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本帖最后由 静哥哥 于 2022-2-16 19:25 编辑
群里的大佬们： 我这连天新遇到一个奇怪的问题，我在新买的双路服务器（社长帖子推荐的8375c那个配置）上按照社长的帖子（VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示））装好了vasp5.4.4和parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition，用了几天一切正常。但是今天在跑一个56个原子异质结的时候中途程序突然停止，很奇怪，出现报错，请问这个怎么解决呢。最主要的问题是程序跑了23步，跑了几个小时才停止。后面附上我的incar和kpoints .
Abort(269604713) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in PMPI_Recv: Unknown error class, error stack:
PMPI_Recv(171)........: MPI_Recv(buf=0x7fb3d34492b8, count=16, dtype=USER<contig>, src=MPI_ANY_SOURCE, tag=642285, comm=0xc4000017, status=0x7fff0b9c1d10) failed
MPID_Recv(234)........:
MPIDI_OFI_do_irecv(68): failure occurred while allocating memory for a request object
[cli_0]: readline failed
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image PC Routine Line Source
vasp 000000000147D324 Unknown Unknown Unknown
libpthread-2.17.s 00007FB4E0052630 Unknown Unknown Unknown
vasp 000000000147CD70 Unknown Unknown Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image PC Routine Line Source
vasp 000000000147D324 Unknown Unknown Unknown
libpthread-2.17.s 00007F21CEEEA630 Unknown Unknown Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD157F Unknown Unknown Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFD5BF56 Unknown Unknown Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD6F9D Unknown Unknown Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007F21CFDD3746 MPI_Bcast Unknown Unknown
我的INCAR
SYSTEM= hetero OPT #第一行为注释行
# 1初始参数
ISTART = 0 #如何生成波函数，首次结构优化用0。如果进行能带、电子结构计算，使用ISTART=1（读取优化的波函数，比CHGCAR快），ICHARG=11
ICHARG = 2 #如何获得初始电荷密度，首次结构优化用2,通过原子电荷叠加初猜电荷密度。算能带和dos需要用11，读取前面的CHGCAR
ISMEAR = 0 #决定电子轨道分数占据。0适用于导体、半导体和绝缘体.
#对于金属体系来说，也可以使用ISMEAR = 1，SIGMA = 0.01
#算dos时，ISMEAR =-5（K大于4），可以得到一个非常平滑的DOS图
#如果体系很大，只能适用gamma点来算，可以使用ISMEAR = 0；SIGMA = 0.01。
SIGMA = 0.1 #展宽默认为0.2.对于半导体和绝缘体，k小于4，sigma可以取小点，比如0.01-0.05。对于金属，取0.1足够。对于分子取0.02
# 2自洽迭代，SCF，电子优化
ENCUT = 350 #截断能, ENCUT的最小值应为所有元素中ENMAX的最大值或1.3倍左右.第一次为了获得稳定的晶格常数，可以设置为600
EDIFF = 1E-4 # 能量收敛标准ev.结构优化的时候，EDIFF=1E-5, EDIFFG =-0.01 至 -0.03 都是被认可的
NELM = 60
ALGO = Normal #不写就默认为Normal，DAV算法，收敛性好，但速度慢.结构好可以用Fast
# 3原子弛豫，离子弛豫，结构优化
IBRION = 2 #2代表离子原子位置优化.不写就默认为-1，即原子位置不优化,一般1用于静态计算
POTIM = 0.1 # 离子移动步距，一般在0.1——0.5间.如果初始结构很差，设置较小的POTIM可以有效的避免过度矫正,比如0.01
ISIF = 2 #2代表只优化原子位置,3代表原子和晶胞都优化,6只优化晶胞。对于切片或二维材料、多变量不能用3
#Tips：复杂的结构优化过程，可以分步优化，即初始只优化离子（ISIF=2）→优化晶胞（ISIF=6）→优化离子和晶胞（ISIF=3）
NSW = 200 #最大离子步数,单点能计算，如果晶胞优化后进行静态计算，NSW需要设置为0
EDIFFG = -0.05 #不写即默认，此时EDIFFG = EDIFF×10，即能量收敛，正数为能量收敛ev。负数表示力收敛，ev/埃，一般在-0.01-0.05间
# 4态密度和能带相关
# LWAVE = .F. #控制是否输出波函数和电荷密度
# LCHARG = .F.
# NEDOS = 2000 #DOS点的个数,通常设置1000-3000
# EMIN
# EMAX #计算态密度的能量窗口
# LORBIT #总态密度投影,10：投影到s、p、d、f轨道.11：投影到s、px、py、pz.....轨道
# NBANDS #总能带数
#5磁性和加U以及偶极矫正
# ISPIN = 1 #1为默认值，表示不进行自旋极化计算。2表示需要进行自旋极化计算
# MAGMOM = 原子个数*磁矩 #如果原子的MAGMOM为负值，则写成原子数乘负的磁矩，如氧10*-2
# IVDW #范德华力计算方法
# LDA+U
# LDIPOL = .TRUE. #偶极矫正，Slab模型一般都需要加上这个参数
# IDIPOL = 3 #偶极矫正，Slab模型一般都需要加上这个参数
# NCORE = 32 #NCORE = 节点核数/2
KPOINTS
K-Spacing Value to Generate K-Mesh: 0.040
0
Gamma
4 4 1
0.0 0.0 0.0
我的服务器
CPU：2* XEON Platinum 8375C正式版（32核2.9G，全核睿频到3.5G，散，无集显）2*10000
散热器：2*金钱豹LGA4189 5热管双风扇散热器 2*310
主板：超微X12DPi-N6 5700
机械硬盘：希捷 企业级 银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A) 990
固态硬盘：三星PM9A1 2TB 1450
内存：16*三星DDR4-3200 ECC REG 16GB 16*500
电源：海韵FOCUS GX1000 额定1000W 1320
机箱：追风者614PC 550
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 90
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发表于 Post on 2022-2-16 19:16:00
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