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[Sobtop] 使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

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发表于 Post on 2022-2-17 12:27:36 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17


0 前言

Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop免费下载。过渡金属配合物体系的拓扑文件在以往是很难产生的一类情况,因为里面牵扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有机分子力场不支持的元素,里面涉及到的键/键角/二面角参数在那些力场里也没有,所以acpype、Ligpargen、ATB等程序根本没法搞。而这类体系,用Sobtop则可以超级容易地产生拓扑文件。AmberTools里的MCPB.py程序虽然能产生这类体系的拓扑文件,但是过程麻烦至极,在http://bbs.keinsci.com/thread-27796-1-1.html里有人演示了怎么借助MCPB.py产生二茂铁的GROMACS的拓扑文件,估计大多数人看了后会打退堂鼓。Sobtop的详情以后会另文专门系统性地介绍,本文仅简单演示一下怎么用Sobtop快捷地产生二茂铁的拓扑文件,通过对比大家可以充分认识到用Sobtop有多么方便。

本文牵扯到的所有输入输出文件都可以在http://sobereva.com/attach/635/file.rar里找到。Sobtop用的是2022-Feb-16发布的预览版1.0(dev)。Multiwfn用的是2022-Feb-17更新的版本,Multiwfn可以在主页http://sobereva.com/multiwfn免费下载。


1 用Gaussian做优化和振动分析

首先用Gaussian对二茂铁做优化和振动分析。要注意,二茂铁的两个茂环间仅在低温晶体中是交错式的,而在真空中极小点结构是重叠式的(参看Materials, 8, 7723 (2015)和https://en.wikipedia.org/wiki/Ferrocene#Determining_the_structure中的相关信息),因此本例用重叠式(D5h点群)的初始结构。记得Gaussian计算前最好用GaussView做对称化,这样优化得又精准速度又快。

关于计算级别,本例用的TPSSh/def2-TZVP级别对于过渡金属配合物体系通常是很理想的选择。关于泛函的选择看《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》(http://sobereva.com/272)。如果想明显更便宜,Fe可以用SDD,配体可以用6-311G*。

此例的Gaussian输入文件如下

%chk=Ferrocene.chk
#p tpssh/def2tzvp opt freq
[空行]
Generated by Multiwfn
[空行]
0 1
C                  0.71056100   -0.97800331    1.65426528
C                 -0.00000000    1.20887857    1.65426528
C                 -0.71056100   -0.97800331    1.65426528
H                  2.17848562    0.70783289    1.62195576
H                 -2.17848562    0.70783289    1.62195576
Fe                 0.00000000    0.00000000   -0.00000000
C                  1.14971184    0.37356402    1.65426528
C                 -1.14971184    0.37356402    1.65426528
H                  1.34637816   -1.85313055    1.62195576
H                 -0.00000000    2.29059533    1.62195576
H                 -1.34637816   -1.85313055    1.62195576
C                  1.14971184    0.37356402   -1.65426528
C                 -1.14971184    0.37356402   -1.65426528
C                  0.71056100   -0.97800331   -1.65426528
C                  0.00000000    1.20887857   -1.65426528
C                 -0.71056100   -0.97800331   -1.65426528
H                  2.17848562    0.70783289   -1.62195576
H                 -2.17848562    0.70783289   -1.62195576
H                  1.34637816   -1.85313055   -1.62195576
H                  0.00000000    2.29059533   -1.62195576
H                 -1.34637816   -1.85313055   -1.62195576
[空行]
[空行]


算完了之后,用formchk把当前目录下的Ferrocene.chk转换为Ferrocene.fchk。不知道formchk是什么和怎么用的话看《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)里相关部分。

还需要得到二茂铁的mol2文件,并且要求其中记录的键连关系和期望的一致,这决定了Sobtop给出的拓扑文件里都有哪些力场项。很多程序都可以实现这个,此例我们用常用的GaussView打开Ferrocene.fchk,如果看到Fe和各个C之间没显示键的话就手动连上(设几重键都无所谓,Sobtop只看有没有键)。然后保存为Ferrocene.mol2。


2 计算RESP电荷

RESP电荷很适合用于动力学模拟的目的,我们要让拓扑文件里的原子电荷对应RESP电荷。计算RESP电荷最强大、方便、灵活的程序是Multiwfn,见《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)。要注意对二茂铁体系不宜直接按照常规方式算RESP电荷,因为拟合点的分布不会恰好满足D5h对称性,因此得到的等价原子的原子电荷会有微小的偏差。为了让所有等价的原子的电荷都严格相同,在Multiwfn中计算RESP电荷时应当设置等价性。

启动Multiwfn,然后输入
Ferrocene.fchk
7  //计算原子电荷
18  //计算RESP电荷
5  //等价性约束设置
11  //根据点群自动判断等价性
a  //根据整个体系的结构判断点群
y  //当前屏幕上显示的点群确实是D5h,列出的原子等价性没错,所以这里输入y确认。然后当前目录下有了等价性设置文件eqvcons_PG.txt
q  //返回
1  //从文本文件里读取等价性设置
eqvcons_PG.txt  //刚才产生的文件
2  //开始一步式RESP电荷拟合
[回车]  //程序提示Fe缺半径,按回车表示用推荐的半径
Multiwfn算RESP电荷效率很高,RESP电荷很快就产生了,从屏幕上给出的结果看确实原子电荷合理,而且满足等价性。按y把产生的原子电荷导出为当前目录下的Ferrocene.chg。


3 用Sobtop产生拓扑文件

启动Sobtop,然后依次输入
Ferrocene.mol2
7  //指定原子电荷
10  //从Multiwfn的chg文件中读取原子电荷
Ferrocene.chg
0  //返回
2  //产生GROMACS的.gro文件
[回车]  //此时当前目录下产生了Ferrocene.gro
1  //产生GROMACS的拓扑文件
2  //优先用GAFF原子类型,缺的自动用UFF力场的。原子类型决定了拓扑文件里的LJ参数
2  //所有成键相关参数基于振动分析产生的fchk文件里的Hessian矩阵生成
Ferrocene.fchk  //如果此文件和Ferrocene.mol2在相同目录下,此处直接按回车可以快捷载入
[回车]  //在当前目录下产生Ferrocene.top
[回车]  //在当前目录下产生Ferrocene.itp

现在拓扑文件在当前目录下出现了,Sobtop可以关了。现在可以打开itp文件看看内容,会看到没有任何问题,文件整齐干净,注释也特别清楚。


4 测试拓扑文件合理性

产生拓扑文件之后,我一般建议在真空下对这个体系跑一下动力学,根据模拟过程中结构变化情况大致判断拓扑文件是否合理。做这个模拟要用的Ferrocene.gro、Ferrocene.top、Ferrocene.itp前面我们都已经产生了。做这个模拟用的md.mdp在本文的文件包里也给了,可见是控温在298.15K下模拟100 ps,1 fs一步,每100 fs往xtc里写入一帧,没有用PBC。笔者此例用的是GROMACS 2018.8。这个mdp不兼容GROMACS较新版本,较新版本用户需要在一个足够大的空盒子里在考虑PBC的情况下跑NVT模拟。

把前述的gro、itp、top、mdp都放到当前目录下,运行以下命令
gmx grompp -f md.mdp -c Ferrocene.gro -p Ferrocene.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md

然后用VMD载入轨迹,用Extensions - Analysis - RMSD Trajectory Tool工具对system选区做align消除平动转动后,每10帧叠加显示一次,得到下图

1.png

可见模拟过程中二茂铁很好地维持了刚性,说明拓扑文件合理。


5 总结&其它

本例充分体现了使用Sobtop结合Multiwfn程序产生过渡金属配合物体系拓扑文件的便利,把复杂度降低到了极限。此文只以极为简单的体系做了示例,对更复杂的情况,诸如多核金属配合物、除了刚性部分还带有可旋转键的柔性部分的配合物,Sobtop也都能很容易地产生拓扑文件。凡是体系全为刚性的情况都可以直接效仿本文的做法;对于既有刚性配位区域也有柔性基团的配合物,在Sobtop问你怎么产生成成键相关(bonded)参数时,建议选择相应选项,让bond和angle参数用特定方法基于Hessian产生,而其它的用预置力场参数,这样可以使得GAFF的参数用于描述柔性部分二面角可旋转特征。

实际中二茂铁的茂环的旋转势垒是非常低的,常温下是可以旋转的,但本文得到拓扑文件对应的是纯刚性二茂铁。本文暂不考虑茂环间可相对旋转的问题,这也不是什么重要问题。

本文的做法比起MCPB.py实在方便百倍,而且MCPB.py用的Seminario方法产生力常数也不如本文的方法合理(当前版本Sobtop默认用的是modified Seminario,产生的键角力常数远好于Seminario)。

做优化和振动分析用免费的ORCA亦可,文中用fchk的地方改成用ORCA振动分析产生的.hess文件即可。

对于体系没有对称性的情况,算RESP电荷时不需要本文这样做对称等价设置,直接在Multiwfn的RESP界面里选择1用常规的两步式拟合即可。更多细节看《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)。

本文的例子直接从chg文件中载入了RESP电荷。也可以在Sobtop里先不设置电荷,等itp产生出来之后再手动把要用的电荷写入到[ atoms ]部分。

使用Sobtop产生拓扑文件发表文章时记得按照Sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop的说明进行引用。引用方式在未来会有所变化,请记得发文章之前看一下主页上最新的引用说明。

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发表于 Post on 2022-2-17 13:35:00 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 lyj714 于 2022-2-17 13:47 编辑

请问这个二面角的函数类型有什么讲究吗,我记得amber力场下一般用的是类型9,Sobtop产生的是2。这个应该是拟合方法不同而产生的差异吧,当然gromacs手册上也有说不同类型的函数形式。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 14:02:04 | 显示全部楼层 Show all
lyj714 发表于 2022-2-17 13:35
请问这个二面角的函数类型有什么讲究吗,我记得amber力场下一般用的是类型9,acpype产生的貌似是3,Sobtop ...

关于二面角的functype
2:谐振势,一般用于实现improper项。Sobtop如果用基于Hessian产生力常数的谐振势描述某二面角项,也会用这个
4:单一普通周期势。AMBER/GAFF力场的improper项不是一般力场用的谐振势,而是普通周期势。4和1型二面角项定义完全一样,只不过为区分目的,4专门被用来记录AMBER/GAFF力场的improper项用。Sobtop基于GAFF力场产生拓扑文件时improper项用的是这个。
9:单一或多重普通周期势。一个二面角允许用多个周期性函数叠加描述。AMBER/GAFF力场的二面角项用的是这种,Sobtop基于GAFF产生拓扑文件时二面角项也用这种。
3:Ryckaert-Bellemans二面角。跟Sobtop和AMBER/GAFF力场都无关。
5:傅里叶形式二面角。跟Sobtop和AMBER/GAFF力场都无关。


早期版本(大概是4.5版以前),GROMACS不支持9形式的functype,即不允许AMBER/GAFF力场用的多个周期函数叠加描述一个扭转势的情况,因此早期acpype版本把这种扭转势等价地变换成了当时GROMACS可以用的RB形式(functype=3),这在acpype原文里也提到了。后来版本GROMACS有了functype=9了,比较新的acpype也直接用functype=9形式记录proper二面角项了。

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发表于 Post on 2022-2-17 14:14:54 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-2-17 14:02
关于二面角的functype
2:谐振势,一般用于实现improper项。Sobtop如果用基于Hessian产生力常数的谐振势 ...

原来如此,懂了,多谢老师指点。

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发表于 Post on 2022-2-17 15:31:33 | 显示全部楼层 Show all
老师,建议像Multiwfn那样支持环境变量Sobtoppath,程序可以在当前目录、也可以在$Sobtoppath找ini、子程序和链接库文件。这样就可以将Sobtop存放在一固定目录,与用户文件互不影响。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 15:52:25 | 显示全部楼层 Show all
大村驴 发表于 2022-2-17 15:31
老师,建议像Multiwfn那样支持环境变量Sobtoppath,程序可以在当前目录、也可以在$Sobtoppath找ini、子程序 ...

这不方实现,牵扯到零七八碎的东西
用户可以自行在.bashrc里通过alias定义一个快捷命令,一键进入Sobtop的目录
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发表于 Post on 2022-2-17 16:53:03 | 显示全部楼层 Show all
老师,不是个重要的问题,当mol2的原子名的Fe写成大写的“FE”时候,会被程序认成F

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发表于 Post on 2022-2-17 17:13:36 | 显示全部楼层 Show all
佛以千万种形态在世间行走。给力!!!

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发表于 Post on 2022-2-17 18:30:59 | 显示全部楼层 Show all
老师,Sobtop默认方法生成的Fc的拓扑在真空下没问题,在水溶液下会导致C3-H3严重向Fe弯折,不知是不是我的mdp有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 19:48:44 | 显示全部楼层 Show all
大村驴 发表于 2022-2-17 16:53
老师,不是个重要的问题,当mol2的原子名的Fe写成大写的“FE”时候,会被程序认成F

我没测试出这个问题
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发表于 Post on 2022-2-17 20:48:07 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 牧生 于 2022-2-17 23:01 编辑

看了一阵sobtop的操作流程,有几个小疑问

第一个小问题:
Choose the Hessian-based method used for deriving rigid parameters
1 Seminario
2 Modified Seminario (mSeminario, J. Chem. Theory Comput., 14, 274)
3 The second modified Seminario by Lu (m2Seminario)
4 Diagonal elements of redundant internal coordinate Hessian (DRIH)
http://sobereva.com/soft/Sobtop/有这样的说法,DRIH方法对于许多刚性体系比默认的modified Seminario(另一种基于Hessian产生力常数的方法)更好,而用默认的modified Seminario对此例也完全没问题。  那么是不是意味着,对于常规的有机分子,如表面活性剂等,如果想要质量更好一点的,无脑就用4。


第二个小问题:
http://sobereva.com/soft/Sobtop/的几个例子中,分别用了“参数完全基于GAFF”,“力常数全基于Hessian计算得到”,“bond和angle参数基于Hessian得到,其它部分用GAFF”,是不是“力常数全基于Hessian计算得到”是质量最高的,因为这是从量化计算的结果而得到的参数。

第三个小问题:
以后会支持OPLS么

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卢老师把charmm排出主流了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 06:01:06 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-2-17 20:48
看了一阵sobtop的操作流程,有几个小疑问

第一个小问题:

1 否。以后专门写帖子的时候我会系统性说明这些差别
如果追求无脑,姑且用mSeminario,但个别时候也有缺陷,比如CLi4的不同键角k是明显不等价的,但用我提出的m2Seminario没这个问题。

2 没有可比性。因为很多体系必须考虑键的可旋转性,基于Hessian只能得到谐振势的k。

3 不会。我很讨厌OPLS的原子类型命名,一堆数字恶心死了,数目还很庞大,还有很多多余的原子类型。有GAFF就足够了,而且有AMBER、GLYCAM、Lipid、Merz等兼容的力场。我意识不到有什么明显理由应当支持OPLS-AA。

很多相关问题以后在Sobtop手册和专门的介绍文章里我都会详述。
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tjuptz 发表于 2022-2-17 21:12
卢老师把charmm排出主流了

在力场方面我是AMBER一派的
CHARMM系列我不怎么喜欢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 06:43:48 | 显示全部楼层 Show all
大村驴 发表于 2022-2-17 18:30
老师,Sobtop默认方法生成的Fc的拓扑在真空下没问题,在水溶液下会导致C3-H3严重向Fe弯折,不知是不是我的m ...

博文里的itp在博文中的文件包里直接给了

我实际测试了在水当中常温下的模拟,那种程度的弯折是正常的。用比如acpype产生苯的拓扑文件,在水盒子中常温模拟,照样会看到C-H的明显弯折。毕竟H的质量很小,在周围分子碰撞下,很容易运动,位置波动就是会很厉害。

如果就是想让弯折程度更低的话,Sobtop里选-2 Set scale factor for rigid constants,然后选5: Set scale factor of k for all terms,输入要给k乘的倍数,比如2、3。设得越大模拟中变形程度会越低。但也不能太大,否则模拟可能崩溃。
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