猫发表于 2022-2-15 20:00
感谢回复，但是我的这个感觉好像跟社长文章中描述还不是一类体系，可能我比较菜，理解有问题，我的铜簇是 ...

你这个看起来比较像 MOF/COF 一类的东西，可能和这种用簇模型模拟表面不太一样；
你可以看看相关帖子有没有类似的讨论；

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-15 20:19:45

Eudaimonia 发表于 2022-2-15 20:08
你这个看起来比较像 MOF/COF 一类的东西，可能和这种用簇模型模拟表面不太一样；
你可以看看相关帖子有 ...

好的同样非常感谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-15 21:50:13

检查一下是不是初始结构没有去除无序原子、没有加氢之类的。如果这方面没问题，把一些不重要的取代基用氢代替，跑一下试试

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-16 10:10:03

直接上传个输入文件，你自己省得解释，别人也省得猜

仔细阅读
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-16 14:57:57

sobereva 发表于 2022-2-16 10:10
直接上传个输入文件，你自己省得解释，别人也省得猜

仔细阅读

感谢社长批评，已在一楼上传inp文件，烦请社长百忙之中指点一二，非常感谢！

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-16 14:58:43

wzkchem5 发表于 2022-2-15 21:50
检查一下是不是初始结构没有去除无序原子、没有加氢之类的。如果这方面没问题，把一些不重要的取代基用氢代 ...

非常感谢回复，已在一楼上传inp文件，如果可能烦请百忙之中指点一二，感激不尽！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-16 16:49:00

不是兔纸不是猫发表于 2022-2-16 07:58
非常感谢回复，已在一楼上传inp文件，如果可能烦请百忙之中指点一二，感激不尽！

是所有苯环都跑乱了吗？还是只有一部分跑乱了？
如果是一部分，具体是哪些苯环跑乱了？

chrinide · 发表于 Post on 2022-2-16 16:54:20

建议先用xtb预优化一下，再拿来DFT搞

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2022-2-16 18:19:38

wzkchem5 发表于 2022-2-16 16:49
是所有苯环都跑乱了吗？还是只有一部分跑乱了？
如果是一部分，具体是哪些苯环跑乱了？

全乱了，所以我感觉应该就是我哪里设置的不对

晓来雨过 · 发表于 Post on 2022-2-16 18:40:46

如果结构是单晶XRD得到的，那是不是可以固定非氢原子再做优化呢？

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