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[GROMACS] 将对接复合物生成gro文件后出现奇怪的样子

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将对接复合物(DNA、蛋白质)生成gro文件,然后转成pdb一看,成了奇怪的样子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 19:33:12 | 只看该作者 Only view this author
DNA骨架错位,蛋白破碎

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 19:35:10 | 只看该作者 Only view this author
用的是amber99sb-ildn力场,用其他力场会报错

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发表于 Post on 2022-2-18 07:57:04 | 只看该作者 Only view this author
用VMD看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 11:05:52 | 只看该作者 Only view this author

但是sob老师,用vmd去看,还是显示dna是断裂的,是不是在生成坐标文件的时候就有错误

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-18 11:06:25 | 只看该作者 Only view this author
vmd查看的图

202202181105595445..jpg (18.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202202181105595445..jpg

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发表于 Post on 2022-2-18 16:34:13 | 只看该作者 Only view this author
Tummy 发表于 2022-2-18 11:05
但是sob老师,用vmd去看,还是显示dna是断裂的,是不是在生成坐标文件的时候就有错误

检查VMD里自动判断的键连关系(用比如licorice显示方式仔细看),如果键连关系和DNA实际情况不符,可能导致New Cartoon方式没法正常显示

也确保原子名符合IUPAC规范
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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